report_Run2_v13.txt 44.7 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320 1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330 1331 1332 1333 1334 1335 1336 1337 1338 1339 1340 1341 1342 1343 1344 1345 1346 1347 1348 1349 1350 1351 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359 1360 1361 1362 1363 1364 1365 1366 1367 1368 1369 1370 1371 1372 1373 1374 1375 1376 1377 1378 1379 1380 1381 1382 1383 1384 1385 1386 1387 1388 1389 1390
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.019348607164490862, 'c2': 0.07501217569303219}
best CV score:0.8209562028933415
model size: 0.11M

Flat F1: 0.8056563921486113
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      0.857     0.800     0.828        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.897     0.398     0.551        88
       Anti      0.750     0.923     0.828        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.923     0.769     0.839        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.870     0.838     0.854       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.907     0.748     0.806       484


Top likely transitions:
Med    -> Med     4.817449
OD     -> OD      4.544941
Temp   -> Temp    4.494218
Supp   -> Supp    4.490241
Anti   -> Anti    4.217172
Gtype  -> Gtype   4.185224
Air    -> Air     4.108453
Gversion -> Gversion 3.669035
Phase  -> Phase   3.447400
O      -> O       3.317514
pH     -> pH      2.892426
Technique -> Technique 2.353046
Agit   -> Agit    2.072602
Substrain -> Gtype   1.500167
Technique -> Air     1.058527
O      -> Supp    1.021136
Gtype  -> Supp    0.921005
Air    -> O       0.909241
O      -> Gtype   0.724366
O      -> Technique 0.580218
Gtype  -> Air     0.411763
Med    -> O       0.234675
O      -> Strain  0.230695
Supp   -> O       0.138950
Gtype  -> pH      0.096364
Strain -> O       0.076913
O      -> pH      0.026714
Temp   -> O       0.010467
O      -> Vess    0.008013
O      -> Temp    0.002737
O      -> Phase   0.001699
Substrain -> Med     -0.001731
Temp   -> Phase   -0.005129
Temp   -> Gversion -0.012849
Gversion -> Anti    -0.013824
Phase  -> Gversion -0.014040
Technique -> Strain  -0.014698
OD     -> Agit    -0.015091
Gtype  -> Strain  -0.015350
Med    -> Anti    -0.020198
Med    -> Agit    -0.022111
Agit   -> OD      -0.024126
Air    -> Substrain -0.024297
OD     -> Gversion -0.025363
Supp   -> Strain  -0.027913
Temp   -> pH      -0.028850
Agit   -> Gtype   -0.036633
Med    -> Gversion -0.038152
Strain -> Air     -0.041490
Agit   -> O       -0.043328
Phase  -> Air     -0.052214
Phase  -> pH      -0.052994
Temp   -> Anti    -0.057120
pH     -> Gtype   -0.060982
Substrain -> OD      -0.061260
O      -> Agit    -0.061743
Substrain -> Air     -0.067740
Air    -> Anti    -0.070274
Anti   -> Gversion -0.071779
pH     -> Med     -0.074469
Temp   -> Technique -0.079965
Gtype  -> Vess    -0.080041
pH     -> Gversion -0.084403
Gversion -> Temp    -0.096957
Substrain -> pH      -0.098306
Strain -> Supp    -0.104764
pH     -> Agit    -0.108950
Supp   -> Substrain -0.112784
Agit   -> Technique -0.113773
Technique -> Phase   -0.115561
Gversion -> pH      -0.120960
Med    -> OD      -0.125670
Air    -> Gversion -0.125894
OD     -> pH      -0.131516
Gversion -> Med     -0.131757
pH     -> O       -0.132064
Med    -> pH      -0.132695
OD     -> O       -0.134282
Technique -> Substrain -0.139810
Substrain -> Supp    -0.143167
Gversion -> OD      -0.148694
Med    -> Gtype   -0.156603
Temp   -> OD      -0.157508
Supp   -> Vess    -0.159688
OD     -> Gtype   -0.160329
Med    -> Temp    -0.167484
Agit   -> Supp    -0.168854
Strain -> Gtype   -0.175009
Phase  -> Temp    -0.178046
Supp   -> Agit    -0.178197
Technique -> Agit    -0.187286
Anti   -> Phase   -0.187839
Anti   -> OD      -0.191751
pH     -> Temp    -0.194377
Phase  -> Anti    -0.201017
Air    -> Gtype   -0.201440
Temp   -> Gtype   -0.204151
Gtype  -> Agit    -0.204440
OD     -> Med     -0.217155
Technique -> Anti    -0.228854
pH     -> Air     -0.252088
pH     -> OD      -0.256496
Technique -> Temp    -0.257809
Air    -> pH      -0.260474
Anti   -> Air     -0.267012
Temp   -> Supp    -0.273752
O      -> Gversion -0.277271
Gversion -> Technique -0.287845
Med    -> Air     -0.289453
Anti   -> Technique -0.299916
Gversion -> Gtype   -0.303597
O      -> Anti    -0.305676
O      -> Substrain -0.318760
Phase  -> Supp    -0.329202
Gtype  -> Substrain -0.334912
Agit   -> Air     -0.337858
OD     -> Temp    -0.345577
Phase  -> Gtype   -0.351036
Air    -> Technique -0.364402
pH     -> Supp    -0.366703
Supp   -> Phase   -0.386430
Temp   -> Air     -0.393451
Gversion -> Supp    -0.394017
Supp   -> Anti    -0.402463
Gversion -> Air     -0.406825
Phase  -> Med     -0.408700
Anti   -> pH      -0.410863
Anti   -> O       -0.415400
Med    -> Technique -0.425401
Air    -> OD      -0.435692
Supp   -> Temp    -0.439287
Supp   -> pH      -0.448899
Supp   -> Gversion -0.451973
Air    -> Temp    -0.458506
OD     -> Supp    -0.458993
Anti   -> Med     -0.459102
Technique -> Med     -0.469853
Air    -> Med     -0.475845
Phase  -> O       -0.483411
Supp   -> Air     -0.486978
Supp   -> Technique -0.487168
OD     -> Technique -0.497282
O      -> OD      -0.505827
Air    -> Phase   -0.510850
Air    -> Agit    -0.515081
Gtype  -> OD      -0.516412
Anti   -> Gtype   -0.517785
Supp   -> Gtype   -0.529717
Technique -> Gversion -0.534025
Phase  -> OD      -0.566804
Gtype  -> Technique -0.580478
Supp   -> OD      -0.580536
Air    -> Supp    -0.588640
Gtype  -> Phase   -0.607440
Technique -> Supp    -0.613942
Anti   -> Supp    -0.623385
O      -> Med     -0.649985
Gversion -> O       -0.659640
Gtype  -> Gversion -0.688209
Temp   -> Med     -0.714536
Gtype  -> O       -0.872359
Gtype  -> Med     -0.876644
Technique -> Gtype   -0.888113
Anti   -> Temp    -0.889099
OD     -> Air     -0.922731
Phase  -> Technique -0.947276
Gtype  -> Temp    -0.954386
Technique -> OD      -0.991458
Gtype  -> Anti    -0.994874
O      -> Air     -1.025596
Technique -> O       -1.182154
Supp   -> Med     -1.198401
Substrain -> O       -1.357390
