********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.15174828379035918, 'c2': 0.004631150546332649}
best CV score:0.8039437168420447
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7844164550442063
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.807     0.742     0.773        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.866     0.792     0.828       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.807     0.676     0.736       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.848     0.746     0.784       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.791682
OD     -> OD      6.218349
Med    -> Med     5.630081
Temp   -> Temp    5.606252
Anti   -> Anti    5.592992
Air    -> Air     5.496160
Gtype  -> Gtype   5.032489
O      -> O       4.908086
Phase  -> Phase   4.730701
Gversion -> Gversion 4.476840
Technique -> Technique 4.434337
Supp   -> Supp    4.084657
pH     -> pH      1.968754
Substrain -> Gtype   1.897449
O      -> Supp    1.725753
Air    -> O       1.650897
O      -> Gtype   1.589697
Gtype  -> Supp    1.521503
O      -> Technique 1.404884
Technique -> Air     0.905351
O      -> Temp    0.873962
O      -> Anti    0.719006
Med    -> O       0.502394
O      -> Gversion 0.498028
Temp   -> O       0.179242
OD     -> Phase   0.164045
O      -> Phase   0.156883
Phase  -> O       0.137263
Gtype  -> Air     0.075321
Gtype  -> pH      0.063986
O      -> Med     0.051856
O      -> Strain  0.030496
Supp   -> O       0.016375
Anti   -> O       0.009641
O      -> OD      -0.006635
OD     -> Med     -0.051166
Technique -> OD      -0.093116
Supp   -> OD      -0.100162
Supp   -> Air     -0.273856
Gtype  -> O       -0.276598
Technique -> Gtype   -0.372736
Gtype  -> Anti    -0.373755
Gtype  -> Med     -0.384161
OD     -> O       -0.433058
Agit   -> O       -0.645946
O      -> Air     -0.659946
Substrain -> O       -0.912411
Gtype  -> OD      -0.984268
Supp   -> Med     -1.212185
Med    -> Supp    -1.967819


Top unlikely transitions:
OD     -> OD      6.218349
Med    -> Med     5.630081
Temp   -> Temp    5.606252
Anti   -> Anti    5.592992
Air    -> Air     5.496160
Gtype  -> Gtype   5.032489
O      -> O       4.908086
Phase  -> Phase   4.730701
Gversion -> Gversion 4.476840
Technique -> Technique 4.434337
Supp   -> Supp    4.084657
pH     -> pH      1.968754
Substrain -> Gtype   1.897449
O      -> Supp    1.725753
Air    -> O       1.650897
O      -> Gtype   1.589697
Gtype  -> Supp    1.521503
O      -> Technique 1.404884
Technique -> Air     0.905351
O      -> Temp    0.873962
O      -> Anti    0.719006
Med    -> O       0.502394
O      -> Gversion 0.498028
Temp   -> O       0.179242
OD     -> Phase   0.164045
O      -> Phase   0.156883
Phase  -> O       0.137263
Gtype  -> Air     0.075321
Gtype  -> pH      0.063986
O      -> Med     0.051856
O      -> Strain  0.030496
Supp   -> O       0.016375
Anti   -> O       0.009641
O      -> OD      -0.006635
OD     -> Med     -0.051166
Technique -> OD      -0.093116
Supp   -> OD      -0.100162
Supp   -> Air     -0.273856
Gtype  -> O       -0.276598
Technique -> Gtype   -0.372736
Gtype  -> Anti    -0.373755
Gtype  -> Med     -0.384161
OD     -> O       -0.433058
Agit   -> O       -0.645946
O      -> Air     -0.659946
Substrain -> O       -0.912411
Gtype  -> OD      -0.984268
Supp   -> Med     -1.212185
Med    -> Supp    -1.967819
Phase  -> OD      -2.190300


Top positive:
10.442312 Supp     b'lemma:Iron'
9.237513 O        b'lemma:_'
8.066306 Phase    b'lemma:stationary'
8.024906 Air      b'lemma:aerobic'
7.908903 O        b'lemma:1'
7.889018 Supp     b'lemma:nitrate'
7.674820 Air      b'lemma:anaerobic'
7.633175 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.899479 Strain   b'lemma:k-12'
6.830547 Med      b'lemma:MOPS'
6.657016 O        b'lemma:rpob'
6.360670 O        b'lemma:2'
6.250166 Gtype    b'lemma:type'
6.190584 Substrain b'lemma:mg1655'
6.146067 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.024964 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.999859 Technique b'lemma:chipseq'
5.989574 Phase    b'lemma:mid-log'
5.930186 Supp     b'lemma:pq'
5.914739 O        b'lemma:3'
5.824268 O        b'lemma:Custom'
5.823157 O        b'-1:lemma:tag'
5.790768 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.787399 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
5.679226 Air      b'lemma:Aerobic'
5.626571 OD       b'lemma:od600'
5.547367 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
5.529761 O        b'lemma:rep2'
5.480516 Med      b'lemma:LB'
5.426406 O        b'lemma:rep1'
5.393841 Gversion b'lemma:nc'
5.303166 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.303166 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.281475 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.272063 O        b'lemma:b'
5.200310 O        b'lemma:rep3'
5.142193 OD       b'lemma:od450'
