********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.06596113672627639, 'c2': 0.005613954965247502}
best CV score:0.8018183916317536
model size: 0.08M

Flat F1: 0.7935906805413363
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.803     0.860     0.831        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.902     0.742     0.814        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.865     0.783     0.822       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.830     0.684     0.750       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.867     0.748     0.794       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.810185
OD     -> OD      6.187635
Temp   -> Temp    5.829357
Med    -> Med     5.699279
Anti   -> Anti    5.664227
Air    -> Air     5.035921
Phase  -> Phase   4.898803
Gversion -> Gversion 4.861231
O      -> O       4.770492
Gtype  -> Gtype   4.725413
Supp   -> Supp    4.444377
Technique -> Technique 4.039464
pH     -> pH      2.490113
O      -> Supp    1.657684
Substrain -> Gtype   1.602926
O      -> Technique 1.346731
Gtype  -> Supp    1.341693
O      -> Gtype   1.213701
O      -> Temp    0.759700
Technique -> Air     0.709582
Air    -> O       0.679733
O      -> Anti    0.628958
Gtype  -> pH      0.381737
OD     -> Phase   0.217695
Gtype  -> Air     0.206619
O      -> Gversion 0.164188
O      -> Med     0.158358
Med    -> O       0.068822
O      -> Strain  0.037849
O      -> Phase   0.019143
Temp   -> O       0.000267
Supp   -> Anti    -0.000426
Gversion -> O       -0.017952
Anti   -> OD      -0.023479
Air    -> Temp    -0.064389
Strain -> O       -0.068951
Phase  -> Air     -0.097477
Temp   -> Med     -0.130697
Supp   -> Gversion -0.132660
Gtype  -> Gversion -0.152489
Supp   -> Temp    -0.180122
O      -> OD      -0.195607
Anti   -> O       -0.203415
Supp   -> Technique -0.213129
Supp   -> OD      -0.295829
Technique -> pH      -0.297966
Air    -> Phase   -0.309467
Gtype  -> Med     -0.371622
Phase  -> O       -0.401213
Technique -> O       -0.444318


Top unlikely transitions:
Air    -> O       0.679733
O      -> Anti    0.628958
Gtype  -> pH      0.381737
OD     -> Phase   0.217695
Gtype  -> Air     0.206619
O      -> Gversion 0.164188
O      -> Med     0.158358
Med    -> O       0.068822
O      -> Strain  0.037849
O      -> Phase   0.019143
Temp   -> O       0.000267
Supp   -> Anti    -0.000426
Gversion -> O       -0.017952
Anti   -> OD      -0.023479
Air    -> Temp    -0.064389
Strain -> O       -0.068951
Phase  -> Air     -0.097477
Temp   -> Med     -0.130697
Supp   -> Gversion -0.132660
Gtype  -> Gversion -0.152489
Supp   -> Temp    -0.180122
O      -> OD      -0.195607
Anti   -> O       -0.203415
Supp   -> Technique -0.213129
Supp   -> OD      -0.295829
Technique -> pH      -0.297966
Air    -> Phase   -0.309467
Gtype  -> Med     -0.371622
Phase  -> O       -0.401213
Technique -> O       -0.444318
OD     -> Gtype   -0.458964
Air    -> Med     -0.484691
Supp   -> O       -0.486623
OD     -> Air     -0.565502
Technique -> OD      -0.598899
Technique -> Gtype   -0.612194
Air    -> OD      -0.617091
Supp   -> Air     -0.672649
Gtype  -> O       -0.732894
OD     -> Med     -0.783942
O      -> Air     -0.841156
Gtype  -> Anti    -0.881159
Air    -> Supp    -0.895933
Agit   -> O       -0.971277
Gtype  -> OD      -1.088787
OD     -> O       -1.113905
Supp   -> Med     -1.253584
Substrain -> O       -1.723672
Phase  -> OD      -2.084990
Med    -> Supp    -2.134929


Top positive:
9.803739 Supp     b'lemma:Iron'
9.580173 O        b'lemma:_'
8.154870 O        b'lemma:1'
7.967307 Phase    b'lemma:stationary'
7.817188 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.499968 Air      b'lemma:anaerobic'
7.345897 Supp     b'lemma:nitrate'
7.255329 Med      b'lemma:MOPS'
7.049720 Strain   b'lemma:k-12'
6.904427 Air      b'lemma:aerobic'
6.841300 O        b'lemma:rpob'
6.768590 O        b'lemma:2'
6.737063 Technique b'lemma:chipseq'
6.360291 O        b'-1:lemma:tag'
6.349470 Supp     b'lemma:pq'
6.300045 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.186808 O        b'lemma:3'
6.179446 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
6.005364 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.920885 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.896974 Air      b'lemma:Aerobic'
5.722661 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.722661 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.531927 OD       b'lemma:od600'
5.514469 Med      b'lemma:LB'
5.500899 O        b'lemma:Cra'
5.490395 O        b'lemma:rep1'
5.429405 Gtype    b'lemma:arca8myc'
5.319893 Substrain b'lemma:mg1655'
5.281725 O        b'lemma:rep2'
5.261435 O        b'lemma:Custom'
5.225717 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.209658 Gtype    b'lemma:delta-arca'
5.179292 Gtype    b'lemma:type'
5.158663 O        b'lemma:b'
5.112757 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.101092 O        b'lemma:rep3'
5.039392 OD       b'lemma:od450'
5.020295 Med      b'lemma:lb'
5.002221 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
4.965187 Supp     b'lemma:glucose'
4.956435 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.954144 O        b'postag::'
4.945827 Technique b'lemma:rna-seq'
4.916169 OD       b'+1:lemma:stationary'
4.892519 Gtype    b'lemma:wt'
4.870877 Supp     b'lemma:Fe'
4.839544 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.839112 O        b'lemma:a'
4.816421 Supp     b'lemma:acetate'
4.800826 O        b'lemma:for'
4.795011 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.749012 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.703876 Anti     b'lemma:none'
4.687916 Gversion b'lemma:nc'
4.679745 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.658460 O        b'postag:IN'
4.499779 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
4.488425 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.420970 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.383863 O        b'lemma:.'
