report_Run6_v10.txt 40.3 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.014200413757939939, 'c2': 0.0008386773263625183}
best CV score:0.8514396351676051
model size: 0.12M

Flat F1: 0.8134169839587185
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      1.000     0.800     0.889        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.895     0.386     0.540        88
       Anti      0.929     1.000     0.963        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      1.000     0.769     0.870        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.858     0.846     0.852       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.925     0.750     0.813       484


Top likely transitions:
Phase  -> Phase   7.228930
Temp   -> Temp    7.128253
Supp   -> Supp    5.825734
OD     -> OD      5.310403
Med    -> Med     5.291943
Air    -> Air     4.853591
Anti   -> Anti    4.734200
O      -> O       4.366880
Gtype  -> Gtype   4.339325
pH     -> pH      3.866460
Gversion -> Gversion 3.799595
Agit   -> Agit    3.338817
Substrain -> Gtype   2.127903
Technique -> Technique 1.856878
Technique -> Air     0.549922
Temp   -> O       0.493576
O      -> Technique 0.360239
O      -> Supp    0.224412
Strain -> O       0.190888
Gtype  -> pH      0.130160
O      -> Strain  0.054457
Agit   -> O       0.033834
Vess   -> O       0.000045
O      -> Vess    0.000030
Technique -> Med     -0.000590
O      -> Gtype   -0.002110
Anti   -> pH      -0.046475
O      -> pH      -0.056152
Strain -> Phase   -0.082768
Phase  -> O       -0.100965
Technique -> Supp    -0.102552
pH     -> Supp    -0.120337
O      -> Agit    -0.134155
Gversion -> Supp    -0.139909
Supp   -> pH      -0.183244
O      -> OD      -0.206493
OD     -> O       -0.211941
Gtype  -> Phase   -0.216396
O      -> Anti    -0.219982
Gtype  -> Temp    -0.222236
Med    -> Phase   -0.230130
Air    -> Gtype   -0.240790
Med    -> O       -0.245632
Gtype  -> Air     -0.269939
Anti   -> O       -0.276962
O      -> Phase   -0.285159
Gversion -> Gtype   -0.287036
Supp   -> O       -0.291788
Gtype  -> Supp    -0.330182
Phase  -> Air     -0.331654
Air    -> O       -0.357013
Air    -> Phase   -0.424458
Technique -> Gversion -0.443383
Strain -> Supp    -0.468051
Air    -> Supp    -0.475470
Supp   -> Gtype   -0.500563
Gversion -> O       -0.551973
Anti   -> Supp    -0.552432
O      -> Temp    -0.581883
Phase  -> Supp    -0.791529
Phase  -> Technique -0.796592
Gtype  -> Gversion -0.871682
Supp   -> Air     -0.930252
O      -> Med     -0.980902
Phase  -> Gtype   -1.001267
Supp   -> Med     -1.040126
Anti   -> Gtype   -1.118957
Technique -> O       -1.121474
Phase  -> Med     -1.131762
O      -> Gversion -1.164503
Anti   -> Phase   -1.308426
Gtype  -> O       -1.409445
Gtype  -> OD      -1.446431
Supp   -> Phase   -1.477788
Phase  -> OD      -1.499796
Supp   -> Technique -1.511117
Gtype  -> Anti    -1.532455
Technique -> OD      -1.539308
Temp   -> Med     -1.596035
Agit   -> Air     -1.676006
Gtype  -> Technique -1.898488
Gtype  -> Med     -1.989201
Air    -> OD      -2.082570
OD     -> Air     -2.100448
Substrain -> O       -2.719498
O      -> Air     -2.808492
Technique -> Gtype   -2.870355
Technique -> pH      -3.577986
Med    -> Supp    -4.093955


Top unlikely transitions:
Phase  -> Phase   7.228930
Temp   -> Temp    7.128253
Supp   -> Supp    5.825734
OD     -> OD      5.310403
Med    -> Med     5.291943
Air    -> Air     4.853591
Anti   -> Anti    4.734200
O      -> O       4.366880
Gtype  -> Gtype   4.339325
pH     -> pH      3.866460
Gversion -> Gversion 3.799595
Agit   -> Agit    3.338817
Substrain -> Gtype   2.127903
Technique -> Technique 1.856878
Technique -> Air     0.549922
Temp   -> O       0.493576
O      -> Technique 0.360239
O      -> Supp    0.224412
Strain -> O       0.190888
Gtype  -> pH      0.130160
O      -> Strain  0.054457
Agit   -> O       0.033834
Vess   -> O       0.000045
O      -> Vess    0.000030
Technique -> Med     -0.000590
O      -> Gtype   -0.002110
Anti   -> pH      -0.046475
O      -> pH      -0.056152
Strain -> Phase   -0.082768
Phase  -> O       -0.100965
Technique -> Supp    -0.102552
pH     -> Supp    -0.120337
O      -> Agit    -0.134155
Gversion -> Supp    -0.139909
Supp   -> pH      -0.183244
O      -> OD      -0.206493
OD     -> O       -0.211941
Gtype  -> Phase   -0.216396
O      -> Anti    -0.219982
Gtype  -> Temp    -0.222236
Med    -> Phase   -0.230130
Air    -> Gtype   -0.240790
Med    -> O       -0.245632
Gtype  -> Air     -0.269939
Anti   -> O       -0.276962
O      -> Phase   -0.285159
Gversion -> Gtype   -0.287036
Supp   -> O       -0.291788
Gtype  -> Supp    -0.330182
Phase  -> Air     -0.331654
Air    -> O       -0.357013
Air    -> Phase   -0.424458
Technique -> Gversion -0.443383
Strain -> Supp    -0.468051
