report_Run2_v13.txt
44.7 KB
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
1001
1002
1003
1004
1005
1006
1007
1008
1009
1010
1011
1012
1013
1014
1015
1016
1017
1018
1019
1020
1021
1022
1023
1024
1025
1026
1027
1028
1029
1030
1031
1032
1033
1034
1035
1036
1037
1038
1039
1040
1041
1042
1043
1044
1045
1046
1047
1048
1049
1050
1051
1052
1053
1054
1055
1056
1057
1058
1059
1060
1061
1062
1063
1064
1065
1066
1067
1068
1069
1070
1071
1072
1073
1074
1075
1076
1077
1078
1079
1080
1081
1082
1083
1084
1085
1086
1087
1088
1089
1090
1091
1092
1093
1094
1095
1096
1097
1098
1099
1100
1101
1102
1103
1104
1105
1106
1107
1108
1109
1110
1111
1112
1113
1114
1115
1116
1117
1118
1119
1120
1121
1122
1123
1124
1125
1126
1127
1128
1129
1130
1131
1132
1133
1134
1135
1136
1137
1138
1139
1140
1141
1142
1143
1144
1145
1146
1147
1148
1149
1150
1151
1152
1153
1154
1155
1156
1157
1158
1159
1160
1161
1162
1163
1164
1165
1166
1167
1168
1169
1170
1171
1172
1173
1174
1175
1176
1177
1178
1179
1180
1181
1182
1183
1184
1185
1186
1187
1188
1189
1190
1191
1192
1193
1194
1195
1196
1197
1198
1199
1200
1201
1202
1203
1204
1205
1206
1207
1208
1209
1210
1211
1212
1213
1214
1215
1216
1217
1218
1219
1220
1221
1222
1223
1224
1225
1226
1227
1228
1229
1230
1231
1232
1233
1234
1235
1236
1237
1238
1239
1240
1241
1242
1243
1244
1245
1246
1247
1248
1249
1250
1251
1252
1253
1254
1255
1256
1257
1258
1259
1260
1261
1262
1263
1264
1265
1266
1267
1268
1269
1270
1271
1272
1273
1274
1275
1276
1277
1278
1279
1280
1281
1282
1283
1284
1285
1286
1287
1288
1289
1290
1291
1292
1293
1294
1295
1296
1297
1298
1299
1300
1301
1302
1303
1304
1305
1306
1307
1308
1309
1310
1311
1312
1313
1314
1315
1316
1317
1318
1319
1320
1321
1322
1323
1324
1325
1326
1327
1328
1329
1330
1331
1332
1333
1334
1335
1336
1337
1338
1339
1340
1341
1342
1343
1344
1345
1346
1347
1348
1349
1350
1351
1352
1353
1354
1355
1356
1357
1358
1359
1360
1361
1362
1363
1364
1365
1366
1367
1368
1369
1370
1371
1372
1373
1374
1375
1376
1377
1378
1379
1380
1381
1382
1383
1384
1385
1386
1387
1388
1389
1390
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt
best params:{'c1': 0.019348607164490862, 'c2': 0.07501217569303219}
best CV score:0.8209562028933415
model size: 0.11M
Flat F1: 0.8056563921486113
precision recall f1-score support
OD 1.000 1.000 1.000 21
pH 1.000 1.000 1.000 10
Technique 1.000 1.000 1.000 33
Med 1.000 0.821 0.902 56
Temp 0.857 0.800 0.828 15
Vess 0.000 0.000 0.000 0
Agit 0.000 0.000 0.000 7
Phase 1.000 0.762 0.865 21
Air 0.897 0.398 0.551 88
Anti 0.750 0.923 0.828 13
Strain 0.000 0.000 0.000 0
Gtype 0.923 0.769 0.839 78
Substrain 0.000 0.000 0.000 0
Supp 0.870 0.838 0.854 136
Gversion 1.000 0.500 0.667 6
avg / total 0.907 0.748 0.806 484
Top likely transitions:
Med -> Med 4.817449
OD -> OD 4.544941
Temp -> Temp 4.494218
Supp -> Supp 4.490241
Anti -> Anti 4.217172
Gtype -> Gtype 4.185224
Air -> Air 4.108453
Gversion -> Gversion 3.669035
Phase -> Phase 3.447400
O -> O 3.317514
pH -> pH 2.892426
Technique -> Technique 2.353046
Agit -> Agit 2.072602
Substrain -> Gtype 1.500167
Technique -> Air 1.058527
O -> Supp 1.021136
Gtype -> Supp 0.921005
Air -> O 0.909241
O -> Gtype 0.724366
O -> Technique 0.580218
Gtype -> Air 0.411763
Med -> O 0.234675
O -> Strain 0.230695
Supp -> O 0.138950
Gtype -> pH 0.096364
Strain -> O 0.076913
O -> pH 0.026714
Temp -> O 0.010467
O -> Vess 0.008013
O -> Temp 0.002737
O -> Phase 0.001699
Substrain -> Med -0.001731
Temp -> Phase -0.005129
Temp -> Gversion -0.012849
Gversion -> Anti -0.013824
Phase -> Gversion -0.014040
Technique -> Strain -0.014698
OD -> Agit -0.015091
Gtype -> Strain -0.015350
Med -> Anti -0.020198
Med -> Agit -0.022111
Agit -> OD -0.024126
Air -> Substrain -0.024297
OD -> Gversion -0.025363
Supp -> Strain -0.027913
Temp -> pH -0.028850
Agit -> Gtype -0.036633
Med -> Gversion -0.038152
Strain -> Air -0.041490
Agit -> O -0.043328
Phase -> Air -0.052214
Phase -> pH -0.052994
Temp -> Anti -0.057120
pH -> Gtype -0.060982
Substrain -> OD -0.061260
O -> Agit -0.061743
Substrain -> Air -0.067740
Air -> Anti -0.070274
Anti -> Gversion -0.071779
pH -> Med -0.074469
Temp -> Technique -0.079965
Gtype -> Vess -0.080041
pH -> Gversion -0.084403
Gversion -> Temp -0.096957
Substrain -> pH -0.098306
Strain -> Supp -0.104764
pH -> Agit -0.108950
Supp -> Substrain -0.112784
Agit -> Technique -0.113773
Technique -> Phase -0.115561
Gversion -> pH -0.120960
Med -> OD -0.125670
Air -> Gversion -0.125894
OD -> pH -0.131516
Gversion -> Med -0.131757
pH -> O -0.132064
Med -> pH -0.132695
OD -> O -0.134282
Technique -> Substrain -0.139810
Substrain -> Supp -0.143167
Gversion -> OD -0.148694
Med -> Gtype -0.156603
Temp -> OD -0.157508
Supp -> Vess -0.159688
OD -> Gtype -0.160329
Med -> Temp -0.167484
Agit -> Supp -0.168854
Strain -> Gtype -0.175009
Phase -> Temp -0.178046
Supp -> Agit -0.178197
Technique -> Agit -0.187286
Anti -> Phase -0.187839
Anti -> OD -0.191751
pH -> Temp -0.194377
Phase -> Anti -0.201017
Air -> Gtype -0.201440
Temp -> Gtype -0.204151
Gtype -> Agit -0.204440
OD -> Med -0.217155
Technique -> Anti -0.228854
pH -> Air -0.252088
pH -> OD -0.256496
Technique -> Temp -0.257809
Air -> pH -0.260474
Anti -> Air -0.267012
Temp -> Supp -0.273752
O -> Gversion -0.277271
Gversion -> Technique -0.287845
Med -> Air -0.289453
Anti -> Technique -0.299916
Gversion -> Gtype -0.303597
O -> Anti -0.305676
O -> Substrain -0.318760
Phase -> Supp -0.329202
Gtype -> Substrain -0.334912
Agit -> Air -0.337858
OD -> Temp -0.345577
Phase -> Gtype -0.351036
Air -> Technique -0.364402
pH -> Supp -0.366703
Supp -> Phase -0.386430
Temp -> Air -0.393451
Gversion -> Supp -0.394017
Supp -> Anti -0.402463
Gversion -> Air -0.406825
Phase -> Med -0.408700
Anti -> pH -0.410863
Anti -> O -0.415400
Med -> Technique -0.425401
Air -> OD -0.435692
Supp -> Temp -0.439287
Supp -> pH -0.448899
Supp -> Gversion -0.451973
Air -> Temp -0.458506
OD -> Supp -0.458993
Anti -> Med -0.459102
