********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.28812013544306553, 'c2': 0.007295583222860682}
best CV score:0.7989041592425109
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7893461428977414
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      1.000     0.842     0.914        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.500     0.444     0.471         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.854     0.774     0.812       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.802     0.684     0.738       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.863     0.742     0.789       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.356818
OD     -> OD      6.348289
Temp   -> Temp    5.553063
Med    -> Med     5.370053
Anti   -> Anti    5.276075
Air    -> Air     5.018155
Gtype  -> Gtype   4.515516
Gversion -> Gversion 4.398480
Phase  -> Phase   4.359659
O      -> O       4.293965
Technique -> Technique 4.237543
Supp   -> Supp    4.146423
O      -> Supp    1.964836
Gtype  -> Supp    1.866470
pH     -> pH      1.685265
Air    -> O       1.614236
Substrain -> Gtype   1.463550
O      -> Technique 1.388918
O      -> Gtype   1.222957
O      -> Temp    0.798237
Med    -> O       0.601567
O      -> Anti    0.587178
Technique -> Air     0.378127
O      -> Gversion 0.328551
OD     -> Phase   0.308573
Temp   -> O       0.289779
Supp   -> O       0.253243
O      -> Med     0.178828
Phase  -> O       0.132350
Gtype  -> pH      0.097473
O      -> Phase   0.003637
Gtype  -> Air     0.001121
Supp   -> Air     -0.008182
Technique -> Gtype   -0.085945
Gtype  -> Anti    -0.165395
Gtype  -> O       -0.277440
OD     -> O       -0.365628
Agit   -> O       -0.521571
Gtype  -> OD      -0.554390
O      -> Air     -0.784770
Supp   -> Med     -0.806802
Substrain -> O       -0.835873
Med    -> Supp    -0.906570
Phase  -> OD      -0.993184


Top unlikely transitions:
Agit   -> Agit    6.356818
OD     -> OD      6.348289
Temp   -> Temp    5.553063
Med    -> Med     5.370053
Anti   -> Anti    5.276075
Air    -> Air     5.018155
Gtype  -> Gtype   4.515516
Gversion -> Gversion 4.398480
Phase  -> Phase   4.359659
O      -> O       4.293965
Technique -> Technique 4.237543
Supp   -> Supp    4.146423
O      -> Supp    1.964836
Gtype  -> Supp    1.866470
pH     -> pH      1.685265
Air    -> O       1.614236
Substrain -> Gtype   1.463550
O      -> Technique 1.388918
O      -> Gtype   1.222957
O      -> Temp    0.798237
Med    -> O       0.601567
O      -> Anti    0.587178
Technique -> Air     0.378127
O      -> Gversion 0.328551
OD     -> Phase   0.308573
Temp   -> O       0.289779
Supp   -> O       0.253243
O      -> Med     0.178828
Phase  -> O       0.132350
Gtype  -> pH      0.097473
O      -> Phase   0.003637
Gtype  -> Air     0.001121
Supp   -> Air     -0.008182
Technique -> Gtype   -0.085945
Gtype  -> Anti    -0.165395
Gtype  -> O       -0.277440
OD     -> O       -0.365628
Agit   -> O       -0.521571
Gtype  -> OD      -0.554390
O      -> Air     -0.784770
Supp   -> Med     -0.806802
Substrain -> O       -0.835873
Med    -> Supp    -0.906570
Phase  -> OD      -0.993184


Top positive:
8.456899 Supp     b'lemma:Iron'
7.968467 O        b'lemma:_'
7.452197 Air      b'lemma:anaerobic'
7.437960 Air      b'lemma:aerobic'
7.396388 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.187671 O        b'lemma:1'
6.882632 Phase    b'lemma:stationary'
6.605608 Supp     b'lemma:nitrate'
6.530209 Strain   b'lemma:k-12'
6.203118 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.007441 Phase    b'lemma:mid-log'
5.856483 O        b'lemma:rpob'
5.727633 O        b'lemma:2'
5.691995 O        b'lemma:3'
5.621467 Technique b'lemma:chipseq'
5.604648 Substrain b'lemma:mg1655'
5.596923 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
5.568237 Gtype    b'lemma:type'
5.509620 Med      b'lemma:MOPS'
5.475086 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.234945 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.062729 O        b'postag:IN'
5.021516 Supp     b'lemma:pq'
4.929591 Air      b'lemma:Aerobic'
4.874521 O        b'lemma:Custom'
4.858511 Gversion b'lemma:nc'
4.830173 Med      b'lemma:LB'
4.792027 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.771925 OD       b'lemma:od600'
4.722214 O        b'lemma:rep1'
4.615430 O        b'postag::'
4.604643 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.516978 O        b'lemma:b'
4.505623 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.505623 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.503645 Med      b'lemma:lb'
4.444381 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.432940 O        b'-1:lemma:tag'
4.401594 O        b'lemma:rep2'
4.365296 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.331532 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.318893 O        b'lemma:rep3'
4.280628 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
4.273779 O        b'lemma:a'
4.191200 OD       b'lemma:od450'
4.187860 Gtype    b'lemma:wt'
4.184958 Technique b'lemma:rna-seq'
4.089199 Supp     b'lemma:glucose'
4.068712 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.066149 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.877291 O        b'lemma:Cra'
3.835115 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.739614 Supp     b'lemma:Fe'
3.722246 Technique b'lemma:chip-seq'
3.715540 O        b'+1:lemma:od600'
3.678000 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.610668 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.517468 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.508191 O        b'lemma:.'
