********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.18162961741547431, 'c2': 0.010173319055706773}
best CV score:0.8000535163011767
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7788313742200469
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.754     0.742     0.748        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.863     0.774     0.816       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.820     0.669     0.737       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.844     0.740     0.779       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.428280
OD     -> OD      6.391198
Temp   -> Temp    5.649607
Med    -> Med     5.539114
Anti   -> Anti    5.303445
Air    -> Air     5.166643
O      -> O       4.665819
Gversion -> Gversion 4.506373
Gtype  -> Gtype   4.407445
Phase  -> Phase   4.396047
Supp   -> Supp    4.016861
Technique -> Technique 3.916964
O      -> Supp    1.874908
pH     -> pH      1.860916
Air    -> O       1.770442
Gtype  -> Supp    1.543348
O      -> Technique 1.425814
O      -> Gtype   1.309373
Substrain -> Gtype   1.304530
Technique -> Air     0.870147
O      -> Temp    0.799278
O      -> Anti    0.706193
Med    -> O       0.658266
Temp   -> O       0.368124
O      -> Gversion 0.329037
OD     -> Phase   0.304771
O      -> Med     0.286180
Gtype  -> pH      0.234567
Phase  -> O       0.219735
Supp   -> O       0.186801
O      -> Strain  0.165838
O      -> Phase   0.049593
Gtype  -> Air     0.047789
O      -> OD      0.017713
Technique -> O       -0.003305
OD     -> Med     -0.005961
Supp   -> Air     -0.145259
Gtype  -> Med     -0.329989
OD     -> O       -0.341272
Gtype  -> O       -0.347754
Technique -> OD      -0.359361
Agit   -> O       -0.510570
Gtype  -> Anti    -0.695655
Supp   -> Med     -0.748551
Gtype  -> OD      -0.794417
O      -> Air     -0.800635
Substrain -> O       -1.117563
Phase  -> OD      -1.392334
Med    -> Supp    -1.659724


Top unlikely transitions:
Agit   -> Agit    6.428280
OD     -> OD      6.391198
Temp   -> Temp    5.649607
Med    -> Med     5.539114
Anti   -> Anti    5.303445
Air    -> Air     5.166643
O      -> O       4.665819
Gversion -> Gversion 4.506373
Gtype  -> Gtype   4.407445
Phase  -> Phase   4.396047
Supp   -> Supp    4.016861
Technique -> Technique 3.916964
O      -> Supp    1.874908
pH     -> pH      1.860916
Air    -> O       1.770442
Gtype  -> Supp    1.543348
O      -> Technique 1.425814
O      -> Gtype   1.309373
Substrain -> Gtype   1.304530
Technique -> Air     0.870147
O      -> Temp    0.799278
O      -> Anti    0.706193
Med    -> O       0.658266
Temp   -> O       0.368124
O      -> Gversion 0.329037
OD     -> Phase   0.304771
O      -> Med     0.286180
Gtype  -> pH      0.234567
Phase  -> O       0.219735
Supp   -> O       0.186801
O      -> Strain  0.165838
O      -> Phase   0.049593
Gtype  -> Air     0.047789
O      -> OD      0.017713
Technique -> O       -0.003305
OD     -> Med     -0.005961
Supp   -> Air     -0.145259
Gtype  -> Med     -0.329989
OD     -> O       -0.341272
Gtype  -> O       -0.347754
Technique -> OD      -0.359361
Agit   -> O       -0.510570
Gtype  -> Anti    -0.695655
Supp   -> Med     -0.748551
Gtype  -> OD      -0.794417
O      -> Air     -0.800635
Substrain -> O       -1.117563
Phase  -> OD      -1.392334
Med    -> Supp    -1.659724


Top positive:
8.779498 Supp     b'lemma:Iron'
8.304502 O        b'lemma:_'
7.618690 Phase    b'lemma:stationary'
7.484170 Air      b'lemma:anaerobic'
7.354518 O        b'lemma:1'
7.067189 Air      b'lemma:aerobic'
6.669483 Phase    b'lemma:mid-log'
6.618228 Strain   b'lemma:k-12'
6.546745 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.382709 Supp     b'lemma:nitrate'
6.166994 O        b'lemma:rpob'
5.942129 Technique b'lemma:chipseq'
5.857472 Med      b'lemma:MOPS'
5.774642 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.737667 Substrain b'lemma:mg1655'
5.732281 O        b'lemma:2'
5.455707 O        b'lemma:3'
5.364542 Supp     b'lemma:pq'
5.264936 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
5.213694 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.194289 O        b'-1:lemma:tag'
5.063868 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.027668 O        b'lemma:Custom'
4.891622 OD       b'lemma:od600'
4.882911 O        b'lemma:rep1'
4.854545 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.823744 Med      b'lemma:LB'
4.814164 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.802778 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.802778 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.765392 O        b'postag:IN'
4.744766 O        b'lemma:b'
4.740937 Gversion b'lemma:nc'
4.733044 O        b'lemma:rep2'
4.686977 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.648287 Gtype    b'lemma:type'
4.641760 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
4.637432 Air      b'lemma:Aerobic'
4.612308 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.552359 O        b'lemma:rep3'
4.544430 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.492332 Med      b'lemma:lb'
4.439803 O        b'lemma:Cra'
4.427104 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.360255 O        b'lemma:a'
4.334331 Supp     b'lemma:glucose'
4.324045 O        b'postag::'
4.225895 Gtype    b'lemma:delta-arca'
4.196049 OD       b'lemma:od450'
4.164044 Gtype    b'lemma:wt'
4.160035 OD       b'+1:lemma:stationary'
4.107066 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.089185 Technique b'lemma:rna-seq'
4.023125 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.987616 Supp     b'lemma:acetate'
3.959560 Supp     b'lemma:Fe'
3.767113 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.742419 Technique b'lemma:chip-seq'
3.719024 Supp     b'lemma:dpd'
3.697799 Anti     b'lemma:none'
3.628511 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.610358 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.589450 O        b'lemma:.'