Technique -> Med -0.469853
Air -> Med -0.475845
Phase -> O -0.483411
Supp -> Air -0.486978
Supp -> Technique -0.487168
OD -> Technique -0.497282
O -> OD -0.505827
Air -> Phase -0.510850
Air -> Agit -0.515081
Gtype -> OD -0.516412
Anti -> Gtype -0.517785
Supp -> Gtype -0.529717
Technique -> Gversion -0.534025
Phase -> OD -0.566804
Gtype -> Technique -0.580478
Supp -> OD -0.580536
Air -> Supp -0.588640
Gtype -> Phase -0.607440
Technique -> Supp -0.613942
Anti -> Supp -0.623385
O -> Med -0.649985
Gversion -> O -0.659640
Gtype -> Gversion -0.688209
Temp -> Med -0.714536
Gtype -> O -0.872359
Gtype -> Med -0.876644
Technique -> Gtype -0.888113
Anti -> Temp -0.889099
OD -> Air -0.922731
Phase -> Technique -0.947276
Gtype -> Temp -0.954386
Technique -> OD -0.991458
Gtype -> Anti -0.994874
O -> Air -1.025596
Technique -> O -1.182154
Supp -> Med -1.198401
Substrain -> O -1.357390
Med -> Supp -1.523209
Technique -> pH -1.841052
Top unlikely transitions:
Med -> Med 4.817449
OD -> OD 4.544941
Temp -> Temp 4.494218
Supp -> Supp 4.490241
Anti -> Anti 4.217172
Gtype -> Gtype 4.185224
Air -> Air 4.108453
Gversion -> Gversion 3.669035
Phase -> Phase 3.447400
O -> O 3.317514
pH -> pH 2.892426
Technique -> Technique 2.353046
Agit -> Agit 2.072602
Substrain -> Gtype 1.500167
Technique -> Air 1.058527
O -> Supp 1.021136
Gtype -> Supp 0.921005
Air -> O 0.909241
O -> Gtype 0.724366
O -> Technique 0.580218
Gtype -> Air 0.411763
Med -> O 0.234675
O -> Strain 0.230695
Supp -> O 0.138950
Gtype -> pH 0.096364
Strain -> O 0.076913
O -> pH 0.026714
Temp -> O 0.010467
O -> Vess 0.008013
O -> Temp 0.002737
O -> Phase 0.001699
Substrain -> Med -0.001731
Temp -> Phase -0.005129
Temp -> Gversion -0.012849
Gversion -> Anti -0.013824
Phase -> Gversion -0.014040
Technique -> Strain -0.014698
OD -> Agit -0.015091
Gtype -> Strain -0.015350
Med -> Anti -0.020198
Med -> Agit -0.022111
Agit -> OD -0.024126
Air -> Substrain -0.024297
OD -> Gversion -0.025363
Supp -> Strain -0.027913
Temp -> pH -0.028850
Agit -> Gtype -0.036633
Med -> Gversion -0.038152
Strain -> Air -0.041490
Agit -> O -0.043328
Phase -> Air -0.052214
Phase -> pH -0.052994
Temp -> Anti -0.057120
pH -> Gtype -0.060982
Substrain -> OD -0.061260
O -> Agit -0.061743
Substrain -> Air -0.067740
Air -> Anti -0.070274
Anti -> Gversion -0.071779
pH -> Med -0.074469
Temp -> Technique -0.079965
Gtype -> Vess -0.080041
pH -> Gversion -0.084403
Gversion -> Temp -0.096957
Substrain -> pH -0.098306
Strain -> Supp -0.104764
pH -> Agit -0.108950
Supp -> Substrain -0.112784
Agit -> Technique -0.113773
Technique -> Phase -0.115561
Gversion -> pH -0.120960
Med -> OD -0.125670
Air -> Gversion -0.125894
OD -> pH -0.131516
Gversion -> Med -0.131757
pH -> O -0.132064
Med -> pH -0.132695
OD -> O -0.134282
Technique -> Substrain -0.139810
Substrain -> Supp -0.143167
Gversion -> OD -0.148694
Med -> Gtype -0.156603
Temp -> OD -0.157508
Supp -> Vess -0.159688
OD -> Gtype -0.160329
Med -> Temp -0.167484
Agit -> Supp -0.168854
Strain -> Gtype -0.175009
Phase -> Temp -0.178046
Supp -> Agit -0.178197
Technique -> Agit -0.187286
Anti -> Phase -0.187839
Anti -> OD -0.191751
pH -> Temp -0.194377
Phase -> Anti -0.201017
Air -> Gtype -0.201440
Temp -> Gtype -0.204151
Gtype -> Agit -0.204440
OD -> Med -0.217155
Technique -> Anti -0.228854
pH -> Air -0.252088
pH -> OD -0.256496
Technique -> Temp -0.257809
Air -> pH -0.260474
Anti -> Air -0.267012
Temp -> Supp -0.273752
O -> Gversion -0.277271
Gversion -> Technique -0.287845
Med -> Air -0.289453
Anti -> Technique -0.299916
Gversion -> Gtype -0.303597
O -> Anti -0.305676
O -> Substrain -0.318760
Phase -> Supp -0.329202
Gtype -> Substrain -0.334912
Agit -> Air -0.337858
OD -> Temp -0.345577
Phase -> Gtype -0.351036
Air -> Technique -0.364402
pH -> Supp -0.366703
Supp -> Phase -0.386430
Temp -> Air -0.393451
Gversion -> Supp -0.394017
Supp -> Anti -0.402463
Gversion -> Air -0.406825
Phase -> Med -0.408700
Anti -> pH -0.410863
Anti -> O -0.415400
Med -> Technique -0.425401
Air -> OD -0.435692
Supp -> Temp -0.439287
Supp -> pH -0.448899
Supp -> Gversion -0.451973
Air -> Temp -0.458506
OD -> Supp -0.458993
Anti -> Med -0.459102
Technique -> Med -0.469853
Air -> Med -0.475845
Phase -> O -0.483411
Supp -> Air -0.486978
Supp -> Technique -0.487168
OD -> Technique -0.497282
O -> OD -0.505827
Air -> Phase -0.510850
Air -> Agit -0.515081
Gtype -> OD -0.516412
Anti -> Gtype -0.517785
Supp -> Gtype -0.529717
Technique -> Gversion -0.534025
Phase -> OD -0.566804
Gtype -> Technique -0.580478
Supp -> OD -0.580536
Air -> Supp -0.588640
Gtype -> Phase -0.607440
Technique -> Supp -0.613942
Anti -> Supp -0.623385
O -> Med -0.649985
Gversion -> O -0.659640
Gtype -> Gversion -0.688209
Temp -> Med -0.714536
Gtype -> O -0.872359
Gtype -> Med -0.876644
Technique -> Gtype -0.888113
Anti -> Temp -0.889099
OD -> Air -0.922731
Phase -> Technique -0.947276
Gtype -> Temp -0.954386
Technique -> OD -0.991458
Gtype -> Anti -0.994874
O -> Air -1.025596
Technique -> O -1.182154
Supp -> Med -1.198401
Substrain -> O -1.357390
Med -> Supp -1.523209
Technique -> pH -1.841052
Top positive:
7.193058 O b'lemma:_'
4.885905 Gtype b'lemma:wt'
4.544853 Supp b'lemma:Iron'
4.510237 Air b'lemma:anaerobic'
4.366856 Technique b'lemma:chipseq'
4.022521 Supp b'lemma:pq'
3.863233 O b'postag::'
3.725770 Supp b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
3.590313 Supp b'lemma:glucose'
3.476197 O b'lemma:1'
3.413451 Supp b'lemma:2h'
3.413451 Supp b'-1:lemma:additional'
3.397743 Gtype b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.370022 O b'lemma:2'
3.363599 O b'lemma:Cra'
3.334376 Phase b'lemma:mid-log'
3.319425 Gtype b'lemma:type'
3.270301 Gtype b'hGreek'
3.253619 Supp b'lemma:nh4cl'
3.218676 Air b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.184538 O b'lemma:-'
3.174287 O b'lemma:b'
3.159306 Gtype b'lemma:arca8myc'
3.153976 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.110238 Strain b'lemma:k-12'