Air    -> Supp    -0.475470
Supp   -> Gtype   -0.500563
Gversion -> O       -0.551973
Anti   -> Supp    -0.552432
O      -> Temp    -0.581883
Phase  -> Supp    -0.791529
Phase  -> Technique -0.796592
Gtype  -> Gversion -0.871682
Supp   -> Air     -0.930252
O      -> Med     -0.980902
Phase  -> Gtype   -1.001267
Supp   -> Med     -1.040126
Anti   -> Gtype   -1.118957
Technique -> O       -1.121474
Phase  -> Med     -1.131762
O      -> Gversion -1.164503
Anti   -> Phase   -1.308426
Gtype  -> O       -1.409445
Gtype  -> OD      -1.446431
Supp   -> Phase   -1.477788
Phase  -> OD      -1.499796
Supp   -> Technique -1.511117
Gtype  -> Anti    -1.532455
Technique -> OD      -1.539308
Temp   -> Med     -1.596035
Agit   -> Air     -1.676006
Gtype  -> Technique -1.898488
Gtype  -> Med     -1.989201
Air    -> OD      -2.082570
OD     -> Air     -2.100448
Substrain -> O       -2.719498
O      -> Air     -2.808492
Technique -> Gtype   -2.870355
Technique -> pH      -3.577986
Med    -> Supp    -4.093955


Top positive:
10.632316 O        b'-2:lemma:_'
9.387921 O        b'lemma:-'
9.108587 Supp     b'lemma:no3'
8.953851 Anti     b'-2:lemma:antibody'
8.675723 Phase    b'-2:lemma:phase'
8.621428 Air      b'lemma:anaerobic'
8.570872 Technique b'lemma:chipseq'
7.482674 Supp     b'lemma:pq'
7.101433 O        b'lemma:1'
6.735610 Gtype    b'lemma:wt'
6.373578 O        b'lemma:with'
6.359731 O        b'lemma:2'
6.272791 Med      b'lemma:MOPS'
6.054250 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.897194 O        b'lemma:b'
5.855428 Gtype    b'hGreek'
5.849508 Supp     b'lemma:acetate'
5.789494 Gtype    b'lemma:type'
5.785160 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.774461 O        b'+1:lemma:wt'
5.678098 OD       b'lemma:0.3'
5.656833 Gtype    b'-2:lemma:affyexp'
5.629929 O        b'+2:lemma:\xc2\xb0c'
5.616452 Med      b'lemma:LB'
5.581101 Supp     b'-1:lemma:Cra'
5.572921 Supp     b'-2:lemma:purr'
5.541236 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
5.532408 Supp     b'-2:lemma:shake'
5.494424 Supp     b'+2:lemma:rifampicin'
5.379686 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.338727 O        b'lemma:CEL'
5.298477 Supp     b'lemma:Iron'
5.298477 Supp     b'-2:lemma:Anaerobic'
5.246429 Air      b'lemma:anaeroibc'
5.243482 O        b'lemma:3'
5.213287 O        b'-2:lemma:ChIP-Seq'
5.143816 O        b'+2:lemma:crp'
5.138016 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
5.087688 O        b'-1:lemma:lb'
5.075438 O        b'lemma:argr'
5.035949 Supp     b'lemma:2h'
5.035949 Supp     b'-1:lemma:additional'
5.021894 O        b'-1:postag:NNS'
5.020313 Technique b'lemma:ChIP-exo'
4.893866 Technique b'-1:lemma:input'
4.820059 Phase    b'+2:lemma:o.d.'
4.809605 O        b'lemma:_'
4.775665 O        b'lemma:purr'
4.765188 Supp     b'lemma:arginine'
4.756520 O        b'-2:lemma:overnight'
4.749778 Med      b'+2:lemma:b2'
4.743559 Supp     b'lemma:iptg'
4.703930 O        b'lemma:rpob'
4.530733 O        b'lemma:lrp'
4.528785 O        b'-1:lemma:type'
4.512427 O        b'postag:VBG'
4.494959 Technique b'+2:lemma:ph5'
4.485508 O        b'lemma:Cra'
4.461058 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
4.441090 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
4.437428 Gtype    b'lemma:dfnr'
4.395181 Gtype    b'-2:lemma:delta'
4.386215 O        b'-2:lemma:minute'
4.379842 Air      b'lemma:aerobic'
4.364145 Substrain b'-2:lemma:substr'
4.359307 Gtype    b'-2:lemma:genotype'
4.354521 O        b'lemma:trpr'
4.338128 Supp     b'lemma:glucose'
4.330613 Supp     b'-2:lemma:argr'
4.312400 O        b'lemma:a'
4.218015 Phase    b'lemma:stationary'
4.218015 Phase    b'lemma:exponential'
4.217717 O        b'+1:lemma:250'
4.162153 Temp     b'-2:lemma:keep'
4.148342 O        b'lemma:genotype/variation'
4.079357 Supp     b'+2:lemma:iptg'
4.073084 Med      b'+2:lemma:b1'
4.025052 Gtype    b'-2:lemma:genotype/variation'
4.013040 Supp     b'+1:lemma:1'
4.011186 O        b'-1:lemma:trpr'
3.989559 Strain   b'lemma:k-12'
3.958319 O        b'-2:lemma:='
3.946423 O        b'+1:lemma:od600'
3.939116 Supp     b'-1:lemma:ompr'
3.931869 OD       b'lemma:od450'
3.913234 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
3.907613 O        b'lemma:culture'
3.906861 O        b'-1:lemma:medium'
3.896962 Phase    b'postag:NN'
3.878066 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.859950 pH       b'lemma:5.5'
3.855256 Gtype    b'+1:lemma:type'
3.832320 Gtype    b'+1:lemma:small'
3.797449 Air      b'-1:lemma:-'
3.770291 OD       b'-2:lemma:od450'
3.757525 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.746646 O        b'-1:lemma:0.3'
3.712203 Technique b'lemma:rna-seq'
3.669666 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
3.657537 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.637638 O        b'-1:lemma:tag'
