********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.24365115413317517, 'c2': 0.017603116029939036}
best CV score:0.797058241278945
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7778441635784862
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.863     0.774     0.816       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.818     0.662     0.732       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.847     0.735     0.778       480


Top likely transitions:
OD     -> OD      6.460512
Agit   -> Agit    6.341871
Temp   -> Temp    5.624129
Med    -> Med     5.402282
Anti   -> Anti    5.214940
Air    -> Air     4.858980
Phase  -> Phase   4.544403
Gtype  -> Gtype   4.483666
Supp   -> Supp    4.372876
Gversion -> Gversion 4.358204
O      -> O       4.356881
Technique -> Technique 3.828561
O      -> Supp    2.070080
Gtype  -> Supp    1.938994
pH     -> pH      1.828748
Air    -> O       1.699192
O      -> Technique 1.307357
Substrain -> Gtype   1.254891
O      -> Gtype   1.237193
O      -> Temp    0.952632
Med    -> O       0.819857
OD     -> Phase   0.738941
Technique -> Air     0.735321
O      -> Anti    0.520896
Supp   -> O       0.493996
Temp   -> O       0.435644
O      -> Gversion 0.368943
Phase  -> O       0.362864
Gtype  -> pH      0.340162
O      -> Med     0.294591
Gtype  -> Air     0.108303
O      -> Strain  0.008465
Gtype  -> O       -0.094763
Gtype  -> Anti    -0.194733
OD     -> O       -0.218649
Technique -> pH      -0.317427
Agit   -> O       -0.543505
Supp   -> Med     -0.600692
Gtype  -> OD      -0.628749
O      -> Air     -0.839621
Substrain -> O       -0.911959
Med    -> Supp    -1.122521
Phase  -> OD      -1.131519


Top unlikely transitions:
OD     -> OD      6.460512
Agit   -> Agit    6.341871
Temp   -> Temp    5.624129
Med    -> Med     5.402282
Anti   -> Anti    5.214940
Air    -> Air     4.858980
Phase  -> Phase   4.544403
Gtype  -> Gtype   4.483666
Supp   -> Supp    4.372876
Gversion -> Gversion 4.358204
O      -> O       4.356881
Technique -> Technique 3.828561
O      -> Supp    2.070080
Gtype  -> Supp    1.938994
pH     -> pH      1.828748
Air    -> O       1.699192
O      -> Technique 1.307357
Substrain -> Gtype   1.254891
O      -> Gtype   1.237193
O      -> Temp    0.952632
Med    -> O       0.819857
OD     -> Phase   0.738941
Technique -> Air     0.735321
O      -> Anti    0.520896
Supp   -> O       0.493996
Temp   -> O       0.435644
O      -> Gversion 0.368943
Phase  -> O       0.362864
Gtype  -> pH      0.340162
O      -> Med     0.294591
Gtype  -> Air     0.108303
O      -> Strain  0.008465
Gtype  -> O       -0.094763
Gtype  -> Anti    -0.194733
OD     -> O       -0.218649
Technique -> pH      -0.317427
Agit   -> O       -0.543505
Supp   -> Med     -0.600692
Gtype  -> OD      -0.628749
O      -> Air     -0.839621
Substrain -> O       -0.911959
Med    -> Supp    -1.122521
Phase  -> OD      -1.131519


Top positive:
7.945473 O        b'lemma:_'
7.412165 Supp     b'lemma:Iron'
6.926609 Air      b'lemma:anaerobic'
6.922674 O        b'lemma:1'
6.590205 Air      b'lemma:aerobic'
6.223986 Strain   b'lemma:k-12'
6.187011 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.130654 Phase    b'lemma:stationary'
5.864907 Supp     b'lemma:nitrate'
5.653173 O        b'lemma:2'
5.610923 O        b'lemma:rpob'
5.610415 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.397732 Phase    b'lemma:mid-log'
5.255269 O        b'lemma:3'
5.206599 Technique b'lemma:chipseq'
4.960561 Substrain b'lemma:mg1655'
4.914901 O        b'postag:IN'
4.746312 Supp     b'lemma:pq'
4.579937 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.520187 Gtype    b'lemma:type'
4.511014 OD       b'lemma:od600'
4.469574 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.469574 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.462810 O        b'lemma:rep1'
4.392739 O        b'postag::'
4.375670 Gversion b'lemma:asm584v2'
4.369737 O        b'lemma:Custom'
4.356443 O        b'lemma:b'
4.303923 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.302917 Med      b'lemma:MOPS'
4.296205 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.281883 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.279879 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.270631 O        b'lemma:rep2'
4.239368 Air      b'lemma:Aerobic'
4.132080 Gversion b'lemma:nc'
4.117043 Med      b'lemma:lb'
4.108014 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.076646 O        b'lemma:rep3'
4.043095 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.041495 Supp     b'lemma:glucose'
4.033775 O        b'lemma:a'
4.027421 O        b'-1:lemma:tag'
4.027011 Med      b'lemma:LB'
4.007935 O        b'lemma:Cra'
3.910498 Gtype    b'lemma:wt'
3.905564 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
3.870678 O        b'lemma:\xcf\x8332'
3.727782 Supp     b'lemma:acetate'
3.697104 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.647724 Technique b'lemma:rna-seq'
3.633897 Supp     b'lemma:Fe'
3.575150 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.536159 OD       b'lemma:od450'
3.488627 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.426221 O        b'lemma:.'