3.041977 Air b'lemma:aerobically'
2.983682 O b'lemma:chip-arca'
2.979930 Supp b'lemma:no3'
2.938022 O b'-1:lemma:tag'
2.923890 Technique b'lemma:ChIP-exo'
2.895342 O b'postag:IN'
2.891526 Air b'lemma:aerobic'
2.890656 Gtype b'+1:lemma:type'
2.887049 O b'lemma:.'
2.887049 O b'postag:.'
2.873114 Temp b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.869654 Gtype b'lemma:WT'
2.860529 O b'lemma:3'
2.860173 Phase b'lemma:stationary'
2.860173 Phase b'lemma:exponential'
2.854849 O b'lemma:rep2'
2.854849 O b'lemma:rep1'
2.846086 O b'lemma:\xcf\x8332'
2.819167 O b'lemma:genotype/variation'
2.725315 Supp b'lemma:acetate'
2.723477 Supp b'-1:lemma:Cra'
2.702386 Med b'lemma:MOPS'
2.696178 O b'lemma:chip-fnr'
2.695737 Substrain b'lemma:mg1655'
2.680892 Air b'lemma:anaeroibc'
2.667673 O b'lemma:rpob'
2.667619 Gtype b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.605646 Air b'postag:RB'
2.592266 Supp b'lemma:rifampicin'
2.583556 O b'lemma:CEL'
2.571386 Gtype b'lemma:fnr8myc'
2.547432 Technique b'-1:lemma:_'
2.532568 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.530075 Supp b'lemma:arginine'
2.526079 O b'postag:VBG'
2.522505 O b'+1:lemma:pq'
2.495709 Vess b'lemma:flask'
2.495709 Vess b'-1:lemma:warm'
2.465333 Supp b'+1:lemma:1'
2.446539 pH b'lemma:ph5'
2.446539 pH b'+1:lemma:.5'
2.444012 Gtype b'lemma:pk4854'
2.440461 O b'lemma:a'
2.430568 Supp b'lemma:dpd'
2.422573 Supp b'lemma:nacl'
2.403952 Med b'lemma:LB'
2.398887 Supp b'+1:lemma:Deficient'
2.389294 Air b'-1:lemma:-'
2.376273 O b'-1:lemma:glucose'
2.364531 Med b'+1:lemma:0.4'
2.361382 Gtype b'lemma:dfnr'
2.349524 Gtype b'lemma:delta-fnr'
2.338029 Supp b'lemma:Fe'
2.336463 O b'+1:postag:RB'
2.332985 Phase b'-1:lemma:mid-log'
2.332204 Supp b'-1:lemma:with'
2.301923 Supp b'lemma:Adenine'
2.288360 Temp b'lemma:\xc2\xb0c'
2.269871 Substrain b'lemma:mg1655star'
2.265454 Supp b'lemma:iptg'
2.253609 O b'+1:lemma:coli'
2.245815 Med b'lemma:lb'
2.243736 Med b'-1:lemma:ml'
2.220310 Technique b'lemma:rnaseq'
2.217882 O b'+1:lemma:wt'
2.216375 O b'lemma:with'
2.214394 Supp b'lemma:Leu'
2.199467 Technique b'hUpper'
2.180347 O b'-1:lemma:0.3'
2.169946 Anti b'lemma:seqa'
2.161125 Temp b'-1:lemma:37'
2.148523 pH b'+1:postag:CD'
2.143122 O b'-1:lemma:lb'
2.123267 Med b'lemma:minimal'
2.121308 Supp b'+1:lemma:2'
2.117526 Anti b'lemma:none'
2.114716 Gtype b'lemma:deltaseqa'
2.114716 Gtype b'-1:lemma:old'
2.107759 Agit b'+1:lemma:rpm'
2.093354 O b'-1:lemma:anaerobic'
2.089761 O b'+1:lemma:k-12'
2.077550 O b'postag:VBN'
2.075650 Gtype b'-1:lemma:nsrr'
2.075650 Gtype b'+1:lemma:flagtag'
2.057012 Supp b'+1:lemma:mm'
2.029784 Agit b'lemma:rpm'
2.009868 Agit b'-1:lemma:250'
2.006379 Temp b'lemma:37'
1.999389 Air b'-1:lemma:co2'
1.994430 Temp b'lemma:43'
1.980250 Strain b'+1:lemma:substr'
1.961581 Anti b'lemma:\xcf\x8332'
1.949636 Supp b'-1:lemma:+'
1.945092 Air b'lemma:Anaerobic'
1.942700 Anti b'+1:lemma:antibody'
1.941576 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.927031 Supp b'+1:lemma:deficient'
1.925411 Gversion b'lemma:000913'
1.911656 O b'+1:lemma:43'
1.908021 Med b'lemma:media'
1.907914 Vess b'-1:postag:VBN'
1.898632 O b'+1:lemma:od600'
1.888791 Supp b'+1:lemma:iptg'
1.887013 Gtype b'+1:lemma:_'
1.874882 OD b'+1:postag:IN'
1.871258 Temp b'-1:lemma:\xcf\x8332'
1.864967 Gtype b'lemma:crp'
1.856153 Med b'lemma:glucose'
1.838412 Gtype b'-1:lemma:_'
1.825765 O b'lemma:-lrb-'
1.823368 Gtype b'lemma:wildtype'
1.818320 Gversion b'lemma:u00096'
1.818320 Gversion b'+1:lemma:.2'
1.811815 Agit b'lemma:250'
1.808425 Supp b'-1:lemma:potassium'
1.800750 Air b'-1:lemma:ryhb'
1.800456 O b'lemma:at'
1.799826 Med b'lemma:m63'
1.791312 Supp b'+1:lemma:_'
1.791196 O b'lemma:chip'
1.790879 Gtype b'-1:lemma:rpob'
1.785914 Supp b'+1:lemma:hour'
1.783000 O b'-1:postag:NNS'
1.779342 OD b'lemma:od450'
1.758818 Med b'+1:lemma:2.0'
1.752166 O b'-1:lemma:genotype/variation'
1.750065 Supp b'lemma:Trp'
1.745673 Phase b'lemma:phase'
1.742615 Gtype b'+1:lemma:with'
1.735717 Gversion b'-1:lemma:nc'
1.735717 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.733788 O b'lemma:affyexp'
