********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70.txt

best params:{'c1': 0.17555398242003323, 'c2': 0.0008367558417380293}
best CV score:0.8636034196474707
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7624930609829998
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.818     0.900        22
         pH      1.000     1.000     1.000         8
  Technique      0.955     0.913     0.933        23
        Med      1.000     0.925     0.961        53
       Temp      1.000     0.690     0.816        29
       Vess      1.000     1.000     1.000         1
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      0.882     1.000     0.938        15
        Air      0.543     0.362     0.435        69
       Anti      0.786     1.000     0.880        11
     Strain      0.000     0.000     0.000         1
      Gtype      0.873     0.812     0.841        85
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.627     0.791     0.700       134
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.782     0.761     0.762       451


Top likely transitions:
Temp   -> Temp    6.236783
Agit   -> Agit    5.977368
Supp   -> Supp    5.723953
Med    -> Med     5.445232
Anti   -> Anti    5.324268
OD     -> OD      5.311513
Phase  -> Phase   4.992339
O      -> O       4.981091
Gtype  -> Gtype   4.717730
Gversion -> Gversion 4.330989
Air    -> Air     4.201627
Technique -> Technique 3.925712
pH     -> pH      2.615370
O      -> Supp    1.837983
Substrain -> Gtype   1.799206
O      -> Technique 1.591877
Gtype  -> Supp    1.476534
O      -> Gtype   1.337075
Air    -> O       1.306525
O      -> Temp    0.991053
Supp   -> O       0.824285
Temp   -> O       0.739357
O      -> Phase   0.680154
Gtype  -> pH      0.472477
Med    -> O       0.436738
Gtype  -> Air     0.397033
O      -> Anti    0.333293
O      -> Gversion 0.293983
Phase  -> O       0.274110
O      -> Med     0.270711
O      -> pH      0.265830
Technique -> Air     0.239225
O      -> OD      0.208609
OD     -> O       0.168573
Anti   -> O       0.047017
Strain -> O       0.043724
Technique -> Gtype   -0.000116
Gtype  -> Anti    -0.013188
Technique -> O       -0.023355
Supp   -> Med     -0.155280
Gtype  -> Med     -0.630390
Gtype  -> O       -0.667165
O      -> Air     -0.778473
Phase  -> OD      -1.117260
Med    -> Supp    -1.179521
Substrain -> O       -1.530930


Top unlikely transitions:
Temp   -> Temp    6.236783
Agit   -> Agit    5.977368
Supp   -> Supp    5.723953
Med    -> Med     5.445232
Anti   -> Anti    5.324268
OD     -> OD      5.311513
Phase  -> Phase   4.992339
O      -> O       4.981091
Gtype  -> Gtype   4.717730
Gversion -> Gversion 4.330989
Air    -> Air     4.201627
Technique -> Technique 3.925712
pH     -> pH      2.615370
O      -> Supp    1.837983
Substrain -> Gtype   1.799206
O      -> Technique 1.591877
Gtype  -> Supp    1.476534
O      -> Gtype   1.337075
Air    -> O       1.306525
O      -> Temp    0.991053
Supp   -> O       0.824285
Temp   -> O       0.739357
O      -> Phase   0.680154
Gtype  -> pH      0.472477
Med    -> O       0.436738
Gtype  -> Air     0.397033
O      -> Anti    0.333293
O      -> Gversion 0.293983
Phase  -> O       0.274110
O      -> Med     0.270711
O      -> pH      0.265830
Technique -> Air     0.239225
O      -> OD      0.208609
OD     -> O       0.168573
Anti   -> O       0.047017
Strain -> O       0.043724
Technique -> Gtype   -0.000116