3.620369 O        b'-2:lemma:medium'
3.616750 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
3.612594 O        b'lemma:.'
3.612594 O        b'postag:.'
3.590979 O        b'lemma:ompr'
3.587362 Supp     b'lemma:Leu'
3.587362 Supp     b'-2:lemma:Lrp'
3.585155 Air      b'-2:lemma:0.3'
3.551623 Supp     b'-2:lemma:agent'
3.550433 Technique b'lemma:rnaseq'
3.533031 O        b'+1:lemma:20'
3.521812 Supp     b'lemma:Fe'
3.510958 Supp     b'-1:lemma:+'
3.466874 O        b'lemma:harbor'
3.465667 Supp     b'lemma:nacl'
3.455383 O        b'lemma:soxr'
3.455383 O        b'lemma:soxs'
3.450208 O        b'-1:lemma:pq'
3.443385 Substrain b'lemma:mg1655'
3.443270 O        b'-1:lemma:min'
3.439413 O        b'lemma:ml'
3.432419 O        b'-1:lemma:anaerobic'
3.396802 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.395723 O        b'lemma:gadx'
3.372206 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
3.368492 Supp     b'+1:lemma:2'
3.356254 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
3.337149 O        b'-1:lemma:glucose'
3.336088 pH       b'lemma:ph5'
3.336088 pH       b'+1:lemma:.5'
3.335021 O        b'lemma:\xcf\x8332'
3.318449 Temp     b'-1:lemma:43'
3.314961 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
3.311549 Supp     b'lemma:Adenine'
3.303030 Med      b'-2:lemma:medium'
3.297448 O        b'postag:VBD'
3.287276 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
3.260912 Air      b'-2:lemma:IP'
3.247314 O        b'-2:lemma:fructose'
3.241090 O        b'lemma:for'
3.236052 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.221936 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.200143 Air      b'-2:lemma:nh4cl'
3.198103 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.198103 Gtype    b'-2:lemma:chip-arca'
3.195389 O        b'lemma:oxyr'
3.190013 Med      b'lemma:m63'
3.161464 Supp     b'lemma:30'
3.156995 Air      b'postag:RB'
3.156124 Gtype    b'lemma:ptac'
3.121267 O        b'lemma:chip'
3.120510 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.079489 O        b'+1:lemma:0.2'
3.061184 Substrain b'lemma:mg1655star'
3.041110 O        b'-1:lemma:nacl'
3.040626 Gversion b'-2:lemma:build'
3.027212 Supp     b'lemma:fructose'
3.005553 O        b'lemma:rep2'
3.005553 O        b'lemma:rep1'
2.999899 Med      b'lemma:media'
2.996667 O        b'lemma:treatment'
2.974874 Phase    b'lemma:mid-log'
2.956019 Supp     b'-2:lemma:media'
2.950963 O        b'lemma:cra'
2.945539 O        b'-1:lemma:into'
2.945313 O        b'lemma:affyexp'
2.944443 Temp     b'lemma:43'
2.941475 O        b'lemma:or'
2.919679 O        b'postag::'
2.917000 Med      b'+2:postag:CC'
2.913870 O        b'+1:lemma:rifampicin'
2.905070 O        b'-1:lemma:acetate'
2.887645 OD       b'lemma:0.35'
2.886111 Supp     b'+2:lemma:feso4'
2.877150 Supp     b'-2:lemma:trpr'
2.876473 Med      b'lemma:lb'
2.865165 O        b'-2:lemma:reach'
2.861702 Gversion b'lemma:.2'
2.861702 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.842799 Air      b'lemma:aerobically'
2.829984 O        b'lemma:='
2.828290 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.805000 Supp     b'+2:lemma:nh4cl'
2.795477 O        b'+1:lemma:minute'
2.778275 O        b'lemma:growth'
2.766634 O        b'-1:lemma:fructose'
2.744323 O        b'lemma:at'
2.743672 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.743672 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.743672 Gtype    b'-2:lemma:seqa'
2.731865 Temp     b'lemma:37'
2.730687 Supp     b'+1:lemma:_'
2.726274 O        b'lemma:chip-arca'
2.726274 O        b'+2:lemma:arca8myc'
2.723460 Strain   b'-2:lemma:strain'
2.722993 O        b'+2:lemma:constant'
2.716590 Supp     b'-1:lemma:30'
2.714631 Supp     b'-1:lemma:wt'
2.699694 O        b'-1:lemma:genotype'
2.683193 pH       b'+1:postag:CD'
2.674883 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.670584 O        b'+2:postag:VB'
2.668686 Supp     b'-2:lemma:condition'
2.642059 Air      b'postag:JJ'
2.625750 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
2.625672 Supp     b'lemma:leucine'
2.623371 O        b'lemma:chip-fnr'
2.623371 O        b'+2:lemma:fnr8myc'
2.623088 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.616850 O        b'-2:lemma:flagtag'
2.615473 O        b'-1:lemma:-80'
2.582798 O        b'-1:lemma:wt'
2.571988 O        b'lemma:Nac'
2.564618 Agit     b'lemma:rpm'
2.557530 Air      b'+1:lemma:b'
2.555291 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
2.555291 Gtype    b'-2:lemma:chip-fnr'
2.550171 Agit     b'-1:lemma:250'
2.544042 O        b'+1:lemma:coli'
2.537417 Med      b'-2:lemma:fresh'
2.521762 O        b'+2:lemma:4'
2.521549 O        b'-1:lemma:leucine'
2.520957 Temp     b'-2:lemma:\xcf\x8332'
2.516024 Gtype    b'-1:lemma:wild'
2.510129 Air      b'+2:lemma:250'
2.508465 Med      b'-1:lemma:fresh'
2.500283 Med      b'+1:lemma:+'
2.488845 Anti     b'-1:lemma:myc'
2.488845 Anti     b'-2:lemma:9e10'
2.481436 O        b'-2:lemma:myc'
2.480625 Air      b'-2:lemma:mid-log'
2.463220 Air      b'-1:lemma:phase'
2.461072 O        b'-1:lemma:genbank'
2.453007 Anti     b'-1:lemma:fnr'
2.447622 Gtype    b'lemma:crp'
2.430563 Vess     b'lemma:flask'
2.430563 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.430563 Vess     b'-2:lemma:pre'
2.430563 Vess     b'+2:lemma:43'
2.426542 Technique b'+1:lemma:gadx'
2.420684 Temp     b'-1:lemma:37'
2.417529 Anti     b'-2:lemma:purify'
2.413239 O        b'+2:lemma:allow'
2.383677 pH       b'+1:lemma:5.5'
2.382376 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.382341 Technique b'-2:postag:NNP'
2.375134 Air      b'-2:lemma:cm20'
2.373076 O        b'lemma:ntrc'
2.373076 O        b'lemma:csir'
2.364889 O        b'-1:lemma:antibody'
2.361264 O        b'-1:lemma:4'
2.354314 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.319041 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
