********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.29457600411613616, 'c2': 0.0017589762043383245}
best CV score:0.8078796055237475
model size: 0.05M

Flat F1: 0.7794612343667667
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      1.000     0.737     0.848        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.848     0.792     0.820       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.796     0.662     0.723       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.861     0.727     0.779       480


Top likely transitions:
OD     -> OD      6.390430
Agit   -> Agit    6.117830
Temp   -> Temp    5.690422
Anti   -> Anti    5.526528
Med    -> Med     5.389776
Gtype  -> Gtype   5.136395
Air    -> Air     4.861639
Gversion -> Gversion 4.681583
Technique -> Technique 4.547400
O      -> O       4.328164
Supp   -> Supp    4.275170
Phase  -> Phase   3.947478
O      -> Supp    2.168179
Gtype  -> Supp    2.126815
pH     -> pH      1.951624
O      -> Technique 1.752428
O      -> Gtype   1.686100
Air    -> O       1.391236
Substrain -> Gtype   0.941140
O      -> Anti    0.799854
Med    -> O       0.671251
O      -> Temp    0.557904
O      -> Gversion 0.509095
Technique -> Air     0.285589
Gtype  -> pH      0.187722
Temp   -> O       0.127072
Supp   -> O       0.081093
O      -> OD      0.056972
Gtype  -> Air     0.021236
O      -> Med     0.002225
OD     -> Phase   0.001636
OD     -> Med     -0.056726
Technique -> O       -0.084720
Gtype  -> Anti    -0.290184
Gtype  -> O       -0.349078
Gtype  -> OD      -0.351477
OD     -> O       -0.547705
O      -> Air     -0.672320
Supp   -> Med     -0.757781
Substrain -> O       -0.945716
Phase  -> OD      -0.974380
Agit   -> O       -1.057441
Med    -> Supp    -1.117202


Top unlikely transitions:
OD     -> OD      6.390430
Agit   -> Agit    6.117830
Temp   -> Temp    5.690422
Anti   -> Anti    5.526528
Med    -> Med     5.389776
Gtype  -> Gtype   5.136395
Air    -> Air     4.861639
Gversion -> Gversion 4.681583
Technique -> Technique 4.547400
O      -> O       4.328164
Supp   -> Supp    4.275170
Phase  -> Phase   3.947478
O      -> Supp    2.168179
Gtype  -> Supp    2.126815
pH     -> pH      1.951624
O      -> Technique 1.752428
O      -> Gtype   1.686100
Air    -> O       1.391236
Substrain -> Gtype   0.941140
O      -> Anti    0.799854
Med    -> O       0.671251
O      -> Temp    0.557904
O      -> Gversion 0.509095
Technique -> Air     0.285589
Gtype  -> pH      0.187722
Temp   -> O       0.127072
Supp   -> O       0.081093
O      -> OD      0.056972
Gtype  -> Air     0.021236
O      -> Med     0.002225
OD     -> Phase   0.001636
OD     -> Med     -0.056726
Technique -> O       -0.084720
Gtype  -> Anti    -0.290184
Gtype  -> O       -0.349078
Gtype  -> OD      -0.351477
OD     -> O       -0.547705
O      -> Air     -0.672320
Supp   -> Med     -0.757781
Substrain -> O       -0.945716
Phase  -> OD      -0.974380
Agit   -> O       -1.057441
Med    -> Supp    -1.117202


Top positive:
9.784769 O        b'lemma:_'
8.777655 Air      b'lemma:anaerobic'
7.930641 Air      b'lemma:aerobic'
7.220796 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.196554 O        b'lemma:1'
7.103993 Phase    b'lemma:stationary'
6.998968 O        b'lemma:rpob'
6.988146 Supp     b'lemma:Iron'
6.971195 Supp     b'lemma:nitrate'
6.730326 Med      b'lemma:MOPS'
6.729792 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.615444 Gtype    b'lemma:type'
6.497802 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
6.115603 Strain   b'lemma:k-12'
6.006143 Phase    b'lemma:mid-log'
5.813042 Substrain b'lemma:mg1655'
5.750692 Supp     b'lemma:pq'
5.692854 O        b'postag::'
5.640080 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.442313 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
5.421944 Gversion b'lemma:nc'