3.589450 O        b'postag:.'
3.579795 Supp     b'lemma:fructose'
3.551159 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.542698 O        b'+1:lemma:od600'
3.524374 O        b'lemma:-'
3.524138 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.508492 Technique b'lemma:rnaseq'
3.507955 Supp     b'lemma:no3'
3.411452 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.356731 Vess     b'lemma:flask'
3.356731 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.344734 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.342213 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.307055 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.294711 Anti     b'lemma:seqa'
3.198770 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.181726 Supp     b'+1:lemma:1'
3.157564 O        b'-1:lemma:type'
3.124717 Technique b'-1:lemma:IP'
3.101009 pH       b'lemma:ph5'
3.101009 pH       b'+1:lemma:.5'
3.088003 O        b'lemma:CEL'
3.079066 O        b'-1:lemma:glucose'
3.060659 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.059431 O        b'-1:lemma:0.3'
3.049487 O        b'-1:lemma:anaerobic'
3.042109 O        b'lemma:chip'
3.030894 Supp     b'lemma:arginine'
3.023592 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.997640 Med      b'lemma:m63'
2.992347 O        b'+1:postag:RB'
2.983691 O        b'postag:VBN'
2.926938 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.901956 Supp     b'+1:lemma:2'
2.867119 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.866259 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.813978 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.813217 O        b'-1:lemma:lb'
2.811430 Gversion b'lemma:u00096'
2.811430 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.805985 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.805379 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.791650 Med      b'lemma:media'
2.783789 O        b'lemma:with'
2.762838 O        b'lemma:or'
2.761734 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.735714 Supp     b'lemma:nacl'
2.718227 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.689667 O        b'lemma:at'
2.681896 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.675618 Gversion b'lemma:.2'
2.675618 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.673476 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.663534 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.642331 O        b'lemma:s'
2.641502 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.621220 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.612960 Air      b'lemma:anaerobically'
2.582119 Supp     b'+1:lemma:_'
2.546680 O        b'postag:DT'
2.543407 Gversion b'lemma:000913'
2.539879 O        b'lemma:oxyr'
2.525639 O        b'+1:postag:NNP'
2.495876 Air      b'postag:RB'
2.493741 O        b'postag:CC'
2.488520 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.472865 Temp     b'-1:lemma:43'
2.468054 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.460194 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.457589 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.446783 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.446748 Med      b'-1:lemma:ml'
2.432723 pH       b'lemma:.5'
2.432723 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.429127 O        b'+1:lemma:pq'
2.426199 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.422501 Temp     b'-1:lemma:37'
2.364062 Supp     b'-1:lemma:+'
2.359818 O        b'lemma:affyexp'
2.358214 Supp     b'lemma:iptg'
2.345240 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.293242 O        b'-1:lemma:l1'
2.283378 O        b'lemma:for'
2.259276 Supp     b'lemma:Leu'
2.257438 Air      b'-1:lemma:-'
2.250572 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.245090 Supp     b'-1:lemma:with'
2.236516 Med      b'lemma:L'
2.236516 Med      b'+1:lemma:broth'
2.194950 Gtype    b'lemma:ptac'
2.191764 O        b'+1:lemma:acetate'
2.145434 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.144916 O        b'-1:lemma:stpa'
2.139794 Supp     b'lemma:20'
2.138137 Technique b'-1:lemma:input'
2.120690 Supp     b'lemma:0.2'
2.115282 Air      b'lemma:anerobically'
2.108802 O        b'lemma:ompr'
2.102080 Air      b'-1:lemma:co2'
2.101933 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.101933 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.098653 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.094495 O        b'lemma:chip-arca'
2.093152 O        b'lemma:Lrp'
2.073057 O        b'lemma:soxs'
