********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.20645497959678813, 'c2': 0.017572644849766363}
best CV score:0.7977309817293199
model size: 0.06M

Flat F1: 0.784234402165812
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.807     0.742     0.773        62
       Anti      1.000     0.444     0.615         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.866     0.792     0.828       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.818     0.662     0.732       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.859     0.740     0.784       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.425591
OD     -> OD      5.826527
Temp   -> Temp    5.548786
Med    -> Med     5.385181
Anti   -> Anti    5.274493
Air    -> Air     5.273813
Phase  -> Phase   4.728944
Gtype  -> Gtype   4.437920
Gversion -> Gversion 4.349816
O      -> O       4.268725
Supp   -> Supp    3.971396
Technique -> Technique 3.834387
pH     -> pH      2.157022
O      -> Supp    1.775419
Gtype  -> Supp    1.744617
Substrain -> Gtype   1.701513
Air    -> O       1.650192
O      -> Gtype   1.270693
O      -> Technique 1.253973
Technique -> Air     0.977999
O      -> Anti    0.884095
O      -> Temp    0.762865
Med    -> O       0.608226
OD     -> Phase   0.415201
Temp   -> O       0.355964
Gtype  -> Air     0.349440
O      -> Gversion 0.343072
Gtype  -> pH      0.331974
O      -> Med     0.236453
Phase  -> O       0.133978
Supp   -> O       0.132584
O      -> Strain  0.015869
O      -> Phase   0.000848
O      -> OD      -0.004725
Technique -> OD      -0.009324
Technique -> O       -0.010626
Technique -> pH      -0.028457
Supp   -> Air     -0.068848
OD     -> Air     -0.084459
Supp   -> OD      -0.119773
OD     -> Med     -0.182306
Gtype  -> Med     -0.204270
Technique -> Gtype   -0.212005
Gtype  -> O       -0.327673
Gtype  -> Anti    -0.356226
O      -> Air     -0.606839
OD     -> O       -0.668006
Agit   -> O       -0.720674
Substrain -> O       -0.778994
Supp   -> Med     -0.779854


Top unlikely transitions:
Med    -> Med     5.385181
Anti   -> Anti    5.274493
Air    -> Air     5.273813
Phase  -> Phase   4.728944
Gtype  -> Gtype   4.437920
Gversion -> Gversion 4.349816
O      -> O       4.268725
Supp   -> Supp    3.971396
Technique -> Technique 3.834387
pH     -> pH      2.157022
O      -> Supp    1.775419
Gtype  -> Supp    1.744617
Substrain -> Gtype   1.701513
Air    -> O       1.650192
O      -> Gtype   1.270693
O      -> Technique 1.253973
Technique -> Air     0.977999
O      -> Anti    0.884095
O      -> Temp    0.762865
Med    -> O       0.608226
OD     -> Phase   0.415201
Temp   -> O       0.355964
Gtype  -> Air     0.349440
O      -> Gversion 0.343072
Gtype  -> pH      0.331974
O      -> Med     0.236453
Phase  -> O       0.133978
Supp   -> O       0.132584
O      -> Strain  0.015869
O      -> Phase   0.000848
O      -> OD      -0.004725
Technique -> OD      -0.009324
Technique -> O       -0.010626
Technique -> pH      -0.028457
Supp   -> Air     -0.068848
OD     -> Air     -0.084459
Supp   -> OD      -0.119773
OD     -> Med     -0.182306
Gtype  -> Med     -0.204270
Technique -> Gtype   -0.212005
Gtype  -> O       -0.327673
Gtype  -> Anti    -0.356226
O      -> Air     -0.606839
OD     -> O       -0.668006
Agit   -> O       -0.720674
Substrain -> O       -0.778994
Supp   -> Med     -0.779854
Gtype  -> OD      -1.018491
Med    -> Supp    -1.466475
Phase  -> OD      -1.648011


Top positive:
7.908476 O        b'lemma:_'
7.519798 Supp     b'lemma:Iron'
6.893122 Air      b'lemma:anaerobic'
6.757207 O        b'lemma:1'
6.526738 Air      b'lemma:aerobic'
6.246963 Phase    b'lemma:stationary'
6.216490 Strain   b'lemma:k-12'
6.159501 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.949001 Supp     b'lemma:nitrate'
5.557355 O        b'lemma:rpob'
5.556016 Phase    b'lemma:mid-log'
5.526361 O        b'lemma:2'
5.249738 Technique b'lemma:chipseq'
5.235064 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.174037 O        b'lemma:3'
5.050373 O        b'postag:IN'
4.985897 Supp     b'lemma:pq'
4.921604 Substrain b'lemma:mg1655'
4.872348 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.847236 Gversion b'lemma:asm584v2'
4.762705 O        b'-1:lemma:tag'
4.726906 OD       b'lemma:od600'
4.660975 Gtype    b'lemma:type'
4.628321 O        b'lemma:Custom'
4.553702 O        b'lemma:rep1'
4.515219 Med      b'lemma:MOPS'
4.507185 Gversion b'lemma:nc'
4.464398 Air      b'lemma:Aerobic'
4.453084 Med      b'lemma:LB'
4.447532 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.437438 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
4.404385 O        b'lemma:rep2'
4.373164 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.365179 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.365179 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.354053 O        b'postag::'
4.297412 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.284115 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.278996 O        b'lemma:b'
4.258389 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.241615 Gtype    b'lemma:wt'
4.228158 Med      b'lemma:lb'
4.218565 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.218302 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.180599 Supp     b'lemma:glucose'
4.160405 O        b'lemma:rep3'
4.081991 O        b'lemma:Cra'
3.932540 O        b'lemma:a'
3.844330 Technique b'lemma:rna-seq'
3.814781 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.626994 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.606800 Supp     b'lemma:acetate'
3.573033 Supp     b'lemma:Fe'
3.567339 Technique b'lemma:chip-seq'
3.563430 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.511453 OD       b'lemma:od450'