5.369011 O        b'lemma:2'
5.323172 O        b'lemma:3'
5.227211 O        b'lemma:Custom'
5.221194 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.036519 Technique b'lemma:chipseq'
5.002570 O        b'lemma:b'
4.911066 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.803502 Gversion b'-1:lemma:nc'
4.759594 Gtype    b'lemma:wt'
4.756971 Air      b'lemma:Aerobic'
4.733958 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.696241 OD       b'lemma:od600'
4.618934 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.610324 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.544628 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.517060 O        b'lemma:a'
4.407754 OD       b'lemma:od450'
4.400043 O        b'postag:IN'
4.361805 Supp     b'lemma:no3'
4.357088 O        b'-1:lemma:tag'
4.352412 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
4.311823 O        b'lemma:Cra'
4.167960 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.167960 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.162564 Med      b'lemma:LB'
4.113496 Strain   b'+1:lemma:substr'
4.107297 Anti     b'+1:lemma:antibody'
4.060899 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.009046 O        b'lemma:rep1'
3.995454 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.963685 Technique b'lemma:rna-seq'
3.933835 Supp     b'lemma:glucose'
3.917748 O        b'lemma:.'
3.917748 O        b'postag:.'
3.845505 Supp     b'lemma:dpd'
3.808636 O        b'lemma:rep2'
3.774698 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.760833 Med      b'lemma:lb'
3.747355 Technique b'-1:lemma:IP'
3.703487 Air      b'postag:RB'
3.662819 O        b'lemma:rep3'
3.662186 Supp     b'lemma:Fe'
3.579211 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.504088 Technique b'lemma:chip-seq'
3.459881 Vess     b'lemma:flask'
3.459881 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.395894 Supp     b'lemma:acetate'
3.371382 O        b'+1:lemma:od600'
3.355281 Supp     b'lemma:arginine'
3.288615 Anti     b'lemma:seqa'
3.267673 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.257108 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.214124 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.198215 O        b'lemma:chip'
3.191605 OD       b'+1:lemma:stationary'
3.129303 pH       b'lemma:ph5'
3.129303 pH       b'+1:lemma:.5'
3.116874 Supp     b'-1:lemma:Cra'
3.111015 O        b'+1:lemma:chip-seq'
3.100779 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.096274 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.080007 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.076638 Technique b'lemma:rnaseq'
2.996028 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.989922 Anti     b'lemma:none'
2.975187 O        b'-1:lemma:Aerobic'
2.962110 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.927775 Supp     b'+1:lemma:1'
2.897627 Gtype    b'lemma:delta-arca'
2.894293 Supp     b'+1:lemma:2'
2.870010 Gtype    b'lemma:nsrr'
2.836891 O        b'lemma:escherichia'
2.823759 O        b'+1:lemma:pq'
2.729622 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.721450 Supp     b'lemma:fructose'
2.715488 Supp     b'lemma:iptg'
2.707351 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.706414 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
2.705613 O        b'-1:lemma:0.3'
2.696678 O        b'-1:lemma:type'
2.677637 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.617637 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.601501 O        b'lemma:with'
2.598938 O        b'postag:CC'
2.589617 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.564844 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
2.529911 Temp     b'-1:lemma:37'
2.512630 Temp     b'-1:lemma:43'
2.501323 O        b'-1:lemma:glucose'
2.465702 Supp     b'-1:lemma:+'
2.437465 Gversion b'lemma:u00096'
