Kevin Meza Landeros / MonogenicDiseases

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Kevin Meza Landeros
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README.md

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...@@ -38,13 +38,13 @@ Team: ...@@ -38,13 +38,13 @@ Team:
38 - gene_filtered_phenENS.txt 38 - gene_filtered_phenENS.txt
39 - <ins>*scripts*</ins> 39 - <ins>*scripts*</ins>
40 Has the scripts that were used through this project. 40 Has the scripts that were used through this project.
41 - - CambioCol.R `Reordena las columnas del archivo genemap2.txt y produce el archivo genemap2_reorder.txt` 41 + - CambioCol.R `Reordena las columnas del archivo genemap2.txt y produce el archivo genemap2_reorder.txt.`
42 - ObtencionSecuencias.R `Se conecta a Ensembl y obtiene las secuencias de los genes seleccionados (asociados a una enfermedad).` 42 - ObtencionSecuencias.R `Se conecta a Ensembl y obtiene las secuencias de los genes seleccionados (asociados a una enfermedad).`
43 - ObtenciondeAllData.R `Procesa los archivos de las 2 bases de datos (gene_filtered_phenENS.txt & match_v2.tsv) y la une con la informacion de Ensembl (mart_export_v2.txt). Finalmente genera unarchivo con la información de las 2 bases de datos.` 43 - ObtenciondeAllData.R `Procesa los archivos de las 2 bases de datos (gene_filtered_phenENS.txt & match_v2.tsv) y la une con la informacion de Ensembl (mart_export_v2.txt). Finalmente genera unarchivo con la información de las 2 bases de datos.`
44 - - alineamiento.sh `Alinea las secuencias de los genes con el genoma de Homo sapiens` 44 + - alineamiento.sh `Alinea las secuencias de los genes con el genoma de Homo sapiens.`
45 - get_monogenic_disease_data_DISEASES.sh `Obtiene la informacion de enfermedades monogénicas de DISEASE DB (human_disease_textmining_full.tsv).` 45 - get_monogenic_disease_data_DISEASES.sh `Obtiene la informacion de enfermedades monogénicas de DISEASE DB (human_disease_textmining_full.tsv).`
46 - - get_monogenic_disease_data_OMIM.sh `Obtiene la informacion de enfermedades monogénicas de OMIM (genemap2.txt)` 46 + - get_monogenic_disease_data_OMIM.sh `Obtiene la informacion de enfermedades monogénicas de OMIM (genemap2.txt).`
47 - - mapeo.R `Usa el alinemaiento (sequences_aligned_sort.bam) y la anotacion del genoma de humano (Homo_sapiens.GRCh38.100.gff3.gz) para obtener la anotacion de los genes de interes` 47 + - mapeo.R `Usa el alinemaiento (sequences_aligned_sort.bam) y la anotacion del genoma de humano (Homo_sapiens.GRCh38.100.gff3.gz) para obtener la anotacion de los genes de interes.`
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49 > Important Notes 49 > Important Notes
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