3.508191 O        b'postag:.'
3.483906 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.468892 Supp     b'lemma:acetate'
3.438457 Vess     b'lemma:flask'
3.438457 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.400184 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.396565 Technique b'lemma:rnaseq'
3.379201 Anti     b'lemma:none'
3.369352 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.366768 O        b'-1:lemma:type'
3.310195 Supp     b'lemma:no3'
3.306542 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.289509 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.240918 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.228917 Supp     b'lemma:fructose'
3.199686 Supp     b'lemma:dpd'
3.182132 O        b'lemma:-'
3.174434 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.160676 OD       b'+1:lemma:stationary'
3.140034 Supp     b'lemma:arginine'
3.107677 O        b'postag:VBN'
3.075194 Technique b'-1:lemma:IP'
3.054797 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.967185 Supp     b'+1:lemma:1'
2.948061 pH       b'lemma:ph5'
2.948061 pH       b'+1:lemma:.5'
2.919290 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.909319 Anti     b'lemma:seqa'
2.876363 O        b'lemma:chip'
2.856949 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.846997 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.846043 Gversion b'lemma:u00096'
2.846043 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.842541 Supp     b'lemma:20'
2.813149 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.799253 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.787282 O        b'-1:lemma:glucose'
2.767972 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.763663 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.762526 O        b'postag:DT'
2.753494 O        b'postag:CC'
2.734024 Supp     b'+1:lemma:2'
2.713273 O        b'lemma:CEL'
2.711953 Supp     b'-1:lemma:+'
2.708255 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.662841 Air      b'postag:RB'
2.655147 O        b'+1:postag:RB'
2.622484 Temp     b'-1:lemma:43'
2.621064 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.585376 O        b'lemma:with'
2.579506 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.574119 Med      b'lemma:m63'
2.560671 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.530970 Supp     b'lemma:iptg'
2.522165 Gversion b'lemma:000913'
2.522038 O        b'-1:lemma:0.3'
2.518142 O        b'lemma:or'
2.510254 pH       b'lemma:.5'
2.510254 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.499838 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.496012 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.493145 O        b'+1:postag:NNP'
2.432959 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.423786 Supp     b'lemma:nacl'
2.374439 Gversion b'lemma:.2'
2.374439 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.371897 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.333418 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.330714 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.318227 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.299023 Supp     b'+1:lemma:_'
2.291540 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.270555 Air      b'-1:lemma:-'
2.258400 O        b'postag:VBG'
2.241112 O        b'-1:lemma:l1'
2.239653 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.239203 O        b'-1:lemma:lb'
2.216105 Med      b'lemma:media'
2.215247 Med      b'-1:lemma:glucose'
2.198544 O        b'lemma:s'
2.181192 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.180737 Supp     b'-1:lemma:with'
2.151013 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.122011 O        b'lemma:culture'
2.119623 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.118038 O        b'+1:lemma:pq'
2.107784 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.084102 Temp     b'-1:lemma:37'
2.034197 Med      b'lemma:L'
2.034197 Med      b'+1:lemma:broth'
2.033322 OD       b'-1:lemma:~'
2.031873 Temp     b'lemma:37'
2.021465 Air      b'lemma:anaerobically'
2.013276 O        b'lemma:oxyr'
1.993546 pH       b'+1:postag:CD'
1.990912 Temp     b'lemma:43'
1.970179 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.965724 O        b'lemma:escherichia'
1.928351 O        b'lemma:affyexp'
1.918099 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.912439 Gversion b'postag:CD'
