report_Run10_v12.txt 40.8 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.046049324715961445, 'c2': 0.03857656713719032}
best CV score:0.8344412009392327
model size: 0.09M

Flat F1: 0.8044678045348589
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      0.857     0.800     0.828        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.895     0.386     0.540        88
       Anti      0.750     0.923     0.828        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.923     0.769     0.839        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.877     0.838     0.857       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.908     0.746     0.804       484


Top likely transitions:
Temp   -> Temp    5.474152
Anti   -> Anti    5.238963
Med    -> Med     4.718743
Phase  -> Phase   4.509848
Gversion -> Gversion 4.123465
Gtype  -> Gtype   3.985334
Air    -> Air     3.703515
OD     -> OD      3.702751
Supp   -> Supp    3.699873
pH     -> pH      3.526315
Technique -> Technique 3.176047
O      -> O       3.086819
Agit   -> Agit    2.388290
Technique -> Air     1.622124
Substrain -> Gtype   1.489362
O      -> Technique 0.439346
Air    -> O       0.402229
Strain -> O       0.206449
O      -> Strain  0.198411
Gtype  -> pH      0.127762
Gtype  -> Supp    0.063929
Gtype  -> Air     0.019328
O      -> pH      0.013299
Temp   -> O       0.002853
O      -> Gtype   0.000628
O      -> Substrain 0.000144
Anti   -> Air     -0.000088
O      -> Agit    -0.001016
Agit   -> O       -0.001796
Gtype  -> Agit    -0.002070
Air    -> pH      -0.005344
OD     -> Med     -0.009026
pH     -> Air     -0.009282
Substrain -> Supp    -0.010907
Phase  -> Air     -0.026970
Technique -> Med     -0.027978
Phase  -> Anti    -0.033807
OD     -> Temp    -0.034002
Med    -> Temp    -0.053339
Temp   -> Med     -0.054831
O      -> Phase   -0.056015
O      -> Temp    -0.061797
Temp   -> Supp    -0.073486
O      -> Supp    -0.074984
Agit   -> Supp    -0.076379
Anti   -> Med     -0.080538
Gversion -> Gtype   -0.097509
Supp   -> Phase   -0.117661
Air    -> Technique -0.129568
Phase  -> Med     -0.150443
Phase  -> Gtype   -0.154168
Phase  -> O       -0.160173
Med    -> OD      -0.161020
Gversion -> Air     -0.162527
Air    -> Med     -0.168607
O      -> Gversion -0.177092
Temp   -> Air     -0.188233
OD     -> Technique -0.209094
Med    -> Gtype   -0.218077
Med    -> Technique -0.233666
Supp   -> pH      -0.248022
Agit   -> Air     -0.255021
Med    -> Air     -0.275965
O      -> Anti    -0.292458
Technique -> O       -0.293639
Supp   -> Anti    -0.294284
Supp   -> Gversion -0.295702
Gversion -> Supp    -0.344056
pH     -> Supp    -0.348013
Gversion -> O       -0.351733
OD     -> O       -0.362045
Supp   -> O       -0.384730
Supp   -> Temp    -0.385708
Supp   -> Technique -0.388822
Air    -> Gtype   -0.392861
Gtype  -> Phase   -0.396896
Gtype  -> Gversion -0.407187
Air    -> Phase   -0.426416
Anti   -> Gtype   -0.444621
Air    -> Temp    -0.466578
Air    -> OD      -0.484513
Phase  -> Technique -0.509627
Phase  -> OD      -0.548871
Med    -> O       -0.560510
Phase  -> Supp    -0.591344
Anti   -> Supp    -0.604857
Supp   -> Air     -0.616809
Technique -> OD      -0.637361
Technique -> Supp    -0.642975
Gtype  -> Technique -0.667169
Supp   -> Gtype   -0.673657
Anti   -> Temp    -0.675442
Gtype  -> OD      -0.697970
Gtype  -> Med     -0.735705
Technique -> Gtype   -0.780302
Supp   -> OD      -0.783507
OD     -> Supp    -0.832983
O      -> Med     -0.840982
Gtype  -> Anti    -0.851176
Air    -> Agit    -0.858211
Air    -> Supp    -0.877665
OD     -> Air     -0.928085
Gtype  -> Temp    -0.973504
O      -> OD      -1.120168
Gtype  -> O       -1.236257
Supp   -> Med     -1.264173
Substrain -> O       -1.431110
Technique -> pH      -1.708678
O      -> Air     -1.924312
Med    -> Supp    -2.377259


Top unlikely transitions:
Temp   -> Temp    5.474152
Anti   -> Anti    5.238963
Med    -> Med     4.718743
Phase  -> Phase   4.509848
Gversion -> Gversion 4.123465
Gtype  -> Gtype   3.985334
Air    -> Air     3.703515
OD     -> OD      3.702751
Supp   -> Supp    3.699873
pH     -> pH      3.526315
Technique -> Technique 3.176047
O      -> O       3.086819
Agit   -> Agit    2.388290
Technique -> Air     1.622124
Substrain -> Gtype   1.489362
O      -> Technique 0.439346
Air    -> O       0.402229
Strain -> O       0.206449
O      -> Strain  0.198411
Gtype  -> pH      0.127762
Gtype  -> Supp    0.063929