2.318622 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.317787 Med      b'-1:lemma:w2'
2.300058 Gtype    b'-2:lemma:-rcb-'
2.298775 Supp     b'-1:lemma:with'
2.296237 Supp     b'+2:lemma:A'
2.295829 O        b'postag:DT'
2.290960 O        b'lemma:additional'
2.290960 O        b'+1:lemma:2h'
2.276648 Anti     b'-2:lemma:polymerase'
2.257379 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.257379 Strain   b'-2:lemma:str'
2.249445 Med      b'-2:lemma:treatment'
2.244978 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.229631 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.229631 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.226165 pH       b'lemma:.5'
2.226165 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.216210 O        b'lemma:pt7'
2.206178 O        b'-1:lemma:aerobic'
2.196029 Gtype    b'+1:lemma:control'
2.194497 Technique b'-2:lemma:Nac'
2.169476 Gtype    b'lemma:WT'
2.165369 Gversion b'lemma:000913'
2.165369 Gversion b'-2:lemma:nc'
2.165000 Supp     b'-2:lemma:for'
2.157172 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.148154 O        b'+2:lemma:wt'
2.133943 O        b'-2:lemma:min'
2.126785 Med      b'-1:lemma:ml'
2.119784 O        b'-1:lemma:l1'
2.118207 O        b'+1:lemma:sparging'
2.117298 O        b'+1:postag:VBZ'
2.114969 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
2.105837 Supp     b'lemma:tryptophan'
2.105837 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
2.103537 Gtype    b'-1:lemma:factor'
2.103537 Gtype    b'-2:lemma:transcription'
2.089975 Technique b'-1:lemma:_'
2.082390 Phase    b'-2:lemma:until'
2.081783 Med      b'+2:lemma:+'
2.077341 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.076552 O        b'-2:lemma:Leu'
2.069544 Gtype    b'-1:postag:VBP'
2.068940 O        b'postag:VBN'
2.057344 O        b'postag:IN'
2.055922 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.053276 O        b'-2:lemma:growth'
2.051343 O        b'-1:lemma:w0002'
2.050701 Gversion b'-2:postag:VB'
2.048515 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.047733 Air      b'-2:lemma:fnr'
2.035523 Supp     b'-1:lemma:potassium'
2.035523 Supp     b'-2:lemma:mmol'
2.028698 Supp     b'lemma:glutamine'
2.028698 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
2.021916 O        b'lemma:genotype'
2.020341 O        b'lemma::'
2.019510 Technique b'-2:lemma:wt'
2.019366 Gtype    b'+1:lemma:fur'
2.014157 Technique b'lemma:chip-exo'
2.013624 O        b'+2:lemma:_'
2.010550 Gtype    b'-1:lemma:vector'
2.007239 Anti     b'hGreek'
2.006763 O        b'lemma:A'
2.005148 Gtype    b'+1:lemma:the'
2.002393 Gversion b'lemma:u00096'
2.002393 Gversion b'+1:lemma:.2'
1.993868 O        b'-1:lemma:dpd'
1.984277 Supp     b'+1:lemma:m'
1.978512 Med      b'-1:lemma:LB'
1.978512 Med      b'+2:lemma:1mm'
1.975331 O        b'+2:lemma:TEX'
1.962246 O        b'+1:lemma:b1'
1.960470 O        b'postag:SYM'
1.941970 Med      b'lemma:glucose'
1.936049 Gversion b'postag:NN'
1.931617 Gtype    b'-2:lemma:dna'
1.929386 Gtype    b'+1:lemma:ryhb'
1.922890 Technique b'-2:lemma:Fe'
1.920648 Gtype    b'+2:lemma:tag'
1.902449 O        b'-2:lemma:ml'
1.896346 O        b'-2:lemma:co2'
1.893754 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.890786 Med      b'-1:lemma:in'
1.871488 O        b'+1:lemma:anerobically'
1.871488 O        b'-2:lemma:600nm'
1.868963 Supp     b'-2:lemma:Fe'
1.867667 O        b'+1:postag:NNP'
1.859817 O        b'-1:lemma:rpm'
1.856884 Supp     b'-2:lemma::'
1.851111 O        b'lemma:supplement'
1.847370 Gtype    b'+2:lemma:glucose'
1.847226 Technique b'lemma:chip-seq'
1.846745 O        b'+1:postag:RB'
1.839923 O        b'lemma:s'
1.839923 O        b'-2:lemma:parameter'
1.834001 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.834001 Gtype    b'+2:lemma:flagtag'
1.831068 Technique b'hUpper'
1.828269 O        b'-2:lemma:anaerobic'
1.827970 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.822916 O        b'lemma:\xce\xbcl'
1.817164 O        b'lemma:~'
1.816021 Substrain b'+2:lemma::'
1.799710 Supp     b'lemma:0.1'
1.795639 Supp     b'-2:postag:VBG'
1.780911 Med      b'+1:lemma:minimal'
1.774437 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.773800 O        b'-2:lemma:sample'
1.772941 O        b'-1:lemma:mg1655'
1.766382 O        b'lemma:old'
1.766382 O        b'-1:lemma:seqa'
1.766382 O        b'+1:lemma:deltaseqa'
1.766380 OD       b'lemma:0.3-0.35'
1.760896 Air      b'-1:lemma:ryhb'
1.759713 O        b'lemma:fresh'
1.759390 O        b'+1:lemma:30'
1.756816 Phase    b'-1:lemma:until'
1.751162 Supp     b'+2:lemma:leucine'
1.747122 O        b'lemma:be'
1.732292 O        b'+1:lemma:read'
1.726720 Gtype    b'lemma:wild'
1.714523 Supp     b'lemma:Trp'
1.711035 O        b'-1:lemma:Aerobic'
1.710075 Supp     b'lemma:rifampicin'
1.692598 O        b'-1:lemma:5.5'
1.692180 Technique b'-1:lemma:IP'
1.680549 Air      b'-2:lemma:condition'
1.675770 Anti     b'+2:lemma:antibody'
1.654790 O        b'-2:lemma:~'
1.636400 Agit     b'-2:lemma:aerobically'
1.622805 Gtype    b'+1:postag::'
1.618145 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.617123 Vess     b'+1:lemma:at'
1.612847 Supp     b'-2:lemma:induce'
1.612008 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.609492 OD       b'+2:lemma:0.3-0.35'
1.607570 Technique b'-2:lemma:Fur'
1.594416 O        b'-1:lemma:.5'
1.594416 O        b'-2:lemma:ph5'
1.584712 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
1.584712 Anti     b'+2:lemma:NeoClone'
1.583948 Supp     b'-1:lemma:without'
1.578958 O        b'symb'
1.574148 Med      b'lemma:medium'
1.571945 Gtype    b'+1:lemma:with'
1.571781 O        b'-2:lemma:neg'
1.566918 O        b'+2:lemma:of'
1.558178 O        b'+1:lemma:nh4cl'
1.557772 O        b'lemma:input'
1.557772 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.554781 O        b'lemma:rnase'