2.437465 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.390733 O        b'lemma:-'
2.390656 O        b'lemma:oxyr'
2.389452 Gtype    b'lemma:WT'
2.388101 O        b'+1:postag:RB'
2.371844 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.368954 Gversion b'lemma:000913'
2.357589 pH       b'lemma:.5'
2.357589 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.347080 Med      b'lemma:m63'
2.341653 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.312104 Temp     b'lemma:43'
2.303920 Supp     b'lemma:Leu'
2.303021 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.298956 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.289285 Med      b'lemma:glucose'
2.270819 O        b'+1:postag:NNP'
2.250795 Air      b'lemma:anaerobically'
2.249574 Gtype    b'postag:-RRB-'
2.245776 Gversion b'lemma:.2'
2.245776 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.239995 Air      b'-1:lemma:co2'
2.227457 Supp     b'lemma:20'
2.212330 Supp     b'+1:lemma:hour'
2.212247 Temp     b'-1:lemma:30'
2.173944 Supp     b'lemma:nacl'
2.172282 O        b'+1:lemma:sparging'
2.129033 O        b'lemma:s'
2.126416 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.125863 Supp     b'+1:lemma:_'
2.114093 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.111768 Med      b'-1:lemma:glucose'
2.073983 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.071701 O        b'-1:lemma:lb'
2.052281 Med      b'-1:lemma:ml'
2.050869 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.973985 O        b'postag:VBN'
1.966483 Med      b'lemma:L'
1.966483 Med      b'+1:lemma:broth'
1.943849 Med      b'lemma:broth'
1.943849 Med      b'-1:lemma:L'
1.943198 Supp     b'-1:lemma:with'
1.933549 Supp     b'lemma:Adenine'
1.928306 O        b'lemma:CEL'
1.904039 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.854835 Med      b'lemma:media'
1.849121 O        b'lemma:at'
1.846853 Phase    b'-1:lemma:until'
1.845040 OD       b'lemma:phase'
1.843752 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.834795 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.832489 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.818739 O        b'lemma:chip-arca'
1.813945 OD       b'lemma:0.3'
1.805051 O        b'+1:lemma:o.d.'
1.797440 Temp     b'lemma:37'
1.792631 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.776920 Technique b'-1:lemma:_'
1.773247 OD       b'+1:lemma:phase'
1.762789 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
1.761249 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.758774 Gtype    b'-1:postag::'
1.752571 O        b'lemma:or'
1.747526 O        b'-1:lemma:l1'
1.747292 Supp     b'lemma:of'
1.740326 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.701975 O        b'lemma:ompr'
1.696253 O        b'lemma:c-terminal'
1.696253 O        b'+1:lemma:flag-tag'
1.690400 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.689524 pH       b'+1:postag:CD'
1.687584 O        b'+1:lemma:nacl'
1.685346 O        b'+1:lemma:acetate'
1.674079 O        b'-1:lemma:dpd'
1.668207 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.667206 Temp     b'+1:lemma:in'
1.666468 Supp     b'lemma:methanol'
1.660722 Air      b'-1:lemma:-'
1.655979 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.642097 O        b'lemma:culture'
1.641394 Med      b'-1:lemma:LB'
1.639030 Phase    b'+1:lemma:for'
1.635194 OD       b'-1:lemma:about'
1.632144 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
1.622571 O        b'-1:lemma:media'
1.574984 Gversion b'postag:CD'
1.574818 O        b'lemma:soxs'
1.574818 O        b'lemma:soxr'


Top negative:
0.012428 O        b'lemma:build'
0.011706 OD       b'-1:postag:JJ'
0.010758 O        b'-1:lemma:m63'
0.010555 Temp     b'+1:lemma:rep1'
0.009338 O        b'-1:lemma:\xce\xbcm'
0.009111 OD       b'lemma:of'
0.008729 O        b'lemma:~'