2.073057 O        b'lemma:soxr'
2.033842 pH       b'+1:postag:CD'
2.030212 Temp     b'lemma:37'
2.025024 Temp     b'lemma:43'
2.005145 O        b'-1:lemma:dpd'
1.996291 Supp     b'lemma:methanol'
1.975959 OD       b'-1:lemma:~'
1.961870 OD       b'lemma:0.3'
1.953650 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.948299 Phase    b'-1:lemma:until'
1.945342 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.941615 O        b'postag:VBG'
1.938029 OD       b'-1:lemma:about'
1.930492 O        b'lemma:Fur'
1.926280 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.918352 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.910079 O        b'-1:lemma:media'
1.909335 O        b'lemma:genotype/variation'
1.897683 Med      b'lemma:glucose'
1.894728 O        b'lemma:condition'
1.886371 Supp     b'lemma:Adenine'
1.881519 Med      b'lemma:broth'
1.881519 Med      b'-1:lemma:L'
1.881208 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
1.872732 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.854369 O        b'lemma:culture'
1.844760 O        b'+1:lemma:sparging'
1.836586 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.835743 Gtype    b'lemma:WT'
1.826348 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.810910 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.809834 Gtype    b'-1:lemma:_'


Top negative:
0.001509 Air      b'+1:lemma:70'
0.001485 O        b'-1:lemma:5'
0.001306 O        b'-1:lemma:no3'
0.001230 Air      b'-1:postag:RB'
0.001224 Med      b'-1:lemma:in'
0.001140 OD       b'-1:postag:VBN'
0.001060 Technique b'+1:lemma:Anaerobic'
0.001048 O        b'+1:postag:SYM'
0.000988 O        b'-1:lemma:fnr'
0.000917 O        b'lemma:fructose'
0.000830 O        b'+1:lemma:use'
0.000649 OD       b'+1:postag:VBD'
0.000635 Gtype    b'lemma:input'
0.000565 O        b'lemma:treatment'
0.000544 Temp     b'+1:postag:VB'
0.000534 O        b'lemma:EB'
0.000477 OD       b'+1:postag:VBN'
0.000465 Supp     b'-1:lemma:10'
0.000457 O        b'lemma:~'
0.000451 Gtype    b'lemma:wild'
0.000403 Air      b'postag:NNP'
0.000324 Temp     b'-1:postag:NN'
0.000271 Supp     b'+1:lemma:of'
0.000230 Supp     b'-1:lemma:contain'
0.000161 Gtype    b'-1:lemma:small'
0.000112 Supp     b'+1:lemma:feso4'
0.000108 Air      b'-1:lemma:aerobically'
0.000097 Supp     b'lemma:um'
0.000092 Med      b'-1:lemma:m9'
0.000070 Temp     b'postag:VB'
0.000061 Supp     b'-1:lemma:250'
0.000056 O        b'+1:lemma:_'
0.000037 Gtype    b'postag::'
0.000032 Phase    b'-1:postag:IN'
0.000029 Temp     b'lemma:-lrb-'
0.000024 Temp     b'postag:-LRB-'
0.000018 OD       b'+1:lemma:0.15'
0.000013 Gtype    b'lemma:small'
0.000006 O        b'lemma:agitation'
-0.000006 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.000007 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.000030 O        b'+1:lemma:95'
-0.000036 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.000163 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.000207 OD       b'-1:postag:DT'
-0.000850 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.001166 O        b'+1:lemma:o2'
-0.001921 Temp     b'-1:postag:JJ'
-0.002203 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.002684 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.003051 O        b'-1:lemma:,'
-0.003051 O        b'-1:postag:,'
-0.004416 O        b'-1:lemma:until'
-0.005028 O        b'lemma:lb'
-0.006746 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.008099 O        b'lemma:minimal'
-0.009386 O        b'lemma:glucose'
-0.009971 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.011912 Med      b'-1:postag:CD'
-0.012108 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.012515 Air      b'-1:lemma:and'
-0.014917 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.015462 O        b'lemma:co2'
-0.017434 O        b'lemma:medium'
-0.017596 O        b'+1:lemma:grow'
-0.018130 O        b'-1:lemma:1'
-0.019463 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.020969 Air      b'-1:lemma:95'
-0.026012 Med      b'+1:postag:IN'
-0.029462 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
-0.029964 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.030676 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.030969 OD       b'+1:postag:CC'
-0.032789 Air      b'postag:CC'
-0.039308 O        b'lemma:m63'
-0.039681 O        b'-1:lemma:mm'
-0.043781 O        b'-1:lemma:sample'
-0.045727 O        b'+1:lemma:5'
-0.048720 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.050456 O        b'lemma:e.'