1.727219 O b'+1:lemma:ph5'
1.719670 Gtype b'-1:lemma:ptac'
1.705514 Gtype b'-1:lemma:wild'
1.700491 Gtype b'+1:postag::'
1.693862 O b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.693055 O b'postag:CC'
1.691221 Gtype b'+1:lemma:control'
1.688084 Supp b'-1:lemma:vol'
1.674365 Gversion b'lemma:.2'
1.674365 Gversion b'-1:lemma:u00096'
1.662608 O b'-1:lemma:type'
1.658332 Gtype b'lemma:delta-arca'
1.655821 Med b'lemma:medium'
1.655313 O b'lemma:s'
1.654480 O b'lemma::'
1.650818 Temp b'-1:lemma:43'
1.644379 Substrain b'-1:lemma:.'
1.644379 Substrain b'-1:postag:.'
1.643647 O b'lemma:gadx'
1.642851 Supp b'lemma:fructose'
1.635757 Vess b'+1:lemma:at'
1.633688 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.632501 O b'lemma:argr'
1.626932 pH b'+1:lemma:5.5'
1.604887 O b'lemma:-rrb-'
1.601889 Supp b'-1:lemma:ompr'
1.598512 Gversion b'lemma:nc'
1.596652 O b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.595818 Gtype b'lemma:wild'
1.588504 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.588313 Supp b'-1:lemma:without'
1.586322 O b'lemma:ompr'
1.586082 O b'-1:lemma:nh4cl'
1.585908 Med b'+1:lemma:+'
1.585654 OD b'-1:lemma:od450'
1.581426 Technique b'-1:lemma:IP'
1.580869 O b'-1:lemma:into'
1.576662 Gtype b'lemma:ptac'
1.567848 Anti b'-1:lemma::'
1.565847 Gtype b'lemma:\xce\xb4fur'
1.558912 O b'lemma:or'
1.555302 Technique b'+1:lemma:gadx'
1.552994 Gversion b'+1:lemma:genome'
1.552196 O b'lemma:soxr'
1.552196 O b'lemma:soxs'
1.549861 Anti b'-1:lemma:fnr'
1.546547 Air b'-1:postag::'
1.546172 O b'postag:DT'
1.545392 Gtype b'hLower'
1.541064 O b'lemma:A'
1.538748 Temp b'-1:lemma:sample'
1.537947 Technique b'-1:lemma:1'
1.531599 OD b'-1:lemma:at'
1.527062 O b'lemma:purr'
1.522270 O b'+1:lemma:0.2'
1.517997 OD b'lemma:0.3'
1.508049 O b'-1:lemma:-80'
1.507139 O b'postag:-LRB-'
1.506500 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.502660 Gtype b'+1:lemma:pq'
1.501864 OD b'-1:postag:IN'
1.493777 Gtype b'lemma:\xce\xb4cra'
1.491303 OD b'+1:lemma:of'
1.490932 Technique b'lemma:rna-seq'
1.489313 O b'-1:lemma:pq'
1.486939 Gtype b'lemma:phtpg'
1.484086 O b'-1:lemma:wt'
1.478530 Air b'-1:lemma:_'
1.476577 O b'-1:lemma:phase'
1.475232 O b'symb'
1.473342 Strain b'-1:lemma:.'
1.473342 Strain b'-1:postag:.'
1.472598 Gtype b'lemma:nsrr'
1.471069 Phase b'-1:lemma:until'
1.470849 O b'+1:lemma:250'
1.468109 O b'+1:lemma:sparging'
1.464967 Gtype b'-1:lemma:Wild'
1.464918 O b'-1:lemma:no3'
1.451604 Technique b'lemma:chip-exo'
1.449113 Gtype b'+1:lemma:cra'
1.448544 pH b'-1:lemma:at'
1.443166 Anti b'hGreek'
1.439204 Gtype b'-1:lemma:from'
1.437464 Phase b'postag:NN'
1.436011 Technique b'hLower'
1.433665 Supp b'lemma:leucine'
1.420279 Air b'postag:JJ'
1.418909 Med b'-1:lemma:in'
1.415589 Med b'-1:lemma:fresh'
1.412765 Gtype b'-1:lemma:phtpg'
1.408037 O b'-1:lemma:Anaerobic'
1.406941 Gversion b'postag:NN'
1.403448 Supp b'-1:lemma:sodium'
1.399007 Technique b'-1:lemma:input'
1.394281 O b'-1:lemma:Aerobic'
1.390089 Med b'+1:postag:CD'
1.389229 O b'lemma:culture'
1.382590 pH b'lemma:5.5'
1.381147 O b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.377561 O b'postag:-RRB-'
1.376086 Supp b'-1:lemma:30'
1.369783 Supp b'-1:lemma:contain'
1.361195 pH b'lemma:.5'
1.361195 pH b'-1:lemma:ph5'
1.356237 O b'lemma:harbor'
1.356232 O b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.347131 Supp b'-1:lemma:final'
1.346092 O b'lemma:-80'
1.345614 O b'-1:lemma:aerobic'
1.341412 Supp b'-1:lemma:0.2'
1.338468 Gversion b'lemma:_'
1.335348 Gtype b'+1:lemma::'
1.325325 O b'lemma:Lrp'
1.317771 pH b'lemma:ph'
1.316659 O b'lemma:E.'
1.314051 O b'lemma:~'
1.311950 Med b'+1:lemma:-lrb-'
1.310796 O b'+1:lemma:wash'
1.307053 O b'-1:lemma:min'
1.305494 Med b'postag:NNP'
1.300833 Supp b'-1:lemma:mm'
1.300750 Gtype b'hUpper'
1.297038 OD b'-1:lemma:~'
1.295446 O b'-1:lemma:stpa'
1.294973 Gversion b'postag:CD'
1.294928 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.291916 Gtype b'-1:lemma:factor'
1.284326 Med b'+1:postag:-LRB-'
1.281734 O b'lemma:+'
1.276855 Vess b'+1:postag:IN'
1.276291 Air b'lemma:Aerobic'
1.275762 O b'-1:lemma:nacl'
1.275190 Anti b'-1:postag::'
1.271518 Supp b'lemma:tryptophan'
1.271518 Supp b'-1:lemma:mg/l'
1.269423 O b'lemma:C'
1.268710 O b'-1:lemma:.5'
1.268314 O b'-1:lemma:mg1655'
1.264415 O b'lemma:c'
1.262831 Supp b'-1:lemma:respiration'
1.262831 Supp b'+1:lemma:mmol'
1.258768 O b'+1:lemma:30'
1.257716 O b'lemma:for'
1.255345 O b'lemma:input'
1.255345 O b'+1:lemma:chip-seq'
1.250677 Supp b'lemma:30'
1.245362 O b'postag:SYM'
1.230446 OD b'postag:IN'
1.229288 Anti b'-1:lemma:myc'
1.218730 OD b'lemma:of'
1.214800 Supp b'lemma:glutamine'
1.214800 Supp b'-1:lemma:2g/l'
1.212538 O b'-1:lemma:arginine'
1.209548 O b'-1:lemma:acetate'
1.205665 Supp b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
