report_Run9_v13.txt 43.1 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320 1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330 1331 1332
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.04108139617306734, 'c2': 0.08977662168776374}
best CV score:0.8163619170548052
model size: 0.10M

Flat F1: 0.8025473080699075
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.804     0.891        56
       Temp      0.857     0.800     0.828        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.590     0.557     0.573        88
       Anti      0.667     0.615     0.640        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.886     0.795     0.838        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.858     0.846     0.852       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.839     0.773     0.803       484


Top likely transitions:
Anti   -> Anti    4.429431
Med    -> Med     4.421689
Supp   -> Supp    4.418095
Temp   -> Temp    4.234402
OD     -> OD      4.216995
Air    -> Air     4.081416
Gversion -> Gversion 3.708232
Phase  -> Phase   3.335044
Gtype  -> Gtype   3.189384
Technique -> Technique 3.120050
pH     -> pH      3.053534
O      -> O       2.902240
Agit   -> Agit    2.224544
Technique -> Air     1.625220
Substrain -> Gtype   1.424334
Gtype  -> Supp    1.049488
Air    -> O       0.876890
O      -> Supp    0.621510
Gtype  -> pH      0.599222
O      -> Technique 0.473811
Strain -> O       0.254176
Supp   -> O       0.233046
O      -> Strain  0.168722
Anti   -> O       0.117962
Phase  -> Air     0.083425
O      -> Gtype   0.078424
O      -> Vess    0.062837
O      -> pH      0.055837
pH     -> O       0.027240
Gtype  -> Air     0.024851
Temp   -> O       0.002566
pH     -> Gversion -0.000001
Air    -> pH      -0.000003
Med    -> Anti    -0.000123
Gversion -> OD      -0.003986
Substrain -> pH      -0.004238
Gtype  -> Vess    -0.012002
Air    -> Anti    -0.013551
Temp   -> Anti    -0.013886
Anti   -> Phase   -0.016600
Agit   -> Technique -0.029280
Technique -> Anti    -0.030187
Supp   -> Agit    -0.031936
Gversion -> pH      -0.034761
O      -> Temp    -0.041361
Phase  -> Temp    -0.047595
Air    -> Gversion -0.048466
Temp   -> OD      -0.056064
Phase  -> pH      -0.058424
Gtype  -> Strain  -0.067217
Technique -> Temp    -0.069040
Technique -> O       -0.069104
Phase  -> Anti    -0.071196
Anti   -> pH      -0.079546
Temp   -> Technique -0.079577
Agit   -> Gtype   -0.081266
pH     -> Air     -0.083457
Strain -> Supp    -0.090215
Med    -> pH      -0.093354
Anti   -> Air     -0.094992
Technique -> Med     -0.099888
Air    -> Med     -0.101758
Med    -> OD      -0.104883
Gtype  -> Substrain -0.116172
pH     -> Temp    -0.120130
O      -> Agit    -0.122451
Agit   -> Supp    -0.123114
pH     -> Gtype   -0.129843
Anti   -> Temp    -0.131261
O      -> Phase   -0.135361
Anti   -> OD      -0.139403
Technique -> Gversion -0.145975
Substrain -> Supp    -0.148461
Anti   -> Med     -0.151369
OD     -> Med     -0.154019
Air    -> Temp    -0.159097
OD     -> Technique -0.174107
Agit   -> O       -0.179401
Strain -> Gtype   -0.179634
Gtype  -> Agit    -0.180985
Gversion -> Temp    -0.189243
OD     -> Gtype   -0.208327
Agit   -> Air     -0.219134
Med    -> Temp    -0.220840
pH     -> Supp    -0.225809
Med    -> Technique -0.249170
Air    -> Phase   -0.260245
Anti   -> Technique -0.262968
Temp   -> Supp    -0.265547
Air    -> OD      -0.273895
Temp   -> Air     -0.275909
O      -> Gversion -0.276366
Phase  -> Med     -0.278675
Gversion -> Air     -0.279574
Gversion -> Technique -0.282883
Supp   -> Air     -0.287005
Med    -> O       -0.288443
Supp   -> Phase   -0.302106
Air    -> Technique -0.302853
Anti   -> Supp    -0.307806
