********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.16058815571126603, 'c2': 0.009129664457456948}
best CV score:0.7991895289243558
model size: 0.07M

Flat F1: 0.7842038431135264
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.872     0.774     0.820       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.823     0.684     0.747       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.850     0.744     0.784       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.719064
OD     -> OD      6.323533
Temp   -> Temp    5.626965
Med    -> Med     5.518631
Anti   -> Anti    5.387568
Air    -> Air     5.306006
Gtype  -> Gtype   4.649741
O      -> O       4.602569
Phase  -> Phase   4.554949
Gversion -> Gversion 4.497882
Supp   -> Supp    4.147792
Technique -> Technique 4.061262
pH     -> pH      2.238372
O      -> Supp    1.895496
Air    -> O       1.750002
Gtype  -> Supp    1.554366
Substrain -> Gtype   1.504459
O      -> Gtype   1.372037
O      -> Technique 1.353039
Technique -> Air     0.944695
O      -> Anti    0.631594
O      -> Temp    0.503749
Med    -> O       0.429416
O      -> Gversion 0.344788
OD     -> Phase   0.332615
Temp   -> O       0.259256
O      -> Med     0.223793
Gtype  -> Air     0.098960
Supp   -> O       0.061572
O      -> Phase   0.048636
Gtype  -> pH      0.031023
Phase  -> O       0.028306
O      -> Strain  0.026662
OD     -> Air     -0.000013
Technique -> O       -0.002223
Technique -> Gtype   -0.072225
Supp   -> Air     -0.245156
Technique -> OD      -0.270904
OD     -> Med     -0.284259
Gtype  -> Med     -0.389196
Gtype  -> O       -0.401680
OD     -> O       -0.570578
Agit   -> O       -0.633985
Gtype  -> Anti    -0.634022
O      -> Air     -0.700283
Gtype  -> OD      -0.910835
Supp   -> Med     -0.967944
Substrain -> O       -1.090330
Med    -> Supp    -1.725214
Phase  -> OD      -1.762859


Top unlikely transitions:
Agit   -> Agit    6.719064
OD     -> OD      6.323533
Temp   -> Temp    5.626965
Med    -> Med     5.518631
Anti   -> Anti    5.387568
Air    -> Air     5.306006
Gtype  -> Gtype   4.649741
O      -> O       4.602569
Phase  -> Phase   4.554949
Gversion -> Gversion 4.497882
Supp   -> Supp    4.147792
Technique -> Technique 4.061262
pH     -> pH      2.238372
O      -> Supp    1.895496
Air    -> O       1.750002
Gtype  -> Supp    1.554366
Substrain -> Gtype   1.504459
O      -> Gtype   1.372037
O      -> Technique 1.353039
Technique -> Air     0.944695
O      -> Anti    0.631594
O      -> Temp    0.503749
Med    -> O       0.429416
O      -> Gversion 0.344788
OD     -> Phase   0.332615
Temp   -> O       0.259256
O      -> Med     0.223793
Gtype  -> Air     0.098960
Supp   -> O       0.061572
O      -> Phase   0.048636
Gtype  -> pH      0.031023
Phase  -> O       0.028306
O      -> Strain  0.026662
OD     -> Air     -0.000013
Technique -> O       -0.002223
Technique -> Gtype   -0.072225
Supp   -> Air     -0.245156
Technique -> OD      -0.270904
OD     -> Med     -0.284259
Gtype  -> Med     -0.389196
Gtype  -> O       -0.401680
OD     -> O       -0.570578
Agit   -> O       -0.633985
Gtype  -> Anti    -0.634022
O      -> Air     -0.700283
Gtype  -> OD      -0.910835
Supp   -> Med     -0.967944
Substrain -> O       -1.090330
Med    -> Supp    -1.725214
Phase  -> OD      -1.762859


Top positive:
8.837637 Phase    b'lemma:stationary'
8.799335 Supp     b'lemma:Iron'
8.611049 O        b'lemma:_'
7.279883 O        b'lemma:1'
6.932654 Supp     b'lemma:nitrate'
6.880712 Air      b'lemma:anaerobic'
6.848692 Strain   b'lemma:k-12'
6.839307 Air      b'lemma:aerobic'
6.789788 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.727217 Phase    b'lemma:mid-log'
6.413420 O        b'lemma:rpob'
5.946980 O        b'lemma:2'
5.848343 Technique b'lemma:chipseq'
5.826514 Substrain b'lemma:mg1655'
5.584982 Supp     b'lemma:pq'
5.578193 O        b'-1:lemma:tag'
5.564380 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
5.533718 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.522763 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.497653 O        b'lemma:3'
5.471837 Med      b'lemma:MOPS'
5.411070 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.308684 Gtype    b'lemma:type'
5.245931 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.210520 O        b'lemma:rep1'
5.173302 Air      b'lemma:Aerobic'
4.949891 O        b'lemma:rep2'
4.893059 Med      b'lemma:LB'
4.891835 O        b'lemma:b'
4.883141 O        b'postag:IN'
4.880173 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.880173 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.852218 O        b'lemma:rep3'
4.830297 OD       b'lemma:od600'
4.826485 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.743281 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.722036 O        b'lemma:Custom'
4.717849 Gversion b'lemma:nc'
4.701135 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.682123 O        b'postag::'
4.648660 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.639269 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.607690 O        b'lemma:a'
4.570893 Med      b'lemma:lb'
4.466395 O        b'lemma:Cra'
4.390246 Supp     b'lemma:glucose'
4.349340 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.320335 Gtype    b'lemma:wt'
4.311807 Gtype    b'lemma:delta-arca'
4.197474 Technique b'lemma:rna-seq'
4.168693 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.160315 Supp     b'lemma:Fe'
4.109646 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.033076 OD       b'lemma:od450'
3.947930 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.908993 Anti     b'lemma:none'
3.885757 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.879994 Technique b'lemma:rnaseq'
3.842850 Supp     b'lemma:dpd'
3.840223 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.804681 Vess     b'lemma:flask'
3.804681 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.791974 Supp     b'lemma:no3'