1.203548 Gtype b'lemma:Wild'
1.203381 O b'-1:lemma:l1'
1.200320 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.198723 O b'lemma:ml'
1.195799 Supp b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.193133 O b'+1:postag:VBZ'
1.191266 O b'lemma:,'
1.191266 O b'postag:,'
1.189507 O b'-1:lemma:media'
1.188404 Gtype b'lemma:flagtag'
1.186730 Gtype b'-1:postag:VBP'
1.183442 Supp b'lemma:1m'
1.182099 Anti b'lemma:anti-rpob'
1.178170 Air b'+1:lemma:at'
1.175433 Supp b'+1:lemma:leucine'
1.174744 Air b'+1:lemma:%'
1.173373 Gtype b'+1:lemma:the'
1.166456 Med b'postag:NNS'
1.166199 O b'lemma:trpr'
1.161821 Med b'symb'
1.155124 O b'postag:CD'
1.155081 O b'+1:postag:NNP'
1.153254 Supp b'-1:lemma:2'
1.151078 O b'+1:lemma:acetate'
1.151013 Phase b'-1:postag::'
1.145989 OD b'lemma:od600'
1.135360 Supp b'lemma:20'
1.131774 Supp b'+1:lemma:1/100'
1.128943 Anti b'lemma:anti-rpos'
1.127566 Gtype b'-1:lemma::'
1.121220 Anti b'+1:postag:-LRB-'
1.116965 Supp b'+1:lemma:anaerobically'
1.116396 O b'+1:lemma:20'
1.116070 Air b'-1:lemma:%'
1.114058 Med b'+1:lemma:medium'
1.112424 Phase b'-1:lemma::'
1.104817 Med b'-1:lemma:LB'
1.104656 Air b'-1:lemma:phase'
1.101230 Gversion b'-1:lemma:the'
1.098354 Supp b'-1:lemma:phosphate'
1.096040 Supp b'lemma:sodium'
1.090522 pH b'-1:lemma:ph'
1.088563 Gtype b'lemma:wild-type'
1.088292 Technique b'postag:NNP'
1.084875 O b'+1:lemma:nacl'
1.082956 Air b'lemma:%'
1.076239 Supp b'+1:lemma:min'
1.074959 Med b'-1:lemma:minimal'
1.072217 Supp b'-1:lemma:soxr'
1.072217 Supp b'-1:lemma:soxs'
1.068644 Supp b'lemma:nitrate'
1.064106 Substrain b'postag:NN'
1.063777 O b'+1:lemma:read'
1.062676 O b'lemma:Genome'
1.062349 Gtype b'lemma:cra'
1.061942 OD b'+1:lemma:0.3'
1.061764 Gversion b'-1:postag:DT'
1.061531 O b'lemma:agitation'
1.061389 O b'+1:lemma:mid-log'
1.059771 Med b'+1:lemma:g/l'
1.057392 pH b'-1:postag:NN'
1.054142 O b'+1:lemma:dpd'
1.054136 O b'lemma:genotype'
1.051658 O b'lemma:k-12'
1.049117 Gtype b'-1:postag:VBG'
1.048172 Temp b'lemma:sample'
1.045940 Air b'+1:lemma:or'
1.045838 Supp b'lemma:cm20'
1.045838 Supp b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.045088 O b'lemma:oxyr'
1.043656 Anti b'+1:lemma:-lrb-'
1.040832 Technique b'+1:postag:NN'
1.039116 Air b'-1:lemma:cm20'
1.038754 O b'+1:lemma:tritonx-100'
1.036865 O b'+1:postag:VBN'
1.031594 Supp b'+1:lemma:1m'
1.027080 Supp b'-1:postag:CD'
1.025872 O b'-1:lemma:grow'
1.025359 Supp b'lemma:0.2'
1.023667 Anti b'+1:lemma:from'
1.022659 Anti b'lemma:mab'
1.022659 Anti b'-1:lemma:anti-flag'
1.019824 Supp b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
1.006652 OD b'+1:lemma:,'
1.006652 OD b'+1:postag:,'
1.006072 Gtype b'-1:lemma:vector'
1.005749 Gtype b'+1:lemma:mg1655'
1.005108 Anti b'-1:postag:JJ'
1.001093 Supp b'-1:lemma:m'
0.999767 Supp b'-1:postag:CC'
0.998056 OD b'lemma:o.d.'
0.998056 OD b'+1:lemma:600nm'
0.997177 Anti b'-1:lemma:monoclonal'
0.996285 Phase b'+1:lemma:phase'
0.995999 O b'lemma:Fur'
0.994398 O b'+1:postag::'
0.993785 O b'-1:lemma:4'
0.992541 O b'postag:NNS'
0.991955 Temp b'+1:lemma:in'
0.991868 Med b'-1:postag:JJ'
0.988119 O b'-1:lemma:fructose'
0.986646 Supp b'-1:lemma:1m'
0.986431 O b'lemma:2-3'
0.985237 Gtype b'-1:lemma:k-12'
0.983679 O b'-1:lemma:or'
0.983613 Temp b'+1:lemma:and'
0.979779 Anti b'lemma:anti-myc'
0.976039 O b'lemma:cra'
0.975797 Anti b'lemma:anti-flag'
0.975797 Anti b'+1:lemma:mab'
0.974507 O b'+1:lemma:m9'
0.969709 O b'lemma:to'
0.969709 O b'postag:TO'
0.968762 Technique b'lemma:chip-seq'
0.965246 O b'-1:lemma:shake'
0.964791 Gtype b'lemma:fur'
0.962413 Supp b'lemma:feso4'
0.962245 Temp b'+1:postag:CC'
0.959984 Gtype b'lemma:the'
0.955363 Air b'+1:lemma:b'
0.951741 Med b'+1:lemma:with'
0.951324 Med b'+1:lemma:minimal'
0.951066 O b'lemma:Nac'
0.949933 O b'-1:postag:RB'
0.949889 Supp b'+1:lemma:be'
0.949104 O b'lemma:0.4'
0.946757 Supp b'postag:NNP'
0.942193 Agit b'-1:postag:-LRB-'
0.938864 Phase b'+1:lemma:culture'
0.936020 O b'-1:lemma:nitrate'
0.935638 Gtype b'+1:lemma:small'
0.928532 O b'lemma:contain'
0.927998 O b'+1:lemma:aerobically'
0.926529 Supp b'+1:lemma:phosphate'
0.925866 Supp b'-1:lemma:dissolve'
0.925866 Supp b'+1:lemma:methanol'
0.924990 O b'-1:lemma:one'
0.921003 Med b'-1:lemma:glucose'
0.914810 Gversion b'+1:postag:CD'
0.913866 Agit b'+1:lemma:-rrb-'
0.913380 Gtype b'lemma:ryhb'
0.912810 O b'lemma:EB'
0.910761 Gtype b'-1:lemma:knock-out'
0.910409 Supp b'+1:lemma:%'
0.909101 Gtype b'lemma:factor'
0.909101 Gtype b'-1:lemma:transcription'
0.909101 Gtype b'+1:lemma:Fur'
0.908582 Gtype b'-1:lemma:delta'
0.908110 Agit b'+1:postag:-RRB-'
0.906569 Gtype b'lemma:fur-8myc'
0.906569 Gtype b'lemma:cra-8myc-tagged'
0.905081 Gtype b'+1:lemma:knock-out'
0.904693 pH b'+1:lemma:.'
0.904693 pH b'+1:postag:.'