Temp   -> Med     -0.317546
Supp   -> Anti    -0.321195
Phase  -> O       -0.329418
Phase  -> Gtype   -0.344908
Med    -> Air     -0.356947
Gversion -> Supp    -0.359834
Phase  -> Supp    -0.362580
O      -> Med     -0.367972
OD     -> Temp    -0.376190
Supp   -> pH      -0.379460
Temp   -> Gtype   -0.382674
Supp   -> Gversion -0.385664
Gversion -> Gtype   -0.401332
Supp   -> OD      -0.407119
Med    -> Gtype   -0.412218
Technique -> OD      -0.429004
OD     -> O       -0.438951
Supp   -> Temp    -0.442714
Air    -> Gtype   -0.477810
Air    -> Supp    -0.489129
Air    -> Agit    -0.502039
Gtype  -> Temp    -0.514599
Phase  -> Technique -0.517562
Gtype  -> OD      -0.527504
Technique -> Supp    -0.532519
Anti   -> Gtype   -0.561997
Gtype  -> Phase   -0.584354
O      -> OD      -0.610440
OD     -> Supp    -0.612608
Supp   -> Technique -0.667681
Gversion -> O       -0.692133
Supp   -> Gtype   -0.696831
Supp   -> Med     -0.723503
Gtype  -> Med     -0.729062
O      -> Anti    -0.759181
Gtype  -> Technique -0.822693
Phase  -> OD      -0.831939
Gtype  -> Gversion -0.842257
Gtype  -> Anti    -0.913423
OD     -> Air     -1.045110
Gtype  -> O       -1.123288
Technique -> Gtype   -1.126014
Substrain -> O       -1.214928
O      -> Air     -1.259315
Technique -> pH      -1.411335
Med    -> Supp    -1.589386


Top unlikely transitions:
Anti   -> Anti    4.429431
Med    -> Med     4.421689
Supp   -> Supp    4.418095
Temp   -> Temp    4.234402
OD     -> OD      4.216995
Air    -> Air     4.081416
Gversion -> Gversion 3.708232
Phase  -> Phase   3.335044
Gtype  -> Gtype   3.189384
Technique -> Technique 3.120050
pH     -> pH      3.053534
O      -> O       2.902240
Agit   -> Agit    2.224544
Technique -> Air     1.625220
Substrain -> Gtype   1.424334
Gtype  -> Supp    1.049488
Air    -> O       0.876890
O      -> Supp    0.621510
Gtype  -> pH      0.599222
O      -> Technique 0.473811
Strain -> O       0.254176
Supp   -> O       0.233046
O      -> Strain  0.168722
Anti   -> O       0.117962
Phase  -> Air     0.083425
O      -> Gtype   0.078424
O      -> Vess    0.062837
O      -> pH      0.055837
pH     -> O       0.027240
Gtype  -> Air     0.024851
Temp   -> O       0.002566
pH     -> Gversion -0.000001
Air    -> pH      -0.000003
Med    -> Anti    -0.000123
Gversion -> OD      -0.003986
Substrain -> pH      -0.004238
Gtype  -> Vess    -0.012002
Air    -> Anti    -0.013551
Temp   -> Anti    -0.013886
Anti   -> Phase   -0.016600
Agit   -> Technique -0.029280
Technique -> Anti    -0.030187
Supp   -> Agit    -0.031936
Gversion -> pH      -0.034761
O      -> Temp    -0.041361
Phase  -> Temp    -0.047595
Air    -> Gversion -0.048466
Temp   -> OD      -0.056064
Phase  -> pH      -0.058424
Gtype  -> Strain  -0.067217
Technique -> Temp    -0.069040
Technique -> O       -0.069104
Phase  -> Anti    -0.071196
Anti   -> pH      -0.079546
Temp   -> Technique -0.079577
Agit   -> Gtype   -0.081266
pH     -> Air     -0.083457
Strain -> Supp    -0.090215
Med    -> pH      -0.093354
Anti   -> Air     -0.094992
Technique -> Med     -0.099888
Air    -> Med     -0.101758
Med    -> OD      -0.104883
Gtype  -> Substrain -0.116172
pH     -> Temp    -0.120130
O      -> Agit    -0.122451
Agit   -> Supp    -0.123114
pH     -> Gtype   -0.129843
Anti   -> Temp    -0.131261
O      -> Phase   -0.135361
Anti   -> OD      -0.139403
Technique -> Gversion -0.145975
Substrain -> Supp    -0.148461
Anti   -> Med     -0.151369
OD     -> Med     -0.154019
Air    -> Temp    -0.159097
OD     -> Technique -0.174107
Agit   -> O       -0.179401
Strain -> Gtype   -0.179634
Gtype  -> Agit    -0.180985
Gversion -> Temp    -0.189243
OD     -> Gtype   -0.208327
Agit   -> Air     -0.219134
Med    -> Temp    -0.220840
