Kevin Meza Landeros / MonogenicDiseases

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Kevin Meza Landeros
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Update alineamiento.sh

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1 +# ENFERMEDADES MONOGENICAS
2 +# EQUIPO 5
3 +
4 +# Se genera el indice de las coordenadas con el genoma de referencia
1 bowtie2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.alt.fa homos 5 bowtie2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.alt.fa homos
6 +# Se hace el mapeo de nuestras secuencias con el de genoma de Homo sapiens
2 bowtie2 -f -x ./homos -U sequences.fasta -S sequences_aligned.sam --no-unal 7 bowtie2 -f -x ./homos -U sequences.fasta -S sequences_aligned.sam --no-unal
8 +# Convertimos nuestro alineamiento a formato BAM
3 samtools view -Sb sequences_aligned.sam > sequences_aligned.bam 9 samtools view -Sb sequences_aligned.sam > sequences_aligned.bam
10 +# Ordenamos el alineamiento
4 samtools sort sequences_aligned.bam > sequences_aligned_sort.bam 11 samtools sort sequences_aligned.bam > sequences_aligned_sort.bam
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