-0.051510 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.052744 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.060135 O        b'lemma:150'
-0.060135 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.061483 OD       b'+1:postag:CD'
-0.061644 Gtype    b'postag:CD'
-0.062527 O        b'-1:lemma:o2'
-0.067638 Air      b'-1:lemma:or'
-0.070682 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.072485 O        b'-1:postag:IN'
-0.072778 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.074033 Air      b'-1:postag:CC'
-0.074222 Temp     b'postag:JJ'
-0.085943 O        b'-1:lemma:e.'
-0.090975 OD       b'postag:JJ'
-0.094470 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.097464 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.099584 O        b'+1:lemma:300'
-0.099687 O        b'-1:postag:VBN'
-0.107582 Air      b'+1:postag:-RRB-'
-0.110954 O        b'postag:RB'
-0.132121 Air      b'postag:CD'
-0.148947 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.150683 Med      b'postag:CD'
-0.155098 Technique b'-1:lemma::'
-0.162800 Supp     b'lemma:and'
-0.171938 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.173189 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.173535 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.181287 O        b'-1:lemma:ml'
-0.195801 O        b'+1:lemma:%'
-0.197661 O        b'-1:lemma:30'
-0.202314 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.220334 O        b'+1:lemma:or'
-0.221282 Supp     b'postag:CC'
-0.230040 O        b'lemma:30'
-0.234659 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.241611 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.253103 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.268147 O        b'+1:lemma:until'
-0.276798 O        b'-1:lemma:of'
-0.283028 pH       b'postag:NN'
-0.285848 O        b'lemma:aerobically'
-0.308992 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.311262 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.314602 O        b'-1:lemma:from'
-0.326058 O        b'-1:lemma:cra'
-0.332056 O        b'+1:lemma:.'
-0.332056 O        b'+1:postag:.'
-0.335073 O        b'lemma:phase'
-0.341647 Med      b'-1:postag:NN'
-0.344072 Med      b'+1:postag:NN'
-0.355271 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.355271 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.379882 O        b'+1:postag:IN'
-0.399275 O        b'lemma:od600'
-0.406215 O        b'-1:lemma:od600'
-0.417969 O        b'+1:postag:NNS'
-0.429718 O        b'postag:VBP'
-0.438097 O        b'lemma:media'
-0.446126 O        b'lemma:anaerobically'
-0.460423 O        b'+1:lemma:c'
-0.472382 O        b'lemma:dissolve'
-0.479226 O        b'-1:lemma:~'
-0.487398 OD       b'+1:postag:NN'
-0.497942 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.513460 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.534142 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.535921 Temp     b'postag:NN'
-0.546444 O        b'lemma:20'
-0.554159 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.568528 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.579080 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.580237 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.597189 Technique b'-1:postag::'
-0.633040 O        b'lemma:0.3'
-0.635311 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.639958 O        b'+1:lemma:cell'
-0.642294 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.674687 O        b'-1:lemma:grow'
-0.678680 O        b'+1:postag:VBG'
-0.725561 O        b'-1:lemma:37'
-0.767934 O        b'lemma:of'
-0.780908 O        b'-1:lemma:co2'
-0.783637 O        b'-1:postag::'
-0.801117 O        b'lemma:0.2'
-0.825901 O        b'lemma:37'
-0.836319 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.911234 O        b'+1:lemma:hour'
-0.911954 O        b'lemma:fecl2'
-0.962999 O        b'lemma:rifampicin'
-0.978360 O        b'lemma:2h'
-0.978360 O        b'-1:lemma:additional'
-0.998803 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.998803 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.013445 OD       b'lemma:-lrb-'
-1.072784 O        b'-1:postag:VBG'
-1.079188 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.085657 O        b'lemma:0.1'
-1.090190 O        b'lemma:mid-log'
-1.191813 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.257824 Anti     b'postag:NNP'
-1.260068 O        b'+1:lemma:+'
-1.276383 OD       b'postag:-LRB-'
-1.370527 O        b'lemma:wt'
-1.398724 Phase    b'postag:JJ'
-1.421300 O        b'+1:lemma:at'
-1.471212 O        b'-1:lemma:IP'
-1.494485 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.577503 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.592880 Supp     b'postag:JJ'
-1.599977 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.682029 Air      b'postag:NN'
-1.687804 O        b'lemma:methanol'
-1.731880 O        b'+1:lemma:in'
-2.271152 O        b'+1:lemma:2'
-2.300463 O        b'-1:lemma:2'
-2.728413 O        b'+1:lemma:1'
-3.852462 O        b'-1:lemma:_'
-4.219153 O        b'-1:lemma::'