********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.06622541546379261, 'c2': 0.005803516535443396}
best CV score:0.806003784483002
model size: 0.08M

Flat F1: 0.8138835387377452
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.897     0.912     0.904        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.939     0.742     0.829        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.876     0.802     0.837       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.886     0.684     0.772       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.901     0.758     0.814       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.855330
OD     -> OD      6.403256
Temp   -> Temp    5.890045
Anti   -> Anti    5.766779
Med    -> Med     5.604768
Air    -> Air     4.967782
O      -> O       4.848357
Gversion -> Gversion 4.809684
Gtype  -> Gtype   4.697823
Phase  -> Phase   4.308635
Supp   -> Supp    4.041417
Technique -> Technique 3.913590
pH     -> pH      2.570273
O      -> Supp    1.615671
Substrain -> Gtype   1.499561
Gtype  -> Supp    1.421628
O      -> Technique 1.327277
O      -> Gtype   1.086040
Air    -> O       0.813429
Technique -> Air     0.731728
O      -> Temp    0.588704
O      -> Anti    0.562550
Gtype  -> pH      0.228949
Med    -> O       0.224698
O      -> Gversion 0.210688
Temp   -> O       0.172212
O      -> Med     0.102170
Gtype  -> Air     0.095373
OD     -> Phase   0.013336
Anti   -> OD      -0.004256
O      -> OD      -0.004531
Gtype  -> Gversion -0.009932
Phase  -> O       -0.017336
O      -> Phase   -0.028487
Phase  -> Technique -0.066036
Med    -> Air     -0.087994
Gtype  -> Phase   -0.099971
Supp   -> Gversion -0.157806
Anti   -> O       -0.169383
Supp   -> Temp    -0.179380
Phase  -> Air     -0.231554
Supp   -> OD      -0.255465
Supp   -> Anti    -0.267111
Technique -> O       -0.296565
OD     -> Med     -0.297702
Gtype  -> Med     -0.322957
Technique -> pH      -0.337491
Supp   -> O       -0.351378
OD     -> Gtype   -0.357504
Gtype  -> O       -0.378451


Top unlikely transitions:
O      -> Gtype   1.086040
Air    -> O       0.813429
Technique -> Air     0.731728
O      -> Temp    0.588704
O      -> Anti    0.562550
Gtype  -> pH      0.228949
Med    -> O       0.224698
O      -> Gversion 0.210688
Temp   -> O       0.172212
O      -> Med     0.102170
Gtype  -> Air     0.095373
OD     -> Phase   0.013336
Anti   -> OD      -0.004256
O      -> OD      -0.004531
Gtype  -> Gversion -0.009932
Phase  -> O       -0.017336
O      -> Phase   -0.028487
Phase  -> Technique -0.066036
Med    -> Air     -0.087994
Gtype  -> Phase   -0.099971
Supp   -> Gversion -0.157806
Anti   -> O       -0.169383
Supp   -> Temp    -0.179380
Phase  -> Air     -0.231554
Supp   -> OD      -0.255465
Supp   -> Anti    -0.267111
Technique -> O       -0.296565
OD     -> Med     -0.297702
Gtype  -> Med     -0.322957
Technique -> pH      -0.337491
Supp   -> O       -0.351378
OD     -> Gtype   -0.357504
Gtype  -> O       -0.378451
Supp   -> Gtype   -0.415119
Supp   -> Technique -0.546983
Air    -> Supp    -0.580378
Air    -> OD      -0.591958
Technique -> Gtype   -0.721938
OD     -> Air     -0.869884
Agit   -> O       -0.874071
Technique -> OD      -0.901946
Gtype  -> OD      -0.968255
Supp   -> Air     -0.992187
OD     -> O       -1.076988
Gtype  -> Anti    -1.093167
O      -> Air     -1.094876
Supp   -> Med     -1.350916
Substrain -> O       -1.483392
Phase  -> OD      -2.458856
Med    -> Supp    -2.624787


Top positive:
9.234903 Supp     b'lemma:Iron'
8.941229 Phase    b'lemma:stationary'
8.612848 O        b'lemma:_'
8.414915 Air      b'lemma:anaerobic'
