********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.09081091923387723, 'c2': 0.00038627878700387623}
best CV score:0.7938633983009262
model size: 0.07M

Flat F1: 0.786870840829875
             precision    recall  f1-score   support

         OD      0.789     0.405     0.536        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.776     0.912     0.839        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.754     0.742     0.748        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.860     0.811     0.835       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.819     0.699     0.754       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.824     0.765     0.787       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    7.136396
OD     -> OD      6.491625
Temp   -> Temp    6.283086
Anti   -> Anti    6.213232
Med    -> Med     5.995903
Phase  -> Phase   5.618998
Gtype  -> Gtype   5.237438
Air    -> Air     5.151876
Gversion -> Gversion 4.933604
O      -> O       4.847296
Technique -> Technique 4.762002
Supp   -> Supp    4.623411
Gtype  -> Supp    1.707940
pH     -> pH      1.691677
O      -> Technique 1.635878
O      -> Supp    1.559728
O      -> Gtype   1.022656
Substrain -> Gtype   0.995104
O      -> Anti    0.583807
O      -> Temp    0.467612
O      -> Gversion 0.453034
Technique -> Air     0.359052
Air    -> O       0.273813
O      -> Med     0.235768
Temp   -> O       0.115990
Gtype  -> Air     0.085028
Med    -> O       0.063901
Phase  -> Air     -0.013623
Strain -> O       -0.015319
Air    -> Phase   -0.018991
O      -> OD      -0.096097
Supp   -> Air     -0.152980
Supp   -> Gtype   -0.172882
O      -> Phase   -0.230569
Gtype  -> Anti    -0.419137
Technique -> O       -0.465846
Air    -> Supp    -0.504152
OD     -> Air     -0.526665
Gtype  -> O       -0.592689
Supp   -> O       -0.617787
Technique -> OD      -0.675268
Phase  -> O       -0.805307
OD     -> Med     -0.848210
O      -> Air     -0.948079
Supp   -> Med     -0.972720
Agit   -> O       -1.032994
OD     -> O       -1.111875
Gtype  -> OD      -1.121470
Air    -> OD      -1.294245
Substrain -> O       -1.829982


Top unlikely transitions:
Temp   -> Temp    6.283086
Anti   -> Anti    6.213232
Med    -> Med     5.995903
Phase  -> Phase   5.618998
Gtype  -> Gtype   5.237438
Air    -> Air     5.151876
Gversion -> Gversion 4.933604
O      -> O       4.847296
Technique -> Technique 4.762002
Supp   -> Supp    4.623411
Gtype  -> Supp    1.707940
pH     -> pH      1.691677
O      -> Technique 1.635878
O      -> Supp    1.559728
O      -> Gtype   1.022656
Substrain -> Gtype   0.995104
O      -> Anti    0.583807
O      -> Temp    0.467612
O      -> Gversion 0.453034
Technique -> Air     0.359052
Air    -> O       0.273813
O      -> Med     0.235768
Temp   -> O       0.115990
Gtype  -> Air     0.085028
Med    -> O       0.063901
Phase  -> Air     -0.013623
Strain -> O       -0.015319
Air    -> Phase   -0.018991
O      -> OD      -0.096097
Supp   -> Air     -0.152980
Supp   -> Gtype   -0.172882
O      -> Phase   -0.230569
Gtype  -> Anti    -0.419137
Technique -> O       -0.465846
Air    -> Supp    -0.504152
OD     -> Air     -0.526665
Gtype  -> O       -0.592689
Supp   -> O       -0.617787
Technique -> OD      -0.675268
Phase  -> O       -0.805307
OD     -> Med     -0.848210
O      -> Air     -0.948079
Supp   -> Med     -0.972720
Agit   -> O       -1.032994
OD     -> O       -1.111875
Gtype  -> OD      -1.121470
Air    -> OD      -1.294245
Substrain -> O       -1.829982
Phase  -> OD      -2.186140
Med    -> Supp    -2.693786


Top positive:
12.023128 Supp     b'lemma:Iron'
11.905802 Phase    b'lemma:stationary'
10.567265 O        b'lemma:_'
10.151152 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
10.090491 Air      b'lemma:anaerobic'
9.857898 Supp     b'lemma:nitrate'
9.629833 Air      b'lemma:aerobic'
9.577578 Technique b'lemma:ChIP-exo'