3.760306 O        b'lemma:.'
3.760306 O        b'postag:.'
3.728479 Technique b'lemma:chip-seq'
3.712550 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.655598 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.646988 Supp     b'lemma:acetate'
3.634096 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.586071 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.578964 OD       b'+1:lemma:stationary'
3.567614 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.480912 Supp     b'+1:lemma:1'
3.460781 Anti     b'lemma:seqa'
3.449791 Supp     b'lemma:arginine'
3.441583 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.432425 O        b'lemma:-'
3.371367 O        b'+1:lemma:od600'
3.362556 O        b'-1:lemma:type'
3.291275 O        b'lemma:or'
3.273720 O        b'postag:VBN'
3.265269 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.250448 Supp     b'lemma:fructose'
3.225849 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.222217 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.219063 Med      b'lemma:m63'
3.216977 O        b'lemma:CEL'
3.176530 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.146575 O        b'+1:postag:RB'
3.134788 O        b'-1:lemma:glucose'
3.125043 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.100972 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.072971 pH       b'lemma:ph5'
3.072971 pH       b'+1:lemma:.5'
3.067075 O        b'-1:lemma:0.3'
3.036857 O        b'lemma:chip'
3.030617 Supp     b'-1:lemma:Cra'
3.025659 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.008031 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.994019 Gversion b'lemma:u00096'
2.994019 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.993336 Supp     b'+1:lemma:2'
2.990986 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.989694 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.983685 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.981744 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.956476 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.936131 Technique b'-1:lemma:IP'
2.919804 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.910451 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.869576 Gversion b'lemma:000913'
2.862556 O        b'lemma:s'
2.839985 O        b'lemma:with'
2.828830 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.818885 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.813806 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.813297 O        b'-1:lemma:lb'
2.741808 Temp     b'-1:lemma:43'
2.719888 Supp     b'-1:lemma:+'
2.682019 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.665763 O        b'+1:postag:NNP'
2.664036 O        b'postag:CC'
2.648305 Supp     b'lemma:nacl'
2.635798 Gversion b'lemma:.2'
2.635798 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.631519 OD       b'-1:lemma:~'
2.630404 pH       b'lemma:.5'
2.630404 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.610537 Temp     b'-1:lemma:37'
2.585402 O        b'postag:VBG'
2.582024 O        b'lemma:oxyr'
2.534944 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.529286 Med      b'lemma:media'
2.526833 O        b'lemma:for'
2.522683 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.517678 O        b'+1:lemma:pq'
2.481621 O        b'postag:DT'
2.467547 Air      b'postag:RB'
2.465592 Supp     b'+1:lemma:_'
2.465328 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.462075 Supp     b'lemma:Leu'
2.457045 Air      b'-1:lemma:-'
2.398092 Supp     b'lemma:20'
2.393465 O        b'-1:lemma:l1'
2.392516 OD       b'lemma:0.3'
2.388541 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.372930 O        b'lemma:culture'
2.354906 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.354774 O        b'lemma:2-3'
2.346860 O        b'lemma:affyexp'
2.323757 Technique b'-1:lemma:input'
2.321220 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.318926 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.307787 Temp     b'lemma:43'
2.301344 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.300110 Med      b'-1:lemma:ml'
2.281743 Air      b'lemma:anaerobically'
2.255382 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.255382 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.248647 Temp     b'lemma:37'
2.228191 O        b'lemma:ompr'
2.227705 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.223375 Supp     b'lemma:Adenine'
2.216690 Supp     b'lemma:iptg'
2.192106 Gtype    b'lemma:ptac'