1.547934 Anti     b'-2:lemma:\xc3\x9f'
1.544737 O        b'+1:lemma:43'
1.542147 Air      b'+2:lemma:%'
1.539882 O        b'-1:lemma:treatment'
1.537854 Substrain b'-1:lemma:.'
1.537854 Substrain b'-1:postag:.'
1.534722 O        b'+2:lemma:k-12'
1.527976 Gtype    b'-2:postag::'
1.527120 Supp     b'-1:postag:SYM'
1.526410 O        b'-1:lemma:induce'
1.523913 O        b'+2:lemma:ml'
1.523419 Air      b'-2:lemma:%'
1.520813 Air      b'-2:postag:SYM'
1.520304 Supp     b'lemma:0.2'
1.518860 Anti     b'+1:lemma:from'
1.517164 O        b'-1:lemma:genome'
1.516943 O        b'+2:lemma:m63'
1.515296 Anti     b'lemma:mab'
1.515296 Anti     b'-1:lemma:anti-flag'
1.505749 O        b'+1:lemma:dfnr'
1.498211 O        b'lemma:-80'
1.498211 O        b'-2:lemma:freeze'
1.492855 Air      b'-2:postag:CD'
1.490557 Agit     b'+1:lemma:rpm'
1.489213 O        b'-1:lemma:0.35'
1.487210 O        b'lemma:Fur'
1.481373 Supp     b'lemma:2g/l'
1.481373 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
1.477094 O        b'lemma:-lrb-'
1.473500 Air      b'-1:lemma:co2'
1.472990 O        b'-1:lemma:.2'
1.472990 O        b'-2:lemma:u00096'
1.466871 Med      b'+2:lemma:0.2'
1.466052 O        b'lemma:Lrp'
1.466052 O        b'+2:lemma:Leu'
1.465761 Agit     b'lemma:250'
1.464592 OD       b'-1:lemma:about'
1.460356 O        b'+2:lemma:w/v'
1.450723 O        b'lemma:-rrb-'
1.448539 OD       b'+1:postag:IN'
1.445935 O        b'-2:lemma:\xe2\x88\x86'
1.444953 O        b'+1:lemma:rnaseq'
1.442198 Supp     b'+1:lemma:mm'
1.441697 Agit     b'-2:postag:RB'
1.441038 O        b'-1:postag:RB'
1.434595 Gtype    b'lemma:ryhb'
1.433050 O        b'+1:lemma:o.d.'
1.433050 O        b'+2:lemma:600nm'
1.432395 O        b'-1:lemma:arginine'
1.423356 O        b'+2:postag:JJ'
1.422061 Gtype    b'-2:lemma:Fur'
1.421731 Med      b'postag:NNP'
1.418281 OD       b'lemma:od600'
1.413402 Substrain b'+2:postag::'
1.412216 pH       b'-1:lemma:at'
1.408248 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.404353 O        b'-2:lemma:source'
1.396837 Supp     b'-1:lemma:respiration'
1.396837 Supp     b'+1:lemma:mmol'
1.396837 Supp     b'+2:lemma:potassium'
1.386576 Technique b'-2:lemma:rifampicin'
1.383245 Gversion b'-2:lemma:genome'
1.375985 O        b'+2:lemma:dilute'
1.371727 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
1.371076 Air      b'+1:lemma:%'
1.370071 Air      b'+2:lemma:37'
1.365606 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.365117 O        b'-1:lemma:Iron'
1.361058 O        b'-2:lemma:final'
1.357196 O        b'-1:lemma:condition'
1.356488 Supp     b'-1:lemma:soxr'
1.356488 Supp     b'-1:lemma:soxs'
1.354128 pH       b'-2:lemma:at'
1.348572 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.344348 Air      b'-2:lemma:\xe2\x88\x86'
1.341605 O        b'lemma:k-12'
1.339809 Gtype    b'hUpper'
1.337847 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.336624 Anti     b'-1:lemma:polyclonal'
1.333416 O        b'+1:lemma::'
1.332525 Supp     b'-2:lemma:source'
1.330277 Air      b'lemma:%'
1.326676 Technique b'-2:lemma:pt7'
1.326612 Agit     b'+2:lemma:at'
1.319829 Gversion b'lemma:nc'
1.319829 Gversion b'+2:lemma:000913'
1.319718 Supp     b'+2:lemma:add'
1.318079 Gtype    b'+2:lemma:rep2'
1.318079 Gtype    b'+2:lemma:rep1'
1.311458 Gtype    b'postag:JJ'
1.304839 Anti     b'-2:lemma:ihf'
1.300275 Gtype    b'-1:lemma:pk4854'
1.289458 O        b'-2:lemma:37'
1.288120 O        b'-1:lemma:argr'


Top negative:
0.000006 Air      b'+1:lemma:culture'
0.000005 Med      b'postag:-RRB-'
0.000001 Substrain b'-2:postag:NN'
0.000000 Supp     b'lemma:mg/l'
0.000000 Supp     b'+1:lemma:tryptophan'
-0.000007 O        b'+1:lemma:culture'
-0.000014 Gtype    b'lemma:_'
-0.000025 O        b'+2:lemma:g/l'
-0.000026 Temp     b'+2:lemma:.'
-0.000026 Temp     b'+2:postag:.'
-0.000057 O        b'-2:lemma:2'
-0.000071 O        b'-1:lemma:cra'
-0.000159 Med      b'-2:postag:CC'
-0.000175 Supp     b'postag::'
-0.000239 O        b'+1:lemma:-'
-0.000279 O        b'+1:lemma:deletion'
-0.000279 O        b'+2:lemma:mutant'
-0.000299 Temp     b'+2:postag:IN'
-0.000346 O        b'+1:lemma:or'
-0.000422 Med      b'+2:postag:JJ'
-0.000462 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.000514 Supp     b'lemma:um'
-0.000514 Supp     b'+2:lemma:paraquat'
-0.000522 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.000580 O        b'lemma:anaerobic'
-0.000836 O        b'+2:lemma:m9'
-0.001161 O        b'-1:lemma:in'
-0.001225 Supp     b'postag:CD'
-0.001360 Supp     b'+1:lemma:final'
-0.001662 Gtype    b'-2:lemma:-lrb-'
-0.001696 O        b'+2:lemma:use'
-0.001797 O        b'-2:lemma:glucose'
-0.001895 Supp     b'+2:lemma:final'
-0.001968 O        b'+1:lemma:um'
-0.002364 Supp     b'-2:postag:DT'
-0.002368 O        b'-2:lemma:5'
-0.002730 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-0.002814 O        b'-1:lemma:1'
-0.002865 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.002970 Air      b'-1:postag:CC'
-0.002975 O        b'-2:lemma:into'
-0.003080 O        b'+1:lemma:phase'
-0.003255 O        b'+2:lemma:nacl'
-0.003321 O        b'+1:lemma:5'
-0.003417 OD       b'+1:lemma:2.0'
-0.003966 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.004012 Gtype    b'-2:lemma:,'
-0.004012 Gtype    b'-2:postag:,'
-0.004780 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.006283 O        b'-1:lemma:-'
-0.006327 O        b'+1:lemma:95'
-0.006401 O        b'+2:lemma:25'
-0.006617 Air      b'-2:postag:-LRB-'
-0.007717 Supp     b'+2:postag:JJ'
-0.007862 O        b'+1:lemma:25'
-0.007991 O        b'+1:lemma:the'
-0.009506 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.009506 Supp     b'-1:postag:.'