9.036653 Phase    b'lemma:mid-log'
8.721963 Technique b'lemma:chipseq'
8.698132 Med      b'lemma:MOPS'
8.668936 O        b'lemma:1'
8.103505 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
7.864122 O        b'lemma:rpob'
7.451473 Strain   b'lemma:k-12'
7.338543 O        b'lemma:\xcf\x8332'
7.198959 Air      b'lemma:Aerobic'
7.109572 Gtype    b'lemma:flag-tag'
7.109572 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
7.044978 Supp     b'lemma:pq'
6.899921 O        b'lemma:2'
6.897717 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.862453 O        b'lemma:Custom'
6.848216 O        b'-1:lemma:tag'
6.753546 Gversion b'lemma:asm584v2'
6.751054 O        b'lemma:b'
6.726115 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
6.340232 O        b'lemma:a'
6.324324 Med      b'lemma:LB'
6.242158 O        b'lemma:3'
6.225748 O        b'lemma:rep1'
6.183760 Gversion b'-1:lemma:nc'
6.139494 O        b'lemma:for'
6.136397 O        b'lemma:rep2'
6.112373 O        b'-1:lemma:Aerobic'
6.052426 Gtype    b'lemma:delta-arca'
6.021691 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
6.014827 O        b'lemma:rep3'
5.998278 Gtype    b'lemma:arca8myc'
5.864622 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
5.838163 Supp     b'lemma:Fe'
5.756687 Substrain b'lemma:mg1655'
5.628610 O        b'lemma:Cra'
5.609519 Gtype    b'+1:lemma:type'
5.519720 Gtype    b'lemma:type'
5.487434 OD       b'+1:lemma:stationary'
5.465596 Gversion b'lemma:nc'
5.326426 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
5.265842 Anti     b'lemma:none'
5.236408 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.195640 O        b'postag::'
5.136998 Med      b'lemma:lb'
5.129499 OD       b'lemma:od450'
5.106518 Technique b'lemma:rna-seq'
5.084990 O        b'-1:lemma:anaerobic'
4.986922 Gtype    b'lemma:wt'
4.943309 Supp     b'lemma:acetate'
4.879656 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.846650 Technique b'lemma:chip-seq'
4.825495 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
4.812352 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.769607 Supp     b'lemma:glucose'
4.759235 O        b'-1:lemma:glucose'
4.740317 Supp     b'lemma:arginine'
4.738816 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.701038 Gversion b'lemma:chip-seq'
4.693852 Gtype    b'lemma:nsrr'
4.666819 O        b'lemma:chip'
4.666777 Air      b'lemma:anerobically'
4.665470 O        b'lemma:or'
4.635435 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.605663 O        b'lemma:.'
4.605663 O        b'postag:.'
4.574656 OD       b'lemma:od600'
4.562061 O        b'postag:IN'
4.550601 Anti     b'lemma:anti-myc'
4.537492 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
4.523129 O        b'-1:lemma:type'
4.511181 Strain   b'+1:lemma:substr'
4.493105 O        b'+1:lemma:od600'
4.453065 Vess     b'lemma:flask'
4.453065 Vess     b'-1:lemma:warm'
4.444663 Supp     b'lemma:no3'
4.439485 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
4.416181 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
4.415325 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.396509 Supp     b'-1:lemma:+'
4.383866 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
4.365928 O        b'+1:lemma:sparging'
4.354534 O        b'+1:postag:RB'
4.348783 Med      b'+1:lemma:0.4'
4.341814 O        b'-1:lemma:0.3'
4.336456 O        b'+1:lemma:chip-seq'
4.269719 O        b'lemma:with'
4.219193 Anti     b'lemma:seqa'
4.194527 Supp     b'+1:lemma:hour'
4.154345 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
4.105460 O        b'lemma:-'
4.045385 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
4.041775 Supp     b'lemma:dpd'
4.018422 O        b'lemma:oxyr'
4.006587 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.994386 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.943397 pH       b'lemma:ph5'
3.943397 pH       b'+1:lemma:.5'