2.185607 Phase    b'-1:lemma:until'
2.150538 O        b'-1:lemma:stpa'
2.139915 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.138681 O        b'+1:lemma:sparging'
2.124332 Med      b'lemma:L'
2.124332 Med      b'+1:lemma:broth'
2.090590 Air      b'lemma:Anaerobic'
2.084963 O        b'lemma:condition'
2.083373 Supp     b'lemma:0.2'
2.071469 O        b'lemma:at'
2.070008 O        b'+1:lemma:anti-fur'
2.046312 O        b'lemma:Lrp'
2.038220 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.029113 O        b'lemma:chip-arca'
2.027744 Supp     b'lemma:methanol'
2.017925 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.017005 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.011726 Med      b'lemma:broth'
2.011726 Med      b'-1:lemma:L'
1.998337 pH       b'+1:postag:CD'
1.982325 O        b'lemma:Fur'
1.968163 Med      b'lemma:glucose'
1.939193 Gversion b'postag:CD'
1.930022 Phase    b'+1:postag:NNS'
1.926820 O        b'lemma:soxs'
1.926820 O        b'lemma:soxr'
1.910127 Supp     b'-1:lemma:with'
1.904564 Air      b'lemma:anerobically'
1.901117 O        b'lemma:genotype/variation'
1.899206 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.889629 Gtype    b'lemma:WT'
1.854673 Phase    b'+1:lemma:for'
1.839203 Temp     b'-1:lemma:30'
1.838657 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'


Top negative:
0.009154 Gtype    b'-1:lemma:small'
0.008958 O        b'-1:lemma:concentration'
0.008958 O        b'+1:lemma:150'
0.008749 Supp     b'+1:lemma:%'
0.008295 Gtype    b'-1:postag:IN'
0.007225 Temp     b'-1:postag:NN'
0.007001 O        b'+1:lemma:dpd'
0.006253 O        b'-1:lemma:to'
0.006253 O        b'-1:postag:TO'
0.005971 O        b'lemma:25'
0.005588 Supp     b'-1:postag:VBN'
0.005564 Supp     b'postag:NNP'
0.005481 Vess     b'+1:postag:IN'
0.005374 Med      b'-1:lemma:w2'
0.005034 Med      b'-1:lemma:2'
0.004923 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
0.004818 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.004778 Phase    b'+1:postag:RB'
0.002918 Supp     b'+1:lemma:dpd'
0.001853 Supp     b'-1:postag:NN'
0.001254 O        b'-1:lemma:25'
0.001130 O        b'+1:lemma:minute'
0.000839 Supp     b'lemma:2'
0.000645 O        b'lemma:250'
0.000633 O        b'+1:lemma:use'
0.000599 OD       b'+1:lemma:-rrb-'
0.000522 Gtype    b'postag::'
0.000521 O        b'lemma:contain'
0.000301 Air      b'postag:CC'
0.000277 O        b'-1:postag:DT'
0.000223 Air      b'-1:lemma:and'
0.000188 O        b'-1:lemma:Iron'
0.000172 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
0.000156 O        b'+1:lemma:um'
0.000120 Technique b'+1:postag:-RRB-'
0.000082 O        b'lemma:fresh'
0.000007 O        b'-1:lemma:chip'
0.000004 Technique b'-1:postag:NN'
0.000004 Gtype    b'lemma:input'
0.000002 Supp     b'+1:lemma:feso4'
-0.000001 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.000002 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.000013 O        b'+1:lemma:95'
-0.000014 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.000015 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.000019 Gtype    b'postag:CD'
-0.000030 O        b'lemma:purify'
-0.000053 O        b'lemma:10'
-0.000099 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.000279 Temp     b'postag:JJ'
-0.000305 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.000901 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.002039 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.002046 O        b'+1:lemma:mm'
-0.002243 O        b'-1:lemma:the'
-0.003015 O        b'-1:lemma:with'
-0.004660 Technique b'-1:lemma::'
-0.005024 OD       b'+1:lemma:of'
-0.006171 O        b'+1:postag:CD'
-0.006255 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.006748 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.009757 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.010305 OD       b'lemma:~'
-0.012303 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.014317 O        b'+1:lemma:25'
-0.017635 O        b'lemma:lb'
-0.020425 O        b'-1:postag:VBN'
-0.020857 Air      b'-1:lemma:70'
-0.021641 OD       b'+1:postag:CD'
-0.026926 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.030050 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.030184 O        b'+1:lemma:o2'
-0.033398 O        b'+1:lemma:grow'
-0.034272 O        b'lemma:o2'
-0.038973 O        b'lemma:medium'
-0.041512 O        b'+1:lemma:phase'
-0.047966 O        b'+1:lemma:300'
-0.051332 O        b'-1:lemma:mm'
-0.052636 O        b'lemma:e.'