-0.009672 O        b'+2:postag:-LRB-'
-0.010158 Phase    b'+2:postag:CD'
-0.010338 Supp     b'+1:postag:SYM'
-0.010507 O        b'-1:lemma:25'
-0.011202 O        b'lemma:70'
-0.011576 O        b'+2:lemma:o2'
-0.011709 Gtype    b'+2:lemma:-rrb-'
-0.011854 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.013308 O        b'-1:lemma:~'
-0.014136 O        b'-2:lemma:paraquat'
-0.014880 O        b'hUpper'
-0.015136 O        b'-2:lemma:nacl'
-0.015333 O        b'+2:lemma:70'
-0.015980 O        b'+1:lemma:co2'
-0.016161 Gversion b'symb'
-0.016530 O        b'-1:lemma:70'
-0.018904 OD       b'+2:lemma:for'
-0.018925 Supp     b'lemma:ph'
-0.019010 O        b'-2:lemma:70'
-0.019385 Gtype    b'postag::'
-0.019979 Supp     b'-2:lemma:treat'
-0.020005 O        b'-2:lemma:m9'
-0.020307 Supp     b'postag:VBN'
-0.020528 O        b'+1:lemma:o2'
-0.020665 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.023128 O        b'lemma:n2'
-0.025201 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.027186 O        b'-1:lemma:n2'
-0.027845 O        b'+2:lemma:before'
-0.028223 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.028223 O        b'-2:lemma:sodium'
-0.028223 O        b'+2:lemma:vol'
-0.028234 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.028271 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.028857 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.029472 Vess     b'hLower'
-0.029685 O        b'-1:lemma:at'
-0.029971 O        b'lemma:min'
-0.030216 O        b'lemma:paraquat'
-0.030216 O        b'-2:lemma:um'
-0.030591 O        b'+1:lemma:min'
-0.030687 Air      b'+2:lemma:,'
-0.030687 Air      b'+2:postag:,'
-0.030850 Technique b'+2:postag:CD'
-0.031254 Supp     b'+2:lemma:mm'
-0.031853 O        b'-2:lemma:\xc2\xb0c'
-0.032061 O        b'+2:lemma:30'
-0.034168 O        b'-2:lemma:cell'
-0.034185 O        b'+1:postag:VB'
-0.034214 O        b'+2:lemma:at'
-0.034241 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.035149 Supp     b'+2:lemma:glucose'
-0.035177 O        b'+1:lemma:='
-0.037794 Agit     b'hLower'
-0.038097 O        b'+1:postag:NNS'
-0.038695 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.039231 Supp     b'postag:IN'
-0.040349 O        b'lemma:m'
-0.041204 Supp     b'+2:lemma:agitation'
-0.041672 Gtype    b'+2:lemma:1'
-0.042199 OD       b'lemma:='
-0.043137 O        b'+2:lemma:fecl2'
-0.046149 O        b'+2:lemma:n2'
-0.048043 O        b'+1:lemma:sample'
-0.048359 O        b'-2:lemma:-lrb-'
-0.049371 O        b'-1:lemma:for'
-0.051179 O        b'+1:lemma:medium'
-0.051979 O        b'+2:lemma:sample'
-0.052353 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.053578 O        b'lemma:;'
-0.053578 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.053777 O        b'lemma:mg/ml'
-0.053777 O        b'-1:lemma:150'
-0.053876 Supp     b'+2:lemma:acetate'
-0.056098 Air      b'postag:CD'
-0.056638 O        b'-2:postag:-LRB-'
-0.059193 Gtype    b'postag:NN'
-0.059607 O        b'-2:lemma:mg1655'
-0.060356 Air      b'+1:postag:NN'
-0.060910 O        b'-2:lemma:;'
-0.061040 O        b'+2:lemma:medium'
-0.062762 Supp     b'lemma:and'
-0.064210 pH       b'hUpper'
-0.064343 O        b'+2:lemma:then'
-0.064705 O        b'+2:lemma:until'
-0.065457 Air      b'+1:postag:NNS'
-0.065466 O        b'+1:lemma:mm'
-0.067199 O        b'+2:lemma:10'
-0.067231 O        b'+1:lemma:70'
-0.067344 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.067344 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.068255 O        b'-2:lemma:phase'
-0.069526 Gtype    b'postag:CD'
-0.071358 O        b'-1:lemma:um'
-0.071358 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.071410 O        b'-2:lemma:20'
-0.071427 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.071437 O        b'+1:lemma:%'
-0.072066 O        b'-1:lemma:control'
-0.073091 O        b'lemma:m9'
-0.073505 O        b'+1:lemma:300'
-0.074965 Med      b'+1:lemma:and'
-0.077565 O        b'+1:lemma:ph'
-0.078252 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.078612 Supp     b'lemma:,'
-0.078612 Supp     b'postag:,'
-0.079628 Gtype    b'-1:lemma:-lrb-'
-0.079945 O        b'-2:lemma:10'
-0.081141 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.082849 O        b'+2:lemma:0.4'
-0.086182 O        b'-2:lemma:25'
-0.086307 Gtype    b'-2:postag:NNP'
-0.087010 Temp     b'+2:lemma:with'
-0.088208 Supp     b'-1:lemma:Fe'
-0.089415 Supp     b'lemma:.'
-0.089415 Supp     b'postag:.'
