********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.0845144703859872, 'c2': 0.0014492583407590665}
best CV score:0.803457407167867
model size: 0.07M

Flat F1: 0.7886994187596283
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.812     0.912     0.860        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.730     0.742     0.736        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.863     0.774     0.816       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.815     0.713     0.761       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.841     0.760     0.789       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    7.567868
OD     -> OD      7.283561
Temp   -> Temp    6.525111
Anti   -> Anti    6.338173
Med    -> Med     6.068203
Air    -> Air     5.490227
Gtype  -> Gtype   5.364943
O      -> O       5.360015
Phase  -> Phase   5.088291
Gversion -> Gversion 5.052937
Technique -> Technique 4.734097
Supp   -> Supp    4.592596
Gtype  -> Supp    1.928700
pH     -> pH      1.873562
O      -> Supp    1.656908
O      -> Technique 1.579934
Substrain -> Gtype   1.367059
O      -> Gtype   1.299889
Air    -> O       1.168469
O      -> Temp    0.796125
O      -> Anti    0.464004
OD     -> Phase   0.334945
Med    -> O       0.323185
O      -> Gversion 0.294223
Technique -> Air     0.120065
Temp   -> O       0.058292
Gversion -> O       0.017060
Gtype  -> pH      0.014023
Anti   -> O       0.004741
O      -> Med     0.003586
O      -> Strain  0.000914
Phase  -> O       0.000079
Technique -> O       -0.064766
Supp   -> Air     -0.085487
Air    -> OD      -0.140828
Supp   -> OD      -0.140855
OD     -> Gtype   -0.154848
Gtype  -> O       -0.178619
Air    -> Supp    -0.190285
Phase  -> Air     -0.254683
Supp   -> O       -0.331239
OD     -> Air     -0.339236
Supp   -> Technique -0.352046
Technique -> OD      -0.381551
Gtype  -> Anti    -0.576175
Agit   -> O       -0.582420
O      -> Air     -0.710972
OD     -> Med     -0.720546
OD     -> O       -0.754296
Gtype  -> OD      -0.821534


Top unlikely transitions:
Med    -> Med     6.068203
Air    -> Air     5.490227
Gtype  -> Gtype   5.364943
O      -> O       5.360015
Phase  -> Phase   5.088291
Gversion -> Gversion 5.052937
Technique -> Technique 4.734097
Supp   -> Supp    4.592596
Gtype  -> Supp    1.928700
pH     -> pH      1.873562
O      -> Supp    1.656908
O      -> Technique 1.579934
Substrain -> Gtype   1.367059
O      -> Gtype   1.299889
Air    -> O       1.168469
O      -> Temp    0.796125
O      -> Anti    0.464004
OD     -> Phase   0.334945
Med    -> O       0.323185
O      -> Gversion 0.294223
Technique -> Air     0.120065
Temp   -> O       0.058292
Gversion -> O       0.017060
Gtype  -> pH      0.014023
Anti   -> O       0.004741
O      -> Med     0.003586
O      -> Strain  0.000914
Phase  -> O       0.000079
Technique -> O       -0.064766
Supp   -> Air     -0.085487
Air    -> OD      -0.140828
Supp   -> OD      -0.140855
OD     -> Gtype   -0.154848
Gtype  -> O       -0.178619
Air    -> Supp    -0.190285
Phase  -> Air     -0.254683
Supp   -> O       -0.331239
OD     -> Air     -0.339236
Supp   -> Technique -0.352046
Technique -> OD      -0.381551
Gtype  -> Anti    -0.576175
Agit   -> O       -0.582420
O      -> Air     -0.710972
OD     -> Med     -0.720546
OD     -> O       -0.754296