Med    -> Supp    -1.523209
Technique -> pH      -1.841052


Top unlikely transitions:
Med    -> Med     4.817449
OD     -> OD      4.544941
Temp   -> Temp    4.494218
Supp   -> Supp    4.490241
Anti   -> Anti    4.217172
Gtype  -> Gtype   4.185224
Air    -> Air     4.108453
Gversion -> Gversion 3.669035
Phase  -> Phase   3.447400
O      -> O       3.317514
pH     -> pH      2.892426
Technique -> Technique 2.353046
Agit   -> Agit    2.072602
Substrain -> Gtype   1.500167
Technique -> Air     1.058527
O      -> Supp    1.021136
Gtype  -> Supp    0.921005
Air    -> O       0.909241
O      -> Gtype   0.724366
O      -> Technique 0.580218
Gtype  -> Air     0.411763
Med    -> O       0.234675
O      -> Strain  0.230695
Supp   -> O       0.138950
Gtype  -> pH      0.096364
Strain -> O       0.076913
O      -> pH      0.026714
Temp   -> O       0.010467
O      -> Vess    0.008013
O      -> Temp    0.002737
O      -> Phase   0.001699
Substrain -> Med     -0.001731
Temp   -> Phase   -0.005129
Temp   -> Gversion -0.012849
Gversion -> Anti    -0.013824
Phase  -> Gversion -0.014040
Technique -> Strain  -0.014698
OD     -> Agit    -0.015091
Gtype  -> Strain  -0.015350
Med    -> Anti    -0.020198
Med    -> Agit    -0.022111
Agit   -> OD      -0.024126
Air    -> Substrain -0.024297
OD     -> Gversion -0.025363
Supp   -> Strain  -0.027913
Temp   -> pH      -0.028850
Agit   -> Gtype   -0.036633
Med    -> Gversion -0.038152
Strain -> Air     -0.041490
Agit   -> O       -0.043328
Phase  -> Air     -0.052214
Phase  -> pH      -0.052994
Temp   -> Anti    -0.057120
pH     -> Gtype   -0.060982
Substrain -> OD      -0.061260
O      -> Agit    -0.061743
Substrain -> Air     -0.067740
Air    -> Anti    -0.070274
Anti   -> Gversion -0.071779
pH     -> Med     -0.074469
Temp   -> Technique -0.079965
Gtype  -> Vess    -0.080041
pH     -> Gversion -0.084403
Gversion -> Temp    -0.096957
Substrain -> pH      -0.098306
Strain -> Supp    -0.104764
pH     -> Agit    -0.108950
Supp   -> Substrain -0.112784
Agit   -> Technique -0.113773
Technique -> Phase   -0.115561
Gversion -> pH      -0.120960
Med    -> OD      -0.125670
Air    -> Gversion -0.125894
OD     -> pH      -0.131516
Gversion -> Med     -0.131757
pH     -> O       -0.132064
Med    -> pH      -0.132695
OD     -> O       -0.134282
Technique -> Substrain -0.139810
Substrain -> Supp    -0.143167
Gversion -> OD      -0.148694
Med    -> Gtype   -0.156603
Temp   -> OD      -0.157508
Supp   -> Vess    -0.159688
OD     -> Gtype   -0.160329
Med    -> Temp    -0.167484
Agit   -> Supp    -0.168854
Strain -> Gtype   -0.175009
Phase  -> Temp    -0.178046
Supp   -> Agit    -0.178197
Technique -> Agit    -0.187286
Anti   -> Phase   -0.187839
Anti   -> OD      -0.191751
pH     -> Temp    -0.194377
Phase  -> Anti    -0.201017
Air    -> Gtype   -0.201440
Temp   -> Gtype   -0.204151
Gtype  -> Agit    -0.204440
OD     -> Med     -0.217155
Technique -> Anti    -0.228854
pH     -> Air     -0.252088
pH     -> OD      -0.256496
Technique -> Temp    -0.257809
Air    -> pH      -0.260474
Anti   -> Air     -0.267012
Temp   -> Supp    -0.273752
O      -> Gversion -0.277271
Gversion -> Technique -0.287845
Med    -> Air     -0.289453
Anti   -> Technique -0.299916
Gversion -> Gtype   -0.303597
O      -> Anti    -0.305676
O      -> Substrain -0.318760
Phase  -> Supp    -0.329202
Gtype  -> Substrain -0.334912
Agit   -> Air     -0.337858
OD     -> Temp    -0.345577
Phase  -> Gtype   -0.351036
Air    -> Technique -0.364402
pH     -> Supp    -0.366703
Supp   -> Phase   -0.386430
Temp   -> Air     -0.393451
Gversion -> Supp    -0.394017
Supp   -> Anti    -0.402463
Gversion -> Air     -0.406825
Phase  -> Med     -0.408700
Anti   -> pH      -0.410863
Anti   -> O       -0.415400
Med    -> Technique -0.425401
Air    -> OD      -0.435692
Supp   -> Temp    -0.439287
Supp   -> pH      -0.448899
Supp   -> Gversion -0.451973
Air    -> Temp    -0.458506
OD     -> Supp    -0.458993
Anti   -> Med     -0.459102
Technique -> Med     -0.469853
Air    -> Med     -0.475845
Phase  -> O       -0.483411
Supp   -> Air     -0.486978
Supp   -> Technique -0.487168
OD     -> Technique -0.497282
O      -> OD      -0.505827
Air    -> Phase   -0.510850
Air    -> Agit    -0.515081
Gtype  -> OD      -0.516412
Anti   -> Gtype   -0.517785
Supp   -> Gtype   -0.529717
Technique -> Gversion -0.534025
Phase  -> OD      -0.566804
Gtype  -> Technique -0.580478
Supp   -> OD      -0.580536
Air    -> Supp    -0.588640
Gtype  -> Phase   -0.607440
Technique -> Supp    -0.613942
Anti   -> Supp    -0.623385
O      -> Med     -0.649985
Gversion -> O       -0.659640
Gtype  -> Gversion -0.688209
Temp   -> Med     -0.714536
Gtype  -> O       -0.872359
Gtype  -> Med     -0.876644
Technique -> Gtype   -0.888113
Anti   -> Temp    -0.889099
OD     -> Air     -0.922731
Phase  -> Technique -0.947276
Gtype  -> Temp    -0.954386
Technique -> OD      -0.991458
Gtype  -> Anti    -0.994874
O      -> Air     -1.025596
Technique -> O       -1.182154
Supp   -> Med     -1.198401
Substrain -> O       -1.357390
Med    -> Supp    -1.523209
Technique -> pH      -1.841052


Top positive:
7.193058 O        b'lemma:_'
4.885905 Gtype    b'lemma:wt'
4.544853 Supp     b'lemma:Iron'
4.510237 Air      b'lemma:anaerobic'
4.366856 Technique b'lemma:chipseq'
4.022521 Supp     b'lemma:pq'
3.863233 O        b'postag::'
3.725770 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
3.590313 Supp     b'lemma:glucose'
3.476197 O        b'lemma:1'
3.413451 Supp     b'lemma:2h'
3.413451 Supp     b'-1:lemma:additional'
3.397743 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.370022 O        b'lemma:2'
3.363599 O        b'lemma:Cra'
3.334376 Phase    b'lemma:mid-log'
3.319425 Gtype    b'lemma:type'
3.270301 Gtype    b'hGreek'
3.253619 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.218676 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.184538 O        b'lemma:-'
3.174287 O        b'lemma:b'
3.159306 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.153976 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.110238 Strain   b'lemma:k-12'