8.110054 Air      b'lemma:aerobic'
7.668526 O        b'lemma:1'
7.617369 Supp     b'lemma:nitrate'
7.396629 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.004694 O        b'lemma:rpob'
6.951208 Strain   b'lemma:k-12'
6.929222 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.919087 Supp     b'lemma:pq'
6.729357 Med      b'lemma:MOPS'
6.630951 Technique b'lemma:chipseq'
6.338936 Gversion b'lemma:asm584v2'
6.275492 O        b'-1:lemma:tag'
6.112382 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.001427 O        b'lemma:3'
5.997947 O        b'lemma:2'
5.921853 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.917190 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.917190 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.881286 Substrain b'lemma:mg1655'
5.839915 Phase    b'lemma:mid-log'
5.810496 Air      b'lemma:Aerobic'
5.761122 O        b'lemma:Custom'
5.570827 O        b'lemma:rep1'
5.482824 Med      b'lemma:LB'
5.430575 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.428880 O        b'lemma:rep2'
5.402169 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.366372 O        b'lemma:Cra'
5.339186 Supp     b'lemma:nh4cl'
5.259341 Gtype    b'lemma:arca8myc'
5.256666 Gtype    b'lemma:type'
5.250724 O        b'lemma:rep3'
5.250467 Med      b'lemma:lb'
5.157840 Supp     b'lemma:rifampicin'
5.124923 O        b'lemma:b'
5.111909 Gtype    b'lemma:delta-arca'
5.091556 OD       b'+1:lemma:stationary'
5.048220 Supp     b'lemma:glucose'
5.001772 O        b'postag:IN'
4.994648 Gversion b'lemma:nc'
4.925252 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.905784 OD       b'lemma:od450'
4.901181 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.837803 Technique b'lemma:rna-seq'
4.828361 Gtype    b'lemma:wt'
4.778406 O        b'lemma:a'
4.678498 Supp     b'lemma:acetate'
4.667864 Anti     b'lemma:none'
4.612775 Technique b'lemma:rnaseq'
4.597784 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.596321 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.580488 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
4.559265 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.543048 Supp     b'lemma:no3'
4.494990 Supp     b'lemma:Fe'
4.475916 O        b'lemma:-'
4.465899 Anti     b'lemma:seqa'
4.445546 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
4.372585 OD       b'lemma:od600'
4.346955 Technique b'lemma:chip-seq'
4.301785 O        b'lemma:or'
4.260295 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.236090 O        b'lemma:for'
4.225287 O        b'lemma:.'
4.225287 O        b'postag:.'
4.161720 Supp     b'lemma:dpd'
4.122022 O        b'+1:lemma:od600'
4.073219 Vess     b'lemma:flask'
4.073219 Vess     b'-1:lemma:warm'
4.068384 O        b'-1:lemma:anaerobic'
4.063188 Supp     b'lemma:arginine'
4.026011 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.023826 O        b'postag::'
4.014353 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.983642 O        b'lemma:chip'
3.937745 O        b'lemma:CEL'
3.912596 Supp     b'+1:lemma:1'
3.911905 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.908162 O        b'-1:lemma:glucose'
3.843811 Supp     b'lemma:fructose'
3.821238 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.805915 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.773446 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.714736 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.700490 O        b'-1:lemma:type'
3.624739 O        b'+1:postag:RB'
3.602969 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.596045 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.588702 O        b'-1:lemma:lb'