Gtype  -> OD      -0.821534
Supp   -> Med     -1.118820
Substrain -> O       -1.830467
Phase  -> OD      -2.403512
Med    -> Supp    -2.548799


Top positive:
12.504936 Supp     b'lemma:Iron'
10.792779 O        b'lemma:_'
10.427539 Air      b'lemma:aerobic'
10.207513 Air      b'lemma:anaerobic'
9.451231 Supp     b'lemma:nitrate'
9.115772 Phase    b'lemma:stationary'
8.575457 O        b'lemma:1'
8.408994 Technique b'lemma:ChIP-exo'
8.354108 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
8.314194 O        b'lemma:rpob'
8.264287 Med      b'lemma:MOPS'
8.077335 Technique b'lemma:chipseq'
7.675786 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
7.432466 Strain   b'lemma:k-12'
7.338742 O        b'lemma:Custom'
7.132224 O        b'-1:lemma:tag'
6.872851 Substrain b'lemma:mg1655'
6.656592 Supp     b'lemma:pq'
6.656346 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.631548 O        b'lemma:3'
6.608233 O        b'lemma:2'
6.514523 Air      b'lemma:Aerobic'
6.354650 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
6.321273 Gtype    b'lemma:flag-tag'
6.321273 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
6.285172 O        b'lemma:rep1'
6.282612 O        b'lemma:b'
6.260165 Gversion b'lemma:asm584v2'
6.243462 Gversion b'-1:lemma:nc'
6.129172 Gversion b'lemma:nc'
6.117441 O        b'lemma:rep2'
6.056865 O        b'lemma:rep3'
6.042591 OD       b'+1:lemma:stationary'
5.905730 O        b'lemma:Cra'
5.761961 Gtype    b'lemma:arca8myc'
5.631643 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
5.616482 Phase    b'lemma:mid-log'
5.599676 Med      b'lemma:LB'
5.591086 O        b'lemma:a'
5.417363 O        b'lemma:chip'
5.415483 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.410036 O        b'-1:lemma:0.3'
5.383641 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.378485 OD       b'lemma:od600'
5.357822 O        b'postag::'
5.343662 Gtype    b'lemma:delta-arca'
5.329601 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.310595 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
5.291721 OD       b'lemma:od450'
5.278396 Supp     b'lemma:Fe'
5.198206 O        b'postag:IN'
5.152255 O        b'lemma:or'
5.142263 O        b'-1:lemma:Aerobic'
5.072815 Med      b'lemma:lb'
4.967279 Technique b'lemma:rna-seq'
4.960999 Gtype    b'lemma:type'
4.958285 Strain   b'+1:lemma:substr'
4.905998 Gtype    b'lemma:wt'
4.808130 Supp     b'lemma:glucose'
4.806347 Vess     b'lemma:flask'
4.806347 Vess     b'-1:lemma:warm'
4.772284 O        b'lemma:for'
4.744261 Supp     b'lemma:arginine'
4.737788 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
4.691753 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
4.668554 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.631710 Technique b'lemma:rnaseq'
4.584824 Gtype    b'lemma:nsrr'
4.584359 O        b'-1:lemma:glucose'
4.556168 O        b'-1:lemma:anaerobic'
4.539600 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.538972 O        b'lemma:-'
4.508141 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
4.499586 Technique b'lemma:chip-seq'
4.488070 Anti     b'lemma:none'
4.462302 O        b'lemma:ompr'
4.460124 Anti     b'lemma:anti-rpos'
4.460049 Supp     b'lemma:no3'
4.451202 O        b'+1:lemma:od600'
4.424279 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.389978 Supp     b'lemma:acetate'
