report_Run2_v11.txt 44.6 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320 1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330 1331 1332 1333 1334 1335 1336 1337 1338 1339 1340 1341 1342 1343 1344 1345 1346 1347 1348 1349 1350 1351 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359 1360 1361 1362 1363 1364 1365 1366 1367 1368 1369 1370 1371 1372 1373 1374 1375 1376 1377 1378 1379 1380 1381 1382 1383 1384 1385 1386 1387 1388
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.016776004340952593, 'c2': 0.06399138580052764}
best CV score:0.8265144607685903
model size: 0.11M

Flat F1: 0.811149891507703
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      0.857     0.800     0.828        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.595     0.568     0.581        88
       Anti      0.750     0.923     0.828        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.923     0.769     0.839        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.870     0.838     0.854       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.852     0.779     0.811       484


Top likely transitions:
Med    -> Med     4.803921
Temp   -> Temp    4.630645
Supp   -> Supp    4.578238
OD     -> OD      4.501257
Air    -> Air     4.415022
Anti   -> Anti    4.342036
Gtype  -> Gtype   4.244552
Phase  -> Phase   3.839115
Gversion -> Gversion 3.784468
O      -> O       3.291605
pH     -> pH      2.985296
Technique -> Technique 2.503901
Agit   -> Agit    2.356459
Substrain -> Gtype   1.553281
Technique -> Air     1.184572
Air    -> O       0.972879
Gtype  -> Supp    0.927763
O      -> Supp    0.918019
O      -> Technique 0.608453
O      -> Gtype   0.601629
Gtype  -> Air     0.546490
O      -> Strain  0.229277
Gtype  -> pH      0.223728
O      -> Phase   0.096555
Supp   -> O       0.089807
Med    -> O       0.083571
Temp   -> O       0.079842
Strain -> O       0.078307
Phase  -> Air     0.018157
O      -> pH      0.017667
O      -> Vess    0.000002
Temp   -> Gversion -0.000500
Gtype  -> Strain  -0.002642
Med    -> Anti    -0.004907
Substrain -> Med     -0.006759
O      -> Temp    -0.007594
Temp   -> pH      -0.008953
Med    -> Gversion -0.011336
Gversion -> Anti    -0.012971
Supp   -> Strain  -0.014771
OD     -> Gversion -0.021261
Air    -> Substrain -0.021624
Gversion -> Agit    -0.024445
Strain -> Air     -0.025560
Agit   -> Gtype   -0.028820
OD     -> Agit    -0.035397
Strain -> OD      -0.036253
Med    -> Agit    -0.039622
Air    -> Anti    -0.039644
Temp   -> Anti    -0.046898
Substrain -> Air     -0.048791
Substrain -> pH      -0.058817
Anti   -> Gversion -0.060300
Temp   -> Technique -0.062143
pH     -> Gversion -0.063598
Phase  -> Gversion -0.065138
pH     -> Gtype   -0.066626
Gversion -> pH      -0.066843
pH     -> Med     -0.069124
Gtype  -> Vess    -0.074024
Med    -> OD      -0.086402
Strain -> Supp    -0.086873
Phase  -> pH      -0.089213
Substrain -> OD      -0.091883
Agit   -> Technique -0.093938
Gversion -> Med     -0.095649
Technique -> Phase   -0.105174
Air    -> Gversion -0.107145
Agit   -> O       -0.108393
pH     -> Agit    -0.116926
Med    -> pH      -0.116960
Supp   -> Substrain -0.121256
Technique -> Substrain -0.125488
Gversion -> Temp    -0.126643
pH     -> O       -0.133016
Substrain -> Supp    -0.137286
OD     -> O       -0.143513
pH     -> Temp    -0.146522
Supp   -> Vess    -0.149497
O      -> Agit    -0.151853
Agit   -> Supp    -0.156130
Strain -> Gtype   -0.166069
Gtype  -> Agit    -0.170365
Anti   -> Phase   -0.172165
OD     -> pH      -0.175596
OD     -> Gtype   -0.180003
Med    -> Gtype   -0.182921
Technique -> Anti    -0.184311
Supp   -> Agit    -0.184533
Med    -> Temp    -0.186345
Technique -> Agit    -0.188541
pH     -> Air     -0.189897
Air    -> pH      -0.189969
Temp   -> OD      -0.193791
Air    -> Gtype   -0.205377
Technique -> Temp    -0.212412
pH     -> OD      -0.223568
Temp   -> Supp    -0.224426
Anti   -> OD      -0.224798
Temp   -> Gtype   -0.228406
Gversion -> OD      -0.229780
Anti   -> Air     -0.230792
OD     -> Med     -0.239115
Phase  -> Temp    -0.239897
Agit   -> Air     -0.253469
Med    -> Air     -0.270288
Phase  -> Anti    -0.272869
Gversion -> Technique -0.278371
Anti   -> Technique -0.291191
Phase  -> Supp    -0.304525
Gtype  -> Substrain -0.313505
Air    -> Technique -0.313939
pH     -> Supp    -0.313997
Gversion -> Gtype   -0.320655
OD     -> Temp    -0.325382
O      -> Anti    -0.328229
Phase  -> Gtype   -0.338204
Anti   -> pH      -0.338328
Supp   -> Phase   -0.341623
Gversion -> Air     -0.361875
Supp   -> Air     -0.367471
Temp   -> Air     -0.369395
Supp   -> Anti    -0.378847
Air    -> OD      -0.394842
Gversion -> Supp    -0.399748
Supp   -> Gversion -0.407235
Supp   -> pH      -0.407576
Anti   -> O       -0.428443
O      -> Gversion -0.429853
Supp   -> Technique -0.436401
Med    -> Technique -0.442403
Air    -> Med     -0.443738
O      -> OD      -0.450411
Supp   -> Temp    -0.454578
Technique -> Med     -0.459671
OD     -> Supp    -0.463121
OD     -> Technique -0.469370
Anti   -> Med     -0.469996
Supp   -> OD      -0.479802
O      -> Substrain -0.481447
Phase  -> O       -0.508550
Air    -> Temp    -0.509150
Gtype  -> OD      -0.511791
Anti   -> Gtype   -0.523690
Technique -> Gversion -0.534708
Phase  -> OD      -0.552888
Gtype  -> Phase   -0.560612
Phase  -> Med     -0.563880
Supp   -> Gtype   -0.568623
Air    -> Supp    -0.571297
Gtype  -> Gversion -0.572835
Anti   -> Supp    -0.575192
Air    -> Phase   -0.642738
Gversion -> O       -0.644082
Technique -> Supp    -0.647509
Gtype  -> Technique -0.651363
Air    -> Agit    -0.694876
O      -> Med     -0.810014
Gtype  -> O       -0.882045
Temp   -> Med     -0.882395
OD     -> Air     -0.887749
Gtype  -> Med     -0.911063
Gtype  -> Anti    -0.968466
Gtype  -> Temp    -0.973629
Technique -> Gtype   -0.976101
Phase  -> Technique -1.023242
Anti   -> Temp    -1.035582
Technique -> OD      -1.093866
O      -> Air     -1.172302
Technique -> O       -1.264732
Supp   -> Med     -1.286183
Substrain -> O       -1.397687
Med    -> Supp    -1.663953
Technique -> pH      -1.958616


Top unlikely transitions:
Med    -> Med     4.803921
Temp   -> Temp    4.630645
Supp   -> Supp    4.578238
OD     -> OD      4.501257
Air    -> Air     4.415022