3.511078 O        b'lemma:.'
3.511078 O        b'postag:.'
3.438725 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.393434 Supp     b'lemma:dpd'
3.386786 Supp     b'lemma:no3'
3.357689 Anti     b'lemma:none'
3.339507 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.299536 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.288791 O        b'+1:lemma:od600'
3.273758 Technique b'lemma:rnaseq'
3.258770 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.254592 O        b'postag:VBN'
3.228840 Supp     b'lemma:fructose'
3.219194 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.208266 O        b'lemma:CEL'
3.206942 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.177189 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.129133 Technique b'-1:lemma:IP'
3.128048 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.112441 O        b'-1:lemma:type'
3.098709 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.051729 Vess     b'lemma:flask'
3.051729 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.008997 Supp     b'+1:lemma:1'
2.987213 pH       b'lemma:ph5'
2.987213 pH       b'+1:lemma:.5'
2.977412 Anti     b'lemma:seqa'
2.955347 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.951444 O        b'lemma:-'
2.937212 O        b'+1:postag:RB'
2.916028 Supp     b'lemma:arginine'
2.840642 O        b'-1:lemma:glucose'
2.820501 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.791333 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.774879 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.771457 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.765907 O        b'lemma:chip'
2.735612 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.722421 Med      b'lemma:m63'
2.721104 O        b'lemma:or'
2.699589 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.681423 O        b'lemma:with'
2.669444 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.666834 Gversion b'lemma:u00096'
2.666834 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.660974 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.654887 OD       b'+1:lemma:stationary'
2.644825 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.637258 Supp     b'+1:lemma:2'
2.578615 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.569922 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.559477 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.558177 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.555473 Gversion b'lemma:.2'
2.555473 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.519787 O        b'postag:CC'
2.515611 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.474668 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.465084 Gversion b'lemma:000913'
2.459269 O        b'+1:lemma:pq'
2.454369 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.453079 O        b'postag:DT'
2.447446 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.434523 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.415981 Supp     b'lemma:nacl'
2.400381 O        b'+1:postag:NNP'
2.395375 O        b'lemma:s'
2.378114 pH       b'lemma:.5'
2.378114 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.360956 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.360197 Temp     b'-1:lemma:43'
2.354343 O        b'-1:lemma:lb'
2.333302 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.331044 Supp     b'+1:lemma:_'
2.265756 O        b'-1:lemma:l1'
2.256561 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.253390 Air      b'-1:lemma:-'
2.244110 O        b'lemma:oxyr'
2.231965 Air      b'lemma:anaerobically'
2.211436 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.204750 O        b'-1:lemma:stpa'
2.194353 OD       b'-1:lemma:~'
2.189113 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.183419 Air      b'postag:RB'
2.170778 Supp     b'-1:lemma:+'
2.151725 Temp     b'lemma:43'
2.127054 Temp     b'lemma:37'
2.124907 Supp     b'lemma:20'
2.115142 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.111143 Supp     b'lemma:Leu'
2.107663 O        b'lemma:Lrp'
2.107472 Temp     b'-1:lemma:37'
2.094728 Gtype    b'lemma:ptac'
2.073944 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.062388 Supp     b'lemma:iptg'
2.042062 O        b'lemma:affyexp'
2.040790 Med      b'lemma:media'
2.031837 O        b'lemma:culture'
2.024586 O        b'postag:VBG'
2.010374 Vess     b'-1:postag:VBN'
2.009201 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.002974 Med      b'lemma:glucose'
1.998019 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.980119 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.975173 O        b'lemma:chip-arca'
1.959423 Supp     b'-1:lemma:with'