5.096163 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.990214 O        b'lemma:Cra'
4.926222 O        b'lemma:a'
4.919918 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.861544 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.812167 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.803668 Gtype    b'lemma:wt'
4.778995 Gtype    b'lemma:delta-arca'
4.686613 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.679240 O        b'postag::'
4.678684 O        b'postag:IN'
4.626493 OD       b'+1:lemma:stationary'
4.555800 Med      b'lemma:lb'
4.525977 Gversion b'-1:lemma:nc'
4.514336 Supp     b'lemma:glucose'
4.505232 Supp     b'lemma:Fe'
4.499806 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.365930 Technique b'lemma:rna-seq'
4.353053 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.322748 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.244815 Anti     b'lemma:none'
4.188590 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.181353 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.061718 Supp     b'lemma:dpd'
4.014721 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.991603 Technique b'lemma:rnaseq'
3.988938 O        b'lemma:-'
3.968688 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.942988 Technique b'lemma:chip-seq'
3.894918 Supp     b'lemma:acetate'
3.894666 O        b'lemma:or'
3.891632 O        b'lemma:.'
3.891632 O        b'postag:.'
3.833478 Supp     b'lemma:arginine'
3.829349 Supp     b'lemma:no3'
3.814064 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.734701 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.730485 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.716590 Anti     b'lemma:seqa'
3.692742 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.691658 Vess     b'lemma:flask'
3.691658 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.680323 O        b'+1:lemma:od600'
3.566813 pH       b'lemma:ph5'
3.566813 pH       b'+1:lemma:.5'
3.560406 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.535215 O        b'-1:lemma:type'
3.524717 O        b'+1:postag:RB'
3.508650 Supp     b'lemma:fructose'
3.483038 O        b'lemma:chip'
3.461944 Supp     b'-1:lemma:Cra'
3.457426 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.436475 Supp     b'+1:lemma:1'
3.379628 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.377053 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.370766 Technique b'-1:lemma:IP'
3.365056 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.358640 O        b'-1:lemma:anaerobic'
3.348760 O        b'lemma:CEL'
3.347149 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.346755 Anti     b'lemma:anti-rpos'
3.291412 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
3.278055 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.276131 O        b'-1:lemma:0.3'
3.234361 O        b'-1:lemma:glucose'
3.215739 O        b'lemma:with'
3.173824 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.151844 Med      b'lemma:m63'
3.095334 O        b'lemma:2-3'
3.095161 Gversion b'lemma:.2'
3.095161 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.091572 O        b'postag:VBN'
3.064702 Gversion b'lemma:u00096'
3.064702 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.050277 Temp     b'-1:lemma:37'
3.030666 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.027065 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.014173 O        b'+1:lemma:chip-seq'
3.004960 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.985168 O        b'lemma:for'
2.975989 Supp     b'-1:lemma:+'
2.944441 O        b'lemma:oxyr'
2.938101 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.932689 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.920019 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.881207 Supp     b'lemma:nacl'
2.860299 O        b'lemma:s'
2.845172 Supp     b'+1:lemma:2'
2.832035 pH       b'lemma:.5'
2.832035 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.826929 Supp     b'lemma:Leu'
2.812269 O        b'+1:postag:NNP'
2.781059 Air      b'lemma:anaerobically'
2.778609 O        b'-1:lemma:lb'
2.760280 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.735776 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.720218 O        b'lemma:at'
2.711579 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.699401 O        b'lemma:ompr'
2.690406 Air      b'-1:lemma:-'
2.684684 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.665215 Supp     b'+1:lemma:_'
2.660630 Phase    b'-1:lemma:until'
2.607235 Med      b'lemma:L'
2.607235 Med      b'+1:lemma:broth'
2.606476 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.603782 O        b'+1:lemma:pq'
2.599075 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.567370 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.524994 Supp     b'lemma:Adenine'