Anti   -> Anti    4.342036
Gtype  -> Gtype   4.244552
Phase  -> Phase   3.839115
Gversion -> Gversion 3.784468
O      -> O       3.291605
pH     -> pH      2.985296
Technique -> Technique 2.503901
Agit   -> Agit    2.356459
Substrain -> Gtype   1.553281
Technique -> Air     1.184572
Air    -> O       0.972879
Gtype  -> Supp    0.927763
O      -> Supp    0.918019
O      -> Technique 0.608453
O      -> Gtype   0.601629
Gtype  -> Air     0.546490
O      -> Strain  0.229277
Gtype  -> pH      0.223728
O      -> Phase   0.096555
Supp   -> O       0.089807
Med    -> O       0.083571
Temp   -> O       0.079842
Strain -> O       0.078307
Phase  -> Air     0.018157
O      -> pH      0.017667
O      -> Vess    0.000002
Temp   -> Gversion -0.000500
Gtype  -> Strain  -0.002642
Med    -> Anti    -0.004907
Substrain -> Med     -0.006759
O      -> Temp    -0.007594
Temp   -> pH      -0.008953
Med    -> Gversion -0.011336
Gversion -> Anti    -0.012971
Supp   -> Strain  -0.014771
OD     -> Gversion -0.021261
Air    -> Substrain -0.021624
Gversion -> Agit    -0.024445
Strain -> Air     -0.025560
Agit   -> Gtype   -0.028820
OD     -> Agit    -0.035397
Strain -> OD      -0.036253
Med    -> Agit    -0.039622
Air    -> Anti    -0.039644
Temp   -> Anti    -0.046898
Substrain -> Air     -0.048791
Substrain -> pH      -0.058817
Anti   -> Gversion -0.060300
Temp   -> Technique -0.062143
pH     -> Gversion -0.063598
Phase  -> Gversion -0.065138
pH     -> Gtype   -0.066626
Gversion -> pH      -0.066843
pH     -> Med     -0.069124
Gtype  -> Vess    -0.074024
Med    -> OD      -0.086402
Strain -> Supp    -0.086873
Phase  -> pH      -0.089213
Substrain -> OD      -0.091883
Agit   -> Technique -0.093938
Gversion -> Med     -0.095649
Technique -> Phase   -0.105174
Air    -> Gversion -0.107145
Agit   -> O       -0.108393
pH     -> Agit    -0.116926
Med    -> pH      -0.116960
Supp   -> Substrain -0.121256
Technique -> Substrain -0.125488
Gversion -> Temp    -0.126643
pH     -> O       -0.133016
Substrain -> Supp    -0.137286
OD     -> O       -0.143513
pH     -> Temp    -0.146522
Supp   -> Vess    -0.149497
O      -> Agit    -0.151853
Agit   -> Supp    -0.156130
Strain -> Gtype   -0.166069
Gtype  -> Agit    -0.170365
Anti   -> Phase   -0.172165
OD     -> pH      -0.175596
OD     -> Gtype   -0.180003
Med    -> Gtype   -0.182921
Technique -> Anti    -0.184311
Supp   -> Agit    -0.184533
Med    -> Temp    -0.186345
Technique -> Agit    -0.188541
pH     -> Air     -0.189897
Air    -> pH      -0.189969
Temp   -> OD      -0.193791
Air    -> Gtype   -0.205377
Technique -> Temp    -0.212412
pH     -> OD      -0.223568
Temp   -> Supp    -0.224426
Anti   -> OD      -0.224798
Temp   -> Gtype   -0.228406
Gversion -> OD      -0.229780
Anti   -> Air     -0.230792
OD     -> Med     -0.239115
Phase  -> Temp    -0.239897
Agit   -> Air     -0.253469
Med    -> Air     -0.270288
Phase  -> Anti    -0.272869
Gversion -> Technique -0.278371
Anti   -> Technique -0.291191
Phase  -> Supp    -0.304525
Gtype  -> Substrain -0.313505
Air    -> Technique -0.313939
pH     -> Supp    -0.313997
Gversion -> Gtype   -0.320655
OD     -> Temp    -0.325382
O      -> Anti    -0.328229
Phase  -> Gtype   -0.338204
Anti   -> pH      -0.338328
Supp   -> Phase   -0.341623
Gversion -> Air     -0.361875
Supp   -> Air     -0.367471
Temp   -> Air     -0.369395
Supp   -> Anti    -0.378847
Air    -> OD      -0.394842
Gversion -> Supp    -0.399748
Supp   -> Gversion -0.407235
Supp   -> pH      -0.407576
Anti   -> O       -0.428443
O      -> Gversion -0.429853
Supp   -> Technique -0.436401
Med    -> Technique -0.442403
Air    -> Med     -0.443738
O      -> OD      -0.450411
Supp   -> Temp    -0.454578
Technique -> Med     -0.459671
OD     -> Supp    -0.463121
OD     -> Technique -0.469370
Anti   -> Med     -0.469996
Supp   -> OD      -0.479802
O      -> Substrain -0.481447
Phase  -> O       -0.508550
Air    -> Temp    -0.509150
Gtype  -> OD      -0.511791
Anti   -> Gtype   -0.523690
Technique -> Gversion -0.534708
Phase  -> OD      -0.552888
Gtype  -> Phase   -0.560612
Phase  -> Med     -0.563880
Supp   -> Gtype   -0.568623
Air    -> Supp    -0.571297
Gtype  -> Gversion -0.572835
Anti   -> Supp    -0.575192
Air    -> Phase   -0.642738
Gversion -> O       -0.644082
Technique -> Supp    -0.647509
Gtype  -> Technique -0.651363
Air    -> Agit    -0.694876
O      -> Med     -0.810014
Gtype  -> O       -0.882045
Temp   -> Med     -0.882395
OD     -> Air     -0.887749
Gtype  -> Med     -0.911063
Gtype  -> Anti    -0.968466
Gtype  -> Temp    -0.973629
Technique -> Gtype   -0.976101
Phase  -> Technique -1.023242
Anti   -> Temp    -1.035582
Technique -> OD      -1.093866
O      -> Air     -1.172302
Technique -> O       -1.264732
Supp   -> Med     -1.286183
Substrain -> O       -1.397687
Med    -> Supp    -1.663953
Technique -> pH      -1.958616


Top positive:
7.383724 O        b'lemma:_'
5.053517 Gtype    b'lemma:wt'
4.694169 Supp     b'lemma:Iron'
4.683994 Air      b'lemma:anaerobic'
4.524263 Technique b'lemma:chipseq'
4.215614 Supp     b'lemma:pq'
3.976653 O        b'postag::'
3.840990 Supp     b'lemma:glucose'
3.698102 O        b'lemma:1'
3.696357 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
3.645607 O        b'lemma:Cra'
3.616487 Phase    b'lemma:mid-log'
3.524061 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.516060 Supp     b'lemma:2h'
3.516060 Supp     b'-1:lemma:additional'
3.455741 Gtype    b'lemma:type'
3.443465 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.427007 O        b'lemma:-'
3.424279 O        b'lemma:2'
3.408113 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.372476 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.347068 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.337138 Gtype    b'hGreek'
3.322425 Air      b'lemma:aerobic'
3.246518 O        b'lemma:b'
3.189109 Air      b'lemma:aerobically'
3.133480 Strain   b'lemma:k-12'
3.125552 Phase    b'lemma:stationary'
3.125552 Phase    b'lemma:exponential'
3.119452 O        b'-1:lemma:tag'
3.060543 O        b'lemma:chip-arca'
3.049849 O        b'lemma:rpob'
3.034460 Technique b'lemma:ChIP-exo'
3.023912 Supp     b'lemma:no3'
3.005935 Gtype    b'+1:lemma:type'
3.000649 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.999956 Gtype    b'lemma:WT'