Gtype  -> Air     0.019328
O      -> pH      0.013299
Temp   -> O       0.002853
O      -> Gtype   0.000628
O      -> Substrain 0.000144
Anti   -> Air     -0.000088
O      -> Agit    -0.001016
Agit   -> O       -0.001796
Gtype  -> Agit    -0.002070
Air    -> pH      -0.005344
OD     -> Med     -0.009026
pH     -> Air     -0.009282
Substrain -> Supp    -0.010907
Phase  -> Air     -0.026970
Technique -> Med     -0.027978
Phase  -> Anti    -0.033807
OD     -> Temp    -0.034002
Med    -> Temp    -0.053339
Temp   -> Med     -0.054831
O      -> Phase   -0.056015
O      -> Temp    -0.061797
Temp   -> Supp    -0.073486
O      -> Supp    -0.074984
Agit   -> Supp    -0.076379
Anti   -> Med     -0.080538
Gversion -> Gtype   -0.097509
Supp   -> Phase   -0.117661
Air    -> Technique -0.129568
Phase  -> Med     -0.150443
Phase  -> Gtype   -0.154168
Phase  -> O       -0.160173
Med    -> OD      -0.161020
Gversion -> Air     -0.162527
Air    -> Med     -0.168607
O      -> Gversion -0.177092
Temp   -> Air     -0.188233
OD     -> Technique -0.209094
Med    -> Gtype   -0.218077
Med    -> Technique -0.233666
Supp   -> pH      -0.248022
Agit   -> Air     -0.255021
Med    -> Air     -0.275965
O      -> Anti    -0.292458
Technique -> O       -0.293639
Supp   -> Anti    -0.294284
Supp   -> Gversion -0.295702
Gversion -> Supp    -0.344056
pH     -> Supp    -0.348013
Gversion -> O       -0.351733
OD     -> O       -0.362045
Supp   -> O       -0.384730
Supp   -> Temp    -0.385708
Supp   -> Technique -0.388822
Air    -> Gtype   -0.392861
Gtype  -> Phase   -0.396896
Gtype  -> Gversion -0.407187
Air    -> Phase   -0.426416
Anti   -> Gtype   -0.444621
Air    -> Temp    -0.466578
Air    -> OD      -0.484513
Phase  -> Technique -0.509627
Phase  -> OD      -0.548871
Med    -> O       -0.560510
Phase  -> Supp    -0.591344
Anti   -> Supp    -0.604857
Supp   -> Air     -0.616809
Technique -> OD      -0.637361
Technique -> Supp    -0.642975
Gtype  -> Technique -0.667169
Supp   -> Gtype   -0.673657
Anti   -> Temp    -0.675442
Gtype  -> OD      -0.697970
Gtype  -> Med     -0.735705
Technique -> Gtype   -0.780302
Supp   -> OD      -0.783507
OD     -> Supp    -0.832983
O      -> Med     -0.840982
Gtype  -> Anti    -0.851176
Air    -> Agit    -0.858211
Air    -> Supp    -0.877665
OD     -> Air     -0.928085
Gtype  -> Temp    -0.973504
O      -> OD      -1.120168
Gtype  -> O       -1.236257
Supp   -> Med     -1.264173
Substrain -> O       -1.431110
Technique -> pH      -1.708678
O      -> Air     -1.924312
Med    -> Supp    -2.377259


Top positive:
7.616159 O        b'lemma:_'
6.088642 Supp     b'lemma:Iron'
5.247496 Technique b'lemma:chipseq'
5.245535 Gtype    b'lemma:wt'
5.125747 Air      b'lemma:anaerobic'
4.592323 Supp     b'lemma:pq'
4.377665 Supp     b'lemma:2h'
4.377665 Supp     b'-1:lemma:additional'
4.369062 O        b'lemma:-'
4.346863 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
4.265541 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.216303 O        b'lemma:1'
4.212271 O        b'lemma:Cra'
4.208809 Air      b'lemma:aerobically'
4.158270 Gtype    b'hGreek'
4.073247 Supp     b'lemma:no3'
3.968210 O        b'lemma:2'
3.913117 O        b'lemma:b'
3.898341 O        b'-1:lemma:tag'
3.885372 Gtype    b'lemma:type'
3.875529 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.741581 Strain   b'lemma:k-12'
3.731128 Phase    b'lemma:stationary'
3.731128 Phase    b'lemma:exponential'
3.700628 Air      b'lemma:aerobic'
3.622862 Phase    b'lemma:mid-log'
3.547073 Gtype    b'+1:lemma:type'
3.459055 O        b'-1:lemma:glucose'
3.402862 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.395880 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.372292 Technique b'lemma:ChIP-exo'
3.316598 Air      b'-1:lemma:-'
3.283338 Med      b'lemma:LB'
3.282357 O        b'lemma:\xcf\x8332'
3.245353 Supp     b'lemma:iptg'
3.235746 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
3.227500 O        b'lemma:3'
3.189107 O        b'lemma:rpob'
3.162696 Gtype    b'-1:ner:GEN'
3.144179 O        b'lemma:chip-fnr'
3.104264 O        b'lemma:rep2'
3.104264 O        b'lemma:rep1'
3.101610 O        b'-1:lemma:0.3'
3.099590 O        b'postag::'
3.088191 Supp     b'-1:lemma:Cra'
3.086999 Substrain b'lemma:mg1655'
3.075476 O        b'lemma:chip-arca'
3.068794 Gtype    b'lemma:dfnr'
3.067686 Vess     b'lemma:flask'
3.067686 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.028399 O        b'lemma:with'