4.387749 Med      b'+1:lemma:0.4'
4.335328 O        b'lemma:.'
4.335328 O        b'postag:.'
4.197130 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
4.152430 Anti     b'lemma:seqa'
4.141879 O        b'lemma:with'
4.081039 Supp     b'-1:lemma:+'
4.005391 O        b'+1:lemma:o.d.'
3.986966 O        b'-1:lemma:type'
3.971115 O        b'+1:lemma:sparging'
3.914608 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.905122 Supp     b'+1:lemma:1'
3.886730 Technique b'-1:lemma:IP'
3.875182 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.871343 Temp     b'-1:lemma:43'
3.798383 pH       b'lemma:ph5'
3.798383 pH       b'+1:lemma:.5'
3.766343 Supp     b'lemma:Leu'
3.758437 Med      b'lemma:m63'
3.755680 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.717291 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.691820 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
3.686748 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.655665 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.645147 Temp     b'-1:lemma:37'
3.584169 O        b'lemma:s'
3.582382 Gversion b'lemma:000913'
3.513265 O        b'postag:VBN'
3.504182 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.476410 O        b'lemma:CEL'
3.471641 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
3.469424 O        b'+1:lemma:pq'
3.442038 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.441203 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.440050 Supp     b'+1:lemma:2'
3.439274 O        b'lemma:oxyr'
3.430689 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
3.424081 Supp     b'lemma:Adenine'
3.394933 O        b'-1:lemma:lb'
3.382358 Supp     b'lemma:dpd'
3.374432 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.354369 O        b'+1:lemma:chip-seq'
3.325764 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
3.324069 Air      b'lemma:anerobically'
3.306589 Gversion b'lemma:u00096'
3.306589 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.290810 Supp     b'lemma:fructose'
3.286471 Med      b'+1:lemma:2.0'
3.281346 Gversion b'lemma:.2'
3.281346 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.224316 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.206842 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.204237 O        b'+1:lemma:rifampicin'
3.192028 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
3.176568 Supp     b'lemma:iptg'
3.174757 Supp     b'lemma:nacl'
3.142082 Phase    b'-1:lemma:until'
3.138505 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.102435 Supp     b'+1:lemma:_'
3.077765 Technique b'-1:lemma:input'
3.043564 Med      b'+1:lemma:contain'
3.043460 O        b'lemma:affyexp'
3.030477 O        b'+1:postag:NNP'
3.011575 Gtype    b'+1:lemma:pq'
3.009802 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
3.009086 Phase    b'+1:lemma:for'
3.006591 O        b'lemma:chip-arca'
2.961198 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.918766 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.918766 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.895206 O        b'lemma:soxs'
2.895206 O        b'lemma:soxr'
2.893483 O        b'lemma:argr'
2.883608 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.871795 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.840922 Air      b'postag:RB'
2.837804 O        b'-1:lemma:l1'
2.834031 O        b'lemma:purr'
2.816068 pH       b'lemma:.5'
2.816068 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.793907 O        b'+1:postag:RB'
2.787764 Temp     b'lemma:43'
2.783505 Gtype    b'+1:lemma:knock-out'
2.777516 Med      b'-1:lemma:ml'
2.776744 Gtype    b'lemma:ptac'
2.754900 Air      b'lemma:anaerobically'
2.728375 O        b'+1:lemma:acetate'
2.677194 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.676114 Gtype    b'lemma:WT'
2.664380 O        b'-1:lemma:dpd'
2.623289 O        b'lemma:at'
2.622409 Air      b'+1:lemma:at'
2.621682 O        b'lemma:Fur'
2.613642 OD       b'lemma:0.3'
2.611845 O        b'postag:DT'
2.601745 O        b'-1:lemma:stpa'
2.558195 OD       b'-1:lemma:about'
2.551265 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.545283 Gtype    b'-1:lemma:from'
2.537660 Med      b'lemma:L'
2.537660 Med      b'+1:lemma:broth'
2.520762 Temp     b'-1:lemma:30'
2.512014 Supp     b'+1:lemma:and'
2.485033 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.478336 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.477157 pH       b'+1:postag:CD'
