********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70.txt

best params:{'c1': 0.14843910146742284, 'c2': 0.03226312504680252}
best CV score:0.8612823170568367
model size: 0.07M

Flat F1: 0.7860849079440478
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.818     0.900        22
         pH      1.000     1.000     1.000         8
  Technique      0.955     0.913     0.933        23
        Med      1.000     0.925     0.961        53
       Temp      1.000     0.690     0.816        29
       Vess      1.000     1.000     1.000         1
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      0.875     0.933     0.903        15
        Air      0.543     0.362     0.435        69
       Anti      1.000     1.000     1.000        11
     Strain      0.000     0.000     0.000         1
      Gtype      0.878     0.847     0.862        85
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.731     0.791     0.760       134
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.819     0.765     0.786       451


Top likely transitions:
Temp   -> Temp    5.530931
Agit   -> Agit    5.252892
Med    -> Med     5.060058
OD     -> OD      5.010656
Supp   -> Supp    4.868977
Anti   -> Anti    4.778087
Phase  -> Phase   4.545953
Gtype  -> Gtype   4.505488
O      -> O       4.397808
Air    -> Air     4.207182
Gversion -> Gversion 4.184434
Technique -> Technique 3.303412
pH     -> pH      2.824139
Gtype  -> Supp    1.667731
O      -> Supp    1.652196
Substrain -> Gtype   1.583082
Air    -> O       1.417656
O      -> Technique 1.331982
O      -> Gtype   1.241437
Gtype  -> Air     0.970767
O      -> Temp    0.956558
Technique -> Air     0.825884
Supp   -> O       0.782386
Gtype  -> pH      0.768653
Med    -> O       0.684439
Temp   -> O       0.624874
O      -> Anti    0.553272
O      -> Phase   0.459901
O      -> Gversion 0.367975
Strain -> O       0.312627
O      -> Med     0.232469
Phase  -> O       0.226758
OD     -> O       0.226193
O      -> OD      0.174193
O      -> pH      0.160341
Anti   -> O       0.049474
Phase  -> Supp    -0.001306
Anti   -> Gtype   -0.002165
Anti   -> Med     -0.020656
Temp   -> Med     -0.024123
Supp   -> Technique -0.033921
Phase  -> Technique -0.039561
Supp   -> Gtype   -0.050932
Gtype  -> Technique -0.103217
Gtype  -> O       -0.123668
Supp   -> Air     -0.177566
Gtype  -> Gversion -0.243460
Air    -> Phase   -0.247860
Technique -> OD      -0.306784
Gtype  -> Anti    -0.344939


Top unlikely transitions:
Air    -> Air     4.207182
Gversion -> Gversion 4.184434
Technique -> Technique 3.303412
pH     -> pH      2.824139
Gtype  -> Supp    1.667731
O      -> Supp    1.652196
Substrain -> Gtype   1.583082
Air    -> O       1.417656
O      -> Technique 1.331982
O      -> Gtype   1.241437
Gtype  -> Air     0.970767
O      -> Temp    0.956558
Technique -> Air     0.825884
Supp   -> O       0.782386
Gtype  -> pH      0.768653
Med    -> O       0.684439
Temp   -> O       0.624874
O      -> Anti    0.553272
O      -> Phase   0.459901
O      -> Gversion 0.367975
Strain -> O       0.312627
O      -> Med     0.232469
Phase  -> O       0.226758
OD     -> O       0.226193
O      -> OD      0.174193
O      -> pH      0.160341
Anti   -> O       0.049474
Phase  -> Supp    -0.001306
Anti   -> Gtype   -0.002165
Anti   -> Med     -0.020656
Temp   -> Med     -0.024123
Supp   -> Technique -0.033921
Phase  -> Technique -0.039561
Supp   -> Gtype   -0.050932
Gtype  -> Technique -0.103217
Gtype  -> O       -0.123668
Supp   -> Air     -0.177566
Gtype  -> Gversion -0.243460
Air    -> Phase   -0.247860
Technique -> OD      -0.306784
Gtype  -> Anti    -0.344939
O      -> Air     -0.501788
Supp   -> Med     -0.605352
OD     -> Air     -0.613240
Technique -> pH      -0.690682
Gtype  -> Med     -0.722078
Phase  -> OD      -0.801917
Technique -> Gtype   -1.071131
Substrain -> O       -1.244706
Med    -> Supp    -1.620782