Gtype  -> Anti    -0.013188
Technique -> O       -0.023355
Supp   -> Med     -0.155280
Gtype  -> Med     -0.630390
Gtype  -> O       -0.667165
O      -> Air     -0.778473
Phase  -> OD      -1.117260
Med    -> Supp    -1.179521
Substrain -> O       -1.530930


Top positive:
10.045367 Supp     b'lemma:Iron'
9.100880 O        b'lemma:_'
8.242002 Strain   b'+1:lemma:substr'
8.132268 O        b'lemma:Custom'
7.734397 Air      b'lemma:anaerobic'
7.632513 Med      b'lemma:MOPS'
7.625936 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.390329 O        b'lemma:-'
7.321441 Phase    b'lemma:exponential'
7.321441 Phase    b'lemma:stationary'
7.253404 O        b'lemma:2'
7.222756 Supp     b'lemma:pq'
7.207380 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
7.155349 Air      b'lemma:aerobic'
6.813539 Gtype    b'lemma:wt'
6.702581 Technique b'lemma:chipseq'
6.645365 O        b'lemma:rpob'
6.639496 Phase    b'lemma:mid-log'
6.639111 Gtype    b'lemma:type'
6.622009 Air      b'lemma:Aerobic'
6.527859 O        b'lemma:3'
6.516390 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.499705 O        b'lemma:1'
6.263452 O        b'-1:lemma:tag'
6.173201 O        b'lemma:b'
6.155179 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
6.024948 Gversion b'lemma:asm584v2'
6.012376 Gtype    b'lemma:wild-type'
5.936435 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.737282 O        b'lemma:Cra'
5.711321 O        b'lemma:a'
5.696390 Gversion b'lemma:nc'
5.639739 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.639739 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.628162 O        b'lemma:rep1'
5.614254 O        b'lemma:rep3'
5.494137 Gtype    b'+1:lemma:type'
5.430135 Supp     b'lemma:nacl'
5.262704 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.943606 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.865297 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.856195 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.812215 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.661623 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.591681 Technique b'lemma:rna-seq'
4.567002 O        b'+1:lemma:pq'
4.496950 O        b'-1:lemma:type'
4.491357 OD       b'lemma:od450'
4.482197 O        b'postag:IN'
4.479634 Supp     b'lemma:acetate'
4.472507 Med      b'-1:lemma:ml'
4.471210 Gtype    b'lemma:dfnr'
4.467873 Supp     b'lemma:nitrate'
4.378040 Technique b'lemma:rnaseq'
4.342911 O        b'lemma:ompr'
4.332518 Supp     b'-1:lemma:+'
4.328989 Supp     b'lemma:glucose'
4.308726 O        b'lemma:chip'
4.302072 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.273847 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
4.190264 Gtype    b'lemma:pk4854'
4.098705 Anti     b'lemma:none'
4.079404 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.957229 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
3.956003 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.953278 Agit     b'+1:lemma:rpm'
3.941726 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.907768 Technique b'lemma:chip-seq'
3.905761 Agit     b'lemma:rpm'
3.904057 Supp     b'-1:lemma:with'
3.875117 O        b'lemma:with'
3.849561 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.837199 Strain   b'lemma:k-12'
3.821133 O        b'-1:lemma:0.3'
3.819067 Substrain b'lemma:mg1655'
3.801355 Air      b'postag:RB'
3.742394 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.723431 O        b'lemma:.'