3.426221 O        b'postag:.'
3.421248 Technique b'lemma:chip-seq'
3.389912 Air      b'postag:RB'
3.367471 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.358386 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.341657 Supp     b'lemma:dpd'
3.311375 Supp     b'lemma:no3'
3.301666 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.263607 OD       b'+1:lemma:stationary'
3.256783 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.217842 Anti     b'lemma:none'
3.181572 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.100116 Technique b'lemma:rnaseq'
3.072172 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.058843 O        b'postag:VBN'
3.028102 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.018055 Supp     b'lemma:arginine'
3.012119 Supp     b'+1:lemma:1'
3.009503 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.984566 O        b'lemma:CEL'
2.976222 O        b'+1:lemma:od600'
2.972362 Supp     b'lemma:fructose'
2.971825 Vess     b'lemma:flask'
2.971825 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.946262 Technique b'-1:lemma:IP'
2.917769 Temp     b'-1:lemma:sample'
2.914128 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.847635 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.845956 O        b'-1:lemma:type'
2.837114 pH       b'lemma:ph5'
2.837114 pH       b'+1:lemma:.5'
2.822859 Supp     b'+1:lemma:2'
2.819530 O        b'postag:CC'
2.802486 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.796286 Anti     b'lemma:seqa'
2.757551 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.752041 O        b'lemma:chip'
2.720379 O        b'lemma:-'
2.697742 Gversion b'lemma:u00096'
2.697742 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.686468 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.652892 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
2.634884 O        b'-1:lemma:glucose'
2.605565 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.589331 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.586612 O        b'+1:postag:RB'
2.568676 O        b'postag:DT'
2.560900 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.543878 O        b'lemma:with'
2.514778 Med      b'lemma:m63'
2.497949 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.469343 pH       b'lemma:.5'
2.469343 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.464961 Gversion b'lemma:000913'
2.461605 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.454623 O        b'lemma:s'
2.438821 O        b'+1:postag:NNP'
2.438655 Gversion b'lemma:.2'
2.438655 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.427395 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.415443 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.411875 Temp     b'-1:lemma:43'
2.410922 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.405223 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.401826 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.390761 O        b'lemma:or'
2.388354 O        b'-1:lemma:lb'
2.381109 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.347230 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.324166 Med      b'lemma:media'
2.310748 O        b'-1:lemma:0.3'
2.278494 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.263509 O        b'+1:lemma:pq'
2.238545 Supp     b'+1:lemma:_'
2.229756 O        b'-1:lemma:l1'
2.226389 Air      b'-1:lemma:co2'
2.200525 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
2.173774 Supp     b'lemma:nacl'
2.171575 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.149631 Supp     b'lemma:20'
2.120754 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.119820 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.113883 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.105763 Supp     b'-1:lemma:+'
2.101125 O        b'lemma:oxyr'
2.092553 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.090291 Air      b'-1:lemma:-'
2.081430 Supp     b'lemma:Leu'
2.062775 O        b'postag:VBG'
2.055064 O        b'-1:lemma:stpa'
2.046935 O        b'lemma:condition'
2.038964 Temp     b'lemma:43'
2.033948 Supp     b'lemma:iptg'
2.023886 pH       b'+1:postag:CD'
2.022782 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.013337 Temp     b'-1:lemma:37'
1.955826 Med      b'lemma:L'
1.955826 Med      b'+1:lemma:broth'
1.954859 Temp     b'lemma:37'
1.927649 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.919892 Supp     b'-1:lemma:with'
1.915338 O        b'lemma:affyexp'
1.911245 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.909261 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.895692 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.886863 O        b'lemma:genotype/variation'
1.872821 OD       b'-1:lemma:~'
1.872507 OD       b'lemma:0.3'
1.858566 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.848644 Gtype    b'lemma:ptac'