3.925919 Supp     b'lemma:fructose'
3.913579 Supp     b'+1:lemma:1'
3.908385 O        b'+1:postag:NNP'
3.803339 O        b'+1:lemma:o.d.'
3.758844 Technique b'lemma:rnaseq'
3.730482 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
3.692271 Technique b'-1:lemma:IP'
3.684645 O        b'lemma:ompr'
3.679500 O        b'-1:lemma:lb'
3.642465 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.624491 O        b'lemma:s'
3.612874 O        b'lemma:2-3'
3.606456 Gtype    b'+1:lemma:pq'
3.584554 O        b'lemma:soxs'
3.584554 O        b'lemma:soxr'
3.545385 O        b'lemma:CEL'
3.527179 Gversion b'lemma:u00096'
3.527179 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.525538 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
3.525111 Anti     b'lemma:anti-rpos'
3.517186 O        b'postag:VBN'
3.489661 Supp     b'lemma:Leu'
3.480284 Supp     b'lemma:iptg'
3.469423 Temp     b'-1:lemma:43'
3.467975 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.443002 OD       b'-1:lemma:about'
3.435842 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.435548 Med      b'+1:lemma:contain'
3.393209 Med      b'lemma:m63'
3.390757 Gversion b'lemma:.2'
3.390757 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.365623 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.365137 Supp     b'+1:lemma:_'
3.285213 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
3.270674 Air      b'lemma:anaerobically'
3.263042 Gversion b'lemma:000913'
3.243898 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
3.241988 O        b'lemma:at'
3.241694 Supp     b'lemma:Adenine'
3.235960 Supp     b'+1:lemma:2'
3.220154 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
3.168232 O        b'lemma:chip-arca'
3.124706 Med      b'-1:lemma:ml'
3.119275 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
3.119275 Gtype    b'-1:lemma:old'
3.105855 Phase    b'-1:lemma:until'
3.104880 Supp     b'lemma:nacl'
3.063586 Phase    b'+1:lemma:for'
3.062511 O        b'lemma:argr'
3.057692 Temp     b'-1:lemma:37'
3.030255 O        b'lemma:purr'
3.006731 O        b'-1:lemma:media'
2.937639 O        b'+1:lemma:pq'
2.930516 Supp     b'lemma:methanol'
2.918452 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.915173 Gtype    b'lemma:WT'
2.909714 OD       b'-1:lemma:~'
2.900692 Med      b'lemma:L'
2.900692 Med      b'+1:lemma:broth'
2.899989 Gtype    b'lemma:ptac'
2.898928 O        b'+1:lemma:rifampicin'
2.878667 pH       b'lemma:.5'
2.878667 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.877293 O        b'postag:DT'
2.875342 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.845729 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.833330 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.821959 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.778935 O        b'-1:lemma:dpd'
2.716093 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.714614 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.696864 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.687105 Air      b'+1:lemma:at'
2.676418 O        b'lemma:affyexp'
2.676025 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.663692 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.658854 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.651224 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.649576 O        b'-1:lemma:l1'
2.620669 Air      b'postag:RB'
2.577561 O        b'lemma:Lrp'
2.570022 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.524794 Technique b'-1:lemma:input'
2.523784 O        b'-1:lemma:min'
2.517414 O        b'+1:postag:VBP'
2.471571 O        b'+1:lemma:acetate'
2.464652 O        b'postag:VBG'
2.464091 Air      b'-1:lemma:phase'
2.457715 OD       b'lemma:0.3'
2.425241 Gtype    b'lemma:soxs-8myc'
2.425241 Gtype    b'lemma:soxr-8myc'
2.406446 O        b'+1:lemma:0.2'
2.380330 Temp     b'lemma:37'
2.356535 Temp     b'lemma:43'
2.340361 Supp     b'lemma:leucine'


Top negative:
0.000037 OD       b'+1:lemma:\xce\xb4soxr'
0.000031 Technique b'+1:lemma:Anaerobic'
0.000028 OD       b'-1:lemma:phase'
0.000026 Agit     b'-1:postag:VBG'
0.000015 Agit     b'+1:postag:IN'
0.000015 O        b'lemma:input'
0.000014 OD       b'+1:postag:RB'
0.000012 O        b'-1:lemma:Fur'
0.000010 Supp     b'+1:lemma:feso4'
0.000010 O        b'+1:lemma:ChIP-Seq'
0.000005 O        b'-1:lemma:250'
0.000004 OD       b'lemma::'
0.000004 Agit     b'postag:VBG'
0.000003 OD       b'postag::'
0.000001 Temp     b'-1:postag:NNS'
-0.000008 O        b'lemma:mg1655'
-0.000009 O        b'-1:lemma:sample'
-0.000026 O        b'-1:lemma:e.'