2.989085 O        b'lemma:.'
2.989085 O        b'postag:.'
2.959612 O        b'lemma:3'
2.937440 O        b'lemma:rep2'
2.937440 O        b'lemma:rep1'
2.909579 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.894137 O        b'postag:IN'
2.879022 Med      b'lemma:MOPS'
2.861251 O        b'lemma:genotype/variation'
2.836868 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.820182 O        b'lemma:\xcf\x8332'
2.798728 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
2.792561 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.791908 Air      b'postag:RB'
2.791635 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.790046 Supp     b'lemma:acetate'
2.789923 Air      b'-1:lemma:-'
2.762188 O        b'lemma:CEL'
2.745099 O        b'lemma:chip-fnr'
2.733291 O        b'postag:VBG'
2.710905 Supp     b'lemma:rifampicin'
2.684084 Substrain b'lemma:mg1655'
2.642460 Supp     b'lemma:arginine'
2.632549 Supp     b'+1:lemma:1'
2.620201 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.574600 O        b'-1:lemma:glucose'
2.573233 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.570692 Supp     b'lemma:nacl'
2.567794 Vess     b'lemma:flask'
2.567794 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.565048 pH       b'lemma:ph5'
2.565048 pH       b'+1:lemma:.5'
2.542193 Technique b'-1:lemma:_'
2.531253 Med      b'lemma:LB'
2.516593 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.484703 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.454240 Anti     b'lemma:seqa'
2.443691 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.436482 Supp     b'lemma:Adenine'
2.431859 O        b'+1:lemma:pq'
2.403683 Supp     b'-1:lemma:with'
2.401357 O        b'+1:lemma:wt'
2.400876 Technique b'lemma:rnaseq'
2.395282 Supp     b'lemma:Leu'
2.387917 O        b'+1:lemma:od600'
2.385691 Med      b'lemma:medium'
2.377344 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.376228 Supp     b'lemma:iptg'
2.375303 Supp     b'+1:lemma:2'
2.371740 O        b'lemma:a'
2.369186 Supp     b'lemma:Fe'
2.353577 O        b'+1:lemma:coli'
2.343545 Substrain b'lemma:mg1655star'
2.340453 Anti     b'lemma:none'
2.333951 O        b'+1:postag:RB'
2.329720 Supp     b'lemma:dpd'
2.329368 O        b'-1:lemma:lb'
2.324804 Air      b'-1:lemma:co2'
2.282843 Med      b'-1:lemma:ml'
2.261471 Med      b'lemma:lb'
2.253233 Temp     b'-1:lemma:37'
2.252560 O        b'lemma:with'
2.244762 O        b'-1:lemma:0.3'
2.227206 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.227206 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.216844 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.216844 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.199974 Agit     b'+1:lemma:rpm'
2.173359 Temp     b'lemma:43'
2.154127 pH       b'+1:postag:CD'
2.140285 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.138733 Supp     b'+1:lemma:mm'
2.124280 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
2.121131 Agit     b'lemma:rpm'
2.111052 O        b'+1:lemma:k-12'
2.109890 Temp     b'lemma:37'
2.108516 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.095161 Phase    b'lemma:phase'
2.085008 Supp     b'-1:lemma:+'
2.083708 Technique b'hUpper'
2.073284 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.070056 O        b'+1:lemma:43'
2.039590 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.037704 Agit     b'-1:lemma:250'
2.030702 O        b'-1:postag:NNS'
2.027675 Supp     b'+1:lemma:deficient'
2.023514 O        b'postag:VBN'
2.008069 Temp     b'-1:lemma:43'
1.981010 Supp     b'-1:lemma:vol'
1.966264 Gtype    b'lemma:crp'
1.954186 Med      b'+1:lemma:2.0'
1.949439 O        b'+1:lemma:ph5'
1.949428 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.944939 Med      b'lemma:media'
1.937417 Gtype    b'lemma:wildtype'
1.934607 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.929731 Agit     b'lemma:250'
1.927765 Gversion b'lemma:000913'
1.902740 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.899465 Gtype    b'+1:postag::'
1.882852 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.877112 Anti     b'+1:lemma:antibody'
1.871519 Gversion b'lemma:u00096'
1.871519 Gversion b'+1:lemma:.2'
1.860945 OD       b'+1:postag:IN'
1.857700 Gtype    b'lemma:delta-arca'
1.857302 Gversion b'lemma:.2'
1.857302 Gversion b'-1:lemma:u00096'
1.854213 Med      b'lemma:glucose'
1.852556 Vess     b'+1:lemma:at'
1.846042 O        b'lemma:chip'
1.845130 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.840608 O        b'lemma::'
1.839972 Gtype    b'+1:lemma:cra'
1.832886 Med      b'lemma:minimal'
1.828331 O        b'lemma:soxr'
1.828331 O        b'lemma:soxs'
1.826015 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.822417 Supp     b'lemma:Trp'