0.902190 Med b'+1:lemma:supplement'
0.896875 Supp b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
0.895570 Gtype b'postag:JJ'
0.891884 Supp b'lemma:\xc2\xb5m'
0.891570 Supp b'-1:postag:IN'
0.891424 Supp b'-1:lemma:cra'
0.891382 O b'lemma:additional'
0.891382 O b'+1:lemma:2h'
0.889016 O b'lemma:600'
0.885231 Air b'lemma:co2'
0.882418 Supp b'symb'
0.881478 Supp b'lemma:methanol'
0.878407 Anti b'+1:postag:NN'
0.878383 Supp b'+1:postag:RB'
0.877549 Air b'+1:lemma:95'
0.872783 Supp b'lemma:2g/l'
0.872783 Supp b'+1:lemma:glutamine'
0.870877 OD b'+1:postag:JJ'
0.869243 Gtype b'-1:lemma:pk4854'
0.866366 Air b'-1:postag:CD'
0.866079 O b'-1:postag:NNP'
0.863082 Anti b'lemma:tag'
0.859497 OD b'-1:lemma:-lrb-'
0.854816 O b'+1:lemma:to'
0.854816 O b'+1:postag:TO'
0.850511 Supp b'-1:lemma:0.3'
0.848828 OD b'postag:CD'
0.848675 OD b'-1:postag:-LRB-'
0.846028 O b'hLower'
0.843180 Gtype b'-1:postag:IN'
0.840426 Supp b'lemma:final'
0.839567 O b'+1:lemma:fructose'
0.838950 Gtype b'lemma:vector'
0.838903 Temp b'+1:postag:JJ'
Top negative:
0.060470 Air b'+1:lemma:-rrb-'
0.060457 O b'lemma:\xce\xb4arca'
0.060156 Anti b'symb'
0.059416 O b'+1:lemma:hs1'
0.059281 O b'+1:lemma:delta-fnr'
0.058893 O b'lemma:0.2'
0.057564 O b'+1:lemma:n2'
0.056664 O b'-1:lemma:0.1'
0.056653 pH b'-1:lemma:\xce\xb4gade'
0.055873 Supp b'+1:postag:CD'
0.055641 O b'+1:lemma:total'
0.055118 Air b'+1:postag:-RRB-'
0.054105 O b'-1:lemma:by'
0.052298 O b'+1:lemma:0.1'
0.050787 pH b'-1:lemma:\xce\xb4gadw'
0.050787 pH b'-1:lemma:\xce\xb4gadx'
0.050035 Air b'-1:lemma:-lrb-'
0.049203 O b'+1:lemma:tex'
0.048856 O b'lemma:total'
0.048373 O b'lemma:back'
0.048373 O b'+1:lemma:1:500'
0.047638 O b'lemma:without'
0.046958 Air b'-1:lemma:aerobically'
0.045596 Air b'-1:postag:-LRB-'
0.044434 O b'-1:lemma:300'
0.044094 O b'lemma:treat'
0.043083 Air b'+1:lemma:_'
0.041669 O b'+1:lemma:0.4'
0.041345 O b'lemma:fur-8-myc'
0.039876 O b'-1:postag:VB'
0.039480 Gtype b'-1:postag:NNP'
0.036974 O b'-1:lemma:volume'
0.036514 Air b'+1:lemma:culture'
0.035839 O b'lemma:all'
0.034169 Air b'lemma:-lrb-'
0.034128 O b'-1:lemma:ethanol'
0.033438 O b'-1:lemma:20'
0.033364 Supp b'lemma:um'
0.032795 O b'+1:lemma:second'
0.032790 Gtype b'+1:lemma:lacx74/ptg2'
0.032601 O b'lemma:-lsb-'
0.031950 O b'lemma:voluman'
0.031912 Supp b'lemma:vol'
0.031912 Supp b'-1:lemma:1/100'
0.031175 O b'lemma:vol'
0.031175 O b'-1:lemma:1/100'
0.031034 O b'-1:lemma:deficient'
0.030699 Anti b'lemma:anti-fur'
0.030597 OD b'lemma:~'
0.029955 Gtype b'+1:lemma:lacx74/ptrc99a'
0.029736 O b'lemma:antibody-protein-dna'
0.029736 O b'-1:lemma:capture'
0.028559 Med b'-1:postag:-LRB-'
0.028410 O b'+1:lemma:7.6'
0.026111 O b'+1:lemma:l1'
0.025750 O b'lemma:sds'
0.025623 O b'lemma:reference'
0.025362 O b'lemma:grow'
0.025256 O b'-1:lemma:condition'
0.024827 O b'lemma:EcoCyc'
0.024631 OD b'+1:lemma:in'
0.024267 Anti b'-1:postag:NNP'
0.024035 O b'+1:lemma:wildtype'
0.022847 Supp b'lemma:ph'
0.022731 O b'+1:lemma:beginning'
0.022381 Anti b'hUpper'
0.022350 O b'+1:lemma:delta-arca'
0.022320 O b'lemma:Neoclone'
0.022078 O b'+1:lemma:ga'
0.021176 O b'lemma:early-log'
0.021011 O b'lemma:l2'
0.020570 O b'+1:lemma:MOPS'
0.019999 Substrain b'symb'
0.019613 O b'+1:lemma:\xce\xb4soxr'
0.019239 O b'lemma:nput'
0.019239 O b'-1:lemma:vs'
0.019239 O b'+1:lemma:-rsb-'
0.018607 O b'lemma:site-specific'
0.018607 O b'-1:lemma:flp-mediated'
0.018607 O b'+1:lemma:recombination'
0.018315 Gtype b'postag:CD'
0.017750 O b'-1:postag:-RRB-'
0.016396 Gtype b'lemma:\xce\xb4arca'
0.016292 Med b'+1:postag:NNS'
0.015988 pH b'-1:postag:JJ'
0.015744 O b'-1:lemma:25'
0.014653 O b'-1:lemma:od600'
0.014128 O b'+1:postag:VBG'
0.012982 O b'lemma:edta'
0.012877 Gversion b'-1:postag:NN'
0.011255 O b'lemma:95'
0.010637 O b'-1:lemma:,1.2'
0.010637 O b'+1:lemma:kcl'
0.010005 O b'hUpper'
0.009468 O b'+1:lemma:with'
0.009068 O b'+1:lemma:lysate'
0.008870 O b'+1:lemma:anaerobically'
0.007853 O b'lemma:period'
0.006867 O b'-1:lemma:either'
0.006754 O b'-1:lemma:b1'
0.006641 Gversion b'+1:postag:NN'
0.005704 O b'-1:lemma:w/v'
0.005531 O b'+1:lemma:of'
0.004851 O b'+1:lemma:10'
0.004766 O b'+1:lemma:edta'
0.004252 O b'-1:postag:DT'
0.004041 O b'lemma:.0.0'
0.004041 O b'-1:lemma:v1'
0.003806 Supp b'lemma:250'
0.003208 O b'-1:lemma:\xce\xb4fnr'
0.003171 Supp b'+1:postag:SYM'
0.002965 Supp b'-1:postag:NN'
0.002756 Supp b'+1:postag:NNP'
0.002057 Temp b'symb'
0.001836 O b'lemma:saline'
0.001829 O b'-1:lemma:anaerobically'
0.001560 O b'+1:lemma:dtt'
0.001255 O b'+1:lemma:rrna'
0.001030 O b'lemma:sepharose'
0.001030 O b'+1:lemma:protein'
0.001024 Air b'postag:-LRB-'
0.000941 Supp b'+1:lemma:media'
0.000818 O b'+1:lemma:co2'
0.000773 O b'lemma:neg'
0.000708 pH b'hUpper'
0.000474 O b'-1:lemma:kcl'
0.000451 O b'lemma:1/100'
0.000451 O b'+1:lemma:vol'
0.000425 Gtype b'lemma:rpoh'
0.000424 O b'lemma:harvest'
0.000373 Med b'+1:lemma:.'
0.000373 Med b'+1:postag:.'
0.000367 O b'lemma:subsequently'
0.000196 O b'-1:lemma:subsequently'
0.000066 O b'+1:lemma:wild'
0.000066 O b'lemma:e.g.'
0.000030 O b'+1:lemma:po'
0.000009 O b'+1:lemma:et'
0.000003 O b'-1:lemma:tritonx-100'
0.000001 O b'+1:lemma:escherichia'
0.000000 Gtype b'lemma:lacx74/ptg2'
0.000000 O b'-1:lemma:agitation'
-0.000004 Gtype b'-1:postag:NNS'
-0.000050 O b'-1:lemma:ihf'
-0.000170 OD b'hGreek'
-0.000292 Med b'-1:postag:NNP'
-0.000415 Supp b'-1:lemma:8'
-0.000520 O b'-1:lemma:\xce\xb4soxr'
-0.000778 Supp b'-1:lemma:300'
-0.000830 O b'-1:lemma:in'
-0.001105 Air b'lemma:-rrb-'
-0.001267 Med b'-1:lemma:MOPS'
-0.001293 O b'+1:lemma:phosphate'
-0.004401 O b'+1:postag:CD'
-0.005334 Air b'postag:CC'
-0.005789 Supp b'lemma:10'
-0.007419 O b'-1:lemma:pre-cleared'
-0.008504 O b'lemma:phosphate'
-0.009283 O b'+1:lemma:o2'
-0.009352 Anti b'-1:postag:NN'
-0.010565 O b'-1:lemma:\xce\xb4soxs'
-0.010834 O b'-1:lemma:70'
-0.013088 Air b'postag:-RRB-'
-0.013938 Supp b'-1:lemma:Fe'
-0.014820 Supp b'hUpper'
-0.017092 O b'lemma:7.6'
-0.017092 O b'+1:lemma:;'
-0.018064 pH b'postag:NN'
-0.019376 Supp b'lemma:mm'
-0.020089 O b'lemma:5'
-0.020591 O b'+1:lemma:0.3'
-0.023025 Supp b'postag:VBN'
-0.025574 Supp b'-1:lemma:the'
-0.027028 Gtype b'+1:postag:-RRB-'
-0.028877 Gtype b'-1:lemma:-lrb-'
-0.031794 OD b'+1:lemma:.'