1.912210 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.903180 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.901831 O        b'-1:lemma:media'
1.893202 Supp     b'lemma:Leu'
1.888140 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.885088 Supp     b'lemma:methanol'
1.864512 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.843743 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.840860 Med      b'-1:lemma:ml'
1.833228 O        b'lemma:genotype/variation'
1.830405 Air      b'-1:lemma:co2'
1.824009 OD       b'lemma:0.3'
1.823612 O        b'-1:lemma:stpa'
1.820300 O        b'+1:lemma:sparging'
1.820114 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.820114 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.808084 O        b'lemma:at'
1.804795 Temp     b'+1:lemma:and'
1.793786 Gtype    b'lemma:ptac'
1.792476 Temp     b'lemma:30'
1.780844 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.749460 Supp     b'lemma:of'
1.723530 O        b'lemma:condition'
1.717109 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.711480 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.709245 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.702188 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.695199 O        b'-1:lemma:dpd'
1.690508 Supp     b'lemma:0.2'
1.688329 Air      b'-1:postag:CD'
1.682363 Technique b'-1:lemma:_'
1.681577 Phase    b'+1:lemma:for'
1.675654 Med      b'postag:NNP'
1.654545 O        b'lemma:Lrp'
1.636356 Gtype    b'+1:postag::'
1.629183 Technique b'-1:lemma:1'
1.628579 Technique b'-1:lemma:input'
1.626463 Med      b'lemma:glucose'
1.615682 Temp     b'-1:lemma:30'
1.596658 Supp     b'lemma:Adenine'


Top negative:
0.017267 O        b'-1:lemma:phase'
0.015360 O        b'-1:lemma:Fur'
0.015015 Gtype    b'lemma:-rcb-'
0.014734 Air      b'lemma:-lrb-'
0.013480 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
0.013397 O        b'-1:lemma:be'
0.012964 O        b'lemma:fresh'
0.012612 Temp     b'+1:postag:-RRB-'
0.011601 O        b'lemma:2-3'
0.010954 OD       b'postag:CC'
0.009883 Med      b'+1:postag:VBG'
0.008416 Med      b'-1:postag:NNP'
0.007746 Phase    b'+1:postag:RB'
0.007283 O        b'lemma:acetate'
0.006890 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.005794 O        b'-1:postag:VBD'
0.005770 O        b'+1:lemma:n2'
0.005411 Gversion b'-1:postag::'
0.005130 Gtype    b'lemma:-lcb-'
0.003653 Med      b'-1:lemma:-rrb-'
0.003433 O        b'-1:lemma:m63'
0.003399 OD       b'postag:CD'
0.003303 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
0.003264 Gtype    b'lemma:cra'
0.003037 Phase    b'-1:postag:IN'
0.002641 O        b'+1:lemma:ChIP-Seq'
0.001833 O        b'-1:lemma:with'
0.001345 O        b'-1:postag:VBZ'
0.001191 OD       b'-1:lemma:at'
0.001140 Supp     b'+1:lemma:of'
0.001083 Med      b'-1:postag::'
0.000969 O        b'+1:lemma:anerobically'
0.000925 O        b'+1:lemma:genbank'
0.000915 O        b'-1:lemma:total'
0.000846 O        b'postag:VBZ'
0.000778 Air      b'+1:lemma:culture'
0.000629 O        b'lemma:express'
0.000629 O        b'+1:lemma:nsrr'
0.000580 Air      b'postag:-RRB-'
0.000523 Supp     b'+1:lemma:dissolve'
0.000475 O        b'lemma:70'
0.000346 Supp     b'-1:postag:VBN'
0.000255 O        b'+1:lemma:anaerobically'
0.000233 O        b'+1:postag:-LRB-'
0.000229 Air      b'lemma:95'
0.000124 Agit     b'lemma:bath'
0.000124 Agit     b'-1:lemma:water'
0.000123 Agit     b'+1:lemma:shake'
0.000098 O        b'+1:lemma:_'
0.000070 Gtype    b'+1:lemma:control'
0.000049 Anti     b'lemma:tag'
0.000044 O        b'lemma:glucose'
0.000043 Agit     b'+1:lemma:at'
0.000042 Agit     b'-1:postag:DT'
0.000033 Air      b'-1:lemma:95'
0.000027 Temp     b'+1:postag:VB'
0.000027 O        b'+1:lemma:wt'
0.000025 O        b'lemma:~'
0.000024 Agit     b'postag:IN'
0.000018 OD       b'-1:lemma:mg1655'
0.000012 OD       b'lemma:\xce\xb4soxr'
0.000009 Supp     b'lemma:paraquat'
0.000003 Vess     b'+1:postag:IN'
0.000001 Med      b'+1:lemma:with'
-0.000003 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.000004 O        b'-1:lemma:sample'
-0.000016 O        b'lemma:150'
-0.000016 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.000020 O        b'+1:lemma:shake'
-0.000023 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.000033 O        b'lemma:anaerobic'
-0.000042 O        b'-1:lemma:at'
-0.000051 O        b'lemma:e.'
-0.000122 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.000150 O        b'-1:lemma:e.'