1.922869 Technique b'-1:lemma:input'
1.921526 O        b'lemma:ompr'
1.910950 Med      b'lemma:broth'
1.910950 Med      b'-1:lemma:L'
1.910014 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.910014 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.905010 O        b'-1:lemma:0.3'
1.901042 OD       b'lemma:0.3'
1.900964 Med      b'lemma:L'
1.900964 Med      b'+1:lemma:broth'
1.899018 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.893912 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.893451 Med      b'-1:lemma:ml'
1.870173 O        b'lemma:Fur'
1.848155 pH       b'+1:postag:CD'
1.823256 O        b'+1:lemma:coli'
1.818674 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.808290 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.805456 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.797810 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.796653 Supp     b'lemma:methanol'
1.792416 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.781537 Supp     b'lemma:Adenine'
1.779649 Air      b'-1:lemma:grow'
1.777565 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.776039 OD       b'lemma:phase'
1.775438 O        b'lemma:condition'
1.763711 Air      b'-1:lemma:phase'
1.762988 Gversion b'lemma:_'
1.759448 O        b'-1:lemma:dpd'
1.736984 O        b'lemma:genotype/variation'
1.716841 O        b'lemma:argr'
1.709815 O        b'postag:VBD'
1.687639 Air      b'-1:lemma:co2'
1.686138 Gversion b'postag:CD'
1.676377 Phase    b'-1:lemma:until'
1.672693 Gtype    b'lemma:WT'
1.671406 Phase    b'+1:lemma:for'


Top negative:
0.015104 Vess     b'+1:postag:IN'
0.014949 OD       b'-1:lemma:to'
0.014949 OD       b'-1:postag:TO'
0.013481 O        b'+1:lemma:nitrate'
0.012911 O        b'-1:lemma:mm'
0.012853 O        b'-1:lemma:m63'
0.012845 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
0.012531 Phase    b'+1:postag:RB'
0.010531 OD       b'+1:lemma:coli'
0.010197 Air      b'postag:-LRB-'
0.007967 O        b'+1:lemma:mm'
0.007668 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.007530 O        b'+1:lemma:wt'
0.007412 O        b'+1:lemma:for'
0.006443 Med      b'-1:lemma:g/l'
0.005977 Temp     b'-1:postag:NN'
0.005028 OD       b'-1:lemma:growth'
0.004138 Technique b'-1:postag:NN'
0.003008 O        b'lemma:fresh'
0.002709 O        b'+1:postag:SYM'
0.002549 Supp     b'+1:lemma:deficient'
0.002275 Technique b'+1:postag:-RRB-'
0.002219 O        b'+1:lemma:_'
0.001749 O        b'lemma:dpd'
0.001500 Temp     b'postag:VB'
0.001375 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
0.001375 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
0.000712 O        b'-1:postag:VBZ'
0.000676 O        b'+1:lemma:minute'
0.000589 Temp     b'+1:postag:NNS'
0.000468 Supp     b'lemma:um'
0.000451 Gtype    b'lemma:Combined'
0.000451 Gtype    b'+1:lemma:input'
0.000346 O        b'postag:VBZ'
0.000331 Supp     b'-1:lemma:250'
0.000251 O        b'lemma:-80'
0.000219 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.000204 O        b'+1:lemma:total'
0.000185 Air      b'+1:postag::'
0.000154 O        b'-1:lemma:to'
0.000154 O        b'-1:postag:TO'
0.000148 Gversion b'-1:postag::'
0.000078 O        b'+1:lemma:dpd'
0.000049 Gtype    b'lemma:inducible'
0.000049 Gtype    b'-1:lemma:carrying'
0.000049 Gtype    b'+1:lemma:ptrc'
0.000030 OD       b'+1:lemma:0.35'
0.000027 Anti     b'+1:lemma:tag'
0.000010 OD       b'lemma:mg1655'
0.000009 OD       b'-1:lemma:k-12'
-0.000003 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.000145 O        b'lemma:m63'
-0.000217 O        b'-1:lemma:um'
-0.000217 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.000321 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.000324 Agit     b'postag:NN'
-0.000658 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.000729 Air      b'-1:lemma:,'
-0.000729 Air      b'-1:postag:,'
-0.001373 Gtype    b'postag:CD'
-0.001602 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.001692 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.002077 O        b'lemma:lb'
-0.002511 O        b'-1:lemma:,'
-0.002511 O        b'-1:postag:,'
-0.003565 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.004827 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.007036 Air      b'+1:lemma:25'
-0.007105 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.007327 Supp     b'lemma:mm'
-0.008864 O        b'+1:lemma:c'
-0.009788 Air      b'-1:lemma:aerobically'
-0.011509 O        b'-1:postag:VBN'
-0.011813 O        b'+1:lemma:shake'
-0.014323 Air      b'lemma:25'
-0.017276 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.017627 O        b'+1:lemma:aerobically'
-0.018161 O        b'lemma:e.'