3.022892 Med      b'lemma:MOPS'
3.015092 Gtype    b'lemma:WT'
3.004259 Med      b'-1:lemma:ml'
2.977887 Med      b'lemma:lb'
2.959660 O        b'+1:lemma:pq'
2.954684 O        b'lemma:.'
2.954684 O        b'postag:.'
2.954595 Supp     b'lemma:nacl'
2.926183 Air      b'-1:lemma:co2'
2.917920 Supp     b'-1:ner:SUPP'
2.911638 Med      b'lemma:m63'
2.883848 pH       b'lemma:ph5'
2.883848 pH       b'+1:lemma:.5'
2.875288 O        b'postag:VBG'
2.861860 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.834395 O        b'lemma:purr'
2.831270 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.826409 Supp     b'lemma:Fe'
2.817312 O        b'-1:lemma:pq'
2.798719 O        b'lemma:CEL'
2.798438 Supp     b'lemma:dpd'
2.791960 O        b'lemma:genotype/variation'
2.777379 Agit     b'+1:lemma:rpm'
2.764662 Substrain b'lemma:mg1655star'
2.744423 O        b'-1:lemma:lb'
2.736010 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.727576 O        b'+1:lemma:wt'
2.712761 Agit     b'lemma:rpm'
2.693979 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.693315 O        b'lemma:a'
2.689649 Anti     b'lemma:none'
2.675548 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.664337 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.652154 Gtype    b'lemma:arca8myc'
2.631868 O        b'+1:lemma:od600'
2.627387 Supp     b'lemma:Adenine'
2.617961 Air      b'postag:RB'
2.612960 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
2.598835 Anti     b'lemma:seqa'
2.583582 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.580278 Technique b'lemma:rnaseq'
2.552015 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.552015 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.526722 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.526507 Supp     b'lemma:Leu'
2.525756 OD       b'lemma:od450'
2.523720 Supp     b'-1:lemma:+'
2.504135 Agit     b'-1:lemma:250'
2.476898 O        b'lemma::'
2.476385 Supp     b'-1:lemma:with'
2.470714 Gversion b'lemma:nc'
2.445762 Supp     b'+1:lemma:1'
2.441314 Supp     b'lemma:arginine'
2.417015 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.411390 O        b'lemma:trpr'
2.409997 O        b'lemma:ompr'
2.408795 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.408795 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.399465 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.378264 O        b'lemma:at'
2.377255 Med      b'lemma:medium'
2.367514 Gtype    b'lemma:wildtype'
2.362230 Gversion b'-1:lemma:nc'
2.362230 Gversion b'+1:lemma:000913'
2.358733 O        b'+1:lemma:43'
2.342249 Med      b'lemma:minimal'
2.330639 Technique b'-1:lemma:_'
2.320193 Gversion b'lemma:u00096'
2.320193 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.303461 Supp     b'+1:lemma:deficient'
2.302129 Med      b'lemma:media'
2.293093 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.287596 Gversion b'lemma:.2'
2.287596 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.274083 Agit     b'lemma:250'
2.267228 O        b'-1:lemma:acetate'
2.261991 Air      b'lemma:Anaerobic'
2.253342 Technique b'hUpper'
2.251905 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.225472 Gversion b'lemma:000913'
2.217561 Gtype    b'+2:ner:SUPP'
2.212760 O        b'-1:lemma:nacl'
2.203413 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.196050 O        b'-1:lemma:nh4cl'
2.191274 O        b'lemma:chip'
2.187536 O        b'+1:lemma:k-12'
2.183274 O        b'+1:lemma:coli'
2.180321 Supp     b'+1:lemma:2'
2.166288 O        b'lemma:affyexp'
2.150452 Vess     b'-1:postag:VBN'
2.146457 Gtype    b'-1:lemma:_'
2.142042 O        b'lemma:soxr'
2.142042 O        b'lemma:soxs'
2.126629 O        b'+1:postag:RB'
2.121135 OD       b'-1:lemma:od450'
2.117215 Temp     b'lemma:37'
2.103629 Supp     b'lemma:acetate'
2.101699 OD       b'-1:lemma:at'
2.098132 Supp     b'lemma:Trp'
2.097746 pH       b'+1:postag:CD'
2.073446 Supp     b'-1:lemma:vol'
2.070333 OD       b'+1:postag:IN'
2.066227 Gtype    b'+1:postag::'
2.059308 Vess     b'+1:lemma:at'
2.054374 Phase    b'-1:lemma:until'
2.047033 Temp     b'-1:lemma:37'
2.041269 O        b'-2:ner:MED'
2.038332 O        b'-1:postag:NNS'
2.026981 Air      b'-1:lemma:ryhb'
2.018412 O        b'-1:lemma:type'
2.015048 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.008669 O        b'+1:ner:MED'
1.989760 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.988981 Temp     b'lemma:43'
1.956157 O        b'lemma:argr'
1.941947 OD       b'lemma:0.3'
1.931987 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.925884 OD       b'+1:lemma:of'
1.921492 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.920055 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
1.914130 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.908706 Temp     b'-1:lemma:43'
1.899593 Gtype    b'+1:lemma:the'
1.899111 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.893110 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.884331 Gtype    b'-1:lemma:wild'
1.881724 Med      b'-1:lemma:in'
1.870060 Gversion b'+1:lemma:genome'
1.869129 O        b'postag:IN'
1.867164 O        b'-1:lemma:fructose'
1.865288 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.865188 Gtype    b'+1:lemma:with'
1.853369 Anti     b'hGreek'
1.847021 Supp     b'-1:lemma:1m'
1.843146 Supp     b'lemma:fructose'
1.842582 Anti     b'+1:lemma:antibody'
1.837491 Gtype    b'+1:lemma:control'
1.836750 Substrain b'-1:lemma:.'
1.836750 Substrain b'-1:postag:.'
1.817491 Gtype    b'lemma:ptac'
1.815226 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.799351 Air      b'-1:lemma:cm20'
1.798782 Supp     b'lemma:rifampicin'
1.797586 O        b'-1:lemma:Anaerobic'
1.796238 O        b'lemma:s'
1.794770 O        b'+1:lemma:0.2'
1.781393 Supp     b'lemma:glucose'
1.778273 O        b'+1:lemma:m9'
1.776466 Med      b'-1:lemma:fresh'
1.770504 Gtype    b'+1:lemma:pq'
1.746283 Med      b'-1:postag:JJ'
1.743409 Gtype    b'lemma:phtpg'
1.735524 O        b'lemma:culture'
1.726132 Gtype    b'lemma:wild'
1.724900 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.716112 Phase    b'lemma:phase'
1.709524 O        b'-1:lemma:-80'
1.705422 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
1.701089 O        b'+1:lemma:250'
1.697583 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.689275 O        b'lemma:+'
1.688239 O        b'lemma:for'
1.676163 Technique b'lemma:rna-seq'
1.673777 O        b'-1:lemma:Aerobic'
1.671156 O        b'lemma:gadx'
1.664788 Supp     b'-1:lemma:final'
1.664727 Supp     b'+1:lemma:mm'
1.664727 Supp     b'+1:ner:KWSUPP'
1.664174 O        b'lemma:treatment'
1.657729 O        b'+1:lemma:30'
1.657543 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.650065 O        b'lemma:A'
1.648833 O        b'lemma:input'
1.648833 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.648411 Gtype    b'lemma:flagtag'
1.648020 OD       b'lemma:od600'
1.642093 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
1.641160 Med      b'+1:lemma:+'
1.630922 Med      b'postag:NNP'
1.626821 O        b'-1:lemma:into'
1.624897 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.614084 Technique b'-1:lemma:1'
1.613529 Anti     b'lemma:anti-rpob'
1.613056 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
1.611350 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.603071 Anti     b'lemma:anti-rpos'
1.599551 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.591650 Supp     b'-1:lemma:contain'
1.587190 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.585171 O        b'-1:lemma:aerobic'
1.583287 Supp     b'-1:lemma:ompr'
1.577548 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.576045 O        b'-1:lemma:no3'