4.383863 O        b'postag:.'
4.370053 O        b'+1:lemma:od600'
4.356499 O        b'-1:lemma:glucose'
4.332569 Anti     b'lemma:seqa'
4.328668 Supp     b'lemma:no3'
4.297407 Med      b'+1:lemma:0.4'
4.276695 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.206385 Strain   b'+1:lemma:substr'
4.200724 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
4.199179 Phase    b'lemma:mid-log'
4.192968 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.176687 Technique b'lemma:rnaseq'
4.174399 Technique b'lemma:chip-seq'
4.163064 O        b'-1:lemma:anaerobic'
4.079966 Supp     b'lemma:dpd'
4.071291 O        b'lemma:-'
4.042539 Gtype    b'lemma:nsrr'
4.040900 O        b'+1:postag:RB'
3.961200 Anti     b'lemma:anti-rpos'
3.949739 Supp     b'lemma:fructose'
3.943560 Supp     b'lemma:arginine'
3.920546 O        b'lemma:with'
3.906842 O        b'lemma:or'
3.867183 Gversion b'lemma:000913'
3.852346 Supp     b'+1:lemma:1'
3.844501 Vess     b'lemma:flask'
3.844501 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.833652 O        b'lemma:CEL'
3.821792 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.754133 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.739933 pH       b'lemma:ph5'
3.739933 pH       b'+1:lemma:.5'
3.707305 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.705406 O        b'lemma:chip'
3.697004 O        b'-1:lemma:type'
3.688398 Med      b'lemma:m63'
3.683435 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.597164 O        b'postag:VBN'
3.578566 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.568740 O        b'lemma:s'
3.558200 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.545060 O        b'+1:lemma:o.d.'
3.516070 Supp     b'-1:lemma:+'
3.483554 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.483503 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.459746 Supp     b'lemma:nacl'
3.441734 O        b'-1:lemma:lb'
3.409536 Air      b'lemma:Anaerobic'
3.404389 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.361396 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.328422 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
3.317686 Med      b'+1:lemma:2.0'
3.301476 Gversion b'lemma:u00096'
3.301476 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.286668 O        b'lemma:affyexp'
3.280195 Air      b'lemma:anaerobically'
3.258177 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
3.257208 O        b'lemma:ompr'
3.255510 Gtype    b'+1:lemma:pq'
3.246680 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.236124 O        b'lemma:oxyr'
3.209122 Supp     b'+1:lemma:2'
3.197656 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.196597 Phase    b'-1:lemma:until'
3.189945 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.181288 O        b'-1:lemma:0.3'
3.170002 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
3.161695 O        b'+1:lemma:pq'
3.159682 Supp     b'lemma:Leu'
3.133292 Gversion b'lemma:.2'
3.133292 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.126040 O        b'lemma:2-3'
3.125880 Technique b'-1:lemma:IP'
3.112267 O        b'-1:lemma:stpa'
3.103375 Gtype    b'lemma:ptac'
3.101224 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
3.060100 Temp     b'-1:lemma:37'
3.057323 Supp     b'+1:lemma:_'
3.050729 O        b'lemma:Lrp'
3.035951 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.030223 O        b'lemma:chip-arca'
3.008946 OD       b'-1:lemma:~'
2.947889 O        b'lemma:argr'
2.944505 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.933771 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.918186 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.896628 Phase    b'+1:lemma:for'
2.896158 O        b'lemma:purr'
2.893920 Gtype    b'lemma:WT'
2.885542 Med      b'-1:lemma:ml'
2.868396 O        b'-1:lemma:l1'
2.864588 O        b'lemma:at'
2.861849 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.861849 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.861515 Air      b'postag:RB'
2.860863 Technique b'-1:lemma:input'
2.852420 Air      b'lemma:anerobically'
2.847369 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.838846 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.838740 Temp     b'-1:lemma:43'
2.808074 OD       b'lemma:phase'
2.787238 Med      b'lemma:L'
2.787238 Med      b'+1:lemma:broth'
2.770533 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
2.754834 O        b'-1:lemma:dpd'
2.711280 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.708114 Med      b'lemma:glucose'
2.683398 O        b'-1:lemma:media'
2.661239 O        b'+1:postag:NNP'
2.646068 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.622418 O        b'lemma:soxs'
2.622418 O        b'lemma:soxr'
2.602038 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.600846 Temp     b'lemma:43'
2.597103 O        b'postag:DT'