1.844359 O        b'lemma:Lrp'
1.841048 Med      b'+1:lemma:+'
1.831366 O        b'lemma:culture'
1.830571 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.825208 O        b'lemma:-rrb-'
1.822383 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.822383 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.820507 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.819979 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.784801 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.781733 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.778548 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.771039 Gversion b'postag:CD'
1.755561 O        b'lemma:chip-arca'
1.740739 Supp     b'lemma:methanol'
1.728483 O        b'lemma:ompr'
1.717002 Med      b'-1:lemma:ml'
1.696842 OD       b'lemma:phase'
1.693821 Supp     b'lemma:Adenine'
1.677174 Air      b'-1:postag::'
1.675361 Phase    b'-1:lemma:until'
1.672716 Air      b'-1:postag:CD'
1.672711 Med      b'lemma:broth'
1.672711 Med      b'-1:lemma:L'
1.672565 Technique b'-1:lemma:input'
1.666211 Technique b'-1:lemma:_'
1.663572 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.657183 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.650921 O        b'lemma:Fur'
1.650554 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.647569 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.646454 Gtype    b'lemma:WT'
1.642228 Air      b'lemma:anaerobically'
1.638505 Supp     b'+1:lemma:hour'


Top negative:
0.003606 Phase    b'-1:postag:TO'
0.003173 O        b'+1:lemma:minute'
0.002853 OD       b'postag:CC'
0.002630 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
0.002520 Technique b'+1:postag:-RRB-'
0.002467 Med      b'lemma:m9'
0.002337 Air      b'+1:postag:-LRB-'
0.002264 Technique b'+1:lemma:Anaerobic'
0.002098 Phase    b'postag:RB'
0.002086 Gtype    b'+1:lemma:rna'
0.002053 O        b'lemma:~'
0.001666 OD       b'-1:postag:JJ'
0.001084 Gtype    b'+1:lemma:chip'
0.001034 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
0.000728 OD       b'-1:lemma:to'
0.000728 OD       b'-1:postag:TO'
0.000711 O        b'-1:lemma:at'
0.000709 O        b'+1:lemma:_'
0.000560 Temp     b'+1:postag:VB'
0.000555 Gtype    b'lemma:lack'
0.000388 OD       b'postag:VBD'
0.000335 Air      b'-1:postag:RB'
0.000334 OD       b'-1:postag:VBN'
0.000307 Air      b'-1:lemma:95'
0.000306 Anti     b'-1:lemma:Custom'
0.000275 O        b'-1:postag:VBZ'
0.000204 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.000203 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.000156 Temp     b'postag:VB'
0.000139 Supp     b'+1:lemma:dissolve'
0.000138 Gtype    b'lemma:ptrc'
0.000138 Gtype    b'-1:lemma:inducible'
0.000085 Med      b'-1:lemma:complete'
0.000051 OD       b'+1:lemma:0.35'
0.000048 Temp     b'+1:lemma:-rrb-'
0.000043 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
0.000039 OD       b'+1:postag:VBN'
0.000034 Temp     b'+1:postag:-RRB-'
0.000030 Supp     b'-1:postag:VBN'
0.000028 OD       b'lemma:mg1655'
0.000023 OD       b'+1:lemma:mg1655'
0.000022 OD       b'lemma:k-12'
0.000019 Temp     b'lemma:-lrb-'
0.000017 Temp     b'postag:-LRB-'
0.000016 Air      b'lemma:-rrb-'
0.000015 Air      b'postag:-RRB-'
0.000007 Gtype    b'lemma:inducible'
0.000007 Gtype    b'-1:lemma:carrying'
0.000007 Gtype    b'+1:lemma:ptrc'
0.000003 O        b'lemma:4'
0.000001 O        b'postag:VBZ'
0.000000 Med      b'+1:lemma:,'
0.000000 Med      b'+1:postag:,'
-0.000019 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.000078 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.000082 O        b'+1:lemma:until'
-0.000090 Supp     b'+1:postag:CD'
-0.000137 O        b'+1:lemma:phase'
-0.000630 O        b'+1:lemma:grow'
-0.000719 Air      b'lemma:,'
-0.000719 Air      b'postag:,'
-0.000881 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.001151 O        b'+1:lemma:95'
-0.001284 O        b'lemma:glucose'
-0.001441 O        b'lemma:anaerobic'
-0.002285 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.003211 Air      b'-1:lemma:,'
-0.003211 Air      b'-1:postag:,'
-0.003285 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.003344 O        b'-1:lemma:n2'
-0.004884 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.005691 O        b'lemma:grow'
-0.008542 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.008810 O        b'lemma:30'
-0.008856 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.016851 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.017577 Agit     b'postag:NN'
-0.019899 OD       b'postag:JJ'
-0.021053 Supp     b'lemma:and'
-0.035082 Med      b'-1:postag:IN'
-0.037650 O        b'+1:lemma:shake'
-0.040816 Technique b'-1:lemma::'
-0.042661 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.047406 O        b'lemma:e.'