-0.020084 Med      b'-1:postag:CD'
-0.021369 O        b'lemma:glucose'
-0.023787 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.034266 OD       b'postag:JJ'
-0.035836 Med      b'postag:CD'
-0.043749 O        b'-1:lemma:o2'
-0.049597 Gtype    b'-1:postag:DT'
-0.050879 O        b'+1:lemma:300'
-0.051292 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.052811 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.057812 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.064533 O        b'-1:lemma:e.'
-0.067797 O        b'+1:lemma:until'
-0.076803 O        b'lemma:150'
-0.076803 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.080714 O        b'+1:lemma:5'
-0.090840 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.099773 OD       b'+1:postag:CD'
-0.103778 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.104888 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.112142 Technique b'-1:lemma::'
-0.119753 Air      b'postag:CC'
-0.127293 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.127394 O        b'+1:lemma:.'
-0.127394 O        b'+1:postag:.'
-0.129048 Air      b'-1:lemma:or'
-0.129819 O        b'-1:lemma:from'
-0.138472 O        b'-1:postag:IN'
-0.146711 Air      b'-1:postag:CC'
-0.147481 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.155126 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.155172 O        b'lemma:co2'
-0.168963 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.169956 O        b'+1:postag:NNS'
-0.174119 Supp     b'postag:CC'
-0.179294 O        b'-1:lemma:1'
-0.191426 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.196031 O        b'-1:lemma:cra'
-0.199976 O        b'lemma:anaerobic'
-0.204578 O        b'lemma:30'
-0.224096 Med      b'-1:postag:NN'
-0.230003 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.236956 O        b'+1:lemma:%'
-0.241481 O        b'-1:lemma:30'
-0.264234 Air      b'postag:CD'
-0.270046 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.280726 O        b'-1:lemma:ml'
-0.288044 O        b'-1:lemma:of'
-0.297076 Med      b'+1:postag:NN'
-0.299805 Med      b'+1:postag:IN'
-0.302610 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.306596 O        b'-1:lemma:~'
-0.307778 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.310654 O        b'lemma:phase'
-0.311969 pH       b'postag:NN'
-0.315543 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.318646 O        b'postag:VBP'
-0.335513 OD       b'+1:postag:NN'
-0.365484 Temp     b'postag:JJ'
-0.402954 O        b'lemma:dissolve'
-0.424513 O        b'lemma:20'
-0.429534 O        b'+1:postag:IN'
-0.437134 O        b'-1:lemma:grow'
-0.457631 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.461721 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.461721 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.486817 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.495015 O        b'lemma:0.3'
-0.505567 Temp     b'postag:NN'
-0.513730 O        b'lemma:od600'
-0.526067 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.537886 O        b'+1:postag:VBG'
-0.541924 O        b'-1:lemma:od600'
-0.549617 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.561323 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.568252 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.568961 Technique b'-1:postag::'
-0.587228 O        b'-1:lemma:sample'
-0.604535 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.605395 O        b'-1:lemma:37'
-0.633419 O        b'lemma:anaerobically'
-0.640315 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.646518 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.700705 O        b'lemma:fecl2'
-0.713765 O        b'-1:postag::'
-0.750660 O        b'lemma:media'
-0.798765 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.840866 O        b'-1:postag:VBG'
-0.867716 O        b'lemma:0.2'
-0.905677 O        b'+1:lemma:cell'
-0.915154 O        b'lemma:2h'
-0.915154 O        b'-1:lemma:additional'
-0.930586 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.930611 O        b'lemma:37'
-0.940854 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.942447 O        b'-1:lemma:co2'
-0.944499 O        b'lemma:of'
-0.951108 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.951108 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.962496 O        b'+1:lemma:hour'
-0.976720 Phase    b'postag:JJ'
-0.983487 O        b'lemma:0.1'
-1.035888 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.064088 O        b'+1:lemma:at'
-1.115638 OD       b'postag:-LRB-'
-1.121251 O        b'lemma:wt'
-1.195033 O        b'lemma:mid-log'
-1.218852 O        b'+1:lemma:+'
-1.237063 O        b'-1:lemma:IP'
-1.311143 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.325930 Anti     b'postag:NNP'
-1.428005 O        b'lemma:rifampicin'
-1.465722 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.474845 Supp     b'postag:JJ'
-1.503128 O        b'lemma:methanol'
-1.517666 O        b'+1:lemma:in'
-1.685015 Air      b'postag:NN'
-2.153686 O        b'+1:lemma:2'
-2.261742 O        b'-1:lemma:2'
-2.412156 O        b'+1:lemma:1'
-4.073767 O        b'-1:lemma::'
-4.265465 O        b'-1:lemma:_'