-0.000069 O        b'-1:lemma:1'
-0.000210 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.000267 O        b'+1:lemma:co2'
-0.000316 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.000469 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.001404 O        b'-1:lemma:at'
-0.002564 Med      b'+1:postag:CC'
-0.002647 OD       b'lemma:~'
-0.002825 O        b'lemma:grow'
-0.003590 O        b'lemma:anaerobic'
-0.004607 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.005282 Supp     b'+1:lemma:of'
-0.008060 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.008731 OD       b'+1:postag:-RRB-'
-0.009571 O        b'-1:lemma:30'
-0.010095 O        b'lemma:m63'
-0.010149 Phase    b'lemma:pahse'
-0.010429 Gtype    b'+1:lemma:-'
-0.012754 Supp     b'lemma:mm'
-0.013827 OD       b'+1:lemma:~'
-0.014292 O        b'+1:lemma:grow'
-0.015852 OD       b'+1:postag:CD'
-0.016820 O        b'lemma:25'
-0.017788 OD       b'+1:lemma:-rrb-'
-0.019574 O        b'+1:lemma:~'
-0.025256 O        b'+1:lemma:300'
-0.026121 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.028318 O        b'lemma:o2'
-0.029040 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.030350 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.030931 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.033897 O        b'-1:lemma:mm'
-0.035604 O        b'+1:lemma:o2'
-0.035916 O        b'-1:lemma:the'
-0.035990 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.036415 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.040153 Air      b'-1:postag:CC'
-0.041154 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.041832 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.045053 OD       b'postag:IN'
-0.047572 Gtype    b'+1:postag:IN'
-0.053112 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.053329 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.060576 O        b'-1:postag:IN'
-0.065925 O        b'lemma:medium'
-0.066353 O        b'+1:lemma:25'
-0.076464 Med      b'-1:postag:NN'
-0.078443 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.078865 Strain   b'+1:postag:NN'
-0.091232 Air      b'postag:CD'
-0.091763 O        b'lemma:30'
-0.095656 O        b'lemma:lb'
-0.098575 O        b'+1:lemma:shake'
-0.100589 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.109250 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.113108 Agit     b'postag:NN'
-0.113815 O        b'-1:lemma:o2'
-0.117553 O        b'+1:lemma:5'
-0.121789 Supp     b'lemma:and'
-0.122865 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.129126 O        b'lemma:glucose'
-0.130690 O        b'-1:lemma:of'
-0.132633 O        b'+1:lemma:phase'
-0.134059 OD       b'+1:postag:CC'
-0.141756 Air      b'-1:lemma:95'
-0.143614 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.149012 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.155150 O        b'+1:postag:NNS'
-0.160903 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.161363 O        b'lemma:n2'
-0.162536 O        b'postag:VBP'
-0.168298 O        b'-1:lemma:n2'
-0.171249 O        b'-1:postag:VBN'
-0.176512 O        b'lemma:aerobically'
-0.186672 O        b'lemma:co2'
-0.186766 O        b'+1:lemma:_'
-0.196943 Strain   b'postag:NN'
-0.201827 O        b'+1:lemma:mm'
-0.206537 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.214121 Supp     b'postag:CC'
-0.215072 O        b'lemma:e.'