-0.031794 OD b'+1:postag:.'
-0.032326 Gtype b'lemma:-lrb-'
-0.034612 O b'lemma:25'
-0.037407 Supp b'-1:lemma:and'
-0.037718 Gtype b'postag:NNS'
-0.038639 O b'-1:postag:VBG'
-0.039708 Technique b'hGreek'
-0.046836 O b'-1:lemma:phosphate'
-0.049522 O b'+1:lemma:.'
-0.049522 O b'+1:postag:.'
-0.049918 O b'+1:lemma:pahse'
-0.051286 O b'-1:postag:IN'
-0.051397 O b'-1:lemma:k-12'
-0.052427 O b'lemma:0.1'
-0.055741 OD b'lemma:='
-0.059326 Technique b'postag:NN'
-0.059995 O b'lemma:sodium'
-0.062775 Gtype b'lemma:control'
-0.062847 O b'lemma:paraquat'
-0.064273 O b'lemma:final'
-0.067224 O b'lemma:n2'
-0.068153 O b'+1:lemma:-lcb-'
-0.070849 O b'+1:lemma:delta'
-0.071704 O b'-1:lemma:harbor'
-0.074451 O b'+1:postag:IN'
-0.075013 Substrain b'hGreek'
-0.078015 O b'lemma:70'
-0.078620 Supp b'-1:lemma:250'
-0.079264 Gtype b'+1:lemma:glucose'
-0.081078 O b'-1:lemma:affinity'
-0.081729 Supp b'-1:lemma:;'
-0.082145 O b'+1:lemma:70'
-0.082344 O b'+1:postag:FW'
-0.082576 O b'-1:lemma:of'
-0.085275 Technique b'+1:postag:-RRB-'
-0.093653 O b'-1:lemma:%'
-0.099380 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
-0.100949 Supp b'+1:lemma:final'
-0.101844 Air b'lemma:anaerobically'
-0.105223 Gtype b'-1:postag:SYM'
-0.105238 O b'lemma:phase'
-0.105817 O b'lemma:8'
-0.107414 O b'-1:lemma:cra'
-0.108683 O b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
-0.108813 Supp b'lemma:and'
-0.114080 O b'-1:lemma:rifampicin'
-0.114112 Technique b'+1:postag:JJ'
-0.114202 Phase b'+1:postag:NN'
-0.116980 O b'+1:lemma:1/100'
-0.123007 O b'+1:lemma:ph'
-0.123582 Gtype b'lemma:_'
-0.123789 O b'lemma:\xc3\x9f'
-0.127575 Supp b'lemma:.'
-0.127575 Supp b'postag:.'
-0.134896 O b'+1:lemma:25'
-0.136100 O b'+1:lemma:strain'
-0.139526 Supp b'+1:lemma:-rrb-'
-0.141254 O b'lemma:deletion'
-0.142230 O b'+1:lemma:5'
-0.143218 Anti b'-1:postag:CD'
-0.146259 O b'lemma:lb'
-0.146573 Gtype b'+1:lemma:b'
-0.146969 Med b'+1:lemma:m9'
-0.147287 O b'-1:lemma:~'
-0.149488 Supp b'postag::'
-0.149502 Med b'hGreek'
-0.151007 Gtype b'-1:postag:CD'
-0.153385 Temp b'-1:postag:IN'
-0.154364 O b'-1:lemma:mid-log'
-0.160861 OD b'lemma:2.0'
-0.165225 O b'lemma:co2'
-0.169781 O b'lemma:;'
-0.169781 O b'-1:lemma:7.6'
-0.171617 Air b'+1:postag:NNS'
-0.172915 O b'-1:lemma:iptg'
-0.174611 O b'+1:lemma:fnr'
-0.175960 Supp b'-1:lemma:in'
-0.176178 Air b'postag:CD'
-0.176348 pH b'hGreek'
-0.177073 O b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.179053 Supp b'+1:lemma:of'
-0.181674 O b'+1:lemma:mutant'
-0.181843 Gtype b'+1:lemma:and'
-0.183534 O b'lemma:dpd'
-0.184510 O b'+1:lemma:deletion'
-0.184584 Gtype b'-1:lemma:,'
-0.184584 Gtype b'-1:postag:,'
-0.186056 O b'+1:lemma:-rrb-'
-0.187232 Air b'postag:NNP'
-0.188368 Agit b'postag:NN'
-0.192942 O b'-1:lemma:um'
-0.192942 O b'+1:lemma:paraquat'
-0.194926 Gversion b'hGreek'
-0.196273 O b'-1:lemma:0.2'
-0.199570 O b'lemma:o2'
-0.200872 O b'+1:lemma:dissolve'
-0.203268 O b'+1:lemma:rna'
-0.204556 Med b'postag:-LRB-'
-0.210281 Gtype b'+1:lemma:,'
-0.210281 Gtype b'+1:postag:,'
-0.211137 O b'+1:lemma:until'
-0.212049 O b'lemma:hour'
-0.212886 O b'-1:lemma:control'
-0.215168 Gtype b'+1:lemma:-rrb-'
-0.219786 O b'lemma:rna'
-0.222391 O b'-1:lemma:.'
-0.222391 O b'-1:postag:.'
-0.224825 O b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.227837 Phase b'postag:JJ'
-0.228076 O b'+1:lemma:fecl2'
-0.230696 Gtype b'postag:NNP'
-0.234684 Vess b'symb'
-0.236722 Supp b'postag:NNS'
-0.239536 Gtype b'+1:postag:CC'
-0.239583 O b'+1:lemma:purify'
-0.240385 O b'-1:lemma:the'
-0.240634 O b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.241074 O b'-1:lemma:gade'
-0.244253 O b'-1:lemma:gadx'
-0.244348 Gtype b'+1:postag:NNS'
-0.245067 Phase b'hGreek'
-0.246063 O b'lemma:mutant'
-0.253404 OD b'+1:lemma:2.0'
-0.256675 O b'+1:lemma:mg1655'
-0.257957 O b'-1:lemma:with'
-0.259901 O b'-1:lemma:n2'
-0.260005 Anti b'postag:CD'
-0.261696 Agit b'hLower'
-0.262106 Gversion b'symb'
-0.266822 O b'-1:lemma:gadw'
-0.270193 Temp b'postag:NN'
-0.270511 Supp b'+1:postag:-RRB-'
-0.271094 Phase b'-1:lemma:at'
-0.271306 Gtype b'-1:lemma:and'
-0.274341 Gtype b'+1:lemma:2'
-0.274444 O b'+1:postag:DT'
-0.274592 O b'+1:postag:-RRB-'
-0.275218 O b'-1:lemma:deletion'
-0.275227 O b'-1:postag:-LRB-'
-0.276346 O b'-1:lemma:-lrb-'
-0.279349 O b'-1:lemma:sodium'
-0.279357 O b'+1:postag:VB'
-0.280243 O b'+1:lemma:media'
-0.281963 Supp b'-1:lemma:.'
-0.281963 Supp b'-1:postag:.'