1.568412 O        b'postag:VBN'
1.562020 O        b'+1:lemma:20'
1.559542 Strain   b'-1:lemma:.'
1.559542 Strain   b'-1:postag:.'
1.552623 Supp     b'lemma:tryptophan'
1.552623 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
1.551870 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.551081 O        b'-1:lemma:min'
1.536318 Anti     b'+1:lemma:from'
1.534513 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.527058 O        b'lemma:oxyr'
1.522758 O        b'+1:lemma:ph5'
1.513309 O        b'-1:lemma:mg1655'
1.510585 O        b'lemma:-80'
1.500814 O        b'postag:DT'
1.495137 O        b'-1:lemma:stpa'
1.493049 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.492002 Supp     b'-1:lemma:potassium'
1.490968 Air      b'-1:lemma:_'
1.485820 Supp     b'lemma:glutamine'
1.485820 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
1.480275 Anti     b'-1:lemma::'
1.476877 O        b'lemma:harbor'
1.471497 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.471483 O        b'-1:lemma:wt'
1.469946 O        b'-1:lemma:l1'
1.469277 O        b'lemma:C'
1.468277 pH       b'+1:lemma:5.5'
1.467140 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.466661 O        b'-1:lemma:phase'
1.466403 Technique b'-1:lemma:IP'
1.457426 O        b'-1:lemma:.5'
1.449804 O        b'lemma:cra'
1.445593 Technique b'-1:lemma:input'
1.442153 O        b'+1:lemma:sparging'
1.433229 Vess     b'+1:postag:IN'
1.420685 Supp     b'lemma:30'
1.419755 Air      b'postag:JJ'
1.414252 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
1.412803 O        b'lemma:Lrp'
1.412295 Supp     b'-1:lemma:30'
1.409672 Supp     b'lemma:1m'
1.406747 Technique b'+1:postag:NN'
1.405751 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
1.396967 OD       b'lemma:0.3-0.35'
1.396656 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
1.393049 OD       b'-1:lemma:~'
1.388498 Med      b'+1:postag:CD'
1.386582 Med      b'+1:lemma:minimal'
1.385161 O        b'lemma:or'
1.384102 Supp     b'+1:lemma:_'
1.379036 Supp     b'-1:lemma:m'
1.376126 Air      b'lemma:Aerobic'
1.373492 Med      b'+1:postag:-LRB-'
1.372888 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.368408 pH       b'lemma:ph'
1.366935 O        b'lemma:c'
1.349291 Anti     b'lemma:anti-myc'
1.343853 Supp     b'+1:lemma:1/100'
1.342798 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.337316 Supp     b'lemma:cm20'
1.337316 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.336736 Gtype    b'+1:lemma::'
1.333926 Gtype    b'hUpper'
1.327687 Phase    b'-1:lemma::'
1.327126 O        b'+1:lemma:rifampicin'
1.326703 Supp     b'postag:NNP'
1.326548 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.321946 Gtype    b'+1:lemma:cra'
1.318544 O        b'-1:lemma:arginine'
1.314780 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
1.313756 O        b'postag:CC'
1.311542 Anti     b'-1:lemma:fnr'
1.309529 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
1.308177 Phase    b'postag:NN'
1.299288 Gtype    b'lemma:crp'
1.298573 O        b'+1:lemma:nacl'
1.297246 pH       b'lemma:5.5'
1.296704 Gversion b'lemma:_'
1.296622 Supp     b'+1:lemma:anaerobically'
1.296252 pH       b'lemma:.5'
1.296252 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.295946 O        b'+1:lemma:wash'
1.291157 Supp     b'-1:lemma:without'
1.285255 Supp     b'-1:lemma:respiration'
1.285255 Supp     b'+1:lemma:mmol'
1.284087 OD       b'-1:postag:IN'
1.281090 Anti     b'+1:lemma:-lrb-'
1.276540 Med      b'postag:NNS'
1.275501 Supp     b'-1:postag:CD'
1.272818 Gversion b'postag:CD'
1.270549 Supp     b'lemma:final'
1.269816 Air      b'+1:lemma:b'
1.247120 Gtype    b'lemma:wild-type'
1.244743 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.237918 pH       b'-1:postag:NN'
1.224168 pH       b'-1:lemma:at'
1.222346 Gtype    b'lemma:delta-arca'
1.220826 Gtype    b'lemma:the'
1.208667 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
1.205983 Air      b'-1:lemma:phase'
1.200509 O        b'+1:lemma:acetate'
1.193333 Air      b'+1:lemma:at'
1.193212 O        b'lemma:~'
1.192975 Temp     b'lemma:sample'
1.191781 Technique b'lemma:chip-exo'
1.191170 O        b'lemma:ml'
1.182952 Phase    b'+1:lemma:culture'
1.178807 O        b'lemma:delta'
1.177712 O        b'-1:lemma:grow'
1.175915 Supp     b'-1:lemma:phosphate'
1.174721 Supp     b'-1:postag:IN'
1.168051 O        b'lemma:600'
1.163096 Technique b'+1:ner:TF'
1.161051 Supp     b'-1:lemma:0.2'
1.159288 Supp     b'lemma:2g/l'
1.159288 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
1.156673 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.156248 Technique b'lemma:chip-seq'
1.148023 pH       b'-1:lemma:ph'
1.147362 Supp     b'+1:lemma:mg/l'
1.146487 Gversion b'postag:NN'
1.146072 Supp     b'-1:lemma:2'
1.144144 Gtype    b'lemma:Wild'
1.142356 OD       b'+1:postag:JJ'
1.139323 Supp     b'lemma:methanol'
1.137861 O        b'-1:lemma:nitrate'
1.137561 Gtype    b'hLower'
1.133638 Gtype    b'lemma:vector'
1.123670 O        b'-1:lemma:medium'
1.121180 Agit     b'-1:lemma:-lrb-'
1.119452 Gtype    b'+1:lemma:mg1655'
1.111372 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
1.111372 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
1.103488 O        b'-1:lemma:or'
1.103093 O        b'-1:lemma:media'
1.102029 Supp     b'+1:lemma:min'
1.093641 Anti     b'-1:postag::'
1.093292 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.088583 O        b'lemma:growth'