1.815900 Substrain b'-1:lemma:.'
1.815900 Substrain b'-1:postag:.'
1.809078 OD       b'lemma:od450'
1.808111 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
1.800064 pH       b'+1:lemma:5.5'
1.799027 Phase    b'-1:lemma:until'
1.794251 Supp     b'+1:lemma:_'
1.784496 O        b'-1:lemma:nh4cl'
1.766934 Gtype    b'+1:lemma:with'
1.764505 O        b'lemma:-rrb-'
1.763383 Med      b'-1:lemma:in'
1.754094 O        b'lemma:at'
1.751441 O        b'-1:lemma:no3'
1.747824 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
1.745279 Supp     b'-1:lemma:potassium'
1.731981 Gversion b'-1:lemma:nc'
1.731981 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.726996 Gtype    b'+1:lemma:control'
1.726461 Air      b'-1:lemma:ryhb'
1.721326 Air      b'-1:lemma:_'
1.719623 Supp     b'-1:lemma:contain'
1.716630 Gversion b'lemma:nc'
1.714267 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.713015 O        b'postag:CC'
1.705794 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
1.696323 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.692662 Gtype    b'lemma:ptac'
1.687629 O        b'lemma:s'
1.684965 Supp     b'lemma:fructose'
1.684744 Gtype    b'-1:lemma:wild'
1.683018 O        b'lemma:argr'
1.680598 O        b'postag:DT'
1.680395 O        b'-1:lemma:pq'
1.680169 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.678115 O        b'lemma:affyexp'
1.675820 Supp     b'-1:lemma:without'
1.675735 Phase    b'postag:NN'
1.674269 O        b'lemma:ompr'
1.668870 Med      b'-1:lemma:fresh'
1.652115 Med      b'lemma:m63'
1.641047 Gtype    b'hLower'
1.622334 O        b'lemma:gadx'
1.619356 O        b'-1:lemma:type'
1.614348 O        b'-1:lemma:wt'
1.614215 O        b'lemma:purr'
1.613272 Gtype    b'lemma:wild'
1.609680 O        b'+1:lemma:sparging'
1.606433 Supp     b'-1:lemma:ompr'
1.604617 Technique b'lemma:rna-seq'
1.604106 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.601303 Strain   b'-1:lemma:.'
1.601303 Strain   b'-1:postag:.'
1.597969 O        b'-1:lemma:-80'
1.596815 Technique b'-1:lemma:IP'
1.595283 O        b'+1:lemma:0.2'
1.591795 O        b'symb'
1.586596 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.579025 OD       b'-1:lemma:od450'
1.578694 Technique b'+1:lemma:gadx'
1.577237 O        b'lemma:-lrb-'
1.568338 Anti     b'hGreek'
1.563047 OD       b'-1:lemma:~'
1.562959 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.562624 O        b'lemma:or'
1.559633 O        b'+1:lemma:250'
1.559141 O        b'lemma:A'
1.558558 Anti     b'-1:lemma:fnr'
1.552559 O        b'lemma:for'
1.552001 pH       b'lemma:5.5'
1.548873 Supp     b'lemma:leucine'
1.541661 OD       b'+1:lemma:of'
1.539411 O        b'-1:lemma:into'
1.530415 Technique b'lemma:chip-exo'
1.529959 Technique b'hLower'
1.529305 Anti     b'-1:lemma::'
1.524790 Air      b'postag:JJ'
1.523280 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
1.516474 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.514347 Technique b'-1:lemma:1'
1.505543 O        b'-1:lemma:Anaerobic'
1.499370 Gtype    b'lemma:phtpg'
1.497510 O        b'lemma:-80'
1.494343 O        b'lemma:culture'
1.487972 Med      b'+1:lemma:+'
1.487661 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.485324 pH       b'lemma:.5'
1.485324 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.484470 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
1.469430 OD       b'-1:lemma:at'
1.468010 O        b'lemma:harbor'
1.466516 O        b'lemma:~'
1.458083 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.456690 O        b'postag:-RRB-'
1.455460 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
1.453974 Gtype    b'+1:lemma:pq'
1.452043 OD       b'lemma:0.3'
1.451523 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.447997 Med      b'+1:postag:-LRB-'
1.441563 O        b'-1:lemma:Aerobic'
1.433054 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.432521 O        b'lemma:+'
1.432222 Technique b'-1:lemma:input'
1.423628 Gversion b'+1:lemma:genome'
1.420784 O        b'+1:lemma:30'
1.418927 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.413866 Gversion b'lemma:_'
1.412682 O        b'lemma:Lrp'
1.404950 Gversion b'postag:NN'
1.404334 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.399160 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.398532 OD       b'+1:postag:JJ'
1.397511 Supp     b'-1:lemma:final'
1.393269 Gtype    b'hUpper'
1.392539 Med      b'+1:postag:CD'
1.385395 O        b'-1:lemma:phase'
1.384209 Air      b'lemma:Aerobic'
1.383680 O        b'postag:SYM'
1.382248 Air      b'-1:postag::'
1.380503 O        b'lemma:oxyr'
1.379019 O        b'-1:lemma:aerobic'
1.374104 O        b'lemma:C'
1.373511 Med      b'postag:NNP'
1.369113 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.364734 Med      b'postag:NNS'
1.360253 Supp     b'+1:lemma:leucine'
1.358378 O        b'-1:lemma:.5'
1.350481 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.348124 Supp     b'-1:lemma:respiration'
1.348124 Supp     b'+1:lemma:mmol'
1.345423 O        b'lemma:trpr'
1.342518 Supp     b'-1:lemma:30'
1.342508 O        b'-1:lemma:stpa'
1.339659 Supp     b'lemma:30'
1.336823 Med      b'symb'
1.332194 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.330356 O        b'lemma:input'
1.330356 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.329809 O        b'postag:-LRB-'
1.326258 O        b'lemma:c'
1.324802 O        b'-1:lemma:nacl'
1.322590 O        b'-1:lemma:mg1655'
1.321375 Supp     b'lemma:tryptophan'
1.321375 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
1.314787 pH       b'-1:lemma:at'
1.310200 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.297858 Anti     b'-1:lemma:myc'
1.297010 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.295230 pH       b'lemma:ph'