3.537935 O        b'+1:lemma:o.d.'
3.533153 Gversion b'lemma:000913'
3.531194 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
3.520259 pH       b'lemma:ph5'
3.520259 pH       b'+1:lemma:.5'
3.511450 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.509713 Technique b'-1:lemma:IP'
3.496996 Med      b'lemma:m63'
3.478233 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.475022 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.455068 Supp     b'-1:lemma:+'
3.449758 Anti     b'lemma:anti-rpos'
3.439491 Supp     b'+1:lemma:2'
3.415465 O        b'lemma:oxyr'
3.385223 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.352842 O        b'postag:VBN'
3.343983 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.343718 Air      b'postag:RB'
3.343342 Supp     b'lemma:nacl'
3.321016 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
3.317465 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.298959 O        b'lemma:with'
3.236711 O        b'lemma:s'
3.233948 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.232171 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.226682 O        b'-1:lemma:0.3'
3.213829 Gversion b'lemma:u00096'
3.213829 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.176657 O        b'lemma:ompr'
3.173449 Gversion b'lemma:.2'
3.173449 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.148343 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.113186 O        b'lemma:at'
3.099394 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
3.081492 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.081097 Supp     b'+1:lemma:_'
3.076137 Air      b'lemma:Anaerobic'
3.073681 O        b'lemma:Lrp'
3.064586 Phase    b'+1:lemma:for'
3.047746 O        b'+1:lemma:chip-seq'
3.047210 Gtype    b'lemma:ptac'
3.045585 Phase    b'-1:lemma:until'
3.043072 O        b'-1:lemma:dpd'
3.032395 Gtype    b'lemma:WT'
3.021945 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.010904 Supp     b'lemma:iptg'
3.001563 Anti     b'+1:lemma:polyclonal'
2.979219 Supp     b'lemma:Leu'
2.976675 O        b'lemma:chip-arca'
2.972333 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.972333 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.971020 O        b'lemma:affyexp'
2.960652 Air      b'lemma:anerobically'
2.938684 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.913605 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.890017 O        b'lemma:argr'
2.883731 O        b'+1:lemma:sparging'
2.880763 Temp     b'-1:lemma:43'
2.874818 Med      b'-1:lemma:ml'
2.860187 pH       b'lemma:.5'
2.860187 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.852362 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.822626 O        b'lemma:soxs'
2.822626 O        b'lemma:soxr'
2.796727 Temp     b'lemma:43'
2.764833 Med      b'lemma:L'
2.764833 Med      b'+1:lemma:broth'
2.762054 O        b'+1:postag:NNP'
2.755377 O        b'-1:lemma:stpa'
2.737365 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.727294 Temp     b'lemma:37'
2.708825 Med      b'-1:lemma:LB'
2.705181 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.692331 O        b'+1:lemma:pq'
2.691434 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.690410 O        b'lemma:purr'
2.677844 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.650316 Technique b'-1:lemma:input'
2.638625 Supp     b'lemma:methanol'
2.634944 Med      b'+1:lemma:contain'
2.625097 Supp     b'lemma:Adenine'
2.623356 O        b'-1:lemma:l1'
2.607859 O        b'postag:DT'
2.598485 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.589920 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.581102 Med      b'lemma:glucose'
2.575292 Temp     b'-1:lemma:37'
2.558206 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.550759 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.550220 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.549389 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
2.517172 Supp     b'lemma:leucine'
2.411127 O        b'-1:lemma:media'
2.376812 O        b'lemma:2-3'
2.368251 Med      b'lemma:broth'
2.368251 Med      b'-1:lemma:L'