Top positive:
7.616993 O        b'lemma:_'
6.105092 Supp     b'lemma:Iron'
6.103829 Air      b'lemma:anaerobic'
5.778936 O        b'lemma:2'
5.395636 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.204401 O        b'lemma:1'
5.144386 Supp     b'lemma:pq'
5.103835 Phase    b'lemma:mid-log'
5.083193 Air      b'lemma:Aerobic'
5.031561 Technique b'lemma:chipseq'
5.005363 Gtype    b'lemma:wt'
4.790043 O        b'postag:IN'
4.685173 O        b'lemma:3'
4.622144 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.524605 Air      b'lemma:aerobic'
4.365549 O        b'lemma:rpob'
4.310154 O        b'lemma:-'
4.272698 Gtype    b'lemma:wild-type'
4.264401 Phase    b'lemma:exponential'
4.264401 Phase    b'lemma:stationary'
4.248629 Gversion b'lemma:asm584v2'
4.178525 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.162767 Supp     b'lemma:glucose'
4.086811 O        b'lemma:b'
4.074447 O        b'lemma:Cra'
4.061821 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.061821 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.047125 O        b'-1:lemma:tag'
4.029539 Med      b'lemma:MOPS'
4.012096 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.859049 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.808960 Gtype    b'lemma:type'
3.796393 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.770798 Gtype    b'+1:lemma:type'
3.739682 Substrain b'lemma:mg1655'
3.729115 O        b'postag::'
3.712923 Supp     b'lemma:acetate'
3.671833 O        b'lemma:a'
3.624682 O        b'postag:CC'
3.612738 Technique b'lemma:rna-seq'
3.596048 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.593479 O        b'lemma:rep1'
3.583965 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.580142 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
3.553131 Supp     b'lemma:nacl'
3.491025 Strain   b'lemma:k-12'
3.486896 Gversion b'lemma:nc'
3.433417 Med      b'lemma:lb'
3.397151 O        b'lemma:Custom'
3.387581 O        b'lemma:rep3'
3.356308 O        b'lemma:.'
3.356308 O        b'postag:.'
3.347331 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.332260 O        b'postag:VBN'
3.317828 Technique b'lemma:chip-seq'
3.289766 Technique b'lemma:rnaseq'
3.273328 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.260083 Air      b'postag:RB'
3.239788 O        b'lemma:\xcf\x8332'
3.184025 Supp     b'lemma:no3'
3.179953 Supp     b'-1:lemma:with'
3.167149 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.116958 Supp     b'lemma:nitrate'
3.090571 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.048182 O        b'lemma:rep2'
3.022284 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.020572 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.950744 O        b'-1:lemma:type'
2.942210 Supp     b'lemma:dpd'
2.937225 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
2.936793 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.927620 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.925981 O        b'-1:lemma:lb'
2.918937 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.900745 Anti     b'lemma:none'
2.897719 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.890673 O        b'+1:lemma:pq'
2.880633 Agit     b'+1:lemma:rpm'
2.873201 O        b'lemma:CEL'
2.867468 Agit     b'lemma:rpm'
2.840511 Air      b'-1:lemma:-'
2.820801 Technique b'-1:lemma:IP'
2.805716 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
2.773458 O        b'lemma:ompr'
2.771820 Med      b'-1:lemma:ml'
2.757736 Supp     b'lemma:Leu'
2.751066 O        b'lemma:chip'
2.746879 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.739214 O        b'lemma:with'
2.708793 Gversion b'-1:lemma:nc'
2.677018 Gtype    b'lemma:nsrr'
2.670707 Anti     b'lemma:seqa'
2.659020 O        b'-1:lemma:glucose'
2.657995 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.657818 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.656948 O        b'-1:lemma:0.3'
2.632783 Supp     b'-1:lemma:vol'
2.623222 Supp     b'-1:lemma:+'
2.618308 Med      b'lemma:m63'
2.613887 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.602756 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.584538 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.544864 Gversion b'lemma:u00096'
2.544864 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.544234 Air      b'lemma:anaerobically'