1.278814 Anti     b'lemma:anti-rpob'
1.276713 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
1.276686 Gtype    b'+1:lemma:the'
1.274545 Supp     b'lemma:glutamine'
1.274545 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
1.272864 O        b'+1:lemma:wash'
1.268368 O        b'-1:lemma:arginine'
1.266193 Gtype    b'lemma:wild-type'
1.258976 Gtype    b'-1:lemma:factor'
1.255326 Supp     b'-1:lemma:2'
1.251186 Supp     b'lemma:20'
1.250841 O        b'-1:lemma:min'
1.249328 O        b'lemma:E.'
1.248164 O        b'-1:lemma:acetate'
1.245335 Substrain b'postag:NN'
1.244450 O        b'+1:postag:NNP'
1.242248 Gtype    b'lemma:Wild'
1.238221 Gtype    b'+1:lemma::'
1.236611 Gversion b'-1:lemma:the'
1.235052 Anti     b'lemma:anti-rpos'
1.234660 O        b'+1:postag:VBZ'
1.234565 Supp     b'-1:lemma:1m'
1.232986 OD       b'-1:postag:IN'
1.226154 Supp     b'+1:lemma:min'
1.225761 Gversion b'postag:CD'
1.224407 O        b'lemma:ml'
1.222948 Air      b'+1:lemma:at'
1.221241 Supp     b'-1:lemma:0.2'
1.220688 Supp     b'+1:lemma:1/100'
1.218595 O        b'-1:lemma:l1'
1.213999 O        b'lemma:2-3'
1.213052 Supp     b'lemma:phosphate'
1.212255 O        b'lemma:agitation'
1.210999 Supp     b'+1:lemma:1m'
1.204560 O        b'-1:lemma:shake'
1.203543 Anti     b'-1:postag::'
1.201223 Phase    b'-1:lemma::'
1.198583 O        b'-1:lemma:or'
1.197473 Supp     b'lemma:nitrate'
1.194144 O        b'+1:lemma:20'
1.192744 Supp     b'-1:lemma:soxr'
1.192744 Supp     b'-1:lemma:soxs'
1.191927 Air      b'+1:lemma:%'
1.190113 Technique b'+1:postag:NN'
1.186974 O        b'-1:lemma:media'
1.185869 Technique b'lemma:chip-seq'
1.185497 Anti     b'+1:lemma:-lrb-'
1.184677 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.184492 Gtype    b'lemma:flagtag'
1.182732 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.181152 Technique b'postag:NNP'
1.178945 O        b'lemma:0.4'
1.178772 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.175510 O        b'+1:lemma:acetate'
1.173350 Air      b'-1:lemma:cm20'
1.165518 Vess     b'+1:postag:IN'
1.163821 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.163472 O        b'+1:lemma:or'
1.157560 O        b'postag:CD'
1.151883 pH       b'-1:lemma:ph'
1.146312 Air      b'-1:lemma:%'
1.140150 Med      b'+1:lemma:medium'
1.139547 OD       b'+1:lemma:0.3'
1.138137 OD       b'postag:IN'
1.137763 Gtype    b'+1:lemma:mg1655'
1.137157 O        b'-1:postag:RB'
1.134019 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
1.127146 Supp     b'+1:lemma:anaerobically'
1.124263 O        b'lemma:,'
1.124263 O        b'postag:,'
1.122998 OD       b'lemma:od600'
1.122311 O        b'+1:lemma:nacl'
1.121034 OD       b'+1:lemma:,'
1.121034 OD       b'+1:postag:,'
1.120641 Supp     b'-1:lemma:phosphate'
1.119181 Temp     b'lemma:sample'
1.118819 O        b'+1:postag::'
1.116052 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
1.110655 Supp     b'+1:lemma:be'
1.106745 O        b'lemma:Genome'
1.106726 Air      b'lemma:%'
1.106265 Supp     b'lemma:sodium'
1.089415 Supp     b'lemma:cm20'
1.089415 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.088527 O        b'+1:lemma:aerobically'
1.086911 Med      b'-1:lemma:LB'
1.084895 O        b'lemma:k-12'
1.083322 Air      b'+1:lemma:b'
1.082855 O        b'+1:lemma:read'
1.078599 Anti     b'lemma:anti-flag'
1.078599 Anti     b'+1:lemma:mab'
1.078418 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
1.078026 OD       b'lemma:of'
1.070816 Anti     b'lemma:mab'
1.070816 Anti     b'-1:lemma:anti-flag'
1.070343 Gtype    b'-1:lemma::'
1.067963 O        b'+1:lemma:dpd'
1.064725 O        b'-1:lemma:fructose'
1.061323 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.058405 Temp     b'+1:lemma:in'
1.058368 O        b'lemma:EB'
1.055375 O        b'+1:lemma:m9'
1.055326 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
1.055326 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
1.053600 O        b'-1:lemma:nitrate'
1.053481 O        b'lemma:cra'
1.048112 Air      b'+1:lemma:or'
1.047116 Supp     b'-1:postag:CC'
1.046775 Supp     b'lemma:feso4'
1.045895 Anti     b'lemma:anti-myc'
1.042793 O        b'+1:lemma:minute'
1.041554 Supp     b'symb'
1.038162 O        b'-1:lemma:one'
1.037299 O        b'lemma:contain'
1.036641 Gtype    b'lemma:cra'
1.035368 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
1.031770 Supp     b'lemma:1m'
1.023433 Gversion b'-1:postag:DT'
1.017000 Supp     b'-1:lemma:m'
1.016300 Supp     b'-1:postag:CD'
1.014305 O        b'lemma:genotype'
1.011078 O        b'-1:lemma:4'
1.008474 Gtype    b'lemma:vector'
1.005310 Supp     b'lemma:0.2'
1.004765 O        b'+1:postag:VBN'
1.003492 O        b'-1:lemma:grow'
0.997337 Supp     b'+1:lemma:phosphate'
0.997115 pH       b'-1:postag:NN'
0.996608 O        b'lemma:to'
0.996608 O        b'postag:TO'
0.995957 OD       b'lemma:0.3-0.35'
0.995867 Gtype    b'-1:lemma:pk4854'
0.994034 Air      b'-1:lemma:phase'
0.991807 Med      b'-1:postag:JJ'
0.987089 Supp     b'postag:NNP'
0.983481 Anti     b'-1:postag:JJ'
0.982656 Gtype    b'-1:lemma:knock-out'
0.980027 Supp     b'lemma:2g/l'
0.980027 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
0.980013 Phase    b'+1:lemma:for'
0.975984 Med      b'+1:lemma:minimal'
0.975443 Phase    b'lemma:pahse'
0.974961 Supp     b'lemma:in'
0.974720 O        b'lemma:Nac'
0.974030 O        b'lemma:600'
0.973247 Anti     b'+1:lemma:from'
0.972363 Gversion b'+1:postag:CD'
0.960888 Gtype    b'+1:lemma:knock-out'
0.957996 Gtype    b'lemma:the'
0.957888 Agit     b'-1:postag:-LRB-'
0.952949 O        b'+1:postag:VBD'
0.952748 O        b'postag:NNS'
0.950057 O        b'lemma:delta'
0.949309 Med      b'-1:lemma:glucose'
0.949128 Supp     b'lemma:\xc2\xb5m'
0.947786 O        b'hLower'
0.945187 Gtype    b'-1:lemma:of'
0.942818 O        b'lemma:additional'
0.942818 O        b'+1:lemma:2h'
0.941904 O        b'-1:lemma:induce'
0.941331 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
0.939794 Supp     b'-1:lemma:dissolve'
0.939794 Supp     b'+1:lemma:methanol'
0.938935 Supp     b'+1:postag:VBD'
0.936514 pH       b'+1:lemma:.'
0.936514 pH       b'+1:postag:.'