3.723431 O        b'postag:.'
3.712638 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.706468 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.704888 O        b'-1:lemma:lb'
3.700597 O        b'postag:VBN'
3.687731 Med      b'lemma:lb'
3.613975 O        b'lemma:rep2'
3.608532 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.574989 Temp     b'+1:lemma:in'
3.569955 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.550905 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.528303 Anti     b'lemma:seqa'
3.503539 Supp     b'lemma:Fe'
3.492004 Supp     b'lemma:no3'
3.441556 O        b'postag::'
3.422006 O        b'lemma:s'
3.421977 Air      b'-1:lemma:-'
3.409494 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.369142 Supp     b'lemma:Leu'
3.366238 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.352237 pH       b'lemma:5.5'
3.322800 Supp     b'lemma:dpd'
3.313361 O        b'postag:CC'
3.300844 Air      b'lemma:anaerobically'
3.294952 O        b'-1:lemma:glucose'
3.283475 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.272195 Gversion b'lemma:000913'
3.262789 Air      b'lemma:aerobically'
3.220393 Temp     b'-1:lemma:43'
3.217440 Temp     b'lemma:43'
3.214588 O        b'+1:lemma:arca-8myc'
3.198442 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.188606 O        b'+1:lemma:250'
3.187173 O        b'lemma:harbor'
3.185320 Gversion b'lemma:u00096'
3.185320 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.175362 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
3.172542 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
3.170170 Supp     b'lemma:Adenine'
3.164012 Supp     b'lemma:arginine'
3.136227 O        b'postag:VBG'
3.104172 Med      b'+1:lemma:2.0'
3.096505 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.074944 Technique b'-1:lemma:IP'
3.067448 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.065444 Med      b'lemma:L'
3.065444 Med      b'+1:lemma:broth'
3.060118 O        b'lemma:CEL'
3.054281 O        b'+1:lemma:coli'
3.051410 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
3.034615 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.029536 Air      b'lemma:anaeroibc'
3.023155 Substrain b'lemma:mg1655star'
3.019933 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.995596 O        b'+1:lemma:acetate'
2.984619 Gversion b'-1:lemma:nc'
2.925612 Vess     b'lemma:flask'
2.925612 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.899963 O        b'-1:lemma:into'
2.891018 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.890525 O        b'+1:lemma:od600'
2.858430 Supp     b'-1:lemma:vol'
2.849587 Supp     b'+1:lemma:1'
2.828369 pH       b'lemma:ph5'
2.828369 pH       b'+1:lemma:.5'
2.824538 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.822954 O        b'lemma:ml'
2.817516 Med      b'lemma:m63'
2.799830 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.787598 Gtype    b'-1:lemma:delta'
2.779697 Supp     b'lemma:fructose'
2.767969 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.763373 Med      b'lemma:minimal'
2.743566 Gversion b'lemma:.2'
2.743566 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.740028 O        b'lemma:at'
2.726573 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.723830 Med      b'lemma:media'
2.690230 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.654749 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.599977 Temp     b'-1:lemma:37'
2.596352 Supp     b'+1:lemma:mm'
2.585123 O        b'lemma:genotype/variation'
2.571508 pH       b'+1:lemma:5.5'
2.562718 O        b'+1:postag:RB'
2.562005 Med      b'lemma:broth'
2.562005 Med      b'-1:lemma:L'
2.554222 O        b'+1:postag:NNP'
2.535600 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.518199 pH       b'+1:postag:CD'
2.518124 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.491187 Supp     b'-1:lemma:sodium'
2.469590 Gtype    b'-1:postag:VBG'
2.467682 O        b'lemma::'
2.457707 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.438605 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.431369 O        b'lemma:delta'
2.383985 O        b'-1:lemma:rpm'
2.377086 O        b'lemma:condition'
2.376152 Gtype    b'-1:lemma:factor'
2.371623 Med      b'-1:lemma:fresh'
2.370677 O        b'lemma:agitation'
2.284942 O        b'-1:lemma:l1'
2.275556 Supp     b'lemma:2h'
2.275556 Supp     b'-1:lemma:additional'
2.274947 Phase    b'lemma:phase'
2.266504 Gtype    b'+1:postag::'
2.261288 Supp     b'+1:lemma:2'
2.260087 O        b'lemma:culture'
2.253128 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.230044 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.230044 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.227831 O        b'+1:lemma:or'
2.192592 O        b'+1:lemma:sparging'
2.165330 O        b'lemma:chip-arca'
2.117423 Gtype    b'lemma:ptac'