2.474581 O        b'lemma:2-3'
2.467989 O        b'lemma:Lrp'
2.464584 Med      b'-1:lemma:LB'
2.446412 O        b'+1:postag:VBP'
2.443891 Supp     b'lemma:leucine'
2.443008 Air      b'-1:lemma:-'
2.331881 Med      b'lemma:broth'
2.331881 Med      b'-1:lemma:L'
2.324108 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.320318 O        b'-1:lemma:min'
2.319595 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.316477 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.316285 O        b'+1:lemma:43'


Top negative:
0.000009 Anti     b'+1:lemma:\xce\xb2'
0.000008 Anti     b'+1:lemma:subunit'
0.000005 O        b'-1:lemma:Deficient'
0.000001 OD       b'+1:lemma:0.15'
-0.000001 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.000007 O        b'lemma:medium'
-0.000045 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.000145 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.000168 O        b'+1:lemma:culture'
-0.000168 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.000355 O        b'-1:lemma:1'
-0.000451 OD       b'+1:lemma:-lrb-'
-0.000593 O        b'+1:lemma:c'
-0.000597 OD       b'+1:postag:VBN'
-0.000854 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.001125 O        b'lemma:10'
-0.001603 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.002085 Supp     b'-1:lemma:-'
-0.002163 O        b'+1:lemma:300'
-0.002264 Air      b'-1:postag:NNP'
-0.002713 O        b'+1:lemma:min'
-0.003522 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.003594 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.004379 O        b'lemma:cell'
-0.004450 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.007530 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.011566 Air      b'postag:CC'
-0.011603 O        b'+1:lemma:a'
-0.011880 O        b'+1:lemma:dpd'
-0.013535 OD       b'postag:NNS'
-0.013622 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.013806 O        b'-1:lemma:the'
-0.014085 O        b'+1:lemma:25'
-0.014120 OD       b'-1:postag:DT'
-0.016761 OD       b'-1:lemma:a'
-0.021729 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.024283 O        b'-1:lemma:25'
-0.024519 O        b'postag:VBP'
-0.027011 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.027020 O        b'+1:lemma:co2'
-0.030020 O        b'+1:lemma:mm'
-0.030904 Gtype    b'postag:NNS'
-0.031338 O        b'+1:lemma:grow'
-0.032633 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.034461 Med      b'-1:lemma:m63'
-0.038347 O        b'lemma:coli'
-0.039331 Gtype    b'+1:postag:IN'
-0.040098 Air      b'+1:postag:NN'
-0.043802 O        b'lemma:o2'
-0.044786 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.050998 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.053029 Supp     b'-1:postag:VBG'
-0.059606 O        b'+1:lemma:shake'
-0.060227 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.061576 O        b'+1:lemma:k-12'
-0.068548 O        b'lemma:mg/ml'
-0.068548 O        b'-1:lemma:150'
-0.071993 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.075882 OD       b'+1:postag:CD'
-0.076224 O        b'lemma:glucose'
-0.078957 O        b'-1:lemma:at'
-0.082806 O        b'lemma:grow'
-0.087424 OD       b'-1:postag:NNS'
-0.090506 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.093124 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.093134 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.093606 O        b'lemma:minimal'
-0.094232 O        b'+1:lemma:o2'
-0.097879 O        b'-1:lemma:mm'
-0.098068 Med      b'-1:postag:NN'
-0.107118 O        b'-1:lemma:o2'
-0.118175 O        b'+1:lemma:phase'
-0.119815 Technique b'-1:lemma::'
-0.130823 Temp     b'postag:JJ'
-0.132875 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.134855 O        b'-1:lemma:30'
-0.146776 O        b'lemma:aerobically'
-0.147575 O        b'-1:lemma:n2'
-0.149484 OD       b'postag:IN'
-0.156867 Air      b'postag:CD'
-0.156918 O        b'-1:lemma:from'
-0.166087 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.177934 O        b'lemma:mg1655'
-0.179064 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.179551 Supp     b'lemma:and'
-0.188276 O        b'-1:lemma:um'
-0.188276 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.189403 O        b'lemma:n2'
-0.195278 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.198127 Med      b'+1:postag:IN'
-0.214634 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.215441 O        b'lemma:30'
-0.215519 O        b'-1:lemma:e.'