1.088388 O        b'lemma:genotype'
1.086079 Supp     b'lemma:20'
1.076369 O        b'+1:lemma:minute'
1.075833 Supp     b'lemma:150'
1.075833 Supp     b'+1:lemma:mg/ml'
1.075489 Supp     b'lemma:of'
1.074867 Gtype    b'-1:lemma:factor'
1.073950 Temp     b'+1:lemma:and'
1.071659 Technique b'hLower'
1.060865 O        b'-1:lemma:4'
1.059325 Gtype    b'-1:lemma::'
1.058374 OD       b'postag:IN'
1.056040 O        b'symb'
1.055317 O        b'lemma:agitation'
1.052072 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
1.050867 O        b'+1:lemma:dpd'
1.048977 Agit     b'-1:postag:-LRB-'
1.048948 Gtype    b'postag:JJ'
1.046849 Supp     b'+1:lemma:300'
1.043909 O        b'postag:SYM'
1.040253 Air      b'+1:lemma:-'
1.039634 O        b'-1:lemma:concentration'
1.039634 O        b'+1:lemma:150'
1.033882 O        b'-1:lemma:dpd'
1.024270 O        b'lemma:EB'
1.021800 Anti     b'lemma:mab'
1.021800 Anti     b'-1:lemma:anti-flag'
1.019556 Air      b'+1:lemma:%'
1.013461 Gtype    b'postag:DT'
1.013245 Gversion b'-1:lemma:the'
1.012374 O        b'lemma:additional'
1.012374 O        b'+1:lemma:2h'
1.011761 OD       b'lemma:o.d.'
1.011761 OD       b'+1:lemma:600nm'
1.008370 Supp     b'lemma:phosphate'
1.007775 Supp     b'-1:lemma:_'
1.006420 O        b'postag:-RRB-'
1.002546 Technique b'postag:NNP'
1.002355 O        b'lemma:Fur'
1.000139 O        b'lemma:tag'
0.999827 O        b'lemma:E.'
0.995957 Supp     b'-1:lemma:soxr'
0.995957 Supp     b'-1:lemma:soxs'
0.995693 Supp     b'+1:lemma:be'
0.992517 O        b'+1:lemma::'
0.991112 OD       b'lemma:of'
0.991077 OD       b'-1:lemma:600nm'
0.989445 Air      b'-1:lemma:%'
0.988266 O        b'lemma:-rrb-'
0.987549 Gtype    b'-1:lemma:k-12'
0.986808 Supp     b'-1:lemma:dissolve'
0.986808 Supp     b'+1:lemma:methanol'
0.984240 O        b'lemma:2-3'
0.983312 O        b'lemma:contain'
0.981321 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
0.978949 Med      b'-1:lemma:w2'
0.978018 Temp     b'-1:lemma:see'
0.970513 Phase    b'lemma:pahse'
0.970080 Med      b'+1:lemma:supplement'
0.968143 O        b'-1:lemma:shake'
0.967118 Temp     b'+1:lemma:sample'
0.964819 Agit     b'+1:postag:-RRB-'
0.964570 pH       b'+1:lemma:.'
0.964570 pH       b'+1:postag:.'
0.961234 O        b'lemma:Genome'
0.956230 Supp     b'+1:postag:NNS'
0.955870 Air      b'-1:postag:CD'
0.952245 Med      b'lemma:glucose'
0.949224 Anti     b'lemma:anti-flag'
0.949224 Anti     b'+1:lemma:mab'
0.949061 Med      b'lemma:2'
0.947644 Air      b'lemma:co2'
0.945307 Anti     b'+1:postag:NN'
0.942810 O        b'lemma:induction'
0.938517 Technique b'+1:lemma:gadx'
0.932151 Temp     b'-1:postag:VB'
0.930824 Supp     b'-1:lemma:0.3'
0.929019 Gtype    b'lemma:ompr-8myc'
0.926273 OD       b'lemma:600nm'
0.926273 OD       b'-1:lemma:o.d.'
0.921822 Air      b'lemma:%'
0.919427 Med      b'+1:lemma:with'
0.918788 Supp     b'lemma:sodium'
0.918394 Supp     b'+1:postag:VBD'
0.917323 Gtype    b'+1:lemma:small'
0.913371 O        b'lemma:pt7'
0.913117 O        b'+1:postag:NNP'
0.909168 O        b'lemma:Nac'
0.908858 O        b'lemma:lrp'
0.908670 O        b'+1:lemma:respiration'
0.906818 O        b'lemma:one'
0.905426 Air      b'-1:lemma:anerobically'
0.904258 O        b'lemma:ntrc'
0.904258 O        b'lemma:csir'
0.901828 Gtype    b'postag:SYM'
0.900891 Anti     b'-1:postag:JJ'
0.898300 OD       b'+1:lemma:,'
0.898300 OD       b'+1:postag:,'
0.892008 O        b'-1:ner:_'
0.889633 Supp     b'lemma:feso4'
0.886213 Supp     b'-2:ner:MED'
0.885894 Med      b'+1:lemma:contain'
0.884031 Supp     b'+1:lemma:ph'
0.878939 O        b'lemma:-lrb-'
0.878774 O        b'-1:lemma:aerobically'
0.877418 Supp     b'lemma:potassium'
0.877418 Supp     b'-1:lemma:mmol'
0.871904 Supp     b'+1:lemma:phosphate'
0.868524 Air      b'-1:postag::'
0.864924 Supp     b'lemma:0.2'
0.864694 Gtype    b'lemma:factor'
0.864694 Gtype    b'-1:lemma:transcription'
0.864694 Gtype    b'+1:lemma:Fur'
0.862732 Supp     b'+1:lemma:1m'
0.862302 Supp     b'-1:postag:SYM'
0.857375 Temp     b'postag:VB'


Top negative:
0.045540 Gtype    b'-1:postag:NNP'
0.043083 O        b'-2:ner:KWSUPP'
0.042774 Gversion b'-1:postag::'
0.042152 Supp     b'lemma:mm'
0.042152 Supp     b'-1:ner:KWSUPP'
0.041086 OD       b'+1:lemma:for'
0.040960 O        b'+1:lemma:condition'
0.040953 Anti     b'+1:lemma:ihf'
0.040732 Air      b'+1:lemma:culture'
0.040686 O        b'+1:postag:JJ'
0.040672 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.037503 Temp     b'lemma:control'
0.035823 O        b'+1:lemma:phase'
0.035537 Supp     b'lemma:-lrb-'
0.034936 Supp     b'+1:lemma:10'
0.034847 Air      b'+1:postag:CD'
0.034597 Supp     b'hLower'
0.034549 Temp     b'-1:lemma:-lrb-'
0.032962 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.032653 Anti     b'-1:lemma:polyclonal'
0.031090 O        b'-1:postag:FW'
0.030867 Supp     b'-1:lemma:um'
0.030867 Supp     b'+1:lemma:paraquat'
0.030514 O        b'+1:lemma:culture'