-0.282953 O b'+1:lemma:-lrb-'
-0.290724 O b'lemma:od600'
-0.294196 O b'+1:lemma:gade'
-0.294786 Temp b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.299704 O b'+1:postag:-LRB-'
-0.304328 Supp b'+1:lemma:glucose'
-0.305246 Gtype b'-1:postag:CC'
-0.305350 Supp b'-1:postag:DT'
-0.308728 Supp b'lemma:300'
-0.310697 O b'+1:lemma:gadw'
-0.319345 O b'+1:lemma:minimal'
-0.327202 O b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.334575 O b'+1:lemma:pk4854'
-0.334632 Supp b'lemma:2'
-0.343794 Air b'-1:lemma:grow'
-0.346599 O b'-1:lemma:purify'
-0.348598 O b'+1:lemma:95'
-0.354902 O b'+1:lemma:from'
-0.356525 O b'+1:lemma:the'
-0.358081 O b'+1:lemma:min'
-0.359031 Supp b'-1:lemma:dpd'
-0.366666 Supp b'lemma:,'
-0.366666 Supp b'postag:,'
-0.367081 Gtype b'+1:postag:JJ'
-0.370462 Gtype b'postag:VBG'
-0.371642 Med b'lemma:-lrb-'
-0.376430 Gtype b'+1:lemma:crp'
-0.379174 O b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.379213 OD b'+1:lemma:0.4'
-0.379911 O b'lemma:fecl2'
-0.379984 Supp b'+1:postag::'
-0.380096 O b'+1:lemma:_'
-0.381379 Air b'-1:postag:CC'
-0.386382 O b'postag:RB'
-0.393706 O b'lemma:m'
-0.395200 O b'+1:lemma:arginine'
-0.400361 Gtype b'+1:postag:-LRB-'
-0.401794 O b'+1:lemma:b'
-0.403010 Substrain b'hLower'
-0.406308 O b'lemma:150'
-0.406308 O b'+1:lemma:mg/ml'
-0.406367 O b'+1:lemma:contain'
-0.407393 O b'-1:lemma:g/l'
-0.411627 O b'+1:lemma:sample'
-0.412393 Med b'-1:postag:IN'
-0.414916 Med b'+1:postag:IN'
-0.419725 O b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.431873 O b'+1:lemma:%'
-0.435901 O b'lemma:1m'
-0.438713 O b'+1:lemma:~'
-0.440601 O b'-1:lemma:o2'
-0.443728 Med b'-1:postag:NN'
-0.447893 O b'lemma:dissolve'
-0.455268 Supp b'postag:CC'
-0.456594 O b'-1:lemma:from'
-0.461673 O b'lemma:m63'
-0.469039 Gversion b'hLower'
-0.471077 O b'-1:lemma:dfnr'
-0.478135 O b'lemma:purify'
-0.486417 O b'-1:lemma:1m'
-0.487700 Supp b'postag:IN'
-0.492416 Anti b'postag:NNP'
-0.494563 Gtype b'-1:lemma:fur'
-0.500931 Med b'-1:postag:CD'
-0.504296 O b'+1:lemma:m'
-0.506301 O b'+1:lemma:antibody'
-0.526428 O b'-1:lemma:mm'
-0.530720 Temp b'hGreek'
-0.556815 O b'lemma:acetate'
-0.564085 O b'lemma:ph'
-0.565086 O b'lemma:pahse'
-0.565919 Gtype b'postag::'
-0.573287 O b'lemma:mid-log'
-0.575845 O b'+1:lemma:2.0'
-0.581535 Med b'+1:postag:NN'
-0.583336 O b'-1:lemma:rna'
-0.594899 Phase b'-1:postag:JJ'
-0.595285 O b'+1:lemma:300'
-0.623792 O b'-1:lemma:delta'
-0.659953 Supp b'postag:CD'
-0.666173 Supp b'-1:lemma:-lrb-'
-0.677583 Phase b'symb'
-0.683856 Supp b'-1:postag:VBN'
-0.687572 Technique b'-1:lemma::'
-0.690550 O b'hGreek'
-0.691296 Gtype b'-1:lemma:mg1655'
-0.692252 O b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.696250 Air b'-1:lemma::'
-0.701280 Supp b'-1:postag:NNP'
-0.702336 Supp b'+1:lemma:rifampicin'
-0.710053 O b'lemma:250'
-0.713826 O b'lemma:glucose'
-0.715464 O b'-1:lemma:37'
-0.720202 O b'+1:lemma:supplement'
-0.722501 Supp b'-1:postag:-LRB-'
-0.724997 O b'lemma:methanol'
-0.729095 Med b'postag:CD'
-0.731797 O b'-1:lemma:final'
-0.743641 Air b'-1:postag:VBN'
-0.752313 O b'lemma:fructose'
-0.754498 Temp b'hLower'
-0.763228 O b'+1:lemma:nitrate'
-0.763337 Technique b'-1:postag::'
-0.766656 Supp b'+1:lemma:dpd'
-0.783347 O b'lemma:sample'
-0.785526 pH b'symb'
-0.786105 O b'-1:lemma:dissolve'
-0.786105 O b'+1:lemma:methanol'
-0.786664 Gtype b'+1:lemma:-lrb-'
-0.796026 Supp b'+1:postag:VBN'
-0.796342 O b'-1:lemma:contain'
-0.798685 O b'+1:lemma:gadx'
-0.804651 OD b'hLower'
-0.819329 O b'lemma:20'
-0.842107 O b'+1:lemma:at'
-0.847333 O b'+1:lemma:genome'
-0.852289 Temp b'+1:postag:IN'
-0.855546 OD b'hUpper'
-0.888520 O b'+1:lemma:g/l'
-0.902920 O b'-1:lemma:ph'
-0.910034 O b'+1:lemma:mm'
-0.917839 O b'-1:lemma:m'
-0.929727 Med b'hLower'
-0.938568 O b'lemma:nacl'
-0.944034 O b'-1:lemma:1'
-0.944567 O b'lemma:nh4cl'
-0.947479 O b'-1:lemma:30'
-0.949785 O b'-1:lemma:250'
-0.961484 O b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.973928 O b'lemma:minimal'
-1.020015 O b'lemma:aerobic'
-1.046026 O b'+1:lemma:1m'
-1.049857 O b'lemma:anaerobic'
-1.050457 O b'lemma:nitrate'
-1.071417 Vess b'hUpper'
-1.096641 O b'-1:lemma:rpob'
-1.096813 Agit b'hUpper'
-1.099295 O b'lemma:0.3'
-1.116313 Gtype b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.126159 O b'lemma:37'
-1.129146 Supp b'+1:lemma:nacl'
-1.131348 O b'-1:lemma:IP'
-1.137467 OD b'+1:postag:NN'
-1.147808 Supp b'+1:lemma:,'
-1.147808 Supp b'+1:postag:,'
-1.154801 Gtype b'symb'
-1.157063 Supp b'+1:lemma:acetate'
-1.158614 O b'+1:lemma:in'
-1.160466 O b'lemma:medium'
-1.163426 O b'+1:lemma:+'
-1.163734 O b'lemma:30'
-1.164020 O b'-1:lemma:until'
-1.192975 O b'-1:postag::'
-1.206069 Strain b'hLower'
-1.216788 O b'lemma:of'
-1.306583 O b'-1:lemma:ml'
-1.319486 O b'-1:lemma:fresh'
-1.370041 O b'-1:lemma:sample'
-1.412456 O b'-1:lemma:2'
-1.441757 Supp b'+1:lemma:-lrb-'
-1.466248 Supp b'+1:postag:-LRB-'
-1.503274 Air b'postag:NN'
-1.527819 Supp b'postag:JJ'
-1.539318 O b'+1:lemma:hour'
-1.551155 Supp b'hGreek'
-1.558625 O b'lemma:media'
-1.571616 Strain b'symb'
-1.579767 O b'-1:lemma:co2'
-1.594955 O b'+1:lemma:1'
-1.603109 O b'lemma:wt'
-1.649607 Temp b'+1:lemma:with'
-1.748882 O b'+1:lemma:2'
-1.785700 O b'-1:lemma:vol'
-1.901436 O b'lemma:rifampicin'
-2.267149 O b'lemma:aerobically'
-2.370640 Phase b'hUpper'
-2.454585 Technique b'symb'
-3.095972 O b'-1:lemma:_'
-3.220715 O b'-1:lemma::'