-0.089562 Air      b'postag:NNP'
-0.089819 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.090099 pH       b'postag:NN'
-0.090746 O        b'-2:lemma:0.2'
-0.092979 O        b'+1:lemma:glucose'
-0.094420 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.100222 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.100829 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.102026 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.102166 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.103117 Med      b'+1:postag:IN'
-0.103172 O        b'-1:postag:VB'
-0.103804 O        b'+2:postag:RB'
-0.103927 Med      b'hLower'
-0.104536 Phase    b'-2:postag:NN'
-0.106406 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.106476 O        b'lemma:phosphate'
-0.109069 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.110859 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.110954 O        b'lemma:o2'
-0.111488 O        b'-1:postag:IN'
-0.111678 Supp     b'-2:lemma:glucose'
-0.112846 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.113526 Med      b'+2:lemma:supplement'
-0.119285 Gtype    b'symb'
-0.119504 OD       b'postag:JJ'
-0.121182 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.122030 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.124261 O        b'lemma:hour'
-0.124625 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
-0.127945 O        b'+1:lemma:media'
-0.128156 Supp     b'+1:postag:JJ'
-0.128875 Supp     b'+2:postag:NN'
-0.129052 Gtype    b'-2:lemma:and'
-0.131355 Phase    b'+1:postag:RB'
-0.133008 Med      b'-1:postag:IN'
-0.134023 Supp     b'+1:postag:NNP'
-0.136498 Phase    b'+2:postag:IN'
-0.136567 O        b'lemma:sample'
-0.139127 O        b'+1:lemma:a'
-0.140037 Supp     b'-2:lemma:-lrb-'
-0.143710 O        b'-2:lemma:m'
-0.144650 OD       b'+2:lemma:2.0'
-0.145119 O        b'-2:postag:DT'
-0.146595 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.150297 Phase    b'+2:lemma:at'
-0.151384 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.153347 O        b'-1:lemma:o2'
-0.153445 Supp     b'lemma:-rrb-'
-0.153599 O        b'-1:lemma:final'
-0.154622 Supp     b'-1:lemma:in'
-0.155038 O        b'+2:lemma:total'
-0.155165 Supp     b'-2:postag:-LRB-'
-0.155385 O        b'+1:lemma:genome'
-0.159092 O        b'-2:lemma:chip-exo'
-0.160534 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.162262 O        b'+2:lemma:the'
-0.163975 O        b'-1:lemma:m9'
-0.164781 O        b'-2:lemma:g/l'
-0.164927 O        b'-2:lemma:for'
-0.165915 O        b'+2:lemma:dna'
-0.168187 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.169817 Supp     b'lemma:1'
-0.170677 O        b'-2:lemma:grow'
-0.172785 Temp     b'postag:NN'
-0.176316 O        b'-2:lemma:minimal'
-0.179375 O        b'-1:postag:DT'
-0.179496 O        b'lemma:dpd'
-0.183649 O        b'lemma:ph'
-0.185017 O        b'-2:lemma:stir'
-0.185520 O        b'lemma:150'
-0.185520 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.185520 O        b'-2:lemma:concentration'
-0.186014 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.186014 O        b'+2:lemma:1/100'
-0.188802 Med      b'postag:-LRB-'
-0.189063 O        b'-1:lemma:mm'
-0.190193 Supp     b'postag:-RRB-'
-0.190280 Temp     b'+1:lemma:with'
-0.190393 O        b'+2:lemma:fnr'
-0.191797 O        b'+1:lemma:~'
-0.194428 O        b'+2:lemma:od600'
-0.194443 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.196005 Supp     b'lemma:-lrb-'
-0.197547 O        b'-2:lemma:n2'
-0.197797 Supp     b'+2:lemma:-rrb-'
-0.197869 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.198685 Med      b'+1:postag:NN'
-0.206658 O        b'+2:lemma:follow'
-0.209022 O        b'+1:lemma:contain'
-0.212240 O        b'-2:lemma:of'
-0.213409 Supp     b'+2:lemma:,'
-0.213409 Supp     b'+2:postag:,'
-0.214391 Supp     b'-1:postag:VBG'
-0.216886 O        b'lemma:co2'
-0.216903 Supp     b'postag:-LRB-'
-0.220680 O        b'lemma:7.6'
-0.220680 O        b'+1:lemma:;'
-0.221677 Supp     b'+2:postag:-RRB-'
-0.222559 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.222995 O        b'+2:lemma:.'
-0.222995 O        b'+2:postag:.'
-0.223323 O        b'+2:lemma:-rrb-'
-0.225021 O        b'+2:lemma:rnase'
-0.225344 O        b'+2:lemma:ph'
-0.232103 O        b'+2:postag:-RRB-'
-0.233774 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.236930 OD       b'hUpper'
-0.238818 Air      b'+2:postag:IN'
-0.242288 Gtype    b'-2:postag:CC'
-0.244677 Technique b'-2:postag:NN'
-0.247654 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.248504 O        b'lemma:methanol'
-0.248504 O        b'-2:lemma:dissolve'
-0.249929 O        b'+1:lemma:until'
-0.251993 O        b'lemma:m63'
-0.252623 O        b'+2:lemma:genome'
-0.253977 O        b'-2:lemma:o2'
-0.256028 O        b'-1:lemma:delta'
-0.256424 O        b'+1:postag:DT'
-0.256531 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.256570 O        b'+2:lemma:co2'
-0.261339 O        b'-2:lemma:100'
-0.267638 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.270831 O        b'lemma:1m'
-0.274159 Supp     b'+1:lemma:with'
-0.277935 Temp     b'-2:postag:NN'
-0.279903 O        b'+2:lemma:0.2'
-0.279981 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.280841 Supp     b'-2:lemma:a'
-0.281362 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.285584 OD       b'+2:postag:NN'
-0.285872 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.285940 O        b'-2:lemma:rpob'
-0.286884 O        b'+2:lemma:pk4854'
-0.288452 O        b'+2:lemma:nitrate'
-0.288548 Air      b'symb'
-0.291039 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.293457 Med      b'+2:postag:VBG'
-0.294372 Supp     b'postag:NNS'
-0.296603 O        b'+1:lemma:of'
-0.298319 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.311104 O        b'lemma:dissolve'
-0.311104 O        b'+2:lemma:methanol'
-0.318035 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.318712 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.319959 O        b'lemma:minimal'
-0.320925 O        b'-2:lemma:50'
-0.324757 O        b'hGreek'
-0.324853 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.327152 O        b'+1:lemma:b'
-0.327380 O        b'-1:lemma:od600'
-0.328071 O        b'-1:lemma:of'
-0.331250 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.331250 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.335360 O        b'-1:lemma:with'