2.522705 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.522705 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.484836 Temp     b'-1:lemma:43'
2.470532 Supp     b'lemma:20'
2.469573 O        b'lemma:culture'
2.450105 Technique b'-1:lemma:input'
2.449141 O        b'postag:DT'
2.444936 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.421299 Med      b'-1:lemma:ml'
2.419343 Temp     b'lemma:43'
2.410866 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.405996 Supp     b'lemma:iptg'
2.397598 Air      b'postag:RB'
2.397388 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.360509 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.349789 O        b'lemma:condition'
2.348126 Gtype    b'lemma:ptac'
2.347726 Gversion b'lemma:000913'
2.337057 O        b'lemma:chip-arca'
2.336687 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.327964 Med      b'lemma:media'
2.272835 O        b'-1:lemma:stpa'
2.265750 O        b'lemma:Lrp'
2.265406 O        b'lemma:soxs'
2.265406 O        b'lemma:soxr'
2.262228 O        b'postag:VBG'
2.253322 O        b'-1:lemma:l1'
2.237857 Air      b'lemma:anerobically'
2.184062 O        b'-1:lemma:media'
2.159204 Supp     b'-1:lemma:with'
2.158856 O        b'lemma:genotype/variation'
2.157878 O        b'-1:lemma:dpd'
2.152540 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.148134 O        b'lemma:affyexp'
2.137699 O        b'postag:CC'
2.111648 Supp     b'lemma:methanol'
2.108494 O        b'+1:postag:VBP'
2.075540 OD       b'lemma:phase'
2.075417 Gversion b'postag:CD'
2.068323 Supp     b'lemma:0.2'
2.064252 Gtype    b'-1:lemma:vector'
2.056563 OD       b'lemma:0.3'
2.050748 OD       b'-1:lemma:~'
2.050625 Gtype    b'lemma:WT'
2.032571 Temp     b'lemma:37'
2.018067 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.017840 O        b'lemma:Fur'
2.011856 O        b'lemma:argr'
2.006861 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.998918 O        b'lemma:purr'
1.996704 Phase    b'+1:lemma:for'
1.989638 Med      b'lemma:glucose'
1.943868 Phase    b'-1:lemma:mid-log'


Top negative:
0.000312 OD       b'-1:lemma:mid-log'
0.000096 OD       b'-1:postag:VBN'
0.000087 Gtype    b'-1:lemma:small'
0.000087 Med      b'-1:lemma:g/l'
0.000084 Agit     b'+1:postag:NN'
0.000056 O        b'+1:lemma:ChIP-Seq'
0.000053 Supp     b'-1:lemma:1g/l'
0.000051 O        b'lemma:hour'
0.000051 Gtype    b'lemma:cra'
0.000036 OD       b'lemma:and'
0.000021 Temp     b'lemma:-lrb-'
0.000021 Temp     b'postag:-LRB-'
0.000019 O        b'-1:lemma:l2'
0.000014 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
0.000014 Technique b'+1:postag:-RRB-'
0.000007 Gtype    b'lemma:small'
-0.000002 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.000046 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.000070 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.000073 O        b'-1:lemma:1'
-0.000129 Med      b'postag:CD'
-0.000455 O        b'-1:lemma:20'
-0.000511 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.000708 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.000735 Gtype    b'postag:CD'
-0.000807 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.000867 O        b'+1:postag:CD'
-0.000974 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.001057 O        b'+1:lemma:~'
-0.001061 O        b'+1:lemma:fnr'
-0.001528 Air      b'+1:lemma:70'
-0.001678 O        b'-1:lemma:the'
-0.001682 O        b'postag:VBP'
-0.002024 O        b'+1:lemma:min'
-0.002325 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.002352 O        b'lemma:n2'
-0.002519 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.002662 Air      b'lemma:,'
-0.002662 Air      b'postag:,'
-0.005486 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.006088 O        b'+1:lemma:o2'
-0.006828 Air      b'-1:lemma:and'
-0.008457 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.009847 O        b'-1:lemma:,'
-0.009847 O        b'-1:postag:,'
-0.010744 O        b'+1:lemma:phase'
-0.011644 O        b'lemma:cell'
-0.011902 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.013075 OD       b'+1:lemma:and'
-0.013273 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.013803 O        b'lemma:e.'
-0.013807 O        b'-1:lemma:sample'
-0.013821 O        b'+1:lemma:mm'
-0.014710 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.015201 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.015350 OD       b'+1:postag:CD'
-0.017836 O        b'+1:lemma:grow'
-0.019975 O        b'lemma:anaerobic'
-0.024268 Air      b'+1:postag:CD'
-0.025672 O        b'lemma:medium'
-0.025888 O        b'+1:lemma:95'
-0.026118 O        b'lemma:k-12'
-0.027112 O        b'+1:lemma:25'
-0.029447 Air      b'postag:CC'
-0.030441 O        b'lemma:m63'
-0.030598 OD       b'+1:postag:CC'
-0.032367 O        b'lemma:grow'
-0.035584 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.039003 O        b'lemma:mg/ml'
-0.039003 O        b'-1:lemma:150'
-0.041109 O        b'-1:lemma:e.'