2.544093 O        b'postag:VBG'
2.528939 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.520188 Gtype    b'lemma:delta-arca'
2.516132 Gversion b'lemma:000913'
2.509681 Vess     b'lemma:flask'
2.509681 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.499520 Supp     b'lemma:Fe'
2.491894 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.487911 O        b'-1:lemma:Aerobic'
2.475312 Temp     b'-1:lemma:43'
2.473537 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.445140 pH       b'+1:postag:CD'
2.435584 O        b'-1:lemma:stpa'
2.432404 O        b'+1:lemma:coli'
2.392472 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.379148 Air      b'lemma:aerobically'
2.378189 Gversion b'lemma:.2'
2.378189 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.373909 Med      b'lemma:media'
2.372719 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.370280 O        b'lemma:affyexp'
2.367475 Supp     b'lemma:fructose'
2.367118 pH       b'lemma:ph5'
2.367118 pH       b'+1:lemma:.5'
2.365883 O        b'lemma:harbor'
2.365510 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.364550 O        b'lemma:chip-arca'
2.364293 Supp     b'+1:lemma:1'
2.351215 Supp     b'lemma:arginine'
2.338576 O        b'+1:lemma:od600'
2.338214 Phase    b'lemma:phase'
2.325110 O        b'lemma:s'
2.324133 Supp     b'+1:lemma:mm'
2.321311 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.296132 Supp     b'-1:lemma:sodium'
2.261992 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.260351 Substrain b'lemma:mg1655star'
2.248740 Gtype    b'lemma:WT'
2.246446 Supp     b'lemma:Adenine'
2.241646 Temp     b'+1:lemma:in'
2.224289 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.211744 Med      b'lemma:broth'
2.211744 Med      b'-1:lemma:L'
2.206966 O        b'+1:lemma:arca-8myc'
2.206282 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.189025 Med      b'lemma:L'
2.189025 Med      b'+1:lemma:broth'
2.156370 Air      b'lemma:Anaerobic'
2.151046 Temp     b'lemma:43'
2.123118 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.116886 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.111247 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
2.110756 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.098031 O        b'+1:lemma:250'
2.072829 OD       b'lemma:od450'
2.054078 O        b'-1:lemma:l1'
2.027132 O        b'postag:DT'
2.020949 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.012421 Med      b'lemma:minimal'
2.004375 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
1.990269 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.950886 O        b'+1:postag:RB'
1.941939 Supp     b'+1:lemma:2'
1.933357 O        b'lemma:culture'
1.927257 O        b'-1:lemma:anaerobic'
1.918285 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.906662 O        b'postag:NNS'
1.903182 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.903182 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.889101 Gtype    b'lemma:ptac'
1.886365 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.879594 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.877669 O        b'lemma:contain'
1.875514 O        b'lemma:ml'
1.873847 O        b'+1:lemma:43'
1.872843 O        b'lemma:genotype/variation'
1.866446 O        b'lemma:soxs'
1.866446 O        b'lemma:soxr'
1.865566 Gversion b'lemma:_'
1.858956 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.836548 O        b'+1:postag:NNP'
1.835787 O        b'lemma::'
1.805360 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.803739 O        b'-1:lemma:into'
1.801193 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.798395 Temp     b'lemma:37'
1.798227 Technique b'-1:lemma:_'
1.796930 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.786304 Air      b'-1:postag::'
1.781423 Med      b'+1:lemma:+'
1.773280 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.770143 O        b'-1:lemma:phase'
1.766358 Temp     b'-1:lemma:37'
1.764495 O        b'lemma:condition'
1.753857 O        b'lemma:argr'


Top negative:
0.000080 Gtype    b'+1:lemma:-rcb-'
0.000058 O        b"lemma:'s"
0.000058 O        b'postag:POS'
0.000058 O        b'-1:lemma:manufacturer'
0.000058 O        b'+1:lemma:instruction'
0.000036 O        b'-1:lemma:0.1'
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