-0.226406 O        b'-1:postag:IN'
-0.226968 Gtype    b'postag:CD'
-0.227233 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.230930 O        b'-1:postag:VBN'
-0.231525 O        b'-1:lemma:of'
-0.235093 O        b'+1:postag:NNS'
-0.235942 O        b'+1:lemma:5'
-0.237587 O        b'+1:lemma:_'
-0.253207 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.254236 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.261414 Med      b'postag:CD'
-0.269201 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.283772 O        b'-1:lemma:od600'
-0.286133 O        b'lemma:co2'
-0.286584 O        b'+1:lemma:or'
-0.289081 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.293131 O        b'+1:lemma:cell'
-0.293510 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.315643 O        b'lemma:phase'
-0.317100 Air      b'-1:postag:CC'
-0.328206 Supp     b'postag:CC'
-0.328374 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.342964 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.347291 O        b'lemma:150'
-0.347291 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.349307 O        b'lemma:od600'
-0.351495 OD       b'postag:JJ'
-0.353086 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.353086 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.374885 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.378947 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.382276 O        b'postag:RB'
-0.384726 pH       b'postag:NN'
-0.388651 O        b'+1:lemma:until'
-0.395876 O        b'lemma:e.'
-0.396410 O        b'+1:lemma:.'
-0.396410 O        b'+1:postag:.'
-0.419403 O        b'-1:lemma:ml'
-0.438819 O        b'lemma:anaerobic'
-0.441115 Agit     b'postag:NN'
-0.458507 Med      b'+1:postag:NN'
-0.467746 O        b'-1:lemma:grow'
-0.468347 OD       b'+1:lemma:and'
-0.477039 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.477272 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.539475 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.544246 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.554986 Technique b'-1:postag::'
-0.557503 O        b'-1:lemma:~'
-0.566406 O        b'-1:lemma:cra'
-0.585219 O        b'-1:lemma:sample'
-0.592872 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.597579 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.637939 OD       b'+1:postag:CC'
-0.640528 Air      b'+1:postag:JJ'
-0.641855 O        b'lemma:0.3'
-0.663280 O        b'lemma:20'
-0.678531 O        b'lemma:media'
-0.679754 O        b'+1:postag:IN'
-0.692879 O        b'+1:lemma:%'
-0.704594 O        b'lemma:of'
-0.746312 O        b'-1:lemma:co2'
-0.752462 O        b'lemma:dissolve'
-0.774185 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.784660 Med      b'-1:postag:IN'
-0.813078 O        b'-1:lemma:IP'
-0.845987 O        b'lemma:dpd'
-0.856881 O        b'+1:lemma:+'
-0.917781 O        b'-1:postag:VBG'
-0.924251 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.950062 Temp     b'postag:NN'
-0.956490 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.956490 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.973571 OD       b'+1:postag:NN'
-0.985083 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.088717 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.116443 O        b'lemma:0.1'
-1.121770 O        b'+1:lemma:at'
-1.139282 O        b'lemma:fecl2'
-1.139658 O        b'lemma:0.2'
-1.143368 O        b'lemma:2h'
-1.143368 O        b'-1:lemma:additional'
-1.162871 O        b'lemma:mid-log'
-1.218300 O        b'+1:lemma:in'
-1.230428 OD       b'postag:-LRB-'
-1.237811 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.238950 O        b'-1:lemma:37'
-1.269797 O        b'+1:postag:VBG'
-1.280950 O        b'lemma:anaerobically'
-1.360526 O        b'lemma:37'
-1.412947 O        b'-1:postag::'
-1.467612 O        b'lemma:wt'
-1.469772 O        b'+1:lemma:hour'
-1.551225 Supp     b'-1:lemma:%'
-1.646983 O        b'lemma:methanol'
-1.652478 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.705441 Phase    b'postag:JJ'
-1.865099 Anti     b'postag:NNP'
-2.110303 Supp     b'postag:JJ'
-2.251438 Air      b'postag:NN'
-2.402454 O        b'lemma:rifampicin'
-2.570647 O        b'-1:lemma:ompr'
-2.620057 O        b'-1:lemma:2'
-2.709520 O        b'+1:lemma:2'
-3.092706 O        b'+1:lemma:1'
-4.538028 O        b'-1:lemma:_'
-4.976237 O        b'-1:lemma::'