0.935625 O        b'-1:postag:NNP'
0.934231 O        b'lemma:pt7'
0.933798 O        b'lemma:lrp'
0.930952 Agit     b'+1:lemma:-rrb-'
0.930404 O        b'+1:lemma:tritonx-100'
0.927062 Temp     b'+1:lemma:and'
0.925117 Anti     b'lemma:tag'
0.922971 Supp     b'-1:lemma:cra'
0.921480 O        b'lemma:%'
0.921051 Med      b'+1:lemma:with'
0.919600 OD       b'lemma:o.d.'
0.919600 OD       b'+1:lemma:600nm'
0.916203 O        b'-1:lemma:medium'
0.911735 Gtype    b'+1:lemma:small'
0.911441 O        b'lemma:IP'
0.909953 Agit     b'+1:postag:-RRB-'
0.909197 O        b'lemma:Fur'
0.908891 Gtype    b'lemma:factor'
0.908891 Gtype    b'-1:lemma:transcription'
0.908891 Gtype    b'+1:lemma:Fur'
0.908318 Agit     b'-1:lemma:-lrb-'
0.908218 Air      b'lemma:co2'
0.906832 Technique b'lemma:ChIPSeq'
0.904265 Temp     b'+1:lemma:short'
0.902430 O        b'lemma:ntrc'
0.902430 O        b'lemma:csir'
0.887996 Gtype    b'lemma:ryhb'
0.887054 O        b'-1:lemma:dpd'
0.886579 Supp     b'lemma:final'
0.879942 Gtype    b'+1:lemma:fur'


Top negative:
0.060579 pH       b'-1:lemma:\xce\xb4gade'
0.060212 O        b'-1:lemma:by'
0.060207 O        b'lemma:\xce\xb4arca'
0.058857 O        b'lemma:FDR'
0.057884 Gversion b'+1:postag:NN'
0.057143 OD       b'+1:lemma:in'
0.055382 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.054379 O        b'hUpper'
0.053818 O        b'-1:lemma:FDR'
0.053818 O        b'+1:lemma:0.01'
0.053522 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptg2'
0.053191 O        b'lemma:treat'
0.052856 O        b'lemma:voluman'
0.052718 O        b'+1:lemma:MOPS'
0.051624 O        b'+1:lemma:0.1'
0.049895 O        b'lemma:EcoCyc'
0.048938 O        b'-1:lemma:b2'
0.048739 Technique b'postag:NN'
0.047774 O        b'-1:lemma:hns'
0.046622 O        b'lemma:ompr-8myc'
0.045358 O        b'+1:postag:CD'
0.043803 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptrc99a'
0.043502 O        b'lemma:Neoclone'
0.041447 Gtype    b'-1:postag:NNP'
0.040941 Supp     b'lemma:um'
0.040526 O        b'-1:lemma:subsequently'
0.040329 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
0.039373 O        b'-1:postag:DT'
0.036973 Gtype    b'lemma:zupt'
0.036973 Gtype    b'+1:lemma:k12'
0.035589 Air      b'postag:-LRB-'
0.034812 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.033342 O        b'lemma:nput'
0.033342 O        b'-1:lemma:vs'
0.033342 O        b'+1:lemma:-rsb-'
0.033322 O        b'lemma:reference'
0.031667 O        b'lemma:mg/ml'
0.031667 O        b'-1:lemma:150'
0.031605 Gtype    b'+1:postag:IN'
0.031299 O        b'lemma:antibody-protein-dna'
0.031299 O        b'-1:lemma:capture'
0.029951 Temp     b'symb'
0.029155 O        b'-1:lemma:solution'
0.028951 Air      b'lemma:-rrb-'
0.028752 O        b'+1:lemma:7.6'
0.028352 O        b'+1:lemma:hs1'
0.028141 O        b'+1:lemma:wildtype'
0.027800 O        b'lemma:sds'
0.027151 O        b'-1:lemma:300'
0.026656 O        b'lemma:period'
0.026142 O        b'-1:lemma:25'
0.026042 Anti     b'-1:postag:NNP'
0.025684 O        b'+1:lemma:wild'
0.022906 Gtype    b'lemma:feoa'
0.022689 Air      b'lemma:-lrb-'
0.021338 O        b'lemma:grow'
0.020644 Gversion b'-1:postag:NN'
0.020147 pH       b'hUpper'