0.029095 Supp     b'lemma:%'
0.028898 Gtype    b'-1:lemma:lacx74/ptg2'
0.028407 O        b'-2:ner:GEN'
0.027566 Vess     b'postag:NN'
0.027543 OD       b'-1:postag:DT'
0.027396 O        b'-1:lemma:culture'
0.026581 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.024569 O        b'-1:lemma:50'
0.023330 O        b'lemma:overnight'
0.022607 O        b'-1:postag:-RRB-'
0.022368 O        b'-1:lemma:5'
0.021384 Air      b'+2:ner:_'
0.020886 Med      b'+1:lemma:and'
0.019972 O        b'lemma:rpos'
0.019953 O        b'+1:lemma:dissolve'
0.019307 Temp     b'lemma:-lrb-'
0.018280 Med      b'+1:lemma:-rrb-'
0.017523 pH       b'-1:lemma:gadx'
0.016943 O        b'-1:lemma:flagtag'
0.015688 Gversion b'-1:lemma:version'
0.015301 O        b'+1:lemma:be'
0.014279 Agit     b'+1:postag:NN'
0.014193 Med      b'-1:postag:CC'
0.012939 Gversion b'-1:ner:_'
0.012633 O        b'+1:postag:SYM'
0.012362 Med      b'+1:postag:-RRB-'
0.012252 Supp     b'lemma:4'
0.011660 O        b'+1:lemma:w/v'
0.009669 O        b'-1:postag:DT'
0.009359 O        b'+1:lemma:-'
0.008982 Supp     b'lemma:250'
0.008123 Air      b'-1:lemma:aerobically'
0.007956 Supp     b'+1:ner:SUPP'
0.007806 Supp     b'lemma:nitrate'
0.007218 O        b'-1:lemma:pahse'
0.007024 Supp     b'lemma:and'
0.006648 Temp     b'-1:postag:IN'
0.006504 Agit     b'symb'
0.006121 Anti     b'lemma:subunit'
0.006121 Anti     b'+1:lemma:\xce\xb2'
0.006119 O        b'-1:lemma:,'
0.006119 O        b'-1:postag:,'
0.005105 O        b'+1:lemma:nc'
0.004749 O        b'+1:lemma:pahse'
0.004370 O        b'+1:lemma:2.5'
0.003705 O        b'-1:lemma:for'
0.003508 O        b'+1:lemma:follow'
0.003432 O        b'+1:lemma:solution'
0.003306 Supp     b'-1:lemma:-'
0.003197 Agit     b'postag:CD'
0.002823 O        b'-1:postag:VBD'
0.002476 pH       b'-1:ner:_'
0.002403 Air      b'+1:postag:NN'
0.002293 O        b'-1:lemma:arca8myc'
0.001569 Gtype    b'lemma:delta'
0.001452 Supp     b'+1:lemma:in'
0.001324 O        b'-1:postag:VBZ'
0.001285 O        b'+1:lemma:phosphate'
0.001123 Gtype    b'+1:postag:-RRB-'
0.001072 O        b'-1:lemma:po'
0.001012 O        b'-1:lemma:100'
0.000811 Agit     b'+1:ner:_'
0.000761 Anti     b'lemma:anti-fur'
0.000738 Temp     b'-1:postag:-LRB-'
0.000515 O        b'-1:lemma:total'
0.000457 Anti     b'-1:lemma:pre-cleared'
0.000259 O        b'lemma:Tris'
0.000242 Temp     b'postag:CD'
0.000242 Temp     b'+1:lemma:rep2'
0.000242 Temp     b'+1:lemma:rep1'
0.000229 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
0.000226 Gtype    b'+1:postag:NNP'
0.000173 O        b'+1:lemma:stop'
0.000159 Gtype    b'postag:-RRB-'
0.000130 Supp     b'lemma:16'
0.000119 O        b'lemma:sc-28207'
0.000116 Temp     b'-1:postag:JJ'
0.000106 Supp     b'lemma:8'
0.000096 Supp     b'+1:postag:NNP'
0.000087 Gtype    b'+1:lemma:anaerobic'
0.000086 O        b'-1:lemma:25'
0.000051 Anti     b'-2:ner:TF'
0.000050 Gtype    b'lemma:rna'
0.000038 O        b'-1:lemma:glutamine'
0.000030 Temp     b'postag:-LRB-'
0.000016 Substrain b'+1:postag:NN'
0.000010 O        b'lemma:\xce\xbcm'
0.000008 O        b'-1:lemma:8'
0.000006 Gtype    b'+1:lemma:strain'
0.000004 Gtype    b'lemma:knock-out'
0.000002 O        b'+1:lemma:ompr'
0.000002 O        b'-1:lemma:chip-arca'
0.000002 O        b'+1:lemma:arca8myc'
0.000001 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
0.000001 O        b'lemma:volume'
-0.000000 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.000001 Gtype    b'lemma:,'
-0.000001 Gtype    b'postag:,'
-0.000007 Med      b'-1:postag:NNP'
-0.000007 O        b'lemma:affinity'
-0.000050 O        b'+1:lemma:until'
-0.000053 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.000063 O        b'lemma:sodium'
-0.000284 O        b'lemma:dpd'
-0.000386 Supp     b'-1:lemma:in'
-0.000698 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.001091 O        b'lemma:95'
-0.001333 Supp     b'lemma:.'
-0.001333 Supp     b'postag:.'
-0.001362 Phase    b'-2:ner:SUPP'
-0.001573 Supp     b'-1:lemma:the'
-0.001665 Phase    b'+1:postag:IN'
-0.003466 O        b'lemma:phosphate'
-0.003600 Supp     b'hUpper'
-0.003811 O        b'lemma:the'
-0.004326 O        b'lemma:m9'
-0.005663 Agit     b'postag:NN'
-0.005733 O        b'-1:lemma:k-12'
-0.005819 Supp     b'+1:lemma:dissolve'
-0.006437 Supp     b'lemma:,'
-0.006437 Supp     b'postag:,'
-0.006602 Anti     b'-1:postag:CD'
-0.007660 O        b'+1:lemma:with'
-0.007950 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.008593 O        b'-1:lemma:20'
-0.009894 Gversion b'+1:ner:_'
-0.010847 O        b'-1:lemma:um'
-0.010847 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.011467 O        b'lemma:;'
-0.011467 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.011581 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.012493 Gtype    b'lemma:-rrb-'
-0.013285 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.013285 Supp     b'-1:postag:.'