2.594739 Supp     b'lemma:iptg'
2.565098 OD       b'lemma:0.3'
2.562324 Supp     b'lemma:Adenine'
2.524716 pH       b'lemma:.5'
2.524716 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.490454 Air      b'+1:lemma:at'
2.468286 O        b'lemma:Fur'
2.464129 Supp     b'lemma:methanol'
2.445015 Air      b'-1:lemma:-'
2.439688 Med      b'+1:lemma:contain'
2.436952 Med      b'-1:lemma:LB'
2.431687 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.424727 O        b'lemma:culture'
2.410632 O        b'lemma:chip-fnr'
2.399552 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.380228 O        b'lemma:condition'
2.369416 Supp     b'lemma:20'
2.332730 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.331984 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.298119 O        b'-1:lemma:min'
2.251434 Gtype    b'lemma:soxs-8myc'
2.251434 Gtype    b'lemma:soxr-8myc'
2.236660 O        b'+1:lemma:sparging'
2.235760 Gtype    b'-1:lemma:_'


Top negative:
0.000004 Gtype    b'+1:lemma:carrying'
-0.000024 Gtype    b'+1:lemma:-'
-0.000044 Med      b'+1:lemma:media'
-0.000057 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.000062 Gtype    b'+1:postag:IN'
-0.000133 Gtype    b'+1:lemma:cra'
-0.000220 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.000334 O        b'lemma:pahse'
-0.000367 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.000370 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.000463 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.000888 O        b'+1:lemma:95'
-0.001725 O        b'+1:lemma:grow'
-0.001924 O        b'-1:lemma:70'
-0.002590 O        b'-1:lemma:at'
-0.002609 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.002737 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.003250 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.003835 O        b'-1:lemma:the'
-0.004365 Supp     b'lemma:min'
-0.004404 Air      b'+1:postag:NN'
-0.004876 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.007478 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.008825 O        b'lemma:25'
-0.010133 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.010800 O        b'+1:lemma:~'
-0.011018 O        b'-1:lemma:25'
-0.012738 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.013297 O        b'-1:lemma:mm'
-0.013330 O        b'+1:lemma:25'
-0.017236 O        b'lemma:medium'
-0.017258 O        b'+1:lemma:co2'
-0.021642 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.022529 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.023207 OD       b'+1:postag:CD'
-0.024275 O        b'+1:lemma:culture'
-0.027000 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.028443 O        b'-1:postag:IN'
-0.028871 OD       b'lemma:~'
-0.029400 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.029957 O        b'-1:postag:VBN'
-0.031814 OD       b'+1:lemma:-lrb-'
-0.036730 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.040489 O        b'+1:lemma:shake'
-0.049352 O        b'lemma:grow'
-0.049870 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.051592 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.058064 O        b'+1:lemma:5'
-0.060533 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.066506 O        b'lemma:m63'
-0.067322 O        b'lemma:purify'
-0.073479 O        b'-1:lemma:1'
-0.078629 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.088409 OD       b'-1:postag:DT'
-0.089657 O        b'+1:lemma:300'
-0.090027 O        b'lemma:lb'
-0.092005 Air      b'-1:postag:CC'
-0.094016 O        b'-1:lemma:e.'
-0.094979 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.095499 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.096558 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.102714 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.102983 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.104669 Supp     b'lemma:and'
-0.106096 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.110455 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.110526 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.113970 Technique b'-1:lemma::'
-0.119878 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.125836 O        b'+1:lemma:mm'
-0.127210 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.132494 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.133598 Vess     b'postag:NN'
-0.137884 O        b'lemma:o2'
-0.140906 O        b'+1:lemma:o2'
-0.143319 O        b'-1:lemma:n2'
-0.147451 O        b'-1:lemma:o2'
-0.153465 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.160555 O        b'lemma:mg1655'
-0.160730 O        b'-1:lemma:um'
-0.160730 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.168104 O        b'lemma:minimal'
-0.171270 O        b'-1:lemma:of'
-0.172228 O        b'-1:lemma:from'
-0.175329 O        b'lemma:e.'
