# ENFERMEDADES MONOGENICAS
# EQUIPO 5

# Se genera el indice de las coordenadas con el genoma de referencia
bowtie2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.alt.fa homos
# Se hace el mapeo de nuestras secuencias con el de genoma de Homo sapiens
bowtie2 -f -x ./homos -U sequences.fasta -S sequences_aligned.sam --no-unal
# Convertimos nuestro alineamiento a formato BAM
samtools view -Sb sequences_aligned.sam > sequences_aligned.bam
# Ordenamos el alineamiento
samtools sort sequences_aligned.bam > sequences_aligned_sort.bam