-0.015279 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.015787 Phase    b'+2:ner:_'
-0.016215 O        b'lemma:vol'
-0.016215 O        b'-1:lemma:1/100'
-0.016222 O        b'lemma:0.1'
-0.016537 O        b'-1:lemma:70'
-0.016614 Agit     b'-2:ner:_'
-0.018746 O        b'-1:lemma:control'
-0.019700 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.019876 O        b'-1:postag:VB'
-0.020421 O        b'lemma:25'
-0.022925 O        b'+1:lemma:o2'
-0.023379 Vess     b'+1:ner:_'
-0.023739 O        b'lemma:min'
-0.024367 Gtype    b'postag:VBG'
-0.024819 Anti     b'postag:NN'
-0.026460 Gtype    b'+1:postag:IN'
-0.026771 Air      b'+1:postag:NNS'
-0.027467 O        b'+1:lemma:of'
-0.028339 Med      b'+1:lemma:m9'
-0.028908 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.029348 O        b'lemma:1/100'
-0.029348 O        b'+1:lemma:vol'
-0.031384 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.032133 O        b'+1:postag:FW'
-0.032928 Strain   b'+1:ner:_'
-0.033786 OD       b'lemma:2.0'
-0.034222 Med      b'-1:lemma:m63'
-0.037234 O        b'lemma:5'
-0.037916 Substrain b'+1:ner:_'
-0.038802 O        b'+1:lemma:70'
-0.038807 Agit     b'-1:ner:_'
-0.039545 O        b'hUpper'
-0.040410 O        b'lemma:70'
-0.041240 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.041280 O        b'+1:lemma:95'
-0.041831 Substrain b'+2:ner:_'
-0.042244 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.042275 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.042891 Supp     b'+2:ner:KWSUPP'
-0.047199 O        b'+1:lemma:25'
-0.050212 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.051610 Gtype    b'+1:ner:_'
-0.053782 Gtype    b'+1:lemma:glucose'
-0.053936 O        b'+1:lemma:a'
-0.054106 O        b'lemma:mg/ml'
-0.054106 O        b'-1:lemma:150'
-0.058268 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.059699 O        b'+1:lemma:b'
-0.063236 O        b'-1:lemma:m9'
-0.065673 O        b'lemma:glucose'
-0.068280 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.069446 Anti     b'+1:ner:_'
-0.069699 O        b'-1:lemma:with'
-0.070020 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.072293 O        b'+1:lemma:mm'
-0.072293 O        b'+1:ner:KWSUPP'
-0.074850 O        b'-1:lemma:in'
-0.077620 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.079062 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.079106 Air      b'-1:lemma::'
-0.079659 OD       b'postag:NN'
-0.081487 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.081967 Vess     b'hLower'
-0.082229 O        b'lemma:nitrate'
-0.084402 Air      b'postag:CD'
-0.085706 Air      b'-1:postag:CC'
-0.088318 O        b'+1:lemma:='
-0.088519 O        b'-1:postag:CD'
-0.089010 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.090934 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.092776 Strain   b'+2:ner:_'
-0.093009 O        b'-1:ner:SUPP'
-0.097006 O        b'postag:JJ'
-0.100058 Vess     b'-1:ner:_'
-0.100385 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.102893 O        b'+1:postag:NNS'
-0.103668 O        b'lemma:hour'
-0.103694 O        b'-1:lemma:delta'
-0.105181 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.105792 Supp     b'postag:IN'
-0.106414 Supp     b'postag:CC'
-0.108080 Supp     b'+2:ner:_'
-0.113672 O        b'-1:lemma:of'
-0.114294 Vess     b'-2:ner:_'
-0.116591 Anti     b'symb'
-0.117417 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.118393 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.118411 O        b'+1:lemma:7.6'
-0.126486 Anti     b'hUpper'
-0.127435 O        b'+1:lemma:purify'
-0.129359 Gtype    b'+1:postag:-LRB-'
-0.130620 O        b'lemma:\xc3\x9f'
-0.133408 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.137802 Anti     b'postag:CD'
-0.138280 O        b'-1:lemma:affinity'
-0.140840 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.141917 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.142276 O        b'+1:lemma:.'
-0.142276 O        b'+1:postag:.'
-0.142480 O        b'-1:lemma:purify'
-0.143268 Supp     b'lemma:10'
-0.144401 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.145424 Temp     b'+2:ner:_'
-0.147951 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.148938 O        b'-1:lemma:od600'
-0.151045 O        b'lemma:7.6'
-0.151045 O        b'+1:lemma:;'
-0.151429 O        b'-1:lemma:250'
-0.153638 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.155858 O        b'+1:lemma:rna'
-0.156589 O        b'+1:lemma:from'
-0.160867 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.166683 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.167268 O        b'+1:postag:VBG'
-0.169802 O        b'lemma:lb'
-0.170460 O        b'+1:lemma:~'
-0.170478 Supp     b'lemma:paraquat'
-0.173516 OD       b'lemma:='
-0.175681 Anti     b'-1:ner:_'
-0.175859 Temp     b'postag:NN'
-0.176794 Supp     b'postag:CD'
-0.177003 Temp     b'symb'
-0.178328 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.179464 O        b'+1:lemma:co2'
-0.181168 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.182278 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.182752 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.186545 O        b'+1:lemma:min'
-0.187125 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.190485 O        b'+1:lemma:media'
-0.190945 Phase    b'+1:ner:_'
-0.191861 Med      b'-1:postag:CD'
-0.196045 Technique b'-2:ner:_'
-0.201321 O        b'+1:lemma:5'
-0.203155 O        b'+1:postag:VB'
-0.203198 O        b'lemma:phase'
-0.207890 O        b'-1:lemma:~'
-0.209327 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.209553 Med      b'-1:postag:NN'
-0.209684 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.213848 O        b'lemma:final'
-0.216083 OD       b'+1:lemma:2.0'
-0.218208 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.219742 O        b'-1:lemma:the'
-0.222220 O        b'postag:NN'
-0.229340 O        b'lemma:o2'
-0.229535 O        b'lemma:n2'
-0.236839 Technique b'+2:ner:_'
-0.237865 O        b'lemma:1m'
-0.240400 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.241722 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.242226 Strain   b'-1:ner:_'
-0.242915 OD       b'symb'
-0.244978 O        b'lemma:m63'
-0.245060 Gtype    b'-1:lemma:-'
-0.247190 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.251063 Med      b'+1:postag:IN'
-0.255741 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.255792 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.255792 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.268838 O        b'lemma:fecl2'
-0.274710 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.274737 Vess     b'symb'
-0.276023 O        b'-1:lemma:from'
-0.281359 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.282331 Supp     b'lemma:300'
-0.283257 O        b'-1:lemma:.'
-0.283257 O        b'-1:postag:.'