0.020079 O        b'+1:postag:VBG'
0.018001 O        b'+1:lemma:delta-arca'
0.017911 Air      b'postag:-RRB-'
0.017741 O        b'lemma:harvest'
0.017693 Gtype    b'+1:lemma:rpoh'
0.017039 O        b'+1:lemma:co2'
0.016969 OD       b'postag:JJ'
0.015823 O        b'-1:lemma:ethanol'
0.015649 O        b'-1:lemma:deficient'
0.014147 Gtype    b'-1:lemma:-lrb-'
0.014081 Air      b'postag:CC'
0.014066 O        b'-1:lemma:anaerobically'
0.013833 O        b'+1:lemma:then'
0.013742 Supp     b'hUpper'
0.012394 O        b'+1:lemma:tag'
0.012377 O        b'-1:lemma:volume'
0.012088 Supp     b'lemma:ph'
0.011995 O        b'+1:lemma:n2'
0.011222 Supp     b'lemma:vol'
0.011222 Supp     b'-1:lemma:1/100'
0.011039 O        b'-1:lemma:m9'
0.010454 O        b'-1:lemma:TEX'
0.010385 O        b'+1:lemma:l1'
0.010051 O        b'lemma:95'
0.009289 O        b'lemma:1/100'
0.009289 O        b'+1:lemma:vol'
0.008899 O        b'lemma:edta'
0.008855 O        b'lemma:l2'
0.008810 O        b'-1:lemma:od600'
0.008736 O        b'lemma:constant'
0.008630 Technique b'-1:postag:CD'
0.007650 O        b'lemma:all'
0.007184 O        b'+1:lemma:dtt'
0.007015 O        b'+1:lemma:ga'
0.006437 O        b'+1:lemma:beginning'
0.005619 Med      b'+1:lemma:.'
0.005619 Med      b'+1:postag:.'
0.005600 O        b'-1:lemma:kcl'
0.005406 Supp     b'lemma:250'
0.005179 Air      b'-1:lemma:aerobically'
0.005013 O        b'lemma:saline'
0.004974 Gtype    b'lemma:tonb'
0.004298 O        b'lemma:site-specific'
0.004298 O        b'-1:lemma:flp-mediated'
0.004298 O        b'+1:lemma:recombination'
0.004067 O        b'+1:lemma:of'
0.004051 O        b'+1:lemma:lysate'
0.003642 O        b'lemma:two'
0.003595 Gtype    b'lemma:lacx74/ptg2'
0.003071 Med      b'lemma:m9'
0.002977 O        b'+1:lemma:x'
0.002883 O        b'+1:lemma:tex'
0.002026 O        b'+1:lemma:with'
0.001814 O        b'-1:lemma:two'
0.001702 Gtype    b'lemma:rpoh'
0.001351 Gtype    b'lemma:lacx74/ptrc99a'
0.001309 O        b'-1:lemma:b1'
0.000550 O        b'lemma:fur-8-myc'
0.000279 O        b'-1:postag:VB'
0.000211 O        b'+1:lemma:rrna'
0.000204 O        b'lemma:6'
0.000182 O        b'+1:lemma:escherichia'
0.000157 O        b'lemma:wash'
0.000132 O        b'lemma:.0.0'
0.000132 O        b'-1:lemma:v1'
0.000069 O        b'-1:lemma:condition'
0.000068 Supp     b'+1:lemma:media'
0.000032 O        b'lemma:licl'
0.000024 O        b'-1:lemma:,1.2'
0.000024 O        b'+1:lemma:kcl'
0.000017 Med      b'-1:postag:NNP'
0.000012 O        b'lemma:neg'
0.000010 O        b'-1:lemma:\xce\xb4fnr'
0.000008 Vess     b'hLower'
0.000005 Gtype    b'-1:lemma:hn'
0.000005 Gtype    b'+1:lemma:stpa'
0.000004 Gtype    b'lemma:stpa'
0.000003 O        b'lemma:e.g.'
-0.000000 O        b'-1:lemma:\xce\xb4soxs'
0.000000 O        b'lemma:second'
0.000000 O        b'+1:lemma:interval'
0.000000 O        b'lemma:nuclease'
0.000000 O        b'-1:lemma:micrococcal'
-0.000016 Supp     b'-1:lemma:300'
-0.000027 O        b'-1:lemma:\xce\xb4soxr'
-0.000055 O        b'-1:lemma:pre-cleared'
-0.000265 Gtype    b'+1:lemma:glucose'
-0.000439 Temp     b'postag:JJ'
-0.002387 Gtype    b'-1:lemma:-'
-0.003939 O        b'-1:lemma:70'
-0.004824 O        b'+1:lemma:o2'
-0.007840 Supp     b'-1:lemma:Fe'
-0.012002 O        b'lemma:chip-exo'
-0.012929 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.012932 pH       b'postag:NN'
-0.013049 O        b'+1:lemma:a'
-0.013083 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.014555 Supp     b'lemma:-lrb-'
-0.018986 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.019203 O        b'+1:postag:IN'
-0.019268 OD       b'hGreek'
-0.020903 O        b'lemma:phosphate'
-0.021145 Supp     b'-1:lemma:8'
-0.021322 O        b'lemma:min'
-0.024533 O        b'lemma:25'
-0.024763 O        b'-1:postag:VBG'
-0.026177 O        b'-1:lemma:in'
-0.028277 O        b'+1:postag:FW'
-0.029190 O        b'lemma:5'
-0.031849 Med      b'-1:lemma:MOPS'
-0.032325 O        b'-1:lemma:k-12'
-0.033014 O        b'+1:lemma:phosphate'
-0.036618 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.037525 OD       b'+1:lemma:.'
-0.037525 OD       b'+1:postag:.'
-0.038307 O        b'lemma:sodium'
-0.039354 Technique b'hGreek'
-0.041740 O        b'lemma:paraquat'
-0.042576 O        b'+1:lemma:70'
-0.042706 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.043164 Supp     b'postag:-LRB-'
-0.044331 O        b'lemma:7.6'
-0.044331 O        b'+1:lemma:;'
-0.047469 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.049925 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.052655 O        b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
-0.052758 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.053763 Supp     b'+1:lemma:final'
-0.055364 O        b'lemma:0.1'
-0.056442 Supp     b'postag:VBN'
-0.057635 O        b'+1:lemma:-lcb-'
-0.060519 Supp     b'+1:lemma:of'
-0.061481 O        b'-1:lemma:of'
-0.062594 O        b'+1:lemma:.'
-0.062594 O        b'+1:postag:.'
-0.064274 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.066002 Substrain b'hGreek'
-0.068547 O        b'-1:lemma:affinity'
-0.069007 O        b'lemma:70'
-0.071926 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.072574 O        b'lemma:phase'
-0.074993 O        b'-1:postag:IN'
-0.077278 Anti     b'-1:postag:CD'
-0.077603 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.078487 O        b'+1:lemma:25'
-0.080445 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.080618 Supp     b'postag::'
-0.083862 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
-0.085595 Technique b'+1:postag:JJ'
-0.085874 Supp     b'lemma:and'
-0.085948 O        b'lemma:8'
-0.088527 Technique b'+1:postag:-RRB-'
-0.089390 O        b'-1:lemma:%'
-0.091032 Gtype    b'postag:CD'
-0.091621 Temp     b'postag:NN'
-0.092261 Gtype    b'lemma:control'
-0.092702 Agit     b'postag:NN'
-0.094690 O        b'+1:lemma:delta'
-0.098089 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.100450 Supp     b'lemma:.'
-0.100450 Supp     b'postag:.'
-0.104363 OD       b'lemma:2.0'
-0.106327 Gtype    b'lemma:_'
-0.108192 Med      b'+1:lemma:m9'
-0.113440 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.118111 O        b'lemma:\xc3\x9f'
-0.118136 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.119023 O        b'+1:lemma:5'
-0.119729 Vess     b'symb'
-0.122392 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.122866 Supp     b'-1:lemma:the'
-0.123615 Supp     b'lemma:mm'
-0.129760 O        b'lemma:deletion'
-0.130127 Gversion b'hGreek'
-0.130481 Med      b'hGreek'
-0.133819 Gversion b'symb'
-0.135815 pH       b'hGreek'
-0.143508 O        b'+1:lemma:mutant'
-0.145637 O        b'lemma:final'
-0.149561 O        b'-1:lemma:~'
-0.150813 O        b'-1:lemma:.'
-0.150813 O        b'-1:postag:.'
-0.153955 Air      b'postag:NNP'
-0.158202 O        b'lemma:dpd'
-0.159398 O        b'lemma:0.2'
-0.161531 O        b'+1:lemma:purify'
-0.161716 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.163554 Gtype    b'postag:NNS'
-0.167882 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.168037 O        b'+1:postag:VB'
-0.169188 Gtype    b'+1:lemma:b'
-0.169544 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.173743 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.175493 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.176436 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.178222 O        b'lemma:;'
-0.178222 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.179503 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.181139 O        b'+1:lemma:until'
-0.181657 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.182920 O        b'+1:lemma:pk4854'
-0.186593 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.187759 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.188527 O        b'lemma:o2'
-0.189075 O        b'+1:lemma:strain'
-0.191330 O        b'lemma:co2'
-0.192499 Air      b'postag:CD'
-0.196951 O        b'lemma:n2'
-0.201339 O        b'-1:lemma:harbor'
-0.203286 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.203424 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.213288 O        b'lemma:rna'
-0.214229 O        b'+1:lemma:media'
-0.215171 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.219394 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.226516 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.226579 O        b'+1:lemma:ph'
-0.229273 O        b'-1:lemma:control'
-0.230504 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.230700 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.230700 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.230971 O        b'-1:lemma:cra'
-0.232676 O        b'-1:lemma:the'
-0.233644 Air      b'+1:postag:NNS'
-0.234750 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.235645 Gtype    b'+1:postag:-LRB-'
-0.237335 Supp     b'lemma:10'