pH     -> Supp    -0.225809
Med    -> Technique -0.249170
Air    -> Phase   -0.260245
Anti   -> Technique -0.262968
Temp   -> Supp    -0.265547
Air    -> OD      -0.273895
Temp   -> Air     -0.275909
O      -> Gversion -0.276366
Phase  -> Med     -0.278675
Gversion -> Air     -0.279574
Gversion -> Technique -0.282883
Supp   -> Air     -0.287005
Med    -> O       -0.288443
Supp   -> Phase   -0.302106
Air    -> Technique -0.302853
Anti   -> Supp    -0.307806
Temp   -> Med     -0.317546
Supp   -> Anti    -0.321195
Phase  -> O       -0.329418
Phase  -> Gtype   -0.344908
Med    -> Air     -0.356947
Gversion -> Supp    -0.359834
Phase  -> Supp    -0.362580
O      -> Med     -0.367972
OD     -> Temp    -0.376190
Supp   -> pH      -0.379460
Temp   -> Gtype   -0.382674
Supp   -> Gversion -0.385664
Gversion -> Gtype   -0.401332
Supp   -> OD      -0.407119
Med    -> Gtype   -0.412218
Technique -> OD      -0.429004
OD     -> O       -0.438951
Supp   -> Temp    -0.442714
Air    -> Gtype   -0.477810
Air    -> Supp    -0.489129
Air    -> Agit    -0.502039
Gtype  -> Temp    -0.514599
Phase  -> Technique -0.517562
Gtype  -> OD      -0.527504
Technique -> Supp    -0.532519
Anti   -> Gtype   -0.561997
Gtype  -> Phase   -0.584354
O      -> OD      -0.610440
OD     -> Supp    -0.612608
Supp   -> Technique -0.667681
Gversion -> O       -0.692133
Supp   -> Gtype   -0.696831
Supp   -> Med     -0.723503
Gtype  -> Med     -0.729062
O      -> Anti    -0.759181
Gtype  -> Technique -0.822693
Phase  -> OD      -0.831939
Gtype  -> Gversion -0.842257
Gtype  -> Anti    -0.913423
OD     -> Air     -1.045110
Gtype  -> O       -1.123288
Technique -> Gtype   -1.126014
Substrain -> O       -1.214928
O      -> Air     -1.259315
Technique -> pH      -1.411335
Med    -> Supp    -1.589386


Top positive:
6.188122 O        b'lemma:_'
4.701661 Air      b'lemma:anaerobic'
4.549166 Supp     b'lemma:Iron'
4.491427 O        b'lemma:1'
4.470134 Technique b'lemma:chipseq'
4.374055 Strain   b'lemma:k-12'
4.208801 Phase    b'lemma:mid-log'
4.162350 O        b'lemma:2'
3.875889 Gtype    b'lemma:wt'
3.670111 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.593505 Supp     b'lemma:2h'
3.593505 Supp     b'-1:lemma:additional'
3.590963 Technique b'lemma:ChIP-exo'
3.557053 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
3.533236 Supp     b'lemma:pq'
3.463051 Supp     b'lemma:no3'
3.412479 O        b'lemma:b'
3.387359 O        b'lemma:Cra'
3.333065 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
3.326798 O        b'lemma:3'
3.247804 O        b'lemma:rpob'
3.238607 Phase    b'lemma:stationary'
3.238607 Phase    b'lemma:exponential'
3.217808 O        b'postag:IN'
3.213151 Air      b'lemma:aerobically'
3.179034 O        b'postag::'
3.171084 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.031755 O        b'lemma:rep2'
3.031755 O        b'lemma:rep1'
3.021228 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
3.005619 Med      b'lemma:lb'
3.002407 O        b'-1:lemma:tag'
2.976350 Substrain b'lemma:mg1655'
2.936845 Med      b'lemma:LB'
2.936604 Gversion b'lemma:asm584v2'
2.909327 O        b'lemma:CEL'
2.874389 Supp     b'lemma:iptg'
2.843183 Air      b'lemma:aerobic'
2.774475 Supp     b'lemma:nh4cl'
2.773837 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.772226 Supp     b'-1:ner:SUPP'
2.755039 Gtype    b'lemma:type'
2.746199 Supp     b'lemma:dpd'
2.656298 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.656177 O        b'+1:lemma:pq'
2.655274 O        b'lemma:-'
2.644290 Gtype    b'+1:lemma:type'
2.594776 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.592567 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.583681 O        b'lemma:purr'