3.041977 Air      b'lemma:aerobically'
2.983682 O        b'lemma:chip-arca'
2.979930 Supp     b'lemma:no3'
2.938022 O        b'-1:lemma:tag'
2.923890 Technique b'lemma:ChIP-exo'
2.895342 O        b'postag:IN'
2.891526 Air      b'lemma:aerobic'
2.890656 Gtype    b'+1:lemma:type'
2.887049 O        b'lemma:.'
2.887049 O        b'postag:.'
2.873114 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.869654 Gtype    b'lemma:WT'
2.860529 O        b'lemma:3'
2.860173 Phase    b'lemma:stationary'
2.860173 Phase    b'lemma:exponential'
2.854849 O        b'lemma:rep2'
2.854849 O        b'lemma:rep1'
2.846086 O        b'lemma:\xcf\x8332'
2.819167 O        b'lemma:genotype/variation'
2.725315 Supp     b'lemma:acetate'
2.723477 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.702386 Med      b'lemma:MOPS'
2.696178 O        b'lemma:chip-fnr'
2.695737 Substrain b'lemma:mg1655'
2.680892 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.667673 O        b'lemma:rpob'
2.667619 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.605646 Air      b'postag:RB'
2.592266 Supp     b'lemma:rifampicin'
2.583556 O        b'lemma:CEL'
2.571386 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
2.547432 Technique b'-1:lemma:_'
2.532568 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.530075 Supp     b'lemma:arginine'
2.526079 O        b'postag:VBG'
2.522505 O        b'+1:lemma:pq'
2.495709 Vess     b'lemma:flask'
2.495709 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.465333 Supp     b'+1:lemma:1'
2.446539 pH       b'lemma:ph5'
2.446539 pH       b'+1:lemma:.5'
2.444012 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.440461 O        b'lemma:a'
2.430568 Supp     b'lemma:dpd'
2.422573 Supp     b'lemma:nacl'
2.403952 Med      b'lemma:LB'
2.398887 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.389294 Air      b'-1:lemma:-'
2.376273 O        b'-1:lemma:glucose'
2.364531 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.361382 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.349524 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.338029 Supp     b'lemma:Fe'
2.336463 O        b'+1:postag:RB'
2.332985 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.332204 Supp     b'-1:lemma:with'
2.301923 Supp     b'lemma:Adenine'
2.288360 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.269871 Substrain b'lemma:mg1655star'
2.265454 Supp     b'lemma:iptg'
2.253609 O        b'+1:lemma:coli'
2.245815 Med      b'lemma:lb'
2.243736 Med      b'-1:lemma:ml'
2.220310 Technique b'lemma:rnaseq'
2.217882 O        b'+1:lemma:wt'
2.216375 O        b'lemma:with'
2.214394 Supp     b'lemma:Leu'
2.199467 Technique b'hUpper'
2.180347 O        b'-1:lemma:0.3'
2.169946 Anti     b'lemma:seqa'
2.161125 Temp     b'-1:lemma:37'
2.148523 pH       b'+1:postag:CD'
2.143122 O        b'-1:lemma:lb'
2.123267 Med      b'lemma:minimal'
2.121308 Supp     b'+1:lemma:2'
2.117526 Anti     b'lemma:none'
2.114716 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.114716 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.107759 Agit     b'+1:lemma:rpm'
2.093354 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.089761 O        b'+1:lemma:k-12'
2.077550 O        b'postag:VBN'
2.075650 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.075650 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.057012 Supp     b'+1:lemma:mm'
2.029784 Agit     b'lemma:rpm'
2.009868 Agit     b'-1:lemma:250'
2.006379 Temp     b'lemma:37'
1.999389 Air      b'-1:lemma:co2'
1.994430 Temp     b'lemma:43'
1.980250 Strain   b'+1:lemma:substr'
1.961581 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
1.949636 Supp     b'-1:lemma:+'
1.945092 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.942700 Anti     b'+1:lemma:antibody'
1.941576 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.927031 Supp     b'+1:lemma:deficient'
1.925411 Gversion b'lemma:000913'
1.911656 O        b'+1:lemma:43'
1.908021 Med      b'lemma:media'
1.907914 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.898632 O        b'+1:lemma:od600'
1.888791 Supp     b'+1:lemma:iptg'
1.887013 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.874882 OD       b'+1:postag:IN'
1.871258 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
1.864967 Gtype    b'lemma:crp'
1.856153 Med      b'lemma:glucose'
1.838412 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.825765 O        b'lemma:-lrb-'
1.823368 Gtype    b'lemma:wildtype'
1.818320 Gversion b'lemma:u00096'
1.818320 Gversion b'+1:lemma:.2'
1.811815 Agit     b'lemma:250'
1.808425 Supp     b'-1:lemma:potassium'
1.800750 Air      b'-1:lemma:ryhb'
1.800456 O        b'lemma:at'
1.799826 Med      b'lemma:m63'
1.791312 Supp     b'+1:lemma:_'
1.791196 O        b'lemma:chip'
1.790879 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.785914 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.783000 O        b'-1:postag:NNS'
1.779342 OD       b'lemma:od450'
1.758818 Med      b'+1:lemma:2.0'
1.752166 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
1.750065 Supp     b'lemma:Trp'
1.745673 Phase    b'lemma:phase'
1.742615 Gtype    b'+1:lemma:with'
1.735717 Gversion b'-1:lemma:nc'
1.735717 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.733788 O        b'lemma:affyexp'
1.727219 O        b'+1:lemma:ph5'
1.719670 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
1.705514 Gtype    b'-1:lemma:wild'
1.700491 Gtype    b'+1:postag::'
1.693862 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.693055 O        b'postag:CC'