2.114952 Temp     b'lemma:37'
2.108020 Med      b'-1:lemma:glucose'
2.104393 Supp     b'+1:lemma:_'
2.087736 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.077989 Vess     b'+1:lemma:at'
2.059857 Phase    b'-1:lemma:until'


Top negative:
0.000742 Supp     b'postag::'
0.000442 Air      b'-1:lemma:phase'
0.000211 Supp     b'lemma:,'
0.000211 Supp     b'postag:,'
0.000137 O        b'+1:postag:CD'
0.000131 Supp     b'lemma:;'
0.000131 Supp     b'-1:lemma:7.6'
0.000123 Air      b'lemma:-lrb-'
0.000116 Air      b'postag:-LRB-'
0.000115 Temp     b'postag:CD'
0.000114 Air      b'lemma:95'
0.000098 O        b'lemma:IP'
0.000087 Supp     b'+1:lemma:10'
0.000082 Air      b'+1:postag:CC'
0.000081 O        b'+1:lemma:phase'
0.000081 Air      b'+1:lemma:n2'
0.000068 Air      b'-1:lemma:and'
0.000067 O        b'lemma:dpd'
0.000062 Temp     b'-1:postag:IN'
0.000059 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
0.000058 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.000057 Air      b'postag:CC'
0.000036 Supp     b'lemma:m'
0.000028 Med      b'+1:postag:VBG'
0.000020 Gversion b'-1:postag::'
0.000008 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.000007 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.000001 O        b'+1:lemma:anti-fur'
-0.000004 O        b'+1:lemma:contain'
-0.000005 O        b'+1:lemma:7.6'
-0.000018 O        b'-1:lemma:95'
-0.000026 O        b'-1:lemma:anaerobically'
-0.000028 O        b'lemma:m'
-0.000035 O        b'lemma:co2'
-0.000041 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.000044 O        b'lemma:n2'
-0.000052 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.000060 O        b'lemma:;'
-0.000060 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.000139 O        b'+1:lemma:95'
-0.000142 O        b'lemma:phase'
-0.000218 O        b'lemma:7.6'
-0.000218 O        b'+1:lemma:;'
-0.000325 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.000388 Med      b'postag:JJ'
-0.000590 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.000903 O        b'lemma:fecl2'
-0.001037 Med      b'-1:postag:CD'
-0.002018 OD       b'postag:NN'
-0.002219 O        b'-1:postag:DT'
-0.002619 Agit     b'-1:postag:NN'
-0.002670 Agit     b'postag:NN'
-0.002713 Supp     b'-1:lemma:,'
-0.002713 Supp     b'-1:postag:,'
-0.002864 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.004052 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.005593 O        b'lemma:%'
-0.005800 Supp     b'+1:lemma:of'
-0.006031 O        b'-1:postag:-RRB-'
-0.006630 Supp     b'lemma:and'
-0.008960 O        b'+1:lemma:5'
-0.009041 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.010663 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.011765 O        b'+1:lemma:for'
-0.012164 Gtype    b'+1:postag:CD'
-0.013897 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.017334 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.017694 Gtype    b'postag:VBG'
-0.017980 O        b'lemma:dissolve'
-0.019810 O        b'+1:lemma:co2'
-0.022198 Supp     b'-1:lemma:10'
-0.025394 Med      b'-1:postag:NN'
-0.025755 Air      b'-1:postag:CC'
-0.043211 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.043211 Supp     b'-1:postag:.'
-0.051959 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.055702 O        b'-1:lemma:with'
-0.063942 Supp     b'lemma:mm'
-0.068985 Technique b'postag:NN'
-0.073087 Air      b'postag:CD'
-0.077219 O        b'lemma:1m'
-0.080485 O        b'-1:lemma:~'
-0.085050 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.092426 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.092628 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.096816 Gtype    b'postag:CD'
-0.119110 O        b'lemma:aerobic'
-0.126644 O        b'-1:lemma:of'
-0.131761 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.134231 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.136658 O        b'+1:lemma:%'
-0.141146 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.144992 O        b'+1:lemma:ph'
-0.157744 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.157765 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.163999 O        b'lemma:wt'
-0.189704 O        b'+1:lemma:fnr'
-0.198314 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.216819 Technique b'-1:lemma::'
-0.221198 O        b'-1:lemma:from'
-0.226083 Med      b'postag:CD'
-0.230714 O        b'-1:lemma:until'
-0.237769 Supp     b'postag:NN'
-0.242723 O        b'-1:lemma:m'
-0.263854 O        b'-1:lemma:1m'
-0.266928 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.269887 O        b'lemma:od600'
-0.286157 Supp     b'postag:CD'
-0.303058 Supp     b'lemma:10'
-0.318379 O        b'lemma:37'
-0.338883 O        b'lemma:medium'
-0.349993 Supp     b'postag:CC'
-0.363924 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.367167 O        b'+1:lemma:.'