2.353760 Gtype    b'-1:lemma:_'
2.331107 O        b'lemma:culture'
2.315361 Med      b'postag:NNP'
2.299371 O        b'lemma:Fur'
2.288936 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.280717 Air      b'lemma:anaerobically'
2.278786 Air      b'-1:lemma:-'
2.266514 O        b'lemma:genotype/variation'
2.259722 OD       b'lemma:0.3'
2.256007 Technique b'postag:NNP'
2.224072 Air      b'+1:lemma:at'


Top negative:
-0.002409 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.002765 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.002819 Med      b'postag:-LRB-'
-0.002883 Supp     b'-1:lemma:-'
-0.003857 Agit     b'postag:NN'
-0.005100 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.007289 O        b'lemma:lb'
-0.010248 O        b'lemma:mg/ml'
-0.010248 O        b'-1:lemma:150'
-0.010774 Supp     b'+1:postag:CD'
-0.011526 Air      b'-1:lemma:95'
-0.011818 Air      b'-1:postag:CC'
-0.012619 Supp     b'lemma:mm'
-0.013393 O        b'-1:lemma:1'
-0.013525 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.013581 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.013782 OD       b'+1:lemma:-lrb-'
-0.015901 OD       b'-1:postag:DT'
-0.015963 O        b'-1:lemma:70'
-0.016924 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.019258 O        b'lemma:m63'
-0.020349 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.021440 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.022594 Air      b'-1:lemma:or'
-0.022941 OD       b'-1:lemma:a'
-0.026771 O        b'lemma:glucose'
-0.027346 O        b'+1:lemma:25'
-0.028054 OD       b'lemma:~'
-0.029216 Gtype    b'+1:lemma:cra'
-0.030932 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.031890 O        b'+1:lemma:~'
-0.033995 O        b'+1:lemma:95'
-0.035517 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.036049 O        b'lemma:pahse'
-0.036135 O        b'lemma:purify'
-0.036681 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.038170 Med      b'-1:lemma:m63'
-0.042355 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.042769 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.043812 O        b'-1:lemma:25'
-0.050331 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.051370 O        b'+1:lemma:5'
-0.052602 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.053544 OD       b'+1:postag:CD'
-0.055596 O        b'+1:lemma:o2'
-0.056365 O        b'lemma:25'
-0.065474 O        b'-1:lemma:o2'
-0.070061 Gtype    b'-1:postag:DT'
-0.070234 O        b'-1:lemma:the'
-0.072402 O        b'+1:lemma:shake'
-0.079220 Strain   b'+1:postag:NN'
-0.079451 O        b'+1:lemma:grow'
-0.084137 Gtype    b'lemma:_'
-0.085976 O        b'+1:lemma:mm'
-0.093102 Med      b'+1:postag:CC'
-0.095082 Air      b'postag:CD'
-0.097194 O        b'lemma:o2'
-0.101822 O        b'-1:lemma:30'
-0.102523 O        b'-1:postag:VBN'
-0.107653 O        b'lemma:cell'
-0.112633 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.116970 O        b'lemma:grow'
-0.120130 O        b'lemma:30'
-0.121820 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.124237 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.125482 O        b'-1:lemma:mm'
-0.128019 O        b'+1:lemma:300'
-0.129344 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.144557 Med      b'-1:postag:NN'
-0.144770 O        b'-1:postag:IN'
-0.146162 O        b'-1:lemma:of'
-0.149674 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.154228 OD       b'postag:JJ'
-0.167420 O        b'lemma:n2'
-0.171707 O        b'lemma:co2'
-0.172528 O        b'lemma:medium'
-0.179654 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.184135 O        b'-1:lemma:n2'
-0.189770 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.192678 O        b'lemma:aerobically'
-0.195762 O        b'-1:lemma:with'
-0.196208 O        b'-1:lemma:ml'
-0.204813 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.205462 O        b'lemma:mg1655'
-0.206806 O        b'-1:lemma:e.'
-0.207893 O        b'lemma:minimal'
-0.224766 Temp     b'postag:JJ'
-0.225885 O        b'+1:lemma:.'
-0.225885 O        b'+1:postag:.'
-0.227519 O        b'lemma:e.'