-0.241798 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.243899 Med      b'postag:-LRB-'
-0.244745 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.249863 Gtype    b'postag:NNP'
-0.250044 O        b'lemma:lb'
-0.252895 Anti     b'postag:CD'
-0.256600 O        b'+1:lemma:min'
-0.258475 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.259193 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.261737 O        b'lemma:mutant'
-0.262841 O        b'lemma:hour'
-0.262903 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.262903 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.263055 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.263235 Phase    b'hGreek'
-0.266702 Agit     b'hLower'
-0.269377 O        b'+1:lemma:deletion'
-0.278826 O        b'+1:lemma:the'
-0.281285 O        b'-1:lemma:n2'
-0.281998 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.283401 Supp     b'postag:NNS'
-0.285654 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.285969 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.289692 O        b'-1:lemma:gade'
-0.290490 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.292469 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.296844 Air      b'-1:postag:CC'
-0.301439 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.302541 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.304012 O        b'-1:lemma:gadw'
-0.305098 O        b'+1:lemma:gadw'
-0.312469 Supp     b'lemma:300'
-0.314775 O        b'+1:lemma:fnr'
-0.324083 O        b'+1:lemma:gade'
-0.328145 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.328715 O        b'+1:lemma:95'
-0.330061 O        b'lemma:fecl2'
-0.330663 Substrain b'hLower'
-0.330810 O        b'-1:lemma:deletion'
-0.333644 O        b'-1:lemma:um'
-0.333644 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.333878 O        b'+1:lemma:sample'
-0.341047 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.342705 O        b'-1:lemma:purify'
-0.343368 O        b'+1:lemma:rna'
-0.343719 OD       b'+1:lemma:2.0'
-0.344060 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.346775 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.348674 O        b'lemma:pahse'
-0.355899 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.357896 O        b'-1:lemma:with'
-0.358805 Supp     b'lemma:,'
-0.358805 Supp     b'postag:,'
-0.359020 Supp     b'lemma:2'
-0.361758 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.365997 OD       b'hLower'
-0.369719 Gtype    b'-1:postag:CC'
-0.369822 O        b'postag:RB'
-0.372221 Supp     b'postag:CC'
-0.372299 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-0.372586 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.374794 Med      b'-1:postag:CD'
-0.375330 O        b'+1:lemma:~'
-0.383348 O        b'lemma:150'
-0.383348 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.383678 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.387057 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.388648 O        b'+1:lemma:%'
-0.389987 Gversion b'hLower'
-0.395087 O        b'+1:lemma:_'
-0.399638 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.403709 O        b'+1:lemma:from'
-0.404528 O        b'lemma:1m'
-0.407235 O        b'+1:lemma:b'
-0.408562 Phase    b'postag:JJ'
-0.408595 O        b'+1:lemma:contain'
-0.410649 Anti     b'postag:NNP'
-0.411658 Med      b'+1:postag:IN'
-0.415727 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.416252 O        b'lemma:ph'
-0.422057 Supp     b'-1:lemma:in'
-0.424449 O        b'lemma:od600'
-0.427939 OD       b'lemma:='
-0.428513 O        b'-1:lemma:final'
-0.434248 O        b'lemma:m'
-0.437516 Gtype    b'postag:VBG'
-0.438589 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.439962 O        b'-1:lemma:mm'
-0.441380 O        b'+1:lemma:300'
-0.447005 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.447005 Supp     b'-1:postag:.'
-0.470493 O        b'+1:lemma:m'
-0.472859 O        b'lemma:dissolve'
-0.473609 Phase    b'symb'
-0.483573 Med      b'-1:postag:NN'
-0.485347 O        b'-1:lemma:from'
-0.493140 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.495222 Gtype    b'-1:lemma:fur'
-0.500097 O        b'lemma:purify'
-0.500157 O        b'lemma:medium'
-0.517041 pH       b'symb'
-0.522769 Med      b'+1:postag:NN'
-0.528681 O        b'+1:postag:DT'
-0.530391 O        b'-1:lemma:1m'
-0.542835 Supp     b'+1:postag::'
-0.544833 Supp     b'postag:CD'
-0.549697 Gtype    b'postag::'
-0.550755 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.567062 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.571234 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.572919 O        b'-1:lemma:rna'
-0.573786 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.575252 O        b'lemma:mid-log'
-0.578479 O        b'lemma:20'
-0.589397 O        b'lemma:glucose'
-0.598575 Air      b'-1:lemma::'
-0.599342 Temp     b'hGreek'
-0.604738 Med      b'-1:postag:IN'
-0.604965 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.612659 O        b'lemma:acetate'
-0.629088 Supp     b'postag:IN'
-0.631428 O        b'-1:lemma:contain'
-0.651468 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.658207 O        b'hGreek'
-0.668746 Technique b'-1:lemma::'
-0.671989 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.687413 O        b'-1:lemma:o2'
-0.690410 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.692072 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.703565 Temp     b'hLower'
-0.724157 O        b'lemma:250'
-0.729327 O        b'-1:lemma:delta'
-0.733297 O        b'-1:lemma:250'
-0.738117 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.752023 O        b'-1:lemma:37'
-0.765628 Med      b'postag:CD'
-0.768055 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.768437 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.768437 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.787339 Med      b'hLower'
-0.796294 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.800285 O        b'-1:lemma:1'
-0.804945 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.807166 O        b'+1:lemma:1m'
-0.811307 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.811382 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.814691 O        b'lemma:m63'
-0.825219 O        b'+1:lemma:at'
-0.828045 O        b'lemma:sample'
-0.831879 Technique b'-1:postag::'
-0.836868 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.848170 O        b'-1:lemma:ph'
-0.848587 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.848963 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.852257 O        b'lemma:methanol'
-0.866544 O        b'lemma:fructose'
-0.869789 OD       b'hUpper'
-0.877948 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.881220 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.890805 O        b'lemma:aerobic'
-0.903555 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.920454 O        b'lemma:nh4cl'
-0.928781 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.961329 O        b'lemma:0.3'
-0.962957 O        b'+1:lemma:genome'
-0.968316 O        b'-1:lemma:30'
-0.968619 O        b'+1:lemma:mm'
-0.978188 Gtype    b'symb'
-0.988532 O        b'-1:lemma:m'
-1.051151 O        b'lemma:minimal'
-1.081545 O        b'+1:lemma:in'
-1.089259 O        b'lemma:37'
-1.106270 Vess     b'hUpper'
-1.108129 OD       b'+1:postag:NN'
-1.109253 O        b'lemma:anaerobic'
-1.120747 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.121448 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.133868 Agit     b'hUpper'
-1.144989 O        b'lemma:nacl'
-1.149461 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.161377 O        b'lemma:nitrate'
-1.174323 O        b'lemma:30'
-1.196976 Supp     b'+1:lemma:,'
-1.196976 Supp     b'+1:postag:,'
-1.208161 Strain   b'hLower'
-1.222734 O        b'-1:lemma:IP'
-1.242880 O        b'lemma:of'
-1.253121 O        b'+1:lemma:+'
-1.261324 O        b'-1:postag::'
-1.272433 O        b'-1:lemma:until'
-1.295316 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-1.355898 O        b'-1:lemma:fresh'
-1.360059 Air      b'postag:NN'
-1.390193 O        b'-1:lemma:sample'
-1.420651 O        b'-1:lemma:2'
-1.456947 Supp     b'postag:JJ'
-1.472337 Strain   b'symb'
-1.497049 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.513425 Supp     b'hGreek'
-1.520445 O        b'-1:lemma:ml'
-1.578065 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-1.585764 O        b'lemma:media'
-1.593148 O        b'+1:lemma:1'
-1.604632 O        b'+1:lemma:hour'
-1.663162 O        b'+1:lemma:2'
-1.730278 O        b'lemma:wt'
-1.795168 Temp     b'+1:lemma:with'
-1.952852 O        b'-1:lemma:co2'
-2.083450 O        b'lemma:rifampicin'
-2.295566 O        b'-1:lemma:vol'
-2.369081 O        b'lemma:aerobically'
-2.370503 Technique b'symb'
-2.440774 Phase    b'hUpper'
-3.187517 O        b'-1:lemma:_'
-3.382325 O        b'-1:lemma::'