-0.000237 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.000353 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.000482 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.000998 O        b'-1:lemma:ml'
-0.002220 Gtype    b'postag:CD'
-0.002782 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.002824 Med      b'postag:CD'
-0.003203 Air      b'postag:-LRB-'
-0.005019 O        b'+1:lemma:phase'
-0.008101 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.008157 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.009984 Air      b'lemma:,'
-0.009984 Air      b'postag:,'
-0.009987 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.011620 O        b'lemma:30'
-0.011986 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.012348 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.012465 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.016199 O        b'+1:lemma:c'
-0.017044 Air      b'+1:postag:-RRB-'
-0.018057 Med      b'-1:postag:IN'
-0.018532 OD       b'+1:postag:CD'
-0.018715 O        b'-1:lemma:1'
-0.028572 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.032917 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.033839 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.035292 O        b'-1:lemma:5'
-0.035894 O        b'lemma:co2'
-0.037511 O        b'-1:lemma:30'
-0.050917 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.051574 Air      b'postag:CD'
-0.052755 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
-0.053416 Air      b'-1:postag:RB'
-0.054843 Air      b'-1:lemma:or'
-0.056713 OD       b'postag:JJ'
-0.066384 O        b'+1:lemma:5'
-0.075993 Air      b'-1:lemma:and'
-0.077374 O        b'-1:lemma:~'
-0.079056 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
-0.080674 Supp     b'postag:CC'
-0.081179 O        b'-1:lemma:,'
-0.081179 O        b'-1:postag:,'
-0.091063 Air      b'-1:postag:-LRB-'
-0.104880 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.116778 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.117338 Med      b'+1:postag:IN'
-0.156891 O        b'-1:postag:VBN'
-0.158460 O        b'+1:lemma:300'
-0.159376 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.163043 O        b'+1:postag:NNS'
-0.185937 O        b'-1:lemma:cra'
-0.198845 pH       b'postag:NN'
-0.202021 Med      b'-1:postag:NN'
-0.206164 O        b'-1:postag:IN'
-0.210478 O        b'-1:lemma:from'
-0.224002 O        b'+1:lemma:hour'
-0.228689 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.230127 Temp     b'postag:JJ'
-0.232439 O        b'+1:lemma:.'
-0.232439 O        b'+1:postag:.'
-0.261795 O        b'lemma:0.3'
-0.276668 O        b'+1:lemma:%'
-0.283202 O        b'+1:postag:IN'
-0.291477 O        b'lemma:dissolve'
-0.294314 O        b'-1:lemma:of'
-0.332798 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.348211 Temp     b'postag:NN'
-0.361228 O        b'lemma:od600'
-0.373795 O        b'lemma:phase'
-0.395276 Med      b'+1:postag:NN'
-0.405822 O        b'+1:lemma:+'
-0.406990 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.409533 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.409533 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.419386 O        b'lemma:anaerobically'
-0.421572 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.460490 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.467245 Technique b'-1:postag::'
-0.476757 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.502746 O        b'lemma:media'
-0.503360 O        b'-1:lemma:od600'
-0.524986 OD       b'+1:postag:NN'
-0.543280 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.557386 O        b'-1:lemma:grow'
-0.570906 O        b'lemma:fecl2'
-0.574577 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.632496 O        b'+1:lemma:cell'
-0.640758 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.696627 O        b'-1:lemma:IP'
-0.710065 O        b'-1:postag::'
-0.734704 O        b'+1:postag:VBG'
-0.735189 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.753554 O        b'lemma:0.1'
-0.763727 O        b'lemma:0.2'
-0.785113 O        b'-1:lemma:37'
-0.803671 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.803671 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.833476 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.838362 O        b'-1:lemma:ompr'
-0.851164 O        b'lemma:37'
-0.866382 O        b'lemma:2h'
-0.866382 O        b'-1:lemma:additional'
-0.882690 O        b'-1:postag:VBG'
-0.885831 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.888919 Phase    b'postag:JJ'
-0.905015 O        b'lemma:of'
-0.906507 Anti     b'postag:NNP'
-1.026494 O        b'lemma:mid-log'
-1.028079 O        b'lemma:wt'
-1.060908 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.075926 O        b'-1:lemma:co2'
-1.341090 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.359406 O        b'+1:lemma:at'
-1.375702 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.442763 O        b'lemma:rifampicin'
-1.637602 O        b'lemma:methanol'
-1.645866 Air      b'postag:NN'
-1.720675 Supp     b'postag:JJ'
-1.885525 OD       b'postag:-LRB-'
-1.959132 O        b'+1:lemma:in'
-2.128110 O        b'+1:lemma:2'
-2.307682 O        b'-1:lemma:2'
-2.374565 O        b'+1:lemma:1'
-4.058703 O        b'-1:lemma:_'
-4.145888 O        b'-1:lemma::'