-0.236166 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.247403 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.259717 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.263053 Supp     b'lemma:and'
-0.270443 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.283380 O        b'-1:lemma:um'
-0.283380 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.289228 Med      b'postag:CD'
-0.290905 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.295102 OD       b'+1:lemma:and'
-0.300641 O        b'-1:lemma:until'
-0.306863 O        b'+1:lemma:phase'
-0.322631 O        b'lemma:phase'
-0.347838 O        b'+1:lemma:until'
-0.351130 O        b'+1:lemma:_'
-0.365836 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.367298 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.375233 Gtype    b'postag:CD'
-0.377830 Supp     b'postag:CC'
-0.381771 O        b'postag:RB'
-0.385165 Technique b'-1:lemma::'
-0.387729 O        b'+1:postag:IN'
-0.405861 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.419130 O        b'-1:lemma:from'
-0.425366 O        b'-1:lemma:od600'
-0.432532 O        b'-1:lemma:cra'
-0.441409 Temp     b'postag:NN'
-0.447218 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.454986 O        b'+1:lemma:%'
-0.469664 Med      b'+1:postag:IN'
-0.481296 Technique b'-1:postag::'
-0.482628 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.484056 O        b'-1:lemma:grow'
-0.485046 pH       b'postag:NN'
-0.490017 Med      b'+1:postag:NN'
-0.496154 O        b'lemma:od600'
-0.500947 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.517928 O        b'+1:lemma:cell'
-0.520851 O        b'-1:lemma:sample'
-0.520873 OD       b'+1:postag:CC'
-0.521577 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.525190 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.527700 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.533028 O        b'lemma:dissolve'
-0.550892 O        b'lemma:150'
-0.550892 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.551731 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.571169 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.600234 O        b'postag:VBP'
-0.623446 O        b'lemma:anaerobic'
-0.655760 Gtype    b'lemma:delta'
-0.668609 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.673715 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.724036 OD       b'+1:postag:NN'
-0.742000 O        b'+1:postag:NNS'
-0.743016 O        b'+1:lemma:c'
-0.767018 O        b'-1:lemma:~'
-0.767765 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.779655 O        b'lemma:media'
-0.790170 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.816065 O        b'lemma:fecl2'
-0.817183 O        b'lemma:dpd'
-0.835270 O        b'lemma:0.3'
-0.843288 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.853171 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.889568 O        b'lemma:0.2'
-0.905209 OD       b'postag:-LRB-'
-0.911568 O        b'lemma:anaerobically'
-0.915420 O        b'lemma:of'
-0.950583 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.950583 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.951305 O        b'lemma:20'
-0.951858 O        b'-1:lemma:co2'
-1.045949 O        b'lemma:0.1'
-1.056174 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.088532 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.092708 O        b'+1:postag:VBG'
-1.103190 O        b'-1:postag:VBG'
-1.119328 O        b'lemma:2h'
-1.119328 O        b'-1:lemma:additional'
-1.131219 Supp     b'-1:lemma:%'
-1.142227 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.149700 O        b'lemma:mid-log'
-1.157098 Med      b'-1:postag:IN'
-1.158833 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.158833 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.159433 O        b'-1:postag::'
-1.197832 Air      b'postag:NN'
-1.224684 O        b'-1:lemma:37'
-1.250547 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.287510 O        b'+1:lemma:at'
-1.343885 O        b'+1:lemma:+'
-1.550316 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.550420 O        b'+1:lemma:in'
-1.655179 O        b'-1:lemma:IP'
-1.671646 Anti     b'postag:NNP'
-1.676942 O        b'lemma:37'
-1.709933 O        b'lemma:rifampicin'
-1.740594 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.813332 O        b'lemma:wt'
-1.837591 Supp     b'postag:JJ'
-1.875538 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.956251 O        b'+1:lemma:hour'
-2.104216 O        b'-1:lemma:2'
-2.173171 Phase    b'postag:JJ'
-2.198016 O        b'+1:lemma:2'
-2.302343 O        b'lemma:methanol'
-2.686054 O        b'+1:lemma:1'
-3.664514 O        b'-1:lemma:_'
-4.711592 O        b'-1:lemma::'