1.691221 Gtype    b'+1:lemma:control'
1.688084 Supp     b'-1:lemma:vol'
1.674365 Gversion b'lemma:.2'
1.674365 Gversion b'-1:lemma:u00096'
1.662608 O        b'-1:lemma:type'
1.658332 Gtype    b'lemma:delta-arca'
1.655821 Med      b'lemma:medium'
1.655313 O        b'lemma:s'
1.654480 O        b'lemma::'
1.650818 Temp     b'-1:lemma:43'
1.644379 Substrain b'-1:lemma:.'
1.644379 Substrain b'-1:postag:.'
1.643647 O        b'lemma:gadx'
1.642851 Supp     b'lemma:fructose'
1.635757 Vess     b'+1:lemma:at'
1.633688 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.632501 O        b'lemma:argr'
1.626932 pH       b'+1:lemma:5.5'
1.604887 O        b'lemma:-rrb-'
1.601889 Supp     b'-1:lemma:ompr'
1.598512 Gversion b'lemma:nc'
1.596652 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.595818 Gtype    b'lemma:wild'
1.588504 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.588313 Supp     b'-1:lemma:without'
1.586322 O        b'lemma:ompr'
1.586082 O        b'-1:lemma:nh4cl'
1.585908 Med      b'+1:lemma:+'
1.585654 OD       b'-1:lemma:od450'
1.581426 Technique b'-1:lemma:IP'
1.580869 O        b'-1:lemma:into'
1.576662 Gtype    b'lemma:ptac'
1.567848 Anti     b'-1:lemma::'
1.565847 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
1.558912 O        b'lemma:or'
1.555302 Technique b'+1:lemma:gadx'
1.552994 Gversion b'+1:lemma:genome'
1.552196 O        b'lemma:soxr'
1.552196 O        b'lemma:soxs'
1.549861 Anti     b'-1:lemma:fnr'
1.546547 Air      b'-1:postag::'
1.546172 O        b'postag:DT'
1.545392 Gtype    b'hLower'
1.541064 O        b'lemma:A'
1.538748 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.537947 Technique b'-1:lemma:1'
1.531599 OD       b'-1:lemma:at'
1.527062 O        b'lemma:purr'
1.522270 O        b'+1:lemma:0.2'
1.517997 OD       b'lemma:0.3'
1.508049 O        b'-1:lemma:-80'
1.507139 O        b'postag:-LRB-'
1.506500 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.502660 Gtype    b'+1:lemma:pq'
1.501864 OD       b'-1:postag:IN'
1.493777 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
1.491303 OD       b'+1:lemma:of'
1.490932 Technique b'lemma:rna-seq'
1.489313 O        b'-1:lemma:pq'
1.486939 Gtype    b'lemma:phtpg'
1.484086 O        b'-1:lemma:wt'
1.478530 Air      b'-1:lemma:_'
1.476577 O        b'-1:lemma:phase'
1.475232 O        b'symb'
1.473342 Strain   b'-1:lemma:.'
1.473342 Strain   b'-1:postag:.'
1.472598 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.471069 Phase    b'-1:lemma:until'
1.470849 O        b'+1:lemma:250'
1.468109 O        b'+1:lemma:sparging'
1.464967 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.464918 O        b'-1:lemma:no3'
1.451604 Technique b'lemma:chip-exo'
1.449113 Gtype    b'+1:lemma:cra'
1.448544 pH       b'-1:lemma:at'
1.443166 Anti     b'hGreek'
1.439204 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.437464 Phase    b'postag:NN'
1.436011 Technique b'hLower'
1.433665 Supp     b'lemma:leucine'
1.420279 Air      b'postag:JJ'
1.418909 Med      b'-1:lemma:in'
1.415589 Med      b'-1:lemma:fresh'
1.412765 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.408037 O        b'-1:lemma:Anaerobic'
1.406941 Gversion b'postag:NN'
1.403448 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.399007 Technique b'-1:lemma:input'
1.394281 O        b'-1:lemma:Aerobic'
1.390089 Med      b'+1:postag:CD'
1.389229 O        b'lemma:culture'
1.382590 pH       b'lemma:5.5'
1.381147 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.377561 O        b'postag:-RRB-'
1.376086 Supp     b'-1:lemma:30'
1.369783 Supp     b'-1:lemma:contain'
1.361195 pH       b'lemma:.5'
1.361195 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.356237 O        b'lemma:harbor'
1.356232 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.347131 Supp     b'-1:lemma:final'
1.346092 O        b'lemma:-80'
1.345614 O        b'-1:lemma:aerobic'
1.341412 Supp     b'-1:lemma:0.2'
1.338468 Gversion b'lemma:_'
1.335348 Gtype    b'+1:lemma::'
1.325325 O        b'lemma:Lrp'
1.317771 pH       b'lemma:ph'
1.316659 O        b'lemma:E.'
1.314051 O        b'lemma:~'
1.311950 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
1.310796 O        b'+1:lemma:wash'
1.307053 O        b'-1:lemma:min'
1.305494 Med      b'postag:NNP'
1.300833 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.300750 Gtype    b'hUpper'
1.297038 OD       b'-1:lemma:~'
1.295446 O        b'-1:lemma:stpa'
1.294973 Gversion b'postag:CD'
1.294928 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.291916 Gtype    b'-1:lemma:factor'
1.284326 Med      b'+1:postag:-LRB-'
1.281734 O        b'lemma:+'
1.276855 Vess     b'+1:postag:IN'
1.276291 Air      b'lemma:Aerobic'
1.275762 O        b'-1:lemma:nacl'
1.275190 Anti     b'-1:postag::'
1.271518 Supp     b'lemma:tryptophan'
1.271518 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
1.269423 O        b'lemma:C'
1.268710 O        b'-1:lemma:.5'
1.268314 O        b'-1:lemma:mg1655'
1.264415 O        b'lemma:c'
1.262831 Supp     b'-1:lemma:respiration'
1.262831 Supp     b'+1:lemma:mmol'
1.258768 O        b'+1:lemma:30'
1.257716 O        b'lemma:for'
1.255345 O        b'lemma:input'
1.255345 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.250677 Supp     b'lemma:30'
1.245362 O        b'postag:SYM'
1.230446 OD       b'postag:IN'
1.229288 Anti     b'-1:lemma:myc'
1.218730 OD       b'lemma:of'
1.214800 Supp     b'lemma:glutamine'
1.214800 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
1.212538 O        b'-1:lemma:arginine'
1.209548 O        b'-1:lemma:acetate'
1.205665 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
1.203548 Gtype    b'lemma:Wild'