-0.367167 O        b'+1:postag:.'
-0.369526 O        b'-1:postag:IN'
-0.374776 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.396666 O        b'lemma:minimal'
-0.401132 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-0.401200 O        b'lemma:20'
-0.413658 O        b'+1:lemma:+'
-0.420906 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.422140 O        b'-1:lemma:37'
-0.449399 O        b'-1:lemma:final'
-0.475371 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.479924 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.482195 Med      b'+1:postag:NN'
-0.502676 Med      b'-1:postag:IN'
-0.510386 O        b'lemma:aerobically'
-0.534746 O        b'lemma:ph'
-0.537042 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.553037 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.562667 Supp     b'+1:lemma:fructose'
-0.579922 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.590146 Air      b'-1:lemma:or'
-0.593093 O        b'lemma:mid-log'
-0.607111 O        b'-1:lemma:n2'
-0.610949 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.623891 O        b'-1:lemma:cra'
-0.632807 pH       b'postag:NN'
-0.636218 O        b'lemma:nitrogen'
-0.650697 Technique b'-1:postag::'
-0.667765 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.674159 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.694197 O        b'-1:lemma:co2'
-0.701703 O        b'-1:lemma:ml'
-0.713992 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.749394 O        b'-1:lemma:mm'
-0.789720 O        b'lemma:2h'
-0.789720 O        b'-1:lemma:additional'
-0.820603 O        b'+1:lemma:until'
-0.839385 O        b'lemma:methanol'
-0.843808 O        b'lemma:anaerobically'
-0.860222 O        b'-1:lemma:delta'
-0.871696 O        b'+1:lemma:1m'
-0.880227 O        b'+1:postag:IN'
-0.923850 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.934662 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.987240 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.987424 O        b'-1:postag::'
-1.031889 O        b'lemma:media'
-1.050292 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.050292 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.063258 O        b'+1:lemma:at'
-1.121215 O        b'-1:lemma:ph'
-1.124241 Supp     b'-1:postag:NNP'
-1.124243 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.178115 Anti     b'postag:NNP'
-1.210563 O        b'lemma:of'
-1.231717 O        b'+1:lemma:mm'
-1.234806 Air      b'postag:NN'
-1.361331 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.388315 O        b'+1:postag:VBG'
-1.395520 O        b'postag:VBP'
-1.437329 Temp     b'postag:NN'
-1.497705 O        b'-1:lemma:30'
-1.515627 Phase    b'-1:postag:JJ'
-1.587348 O        b'-1:lemma:fresh'
-1.648330 O        b'-1:lemma:sample'
-1.699219 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.725672 O        b'+1:lemma:1'
-1.740394 O        b'lemma:30'
-1.747868 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-1.758948 O        b'-1:lemma:IP'
-1.840034 Supp     b'+1:lemma:,'
-1.840034 Supp     b'+1:postag:,'
-1.883643 Phase    b'postag:JJ'
-1.897236 O        b'-1:lemma:2'
-1.932081 OD       b'+1:postag:NN'
-1.999100 O        b'lemma:rifampicin'
-2.008414 O        b'+1:lemma:in'
-2.134731 O        b'-1:lemma:1'
-2.149272 Supp     b'postag:JJ'
-2.244551 O        b'lemma:0.3'
-2.273539 O        b'+1:lemma:2'
-2.385609 O        b'-1:postag:VBG'
-2.393117 O        b'-1:lemma:vol'
-2.614797 Temp     b'+1:postag:IN'
-4.634459 O        b'-1:lemma:_'
-4.978327 O        b'-1:lemma::'