0.008132 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
0.008132 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
0.007873 Air      b'-1:lemma:95'
0.005830 OD       b'+1:postag:-RRB-'
0.005750 Air      b'lemma:-lrb-'
0.005529 Phase    b'-1:postag::'
0.005242 Gtype    b'+1:postag:CD'
0.004042 Substrain b'isUpper'
0.003852 O        b'-1:lemma:5'
0.003021 O        b'+1:lemma:use'
0.003019 Air      b'postag:CC'
0.002663 Air      b'postag:-LRB-'
0.002334 O        b'+1:lemma:ml'
0.001862 O        b'-1:lemma:pq'
0.000956 O        b'lemma:short'
0.000945 O        b'+1:postag:SYM'
0.000941 Med      b'-1:postag::'
0.000813 O        b'+1:lemma:mm'
0.000791 Supp     b'lemma:\xc2\xb5l'
0.000791 Supp     b'+1:lemma:cm20'
0.000762 O        b'-1:lemma:k-12'
0.000330 Supp     b'+1:postag:RB'
0.000321 O        b'+1:lemma:rnase'
0.000279 OD       b'postag:CC'
0.000211 Gtype    b'+1:lemma:-lcb-'
0.000154 Med      b'postag:NN'
0.000123 Supp     b'-1:lemma:1mm'
0.000066 O        b'-1:lemma:respiratory'
0.000047 O        b'postag:VB'
0.000031 O        b'+1:postag:JJ'
0.000022 O        b'+1:postag:FW'
0.000021 Phase    b'postag:VBG'
0.000014 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.000012 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
0.000011 Phase    b'lemma:grow'
0.000009 O        b'+1:lemma:genbank'
0.000009 O        b'postag:FW'
0.000006 Gtype    b'lemma:knock-out'
0.000005 O        b'lemma:ip'
0.000005 Gtype    b'+1:lemma:strain'
0.000001 O        b'+1:lemma:ph5'
0.000000 Phase    b'-1:lemma::'
-0.000002 O        b'-1:lemma:from'
-0.000009 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.000018 O        b'+1:lemma:95'
-0.000109 O        b'-1:lemma:um'
-0.000109 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.000363 Agit     b'-1:postag:NN'
-0.000429 O        b'+1:lemma:+'
-0.000494 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.000617 Supp     b'postag:CD'
-0.000722 O        b'lemma:150'
-0.000722 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.000846 O        b'lemma:grow'
-0.001402 Air      b'-1:lemma:or'
-0.001659 O        b'-1:lemma:to'
-0.001659 O        b'-1:postag:TO'
-0.001932 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.002534 O        b'+1:lemma:until'
-0.004418 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.004820 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.005823 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.006241 O        b'+1:lemma:300'
-0.006734 Air      b'lemma:,'
-0.006734 Air      b'postag:,'
-0.008040 Air      b'-1:lemma:25'
-0.010122 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.010159 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.012456 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.013973 OD       b'postag:JJ'
-0.014420 OD       b'isUpper'
-0.015511 OD       b'+1:postag:CD'
-0.022697 Air      b'+1:postag:-RRB-'
-0.022913 O        b'-1:lemma:30'
-0.023313 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.023317 Air      b'-1:postag:RB'
-0.024110 O        b'-1:lemma:,'
-0.024110 O        b'-1:postag:,'
-0.024675 O        b'+1:lemma:hour'
-0.025573 O        b'-1:lemma:of'
-0.028769 Air      b'-1:postag:-LRB-'
-0.030732 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.030900 Air      b'-1:lemma:and'
-0.032775 Med      b'postag:CD'
-0.033408 O        b'-1:postag:JJ'
-0.041591 Air      b'lemma:95'
-0.044656 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
-0.060308 O        b'-1:lemma:o2'
-0.063061 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.066181 O        b'-1:postag:VBN'
-0.069187 Med      b'-1:postag:CD'
-0.069620 O        b'lemma:and'
-0.080450 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.085466 O        b'+1:lemma:c'
-0.087314 O        b'+1:lemma:5'
-0.091477 O        b'+1:lemma:shake'
-0.095092 Med      b'+1:postag:IN'