1.203381 O        b'-1:lemma:l1'
1.200320 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.198723 O        b'lemma:ml'
1.195799 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.193133 O        b'+1:postag:VBZ'
1.191266 O        b'lemma:,'
1.191266 O        b'postag:,'
1.189507 O        b'-1:lemma:media'
1.188404 Gtype    b'lemma:flagtag'
1.186730 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.183442 Supp     b'lemma:1m'
1.182099 Anti     b'lemma:anti-rpob'
1.178170 Air      b'+1:lemma:at'
1.175433 Supp     b'+1:lemma:leucine'
1.174744 Air      b'+1:lemma:%'
1.173373 Gtype    b'+1:lemma:the'
1.166456 Med      b'postag:NNS'
1.166199 O        b'lemma:trpr'
1.161821 Med      b'symb'
1.155124 O        b'postag:CD'
1.155081 O        b'+1:postag:NNP'
1.153254 Supp     b'-1:lemma:2'
1.151078 O        b'+1:lemma:acetate'
1.151013 Phase    b'-1:postag::'
1.145989 OD       b'lemma:od600'
1.135360 Supp     b'lemma:20'
1.131774 Supp     b'+1:lemma:1/100'
1.128943 Anti     b'lemma:anti-rpos'
1.127566 Gtype    b'-1:lemma::'
1.121220 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
1.116965 Supp     b'+1:lemma:anaerobically'
1.116396 O        b'+1:lemma:20'
1.116070 Air      b'-1:lemma:%'
1.114058 Med      b'+1:lemma:medium'
1.112424 Phase    b'-1:lemma::'
1.104817 Med      b'-1:lemma:LB'
1.104656 Air      b'-1:lemma:phase'
1.101230 Gversion b'-1:lemma:the'
1.098354 Supp     b'-1:lemma:phosphate'
1.096040 Supp     b'lemma:sodium'
1.090522 pH       b'-1:lemma:ph'
1.088563 Gtype    b'lemma:wild-type'
1.088292 Technique b'postag:NNP'
1.084875 O        b'+1:lemma:nacl'
1.082956 Air      b'lemma:%'
1.076239 Supp     b'+1:lemma:min'
1.074959 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.072217 Supp     b'-1:lemma:soxr'
1.072217 Supp     b'-1:lemma:soxs'
1.068644 Supp     b'lemma:nitrate'
1.064106 Substrain b'postag:NN'
1.063777 O        b'+1:lemma:read'
1.062676 O        b'lemma:Genome'
1.062349 Gtype    b'lemma:cra'
1.061942 OD       b'+1:lemma:0.3'
1.061764 Gversion b'-1:postag:DT'
1.061531 O        b'lemma:agitation'
1.061389 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.059771 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.057392 pH       b'-1:postag:NN'
1.054142 O        b'+1:lemma:dpd'
1.054136 O        b'lemma:genotype'
1.051658 O        b'lemma:k-12'
1.049117 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.048172 Temp     b'lemma:sample'
1.045940 Air      b'+1:lemma:or'
1.045838 Supp     b'lemma:cm20'
1.045838 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.045088 O        b'lemma:oxyr'
1.043656 Anti     b'+1:lemma:-lrb-'
1.040832 Technique b'+1:postag:NN'
1.039116 Air      b'-1:lemma:cm20'
1.038754 O        b'+1:lemma:tritonx-100'
1.036865 O        b'+1:postag:VBN'
1.031594 Supp     b'+1:lemma:1m'
1.027080 Supp     b'-1:postag:CD'
1.025872 O        b'-1:lemma:grow'
1.025359 Supp     b'lemma:0.2'
1.023667 Anti     b'+1:lemma:from'
1.022659 Anti     b'lemma:mab'
1.022659 Anti     b'-1:lemma:anti-flag'
1.019824 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
1.006652 OD       b'+1:lemma:,'
1.006652 OD       b'+1:postag:,'
1.006072 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.005749 Gtype    b'+1:lemma:mg1655'
1.005108 Anti     b'-1:postag:JJ'
1.001093 Supp     b'-1:lemma:m'
0.999767 Supp     b'-1:postag:CC'
0.998056 OD       b'lemma:o.d.'
0.998056 OD       b'+1:lemma:600nm'
0.997177 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
0.996285 Phase    b'+1:lemma:phase'
0.995999 O        b'lemma:Fur'
0.994398 O        b'+1:postag::'
0.993785 O        b'-1:lemma:4'
0.992541 O        b'postag:NNS'
0.991955 Temp     b'+1:lemma:in'
0.991868 Med      b'-1:postag:JJ'
0.988119 O        b'-1:lemma:fructose'
0.986646 Supp     b'-1:lemma:1m'
0.986431 O        b'lemma:2-3'
0.985237 Gtype    b'-1:lemma:k-12'
0.983679 O        b'-1:lemma:or'
0.983613 Temp     b'+1:lemma:and'
0.979779 Anti     b'lemma:anti-myc'
0.976039 O        b'lemma:cra'
0.975797 Anti     b'lemma:anti-flag'
0.975797 Anti     b'+1:lemma:mab'
0.974507 O        b'+1:lemma:m9'
0.969709 O        b'lemma:to'
0.969709 O        b'postag:TO'
0.968762 Technique b'lemma:chip-seq'
0.965246 O        b'-1:lemma:shake'
0.964791 Gtype    b'lemma:fur'
0.962413 Supp     b'lemma:feso4'
0.962245 Temp     b'+1:postag:CC'
0.959984 Gtype    b'lemma:the'
0.955363 Air      b'+1:lemma:b'
0.951741 Med      b'+1:lemma:with'
0.951324 Med      b'+1:lemma:minimal'
0.951066 O        b'lemma:Nac'
0.949933 O        b'-1:postag:RB'
0.949889 Supp     b'+1:lemma:be'
0.949104 O        b'lemma:0.4'
0.946757 Supp     b'postag:NNP'
0.942193 Agit     b'-1:postag:-LRB-'
0.938864 Phase    b'+1:lemma:culture'
0.936020 O        b'-1:lemma:nitrate'
0.935638 Gtype    b'+1:lemma:small'
0.928532 O        b'lemma:contain'
0.927998 O        b'+1:lemma:aerobically'
0.926529 Supp     b'+1:lemma:phosphate'
0.925866 Supp     b'-1:lemma:dissolve'
0.925866 Supp     b'+1:lemma:methanol'
0.924990 O        b'-1:lemma:one'
0.921003 Med      b'-1:lemma:glucose'
0.914810 Gversion b'+1:postag:CD'
0.913866 Agit     b'+1:lemma:-rrb-'
0.913380 Gtype    b'lemma:ryhb'
0.912810 O        b'lemma:EB'
0.910761 Gtype    b'-1:lemma:knock-out'
0.910409 Supp     b'+1:lemma:%'
0.909101 Gtype    b'lemma:factor'
0.909101 Gtype    b'-1:lemma:transcription'
0.909101 Gtype    b'+1:lemma:Fur'
0.908582 Gtype    b'-1:lemma:delta'
0.908110 Agit     b'+1:postag:-RRB-'
0.906569 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
0.906569 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
0.905081 Gtype    b'+1:lemma:knock-out'
0.904693 pH       b'+1:lemma:.'
0.904693 pH       b'+1:postag:.'