-0.235225 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.261548 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.264532 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.272491 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.284244 O        b'-1:lemma:from'
-0.285360 O        b'-1:lemma:until'
-0.286318 Med      b'postag:CD'
-0.287177 Air      b'-1:lemma:or'
-0.304066 O        b'lemma:150'
-0.304066 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.304896 O        b'+1:lemma:or'
-0.309102 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.331291 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.339237 Med      b'+1:postag:IN'
-0.352184 O        b'postag:RB'
-0.361577 Gtype    b'postag:CD'
-0.367320 O        b'-1:lemma:ml'
-0.377900 O        b'lemma:dissolve'
-0.378236 O        b'+1:lemma:.'
-0.378236 O        b'+1:postag:.'
-0.378886 O        b'+1:lemma:until'
-0.380197 O        b'lemma:od600'
-0.380556 O        b'-1:lemma:od600'
-0.388687 O        b'lemma:phase'
-0.393310 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.399102 O        b'+1:postag:IN'
-0.399168 Temp     b'postag:JJ'
-0.401235 O        b'-1:lemma:~'
-0.410916 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.431448 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.434432 Technique b'-1:lemma::'
-0.444259 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.459196 Technique b'-1:postag::'
-0.459291 OD       b'+1:lemma:and'
-0.470209 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.486291 O        b'+1:lemma:%'
-0.518507 O        b'-1:lemma:IP'
-0.519707 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.526678 O        b'lemma:dpd'
-0.534234 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.540044 pH       b'postag:NN'
-0.542011 O        b'+1:lemma:c'
-0.553114 O        b'-1:lemma:grow'
-0.571198 O        b'lemma:0.3'
-0.573213 Med      b'+1:postag:NN'
-0.592187 Temp     b'postag:NN'
-0.596509 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.616998 O        b'lemma:media'
-0.625245 O        b'+1:lemma:cell'
-0.625847 O        b'-1:lemma:cra'
-0.668364 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.670411 O        b'+1:lemma:+'
-0.670829 O        b'lemma:anaerobically'
-0.693082 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.727079 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.727079 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.738408 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.792874 O        b'lemma:20'
-0.848889 OD       b'+1:postag:NN'
-0.848997 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.861900 Med      b'-1:postag:IN'
-0.865385 O        b'lemma:0.2'
-0.892622 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.892622 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.937071 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.938360 O        b'-1:lemma:co2'
-0.960239 O        b'lemma:2h'
-0.960239 O        b'-1:lemma:additional'
-0.973815 O        b'lemma:of'
-1.034828 O        b'+1:postag:VBG'
-1.035428 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.050289 O        b'lemma:mid-log'
-1.059894 O        b'-1:postag:VBG'
-1.066538 O        b'lemma:0.1'
-1.076597 O        b'-1:postag::'
-1.106329 Phase    b'+1:postag:NN'
-1.148398 Phase    b'-1:postag:NN'
-1.172180 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.201626 O        b'lemma:37'
-1.206293 OD       b'postag:-LRB-'
-1.252513 O        b'-1:lemma:37'
-1.399946 O        b'+1:lemma:at'
-1.439837 O        b'lemma:wt'
-1.474885 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.521797 O        b'lemma:fecl2'
-1.544569 Anti     b'postag:NNP'
-1.548585 O        b'+1:lemma:hour'
-1.566877 Supp     b'-1:lemma:%'
-1.597712 O        b'+1:lemma:in'
-1.629113 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.773656 Air      b'postag:NN'
-1.898147 Phase    b'-1:postag:JJ'
-2.222432 O        b'lemma:rifampicin'
-2.229376 O        b'-1:lemma:2'
-2.493849 O        b'+1:lemma:1'
-2.529260 O        b'lemma:methanol'
-2.707675 O        b'+1:lemma:2'
-2.830767 Supp     b'postag:JJ'
-2.988306 Phase    b'postag:JJ'
-4.548731 O        b'-1:lemma::'
-4.577007 O        b'-1:lemma:_'