-0.286268 O        b'lemma:co2'
-0.286693 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-0.288247 O        b'lemma:ph'
-0.290510 O        b'+2:ner:TF'
-0.291806 O        b'lemma:150'
-0.291806 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.301179 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.302097 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.302811 Med      b'+1:postag:CC'
-0.306426 O        b'lemma:rna'
-0.308054 Gtype    b'postag:CD'
-0.308745 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.312467 O        b'-1:lemma:mm'
-0.314485 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.321487 O        b'lemma:20'
-0.322758 Med      b'+1:ner:MED'
-0.325411 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.328783 Med      b'-1:postag:IN'
-0.330562 O        b'+1:postag:CD'
-0.332000 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.332000 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.333019 pH       b'+2:ner:_'
-0.335716 O        b'-1:postag:VBG'
-0.335788 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.344336 Supp     b'+1:postag::'
-0.346348 Gtype    b'-1:lemma:fur'
-0.348757 O        b'-2:ner:SUPP'
-0.354716 Gtype    b'-1:postag:CC'
-0.357989 Substrain b'-2:ner:_'
-0.373655 O        b'+2:ner:SUPP'
-0.375902 O        b'-1:lemma:%'
-0.378417 Temp     b'-1:ner:_'
-0.379009 Gversion b'symb'
-0.381328 O        b'+1:lemma:the'
-0.385713 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.392504 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.394669 O        b'+1:lemma:ph'
-0.398309 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.407086 O        b'lemma:fructose'
-0.408327 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.431028 Med      b'-1:ner:_'
-0.435199 O        b'lemma:dissolve'
-0.435627 Agit     b'hLower'
-0.436335 O        b'lemma:250'
-0.449857 Anti     b'+2:ner:_'
-0.450392 O        b'+1:lemma:%'
-0.458632 O        b'+1:lemma:1m'
-0.469800 O        b'+1:lemma:m'
-0.473412 O        b'lemma:purify'
-0.486211 O        b'-1:lemma:n2'
-0.487888 O        b'lemma:m'
-0.490951 O        b'-1:lemma:o2'
-0.493061 Med      b'postag:-LRB-'
-0.493794 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.505744 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.519613 O        b'-1:lemma:37'
-0.522768 pH       b'-2:ner:_'
-0.522775 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.528278 Substrain b'hLower'
-0.529876 O        b'lemma:pahse'
-0.534522 Supp     b'lemma:2'
-0.535401 O        b'lemma:od600'
-0.537414 O        b'hGreek'
-0.548298 Anti     b'postag:NNP'
-0.551420 Temp     b'hGreek'
-0.559293 O        b'-1:ner:GEN'
-0.562105 O        b'-1:postag:IN'
-0.567496 O        b'+1:postag:IN'
-0.588828 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.589177 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.595327 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.604211 O        b'lemma:mid-log'
-0.623848 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.625364 O        b'+1:lemma:sample'
-0.629712 O        b'+1:postag:DT'
-0.640747 Gversion b'hLower'
-0.640815 O        b'+1:lemma:at'
-0.641205 O        b'-1:lemma:1m'
-0.645904 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.646213 OD       b'hLower'
-0.656431 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.658083 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.658083 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.659722 O        b'-1:lemma:final'
-0.680992 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.688996 Substrain b'-1:ner:_'
-0.697256 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.697840 Med      b'hLower'
-0.703879 O        b'+1:lemma:genome'
-0.706535 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.708264 O        b'+1:lemma:300'
-0.724910 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.726879 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.733456 O        b'lemma:aerobic'
-0.743960 O        b'-1:lemma:rna'
-0.756748 O        b'+1:lemma:_'
-0.762977 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.769282 Technique b'-1:lemma::'
-0.773563 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.779385 O        b'+1:lemma:contain'
-0.779691 O        b'lemma:methanol'
-0.811518 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.821901 O        b'lemma:sample'
-0.830162 O        b'-1:lemma:1'
-0.846046 Med      b'+1:postag:NN'
-0.846726 Med      b'postag:CD'
-0.854170 O        b'lemma:of'
-0.862709 Gtype    b'postag::'
-0.873246 O        b'-1:lemma:m'
-0.916603 Med      b'-2:ner:MED'
-0.918258 Phase    b'symb'
-0.928285 O        b'lemma:37'
-0.931087 O        b'-1:lemma:30'
-0.954447 O        b'+1:lemma:in'
-0.962479 O        b'postag:RB'
-0.989905 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.999458 O        b'lemma:medium'
-0.999711 Air      b'postag:NN'
-1.004139 Supp     b'-1:postag:NNP'
-1.006588 Technique b'-1:postag::'
-1.019780 pH       b'symb'
-1.027916 O        b'lemma:anaerobic'
-1.033545 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-1.071661 O        b'lemma:nacl'
-1.075829 Vess     b'hUpper'
-1.095636 Air      b'-1:postag:VBN'
-1.100224 O        b'lemma:nh4cl'
-1.144836 Agit     b'hUpper'
-1.158191 OD       b'hUpper'
-1.178379 O        b'-1:lemma:IP'
-1.191967 O        b'lemma:30'
-1.244832 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.262803 O        b'-1:lemma:fresh'
-1.264184 Temp     b'hLower'
-1.269773 O        b'-2:ner:TF'
-1.283497 Supp     b'+1:lemma:,'
-1.283497 Supp     b'+1:postag:,'
-1.314582 O        b'-1:lemma:ph'
-1.323995 Technique b'+1:ner:_'
-1.339405 Strain   b'hLower'
-1.381358 Phase    b'postag:JJ'
-1.384024 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.392452 O        b'lemma:rifampicin'
-1.404435 OD       b'+1:postag:NN'
-1.437262 O        b'-1:lemma:until'
-1.466909 O        b'lemma:0.3'
-1.470435 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.501887 Gtype    b'symb'
-1.533178 Supp     b'hGreek'
-1.546417 O        b'-1:lemma:sample'
-1.550407 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.607682 O        b'+1:lemma:+'
-1.619840 O        b'+1:lemma:2'
-1.631929 O        b'-1:lemma:contain'
-1.632326 O        b'+1:lemma:hour'
-1.637156 Strain   b'symb'
-1.660332 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-1.688702 O        b'-1:postag::'
-1.691722 Supp     b'postag:JJ'
-1.726059 O        b'lemma:minimal'
-1.732528 O        b'-1:lemma:2'
-1.739506 O        b'+1:lemma:1'
-1.787187 O        b'lemma:wt'
-1.791222 O        b'-1:lemma:ml'
-1.849191 Temp     b'+1:lemma:with'
-1.886035 O        b'lemma:media'
-1.962543 O        b'-1:lemma:co2'
-2.598473 O        b'lemma:aerobically'
-2.671742 O        b'-1:lemma:vol'
-2.695727 Technique b'symb'
-2.731810 Phase    b'hUpper'
-2.926159 O        b'-1:lemma:_'
-3.656617 O        b'-1:lemma::'