-0.050232 O        b'+1:lemma:300'
-0.057684 Supp     b'postag:CD'
-0.060532 Med      b'+1:postag:IN'
-0.071550 O        b'+1:lemma:5'
-0.074571 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.077631 O        b'-1:postag:VBN'
-0.083084 OD       b'+1:postag:CD'
-0.083227 Air      b'postag:CD'
-0.086748 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.087729 O        b'-1:lemma:e.'
-0.089412 O        b'-1:lemma:um'
-0.089412 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.095031 O        b'-1:lemma:,'
-0.095031 O        b'-1:postag:,'
-0.097514 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.097686 O        b'-1:lemma:the'
-0.115298 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.115560 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.117367 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.118533 Supp     b'postag:CC'
-0.118866 Med      b'-1:postag:NN'
-0.119788 O        b'+1:postag:NNS'
-0.128143 O        b'lemma:150'
-0.128143 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.128440 Gtype    b'postag:CD'
-0.128454 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.130932 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.144251 Air      b'-1:postag:CC'
-0.152959 O        b'+1:lemma:c'
-0.153793 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.155635 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.155871 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.169334 O        b'-1:lemma:1'
-0.178678 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.185252 O        b'-1:lemma:cra'
-0.188794 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.189587 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.197975 O        b'+1:lemma:.'
-0.197975 O        b'+1:postag:.'
-0.206342 O        b'-1:postag:IN'
-0.218582 O        b'-1:lemma:of'
-0.228664 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.243004 O        b'lemma:phase'
-0.245652 Temp     b'postag:JJ'
-0.248718 O        b'-1:lemma:30'
-0.258083 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.265675 O        b'-1:lemma:from'
-0.270538 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.275341 Med      b'+1:postag:NN'
-0.286886 O        b'lemma:20'
-0.287653 Med      b'postag:CD'
-0.299457 pH       b'postag:NN'
-0.299809 O        b'+1:postag:IN'
-0.304068 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.308718 O        b'+1:lemma:%'
-0.337061 O        b'lemma:media'
-0.343972 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.375037 O        b'-1:lemma:~'
-0.378855 O        b'+1:postag:VBG'
-0.390573 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.442424 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.442424 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.442791 O        b'lemma:dissolve'
-0.457125 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.473796 O        b'-1:lemma:ml'
-0.487814 O        b'-1:lemma:grow'
-0.504521 O        b'-1:lemma:od600'
-0.510322 O        b'lemma:anaerobically'
-0.574504 O        b'lemma:0.3'
-0.603912 O        b'+1:lemma:hour'
-0.607283 O        b'lemma:od600'
-0.671305 O        b'+1:lemma:+'
-0.673609 O        b'lemma:fecl2'
-0.687238 O        b'-1:lemma:sample'
-0.693028 OD       b'+1:postag:NN'
-0.699278 Technique b'-1:postag::'
-0.701848 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.704105 Phase    b'postag:JJ'
-0.721360 O        b'-1:lemma:37'
-0.751804 O        b'lemma:2h'
-0.751804 O        b'-1:lemma:additional'
-0.765268 O        b'+1:lemma:cell'
-0.797811 O        b'-1:postag:VBG'
-0.812938 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.817055 O        b'lemma:37'
-0.849161 O        b'lemma:0.1'
-0.857948 Temp     b'postag:NN'
-0.858109 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.893857 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.908853 O        b'lemma:0.2'
-0.910535 O        b'lemma:of'
-0.917031 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.927240 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.927240 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.952327 O        b'-1:postag::'
-1.012901 O        b'lemma:mid-log'
-1.041464 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.052741 O        b'lemma:wt'
-1.080730 Anti     b'postag:NNP'
-1.207147 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.210841 O        b'lemma:methanol'
-1.241992 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.248085 O        b'lemma:rifampicin'
-1.259918 O        b'+1:lemma:at'
-1.297301 O        b'-1:lemma:IP'
-1.445280 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.572311 O        b'+1:lemma:in'
-1.575804 O        b'-1:lemma:co2'
-1.596289 OD       b'postag:-LRB-'
-1.598275 Supp     b'postag:JJ'
-1.805996 Air      b'postag:NN'
-1.906139 O        b'+1:lemma:2'
-2.059834 O        b'+1:lemma:1'
-2.164534 O        b'-1:lemma:2'
-3.758611 O        b'-1:lemma::'
-3.808109 O        b'-1:lemma:_'