0.902190 Med      b'+1:lemma:supplement'
0.896875 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
0.895570 Gtype    b'postag:JJ'
0.891884 Supp     b'lemma:\xc2\xb5m'
0.891570 Supp     b'-1:postag:IN'
0.891424 Supp     b'-1:lemma:cra'
0.891382 O        b'lemma:additional'
0.891382 O        b'+1:lemma:2h'
0.889016 O        b'lemma:600'
0.885231 Air      b'lemma:co2'
0.882418 Supp     b'symb'
0.881478 Supp     b'lemma:methanol'
0.878407 Anti     b'+1:postag:NN'
0.878383 Supp     b'+1:postag:RB'
0.877549 Air      b'+1:lemma:95'
0.872783 Supp     b'lemma:2g/l'
0.872783 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
0.870877 OD       b'+1:postag:JJ'
0.869243 Gtype    b'-1:lemma:pk4854'
0.866366 Air      b'-1:postag:CD'
0.866079 O        b'-1:postag:NNP'
0.863082 Anti     b'lemma:tag'
0.859497 OD       b'-1:lemma:-lrb-'
0.854816 O        b'+1:lemma:to'
0.854816 O        b'+1:postag:TO'
0.850511 Supp     b'-1:lemma:0.3'
0.848828 OD       b'postag:CD'
0.848675 OD       b'-1:postag:-LRB-'
0.846028 O        b'hLower'
0.843180 Gtype    b'-1:postag:IN'
0.840426 Supp     b'lemma:final'
0.839567 O        b'+1:lemma:fructose'
0.838950 Gtype    b'lemma:vector'
0.838903 Temp     b'+1:postag:JJ'


Top negative:
0.060470 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
0.060457 O        b'lemma:\xce\xb4arca'
0.060156 Anti     b'symb'
0.059416 O        b'+1:lemma:hs1'
0.059281 O        b'+1:lemma:delta-fnr'
0.058893 O        b'lemma:0.2'
0.057564 O        b'+1:lemma:n2'
0.056664 O        b'-1:lemma:0.1'
0.056653 pH       b'-1:lemma:\xce\xb4gade'
0.055873 Supp     b'+1:postag:CD'
0.055641 O        b'+1:lemma:total'
0.055118 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.054105 O        b'-1:lemma:by'
0.052298 O        b'+1:lemma:0.1'
0.050787 pH       b'-1:lemma:\xce\xb4gadw'
0.050787 pH       b'-1:lemma:\xce\xb4gadx'
0.050035 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.049203 O        b'+1:lemma:tex'
0.048856 O        b'lemma:total'
0.048373 O        b'lemma:back'
0.048373 O        b'+1:lemma:1:500'
0.047638 O        b'lemma:without'
0.046958 Air      b'-1:lemma:aerobically'
0.045596 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.044434 O        b'-1:lemma:300'
0.044094 O        b'lemma:treat'
0.043083 Air      b'+1:lemma:_'
0.041669 O        b'+1:lemma:0.4'
0.041345 O        b'lemma:fur-8-myc'
0.039876 O        b'-1:postag:VB'
0.039480 Gtype    b'-1:postag:NNP'
0.036974 O        b'-1:lemma:volume'
0.036514 Air      b'+1:lemma:culture'
0.035839 O        b'lemma:all'
0.034169 Air      b'lemma:-lrb-'
0.034128 O        b'-1:lemma:ethanol'
0.033438 O        b'-1:lemma:20'
0.033364 Supp     b'lemma:um'
0.032795 O        b'+1:lemma:second'
0.032790 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptg2'
0.032601 O        b'lemma:-lsb-'
0.031950 O        b'lemma:voluman'
0.031912 Supp     b'lemma:vol'
0.031912 Supp     b'-1:lemma:1/100'
0.031175 O        b'lemma:vol'
0.031175 O        b'-1:lemma:1/100'
0.031034 O        b'-1:lemma:deficient'
0.030699 Anti     b'lemma:anti-fur'
0.030597 OD       b'lemma:~'
0.029955 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptrc99a'
0.029736 O        b'lemma:antibody-protein-dna'
0.029736 O        b'-1:lemma:capture'
0.028559 Med      b'-1:postag:-LRB-'
0.028410 O        b'+1:lemma:7.6'
0.026111 O        b'+1:lemma:l1'
0.025750 O        b'lemma:sds'
0.025623 O        b'lemma:reference'
0.025362 O        b'lemma:grow'
0.025256 O        b'-1:lemma:condition'
0.024827 O        b'lemma:EcoCyc'
0.024631 OD       b'+1:lemma:in'
0.024267 Anti     b'-1:postag:NNP'
0.024035 O        b'+1:lemma:wildtype'
0.022847 Supp     b'lemma:ph'
0.022731 O        b'+1:lemma:beginning'
0.022381 Anti     b'hUpper'
0.022350 O        b'+1:lemma:delta-arca'
0.022320 O        b'lemma:Neoclone'
0.022078 O        b'+1:lemma:ga'
0.021176 O        b'lemma:early-log'
0.021011 O        b'lemma:l2'
0.020570 O        b'+1:lemma:MOPS'
0.019999 Substrain b'symb'
0.019613 O        b'+1:lemma:\xce\xb4soxr'
0.019239 O        b'lemma:nput'
0.019239 O        b'-1:lemma:vs'
0.019239 O        b'+1:lemma:-rsb-'
0.018607 O        b'lemma:site-specific'
0.018607 O        b'-1:lemma:flp-mediated'
0.018607 O        b'+1:lemma:recombination'
0.018315 Gtype    b'postag:CD'
0.017750 O        b'-1:postag:-RRB-'
0.016396 Gtype    b'lemma:\xce\xb4arca'
0.016292 Med      b'+1:postag:NNS'
0.015988 pH       b'-1:postag:JJ'
0.015744 O        b'-1:lemma:25'
0.014653 O        b'-1:lemma:od600'
0.014128 O        b'+1:postag:VBG'
0.012982 O        b'lemma:edta'
0.012877 Gversion b'-1:postag:NN'
0.011255 O        b'lemma:95'
0.010637 O        b'-1:lemma:,1.2'
0.010637 O        b'+1:lemma:kcl'
0.010005 O        b'hUpper'
0.009468 O        b'+1:lemma:with'
0.009068 O        b'+1:lemma:lysate'
0.008870 O        b'+1:lemma:anaerobically'
0.007853 O        b'lemma:period'
0.006867 O        b'-1:lemma:either'
0.006754 O        b'-1:lemma:b1'
0.006641 Gversion b'+1:postag:NN'
0.005704 O        b'-1:lemma:w/v'
0.005531 O        b'+1:lemma:of'
0.004851 O        b'+1:lemma:10'
0.004766 O        b'+1:lemma:edta'
0.004252 O        b'-1:postag:DT'
0.004041 O        b'lemma:.0.0'
0.004041 O        b'-1:lemma:v1'
0.003806 Supp     b'lemma:250'
0.003208 O        b'-1:lemma:\xce\xb4fnr'
0.003171 Supp     b'+1:postag:SYM'
0.002965 Supp     b'-1:postag:NN'
0.002756 Supp     b'+1:postag:NNP'
0.002057 Temp     b'symb'
0.001836 O        b'lemma:saline'
0.001829 O        b'-1:lemma:anaerobically'
0.001560 O        b'+1:lemma:dtt'
0.001255 O        b'+1:lemma:rrna'
0.001030 O        b'lemma:sepharose'
0.001030 O        b'+1:lemma:protein'
0.001024 Air      b'postag:-LRB-'
0.000941 Supp     b'+1:lemma:media'
0.000818 O        b'+1:lemma:co2'
0.000773 O        b'lemma:neg'
0.000708 pH       b'hUpper'