-0.043248 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.049539 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.050421 O        b'lemma:25'
-0.053998 Temp     b'postag:JJ'
-0.060680 O        b'-1:lemma:at'
-0.060890 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.061474 O        b'lemma:lb'
-0.064297 Med      b'-1:postag:NN'
-0.065687 O        b'-1:postag:VBN'
-0.067931 O        b'-1:lemma:o2'
-0.068731 O        b'+1:lemma:5'
-0.069126 O        b'+1:lemma:shake'
-0.069173 O        b'-1:lemma:25'
-0.071503 Air      b'-1:postag:CC'
-0.075779 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.077365 Air      b'-1:lemma:or'
-0.080349 O        b'lemma:30'
-0.087136 O        b'-1:lemma:mm'
-0.089014 pH       b'postag:NN'
-0.089177 O        b'lemma:o2'
-0.097371 Supp     b'lemma:and'
-0.101711 Gtype    b'-1:postag:DT'
-0.104337 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.113298 O        b'-1:lemma:um'
-0.113298 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.118293 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.119989 O        b'-1:lemma:30'
-0.126122 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.135089 Supp     b'postag:CC'
-0.137129 O        b'-1:postag:IN'
-0.138660 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.139143 O        b'+1:lemma:until'
-0.162860 O        b'lemma:150'
-0.162860 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.164772 OD       b'postag:JJ'
-0.171975 Temp     b'postag:NN'
-0.183842 O        b'lemma:phase'
-0.184042 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.185930 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.185933 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.195035 Med      b'-1:postag:IN'
-0.204004 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.210272 Gtype    b'lemma:delta'
-0.217084 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.218515 O        b'lemma:co2'
-0.219042 O        b'-1:lemma:of'
-0.220276 O        b'+1:lemma:%'
-0.228465 Med      b'+1:postag:NN'
-0.229909 O        b'-1:lemma:n2'
-0.230847 OD       b'+1:postag:NN'
-0.248221 O        b'-1:lemma:ml'
-0.250359 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.279734 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.283648 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.286892 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.312152 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.322232 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.331861 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.336159 O        b'-1:lemma:from'
-0.340286 Med      b'+1:postag:IN'
-0.341633 O        b'+1:postag:IN'
-0.355453 O        b'-1:lemma:cra'
-0.366315 O        b'+1:lemma:.'
-0.366315 O        b'+1:postag:.'
-0.376920 O        b'postag:RB'
-0.405053 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.424434 O        b'+1:postag:NNS'
-0.430071 O        b'lemma:aerobically'
-0.440727 Air      b'postag:CD'
-0.446825 O        b'lemma:anaerobically'
-0.447447 O        b'-1:lemma:od600'
-0.465924 O        b'+1:lemma:cell'
-0.468267 O        b'lemma:od600'
-0.472878 O        b'lemma:dissolve'
-0.502409 O        b'lemma:20'
-0.508433 O        b'-1:lemma:~'
-0.524904 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.543671 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.554628 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.556138 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.556138 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.589220 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.610212 O        b'lemma:0.3'
-0.622831 O        b'lemma:media'
-0.657974 O        b'-1:lemma:37'
-0.677014 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.678005 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.707832 O        b'lemma:of'
-0.722898 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.723244 O        b'+1:lemma:+'
-0.755790 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.789730 O        b'lemma:0.2'
-0.814406 O        b'-1:lemma:grow'
-0.909402 O        b'-1:postag::'
-0.915529 O        b'-1:postag:VBG'
-0.926818 Technique b'-1:postag::'
-0.933497 OD       b'postag:-LRB-'
-0.980631 O        b'lemma:fecl2'
-1.017727 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.017727 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.020513 O        b'lemma:2h'
-1.020513 O        b'-1:lemma:additional'
-1.034839 O        b'lemma:37'
-1.121637 O        b'lemma:0.1'
-1.205775 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.230075 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.250120 O        b'+1:postag:VBG'
-1.256564 O        b'lemma:wt'
-1.276371 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.304341 O        b'-1:lemma:IP'
-1.328183 O        b'-1:lemma:co2'
-1.391087 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.452522 Anti     b'postag:NNP'
-1.489210 O        b'+1:lemma:at'
-1.603327 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.726036 O        b'lemma:mid-log'
-1.737094 O        b'lemma:rifampicin'
-1.758957 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.762287 Supp     b'postag:JJ'
-1.770399 Air      b'postag:NN'
-1.810971 O        b'+1:lemma:hour'
-2.081711 Phase    b'postag:JJ'
-2.115674 O        b'lemma:methanol'
-2.200974 O        b'+1:lemma:in'
-2.263160 O        b'+1:lemma:2'
-2.388655 O        b'-1:lemma:2'
-2.590523 O        b'+1:lemma:1'
-4.545984 O        b'-1:lemma::'
-4.681648 O        b'-1:lemma:_'