-0.102952 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.103900 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.104806 Air      b'-1:postag:CC'
-0.130716 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.144760 O        b'lemma:20'
-0.147668 O        b'+1:lemma:phase'
-0.151840 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.155431 O        b'lemma:medium'
-0.157846 Agit     b'isUpper'
-0.162132 O        b'-1:lemma:ml'
-0.163703 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.168213 Agit     b'postag:NN'
-0.197124 Temp     b'postag:JJ'
-0.199293 Med      b'-1:postag:IN'
-0.201861 O        b'lemma:fecl2'
-0.233445 Air      b'isLower'
-0.243970 O        b'-1:lemma:the'
-0.256444 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.259109 O        b'-1:lemma:~'
-0.278225 O        b'+1:lemma:%'
-0.280267 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.280267 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.288621 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.292707 O        b'+1:lemma:cell'
-0.315187 O        b'lemma:od600'
-0.355514 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.357298 O        b'lemma:0.1'
-0.357570 O        b'lemma:glucose'
-0.360899 Temp     b'isLower'
-0.411019 O        b'lemma:anaerobically'
-0.420592 O        b'lemma:dissolve'
-0.443294 O        b'lemma:0.2'
-0.451505 Technique b'isNumber'
-0.453164 pH       b'postag:NN'
-0.453934 O        b'-1:lemma:37'
-0.477659 Med      b'+1:postag:NN'
-0.482028 Supp     b'isUpper'
-0.486122 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.490659 O        b'+1:postag:IN'
-0.492086 O        b'-1:lemma:cra'
-0.499001 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.542612 O        b'-1:lemma:od600'
-0.556265 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.559133 O        b'-1:postag:IN'
-0.563772 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.590111 Technique b'-1:postag::'
-0.595480 O        b'+1:postag:NNS'
-0.600550 O        b'postag:RB'
-0.603193 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.608705 OD       b'+1:postag:NN'
-0.619170 O        b'+1:lemma:.'
-0.619170 O        b'+1:postag:.'
-0.631410 Temp     b'postag:NN'
-0.680972 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.692074 O        b'lemma:phase'
-0.696523 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.703554 Med      b'-1:postag:NN'
-0.722638 O        b'-1:lemma:co2'
-0.737448 O        b'lemma:37'
-0.793378 O        b'-1:lemma:IP'
-0.881901 O        b'-1:lemma:grow'
-0.936753 O        b'lemma:2h'
-0.936753 O        b'-1:lemma:additional'
-0.951203 O        b'-1:lemma:ompr'
-0.961075 OD       b'isNumber'
-0.975747 O        b'lemma:media'
-0.999574 O        b'lemma:mid-log'
-1.013924 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.013924 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.038456 O        b'+1:postag:VBG'
-1.044424 Gtype    b'isLower'
-1.054187 Anti     b'postag:NNP'
-1.055980 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.097851 O        b'-1:postag::'
-1.150472 Gtype    b'isUpper'
-1.157093 O        b'-1:postag:VBG'
-1.186007 O        b'lemma:wt'
-1.252971 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.282305 Gversion b'isLower'
-1.308302 Technique b'isLower'
-1.325280 O        b'+1:lemma:in'
-1.418383 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.424917 O        b'+1:lemma:at'
-1.469077 O        b'lemma:methanol'
-1.485871 OD       b'postag:-LRB-'
-1.502986 Air      b'postag:NN'
-1.512421 O        b'lemma:of'
-1.560223 Phase    b'postag:JJ'
-1.560628 O        b'lemma:rifampicin'
-1.895357 Supp     b'postag:JJ'
-1.938119 O        b'+1:lemma:2'
-2.020790 O        b'-1:lemma:2'
-2.056482 Gtype    b'isNumber'
-2.518371 O        b'+1:lemma:1'
-3.915561 O        b'-1:lemma::'
-4.466114 O        b'-1:lemma:_'