0.000474 O        b'-1:lemma:kcl'
0.000451 O        b'lemma:1/100'
0.000451 O        b'+1:lemma:vol'
0.000425 Gtype    b'lemma:rpoh'
0.000424 O        b'lemma:harvest'
0.000373 Med      b'+1:lemma:.'
0.000373 Med      b'+1:postag:.'
0.000367 O        b'lemma:subsequently'
0.000196 O        b'-1:lemma:subsequently'
0.000066 O        b'+1:lemma:wild'
0.000066 O        b'lemma:e.g.'
0.000030 O        b'+1:lemma:po'
0.000009 O        b'+1:lemma:et'
0.000003 O        b'-1:lemma:tritonx-100'
0.000001 O        b'+1:lemma:escherichia'
0.000000 Gtype    b'lemma:lacx74/ptg2'
0.000000 O        b'-1:lemma:agitation'
-0.000004 Gtype    b'-1:postag:NNS'
-0.000050 O        b'-1:lemma:ihf'
-0.000170 OD       b'hGreek'
-0.000292 Med      b'-1:postag:NNP'
-0.000415 Supp     b'-1:lemma:8'
-0.000520 O        b'-1:lemma:\xce\xb4soxr'
-0.000778 Supp     b'-1:lemma:300'
-0.000830 O        b'-1:lemma:in'
-0.001105 Air      b'lemma:-rrb-'
-0.001267 Med      b'-1:lemma:MOPS'
-0.001293 O        b'+1:lemma:phosphate'
-0.004401 O        b'+1:postag:CD'
-0.005334 Air      b'postag:CC'
-0.005789 Supp     b'lemma:10'
-0.007419 O        b'-1:lemma:pre-cleared'
-0.008504 O        b'lemma:phosphate'
-0.009283 O        b'+1:lemma:o2'
-0.009352 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.010565 O        b'-1:lemma:\xce\xb4soxs'
-0.010834 O        b'-1:lemma:70'
-0.013088 Air      b'postag:-RRB-'
-0.013938 Supp     b'-1:lemma:Fe'
-0.014820 Supp     b'hUpper'
-0.017092 O        b'lemma:7.6'
-0.017092 O        b'+1:lemma:;'
-0.018064 pH       b'postag:NN'
-0.019376 Supp     b'lemma:mm'
-0.020089 O        b'lemma:5'
-0.020591 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.023025 Supp     b'postag:VBN'
-0.025574 Supp     b'-1:lemma:the'
-0.027028 Gtype    b'+1:postag:-RRB-'
-0.028877 Gtype    b'-1:lemma:-lrb-'
-0.031794 OD       b'+1:lemma:.'
-0.031794 OD       b'+1:postag:.'
-0.032326 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.034612 O        b'lemma:25'
-0.037407 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.037718 Gtype    b'postag:NNS'
-0.038639 O        b'-1:postag:VBG'
-0.039708 Technique b'hGreek'
-0.046836 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.049522 O        b'+1:lemma:.'
-0.049522 O        b'+1:postag:.'
-0.049918 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.051286 O        b'-1:postag:IN'
-0.051397 O        b'-1:lemma:k-12'
-0.052427 O        b'lemma:0.1'
-0.055741 OD       b'lemma:='
-0.059326 Technique b'postag:NN'
-0.059995 O        b'lemma:sodium'
-0.062775 Gtype    b'lemma:control'
-0.062847 O        b'lemma:paraquat'
-0.064273 O        b'lemma:final'
-0.067224 O        b'lemma:n2'
-0.068153 O        b'+1:lemma:-lcb-'
-0.070849 O        b'+1:lemma:delta'
-0.071704 O        b'-1:lemma:harbor'
-0.074451 O        b'+1:postag:IN'
-0.075013 Substrain b'hGreek'
-0.078015 O        b'lemma:70'
-0.078620 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.079264 Gtype    b'+1:lemma:glucose'
-0.081078 O        b'-1:lemma:affinity'
-0.081729 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.082145 O        b'+1:lemma:70'
-0.082344 O        b'+1:postag:FW'
-0.082576 O        b'-1:lemma:of'
-0.085275 Technique b'+1:postag:-RRB-'
-0.093653 O        b'-1:lemma:%'
-0.099380 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
-0.100949 Supp     b'+1:lemma:final'
-0.101844 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.105223 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.105238 O        b'lemma:phase'
-0.105817 O        b'lemma:8'
-0.107414 O        b'-1:lemma:cra'
-0.108683 O        b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
-0.108813 Supp     b'lemma:and'
-0.114080 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.114112 Technique b'+1:postag:JJ'
-0.114202 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.116980 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.123007 O        b'+1:lemma:ph'
-0.123582 Gtype    b'lemma:_'
-0.123789 O        b'lemma:\xc3\x9f'
-0.127575 Supp     b'lemma:.'
-0.127575 Supp     b'postag:.'
-0.134896 O        b'+1:lemma:25'
-0.136100 O        b'+1:lemma:strain'
-0.139526 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.141254 O        b'lemma:deletion'
-0.142230 O        b'+1:lemma:5'
-0.143218 Anti     b'-1:postag:CD'
-0.146259 O        b'lemma:lb'
-0.146573 Gtype    b'+1:lemma:b'
-0.146969 Med      b'+1:lemma:m9'
-0.147287 O        b'-1:lemma:~'
-0.149488 Supp     b'postag::'
-0.149502 Med      b'hGreek'
-0.151007 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.153385 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.154364 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.160861 OD       b'lemma:2.0'
-0.165225 O        b'lemma:co2'
-0.169781 O        b'lemma:;'
-0.169781 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.171617 Air      b'+1:postag:NNS'
-0.172915 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.174611 O        b'+1:lemma:fnr'
-0.175960 Supp     b'-1:lemma:in'
-0.176178 Air      b'postag:CD'
-0.176348 pH       b'hGreek'
-0.177073 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.179053 Supp     b'+1:lemma:of'
-0.181674 O        b'+1:lemma:mutant'
-0.181843 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.183534 O        b'lemma:dpd'
-0.184510 O        b'+1:lemma:deletion'
-0.184584 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.184584 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.186056 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.187232 Air      b'postag:NNP'
-0.188368 Agit     b'postag:NN'
-0.192942 O        b'-1:lemma:um'
-0.192942 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.194926 Gversion b'hGreek'
-0.196273 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.199570 O        b'lemma:o2'
-0.200872 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.203268 O        b'+1:lemma:rna'
-0.204556 Med      b'postag:-LRB-'
-0.210281 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.210281 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.211137 O        b'+1:lemma:until'
-0.212049 O        b'lemma:hour'
-0.212886 O        b'-1:lemma:control'
-0.215168 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.219786 O        b'lemma:rna'
-0.222391 O        b'-1:lemma:.'
-0.222391 O        b'-1:postag:.'
-0.224825 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.227837 Phase    b'postag:JJ'
-0.228076 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.230696 Gtype    b'postag:NNP'
-0.234684 Vess     b'symb'
-0.236722 Supp     b'postag:NNS'
-0.239536 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.239583 O        b'+1:lemma:purify'
-0.240385 O        b'-1:lemma:the'
-0.240634 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.241074 O        b'-1:lemma:gade'
-0.244253 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.244348 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.245067 Phase    b'hGreek'
-0.246063 O        b'lemma:mutant'
-0.253404 OD       b'+1:lemma:2.0'
-0.256675 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.257957 O        b'-1:lemma:with'
-0.259901 O        b'-1:lemma:n2'
-0.260005 Anti     b'postag:CD'
-0.261696 Agit     b'hLower'
-0.262106 Gversion b'symb'
-0.266822 O        b'-1:lemma:gadw'
-0.270193 Temp     b'postag:NN'
-0.270511 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.271094 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.271306 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.274341 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.274444 O        b'+1:postag:DT'
-0.274592 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.275218 O        b'-1:lemma:deletion'
-0.275227 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.276346 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.279349 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.279357 O        b'+1:postag:VB'
-0.280243 O        b'+1:lemma:media'
-0.281963 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.281963 Supp     b'-1:postag:.'