-0.335725 O        b'-1:lemma:contain'
-0.340847 O        b'lemma:0.1'
-0.341020 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.341841 O        b'lemma:250'
-0.345302 O        b'lemma:0.2'
-0.345874 O        b'-1:lemma:1m'
-0.345874 O        b'+2:lemma:7.6'
-0.346203 Supp     b'+2:lemma:dpd'
-0.368233 Supp     b'+1:postag::'
-0.373223 Supp     b'+2:lemma:fructose'
-0.376840 O        b'-2:lemma:fnr'
-0.379547 Supp     b'+2:lemma:with'
-0.380542 O        b'-2:lemma:the'
-0.382770 O        b'-1:lemma:vol'
-0.382770 O        b'-2:lemma:1/100'
-0.382770 O        b'+2:lemma:1m'
-0.391543 O        b'lemma:acetate'
-0.394233 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.395082 Supp     b'-2:lemma:and'
-0.397320 OD       b'hLower'
-0.398040 O        b'lemma:lb'
-0.400532 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.402014 O        b'+2:lemma:~'
-0.402784 Technique b'-1:lemma::'
-0.406886 O        b'-1:lemma:the'
-0.416933 O        b'+2:lemma:0.3'
-0.420137 O        b'+1:lemma:1m'
-0.420137 O        b'-2:lemma:vol'
-0.425403 O        b'-2:postag::'
-0.433678 O        b'+1:lemma:hour'
-0.439762 O        b'lemma:fecl2'
-0.439988 O        b'lemma:of'
-0.442433 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.443764 O        b'lemma:20'
-0.451435 O        b'lemma:pahse'
-0.462487 O        b'-2:lemma:1'
-0.469697 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.475429 Med      b'-2:postag:VBN'
-0.476724 O        b'+2:lemma:add'
-0.485946 O        b'lemma:od600'
-0.492085 Air      b'-2:lemma:-rrb-'
-0.492437 Gtype    b'postag:NNP'
-0.508539 Gtype    b'postag:VBG'
-0.509446 O        b'-1:lemma:rna'
-0.509753 O        b'-2:lemma:genome'
-0.513800 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.523871 O        b'+2:lemma:in'
-0.524865 O        b'-1:lemma:ph'
-0.529735 O        b'+2:lemma:reference'
-0.533755 O        b'+2:lemma:250'
-0.533793 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.533793 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.535112 Air      b'-2:postag:-RRB-'
-0.541137 Med      b'+2:lemma:contain'
-0.543466 O        b'+2:lemma:glucose'
-0.543621 Technique b'-1:postag::'
-0.551537 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.554281 O        b'-2:lemma:media'
-0.555303 Supp     b'+2:postag::'
-0.557156 O        b'+1:lemma:m'
-0.565569 O        b'+2:lemma:tag'
-0.568709 O        b'lemma:glucose'
-0.568828 Supp     b'hGreek'
-0.574151 Supp     b'-2:postag:JJ'
-0.587728 O        b'-2:lemma:supplement'
-0.594148 O        b'postag:RB'
-0.599597 pH       b'symb'
-0.602642 O        b'lemma:nitrate'
-0.609625 O        b'-1:lemma:IP'
-0.610205 Supp     b'postag:CC'
-0.614530 O        b'+1:postag:IN'
-0.626239 Gversion b'hLower'
-0.628041 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.640296 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.647589 O        b'-1:lemma:.'
-0.647589 O        b'-1:postag:.'
-0.648526 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.662531 O        b'lemma:fructose'
-0.667657 Gtype    b'-2:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.677766 Supp     b'+2:lemma:and'
-0.682803 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.692459 O        b'-1:lemma:until'
-0.713862 O        b'-1:lemma:ml'
-0.721660 O        b'-1:lemma:co2'
-0.728494 O        b'-2:lemma:dna'
-0.728922 Supp     b'lemma:2'
-0.731591 O        b'-2:lemma:pahse'
-0.755452 O        b'+2:lemma:media'
-0.757042 O        b'lemma:37'
-0.762055 O        b'+2:lemma:anaerobically'
-0.774059 O        b'lemma:0.3'
-0.774624 O        b'+1:lemma:in'
-0.789891 Temp     b'hLower'
-0.791321 O        b'lemma:medium'
-0.792008 Anti     b'hUpper'
-0.806531 O        b'-2:postag:SYM'
-0.811929 O        b'+1:lemma:_'
-0.827172 Med      b'postag:CD'
-0.842064 O        b'+1:lemma:at'
-0.847857 O        b'+2:lemma:antibody'
-0.851413 O        b'-1:lemma:2'
-0.863341 O        b'-1:lemma:30'
-0.867468 O        b'+1:lemma:+'
-0.878836 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.891902 O        b'lemma:mid-log'
-0.899644 Anti     b'postag:NNP'
-0.901078 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.914240 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-0.939770 Supp     b'+1:lemma:,'
-0.939770 Supp     b'+1:postag:,'
-0.940340 O        b'-1:postag::'
-0.951015 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.955671 O        b'-2:lemma:nitrate'
-0.959019 O        b'-2:postag:VBG'
-0.969505 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-0.971246 Supp     b'+2:postag:CC'
-0.971534 O        b'-2:lemma:aerobically'
-0.997772 Supp     b'+2:postag:NNP'
-0.998596 O        b'+2:lemma:mid-log'
-1.025824 Supp     b'+2:postag:CD'
-1.038316 O        b'-2:lemma::'
-1.073332 O        b'-2:lemma:rifampicin'
-1.073336 Air      b'postag:NN'
-1.170235 O        b'lemma:30'
-1.170425 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.173055 O        b'lemma:nacl'
-1.206296 Substrain b'hLower'
-1.237167 O        b'lemma:rifampicin'
-1.256546 Supp     b'-1:postag:NNP'
-1.303000 O        b'-2:lemma:until'
-1.315566 O        b'-2:lemma:fresh'
-1.318586 OD       b'+1:postag:NN'
-1.397428 O        b'lemma:media'
-1.416657 Med      b'-2:lemma:grow'
-1.429992 Strain   b'hLower'
-1.436161 O        b'-2:lemma:IP'
-1.438388 Agit     b'hUpper'
-1.438698 O        b'-2:lemma:iptg'
-1.490446 Strain   b'symb'
-1.513057 O        b'+2:lemma:+'
-1.566762 O        b'lemma:wt'
-1.572514 Med      b'+2:postag:VBN'
-1.584740 Supp     b'postag:JJ'
-1.595820 Vess     b'hUpper'
-1.695311 Gtype    b'-1:postag:CC'
-1.722183 Supp     b'+2:postag:NNS'
-1.807323 O        b'-1:lemma:sample'
-1.809960 O        b'lemma:aerobic'
-1.906802 Supp     b'-2:lemma:grow'
-1.969323 O        b'lemma:nh4cl'
-1.990398 O        b'-1:lemma:37'
-2.062129 O        b'lemma:aerobically'
-2.139304 O        b'-2:lemma:0.3'
-2.315053 Supp     b'+2:lemma:2'
-2.317291 OD       b'+2:postag:RB'
-2.381583 Gtype    b'-2:postag:CD'
-2.613673 O        b'+1:lemma:2'
-2.652379 O        b'+2:lemma:b'
-2.761345 O        b'+1:lemma:1'
-2.806883 O        b'-2:lemma:dpd'
-2.928628 Phase    b'postag:JJ'
-2.958894 Technique b'symb'
-2.960865 Supp     b'+2:lemma:1'
-3.333038 O        b'-1:lemma::'
-3.356826 O        b'+2:lemma:rifampicin'
-3.490488 OD       b'+2:lemma:aerobically'
-3.721930 Phase    b'symb'
-3.954647 O        b'+2:lemma:iptg'
-5.092497 Phase    b'hUpper'
-5.150763 O        b'-1:lemma:_'