-0.178475 O        b'-1:lemma:30'
-0.179463 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.182901 OD       b'postag:JJ'
-0.185549 Med      b'postag:CD'
-0.192111 Air      b'postag:CD'
-0.211750 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.223595 O        b'lemma:co2'
-0.226618 Gtype    b'postag:CD'
-0.231536 Med      b'-1:postag:NN'
-0.234723 O        b'lemma:30'
-0.248832 O        b'lemma:aerobically'
-0.249281 Agit     b'postag:NN'
-0.250953 O        b'lemma:n2'
-0.270863 O        b'+1:lemma:phase'
-0.306219 Strain   b'+1:postag:NN'
-0.308359 O        b'-1:lemma:od600'
-0.323236 O        b'+1:postag:IN'
-0.329990 O        b'lemma:anaerobic'
-0.339291 O        b'lemma:od600'
-0.345297 O        b'+1:lemma:.'
-0.345297 O        b'+1:postag:.'
-0.345455 Med      b'+1:postag:IN'
-0.346323 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.350930 Air      b'-1:lemma:or'
-0.351942 O        b'-1:lemma:cra'
-0.357748 Gtype    b'lemma:delta'
-0.359268 O        b'lemma:phase'
-0.360855 O        b'-1:lemma:~'
-0.363783 O        b'postag:RB'
-0.363829 OD       b'+1:lemma:and'
-0.388025 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.399712 O        b'+1:lemma:until'
-0.413829 O        b'+1:postag:NNS'
-0.416759 OD       b'+1:postag:CC'
-0.419943 O        b'-1:lemma:ml'
-0.423733 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.431094 O        b'-1:lemma:grow'
-0.438662 O        b'lemma:150'
-0.438662 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.438787 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.450796 Temp     b'postag:JJ'
-0.452037 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.453882 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.460132 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.520629 O        b'postag:VBP'
-0.525807 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.531833 O        b'lemma:dissolve'
-0.544854 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.548102 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.553501 O        b'lemma:0.3'
-0.554123 Technique b'-1:postag::'
-0.564730 O        b'+1:lemma:%'
-0.566274 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.595934 O        b'+1:lemma:cell'
-0.624651 O        b'+1:lemma:c'
-0.627312 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.627312 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.629337 Med      b'+1:postag:NN'
-0.634742 O        b'+1:lemma:_'
-0.635820 O        b'lemma:dpd'
-0.688829 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.690594 OD       b'+1:postag:NN'
-0.702445 O        b'lemma:20'
-0.763984 OD       b'postag:-LRB-'
-0.768100 O        b'lemma:media'
-0.778612 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.780471 O        b'lemma:anaerobically'
-0.786127 O        b'-1:postag:VBG'
-0.824784 Med      b'-1:postag:IN'
-0.845775 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.846041 O        b'-1:lemma:co2'
-0.852351 pH       b'postag:NN'
-0.867978 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.888618 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.923659 Supp     b'postag:CC'
-0.924869 O        b'lemma:of'
-0.956241 Temp     b'postag:NN'
-0.991767 O        b'-1:lemma:sample'
-1.051712 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.051712 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.119586 O        b'+1:lemma:+'
-1.132902 O        b'-1:lemma:37'
-1.140977 Phase    b'-1:postag:JJ'
-1.157470 O        b'lemma:fecl2'
-1.187930 O        b'lemma:0.2'
-1.196177 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.198543 O        b'lemma:2h'
-1.198543 O        b'-1:lemma:additional'
-1.211522 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.224455 O        b'+1:lemma:at'
-1.233557 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.246376 O        b'lemma:0.1'
-1.265258 O        b'-1:postag::'
-1.266857 O        b'lemma:37'
-1.276968 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.367143 O        b'+1:postag:VBG'
-1.372161 O        b'lemma:rifampicin'
-1.380156 O        b'lemma:mid-log'
-1.408891 O        b'+1:lemma:hour'
-1.503066 O        b'lemma:wt'
-1.654992 Anti     b'postag:NNP'
-1.656418 Supp     b'-1:lemma:%'
-1.743144 Phase    b'postag:JJ'
-1.805708 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.821985 O        b'+1:lemma:in'
-1.835729 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.914064 O        b'lemma:methanol'
-1.942273 O        b'-1:lemma:IP'
-2.145235 Air      b'postag:NN'
-2.312190 O        b'-1:lemma:2'
-2.393207 Supp     b'postag:JJ'
-2.809437 O        b'+1:lemma:2'
-3.166822 O        b'+1:lemma:1'
-3.568530 O        b'-1:lemma:_'
-3.975976 O        b'-1:lemma::'