-0.282953 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.290724 O        b'lemma:od600'
-0.294196 O        b'+1:lemma:gade'
-0.294786 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.299704 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.304328 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.305246 Gtype    b'-1:postag:CC'
-0.305350 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.308728 Supp     b'lemma:300'
-0.310697 O        b'+1:lemma:gadw'
-0.319345 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.327202 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.334575 O        b'+1:lemma:pk4854'
-0.334632 Supp     b'lemma:2'
-0.343794 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.346599 O        b'-1:lemma:purify'
-0.348598 O        b'+1:lemma:95'
-0.354902 O        b'+1:lemma:from'
-0.356525 O        b'+1:lemma:the'
-0.358081 O        b'+1:lemma:min'
-0.359031 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.366666 Supp     b'lemma:,'
-0.366666 Supp     b'postag:,'
-0.367081 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.370462 Gtype    b'postag:VBG'
-0.371642 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.376430 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-0.379174 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.379213 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.379911 O        b'lemma:fecl2'
-0.379984 Supp     b'+1:postag::'
-0.380096 O        b'+1:lemma:_'
-0.381379 Air      b'-1:postag:CC'
-0.386382 O        b'postag:RB'
-0.393706 O        b'lemma:m'
-0.395200 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.400361 Gtype    b'+1:postag:-LRB-'
-0.401794 O        b'+1:lemma:b'
-0.403010 Substrain b'hLower'
-0.406308 O        b'lemma:150'
-0.406308 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.406367 O        b'+1:lemma:contain'
-0.407393 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.411627 O        b'+1:lemma:sample'
-0.412393 Med      b'-1:postag:IN'
-0.414916 Med      b'+1:postag:IN'
-0.419725 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.431873 O        b'+1:lemma:%'
-0.435901 O        b'lemma:1m'
-0.438713 O        b'+1:lemma:~'
-0.440601 O        b'-1:lemma:o2'
-0.443728 Med      b'-1:postag:NN'
-0.447893 O        b'lemma:dissolve'
-0.455268 Supp     b'postag:CC'
-0.456594 O        b'-1:lemma:from'
-0.461673 O        b'lemma:m63'
-0.469039 Gversion b'hLower'
-0.471077 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.478135 O        b'lemma:purify'
-0.486417 O        b'-1:lemma:1m'
-0.487700 Supp     b'postag:IN'
-0.492416 Anti     b'postag:NNP'
-0.494563 Gtype    b'-1:lemma:fur'
-0.500931 Med      b'-1:postag:CD'
-0.504296 O        b'+1:lemma:m'
-0.506301 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.526428 O        b'-1:lemma:mm'
-0.530720 Temp     b'hGreek'
-0.556815 O        b'lemma:acetate'
-0.564085 O        b'lemma:ph'
-0.565086 O        b'lemma:pahse'
-0.565919 Gtype    b'postag::'
-0.573287 O        b'lemma:mid-log'
-0.575845 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.581535 Med      b'+1:postag:NN'
-0.583336 O        b'-1:lemma:rna'
-0.594899 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.595285 O        b'+1:lemma:300'
-0.623792 O        b'-1:lemma:delta'
-0.659953 Supp     b'postag:CD'
-0.666173 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.677583 Phase    b'symb'
-0.683856 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.687572 Technique b'-1:lemma::'
-0.690550 O        b'hGreek'
-0.691296 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.692252 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.696250 Air      b'-1:lemma::'
-0.701280 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.702336 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.710053 O        b'lemma:250'
-0.713826 O        b'lemma:glucose'
-0.715464 O        b'-1:lemma:37'
-0.720202 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.722501 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.724997 O        b'lemma:methanol'
-0.729095 Med      b'postag:CD'
-0.731797 O        b'-1:lemma:final'
-0.743641 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.752313 O        b'lemma:fructose'
-0.754498 Temp     b'hLower'
-0.763228 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.763337 Technique b'-1:postag::'
-0.766656 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.783347 O        b'lemma:sample'
-0.785526 pH       b'symb'
-0.786105 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.786105 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.786664 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.796026 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.796342 O        b'-1:lemma:contain'
-0.798685 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.804651 OD       b'hLower'
-0.819329 O        b'lemma:20'
-0.842107 O        b'+1:lemma:at'
-0.847333 O        b'+1:lemma:genome'
-0.852289 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.855546 OD       b'hUpper'
-0.888520 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.902920 O        b'-1:lemma:ph'
-0.910034 O        b'+1:lemma:mm'
-0.917839 O        b'-1:lemma:m'
-0.929727 Med      b'hLower'
-0.938568 O        b'lemma:nacl'
-0.944034 O        b'-1:lemma:1'
-0.944567 O        b'lemma:nh4cl'
-0.947479 O        b'-1:lemma:30'
-0.949785 O        b'-1:lemma:250'
-0.961484 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.973928 O        b'lemma:minimal'
-1.020015 O        b'lemma:aerobic'
-1.046026 O        b'+1:lemma:1m'
-1.049857 O        b'lemma:anaerobic'
-1.050457 O        b'lemma:nitrate'
-1.071417 Vess     b'hUpper'
-1.096641 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.096813 Agit     b'hUpper'
-1.099295 O        b'lemma:0.3'
-1.116313 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.126159 O        b'lemma:37'
-1.129146 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-1.131348 O        b'-1:lemma:IP'
-1.137467 OD       b'+1:postag:NN'
-1.147808 Supp     b'+1:lemma:,'
-1.147808 Supp     b'+1:postag:,'
-1.154801 Gtype    b'symb'
-1.157063 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.158614 O        b'+1:lemma:in'
-1.160466 O        b'lemma:medium'
-1.163426 O        b'+1:lemma:+'
-1.163734 O        b'lemma:30'
-1.164020 O        b'-1:lemma:until'
-1.192975 O        b'-1:postag::'
-1.206069 Strain   b'hLower'
-1.216788 O        b'lemma:of'
-1.306583 O        b'-1:lemma:ml'
-1.319486 O        b'-1:lemma:fresh'
-1.370041 O        b'-1:lemma:sample'
-1.412456 O        b'-1:lemma:2'
-1.441757 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.466248 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-1.503274 Air      b'postag:NN'
-1.527819 Supp     b'postag:JJ'
-1.539318 O        b'+1:lemma:hour'
-1.551155 Supp     b'hGreek'
-1.558625 O        b'lemma:media'
-1.571616 Strain   b'symb'
-1.579767 O        b'-1:lemma:co2'
-1.594955 O        b'+1:lemma:1'
-1.603109 O        b'lemma:wt'
-1.649607 Temp     b'+1:lemma:with'
-1.748882 O        b'+1:lemma:2'
-1.785700 O        b'-1:lemma:vol'
-1.901436 O        b'lemma:rifampicin'
-2.267149 O        b'lemma:aerobically'
-2.370640 Phase    b'hUpper'
-2.454585 Technique b'symb'
-3.095972 O        b'-1:lemma:_'
-3.220715 O        b'-1:lemma::'