-0.055634 Med      b'postag:CD'
-0.055801 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.062955 Air      b'-1:postag:CC'
-0.065091 O        b'-1:lemma:o2'
-0.065456 OD       b'+1:lemma:and'
-0.079195 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.085840 Med      b'+1:postag:NN'
-0.089782 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.090118 O        b'-1:lemma:e.'
-0.091747 O        b'+1:lemma:shake'
-0.096366 O        b'+1:lemma:5'
-0.104686 OD       b'postag:JJ'
-0.110082 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.117489 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.118330 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.123321 Air      b'-1:lemma:or'
-0.125308 O        b'lemma:co2'
-0.126112 Air      b'postag:CD'
-0.127371 O        b'-1:lemma:from'
-0.128004 Supp     b'lemma:and'
-0.138630 Med      b'+1:postag:IN'
-0.140700 OD       b'+1:postag:CC'
-0.141775 Med      b'-1:postag:NN'
-0.143861 O        b'lemma:grow'
-0.147202 O        b'-1:lemma:um'
-0.147202 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.151027 O        b'-1:postag:IN'
-0.151499 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.158428 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.162488 O        b'-1:lemma:30'
-0.173747 O        b'-1:lemma:1'
-0.185340 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.197510 O        b'lemma:anaerobic'
-0.202853 Supp     b'postag:CC'
-0.212861 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.215175 O        b'-1:lemma:cra'
-0.224143 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.230836 O        b'-1:lemma:of'
-0.240457 O        b'lemma:aerobically'
-0.244805 O        b'+1:postag:IN'
-0.254690 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.255175 Temp     b'postag:NN'
-0.261806 O        b'+1:postag:NNS'
-0.267878 pH       b'postag:NN'
-0.269047 O        b'postag:VBP'
-0.270124 O        b'lemma:150'
-0.270124 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.276353 O        b'+1:lemma:until'
-0.286173 O        b'+1:lemma:.'
-0.286173 O        b'+1:postag:.'
-0.305770 O        b'+1:lemma:%'
-0.305965 O        b'-1:lemma:ml'
-0.324166 O        b'lemma:media'
-0.339524 O        b'lemma:phase'
-0.352773 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.363361 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.388894 O        b'lemma:dissolve'
-0.389770 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.397946 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.420065 O        b'-1:lemma:~'
-0.440463 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.449972 O        b'-1:lemma:od600'
-0.451810 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.452722 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.452722 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.483420 OD       b'+1:postag:NN'
-0.485997 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.497094 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.501676 O        b'lemma:od600'
-0.531049 O        b'lemma:20'
-0.559644 O        b'-1:lemma:grow'
-0.580617 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.620523 Technique b'-1:postag::'
-0.630289 O        b'lemma:0.3'
-0.679102 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.685275 O        b'lemma:anaerobically'
-0.715057 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.717401 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.759134 O        b'-1:lemma:37'
-0.770187 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.786415 O        b'lemma:0.2'
-0.821217 O        b'+1:postag:VBG'
-0.822213 O        b'lemma:37'
-0.824982 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.842762 O        b'-1:lemma:sample'
-0.857711 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.859301 O        b'+1:lemma:cell'
-0.865248 O        b'lemma:fecl2'
-0.895821 OD       b'postag:-LRB-'
-0.909763 O        b'-1:postag:VBG'
-0.924925 O        b'lemma:of'
-0.938966 O        b'+1:lemma:hour'
-0.948215 O        b'lemma:2h'
-0.948215 O        b'-1:lemma:additional'
-1.035032 O        b'-1:lemma:co2'
-1.038239 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.049551 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.049551 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.057377 O        b'-1:postag::'
-1.072361 O        b'lemma:mid-log'
-1.076264 O        b'lemma:0.1'
-1.182064 O        b'+1:lemma:+'
-1.269769 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.341512 O        b'+1:lemma:at'
-1.349849 O        b'-1:lemma:IP'
-1.412012 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.427656 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.459404 O        b'lemma:wt'
-1.465487 Anti     b'postag:NNP'
-1.539253 O        b'lemma:rifampicin'
-1.604435 O        b'lemma:methanol'
-1.624731 Supp     b'postag:JJ'
-1.646056 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.650493 Air      b'postag:NN'
-1.947720 O        b'+1:lemma:in'
-1.988778 O        b'+1:lemma:2'
-2.105490 O        b'+1:lemma:1'
-2.188210 O        b'-1:lemma:2'
-2.454354 Phase    b'postag:JJ'
-4.082146 O        b'-1:lemma::'
-4.315245 O        b'-1:lemma:_'