2.578648 O        b'-1:lemma:0.3'
2.549228 Technique b'lemma:rna-seq'
2.524582 pH       b'lemma:ph5'
2.524582 pH       b'+1:lemma:.5'
2.520698 O        b'postag:VBG'
2.471630 Vess     b'lemma:flask'
2.471630 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.448806 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.447882 O        b'-1:lemma:glucose'
2.446986 O        b'lemma:\xcf\x8332'
2.446602 Air      b'-1:lemma:-'
2.427592 Gtype    b'lemma:arca8myc'
2.421875 Gtype    b'-1:ner:GEN'
2.421098 Med      b'lemma:MOPS'
2.410100 Air      b'postag:RB'
2.388187 O        b'lemma:.'
2.388187 O        b'postag:.'
2.370829 Air      b'-1:lemma:co2'
2.360786 O        b'lemma:a'
2.319564 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.292308 Supp     b'lemma:glucose'
2.290580 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.282016 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.257511 Gversion b'lemma:u00096'
2.257511 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.244632 O        b'lemma:affyexp'
2.237762 Gversion b'lemma:.2'
2.237762 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.223341 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.223341 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.216099 Med      b'-1:lemma:ml'
2.210589 Supp     b'+1:lemma:iptg'
2.196605 Supp     b'-1:lemma:with'
2.193505 Gversion b'lemma:nc'
2.186662 Technique b'lemma:rnaseq'
2.186369 Agit     b'+1:lemma:rpm'
2.176490 Supp     b'lemma:nacl'
2.172108 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.158215 Technique b'lemma:chip-seq'
2.152389 Gtype    b'lemma:WT'
2.152206 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.137405 O        b'+1:lemma:wt'
2.117852 Anti     b'lemma:none'
2.116925 O        b'+1:lemma:od600'
2.103466 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
2.073006 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.070341 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.066565 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
2.066482 Supp     b'lemma:Adenine'
2.063861 O        b'+1:ner:MED'
2.057935 O        b'-1:lemma:pq'
2.057469 Vess     b'-1:postag:VBN'
2.050716 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.049967 Supp     b'+1:lemma:1'
2.036742 O        b'-1:lemma:lb'
2.031151 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.028795 Anti     b'lemma:seqa'
2.027684 Supp     b'lemma:Fe'
2.015199 Phase    b'lemma:phase'
2.006320 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.005427 O        b'lemma:ompr'
2.000153 pH       b'+1:postag:CD'
1.998682 Med      b'lemma:m63'
1.984309 Temp     b'-1:lemma:37'
1.981387 Supp     b'lemma:acetate'
1.980642 O        b'-2:ner:MED'
1.980591 O        b'-1:lemma:anaerobic'
1.970036 O        b'lemma:soxr'
1.970036 O        b'lemma:soxs'
1.962833 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.960323 O        b'lemma:trpr'
1.949803 Agit     b'lemma:rpm'
1.945080 O        b'lemma:with'
1.941953 Technique b'lemma:chip-exo'
1.941445 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.929202 Supp     b'-1:lemma:+'
1.922188 O        b'+1:lemma:43'
1.921962 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.921214 O        b'lemma:argr'
1.916270 Gtype    b'lemma:wild-type'
1.915782 Gtype    b'+2:ner:SUPP'
1.915229 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
1.908877 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.903970 Agit     b'-1:lemma:250'
1.900419 O        b'lemma:chip-arca'
1.890345 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
1.884692 O        b'postag:CC'
1.883449 Supp     b'+1:lemma:deficient'
1.879381 Med      b'lemma:minimal'
1.868960 Supp     b'+1:lemma:2'
1.868144 Supp     b'-1:lemma:vol'
1.865157 Supp     b'lemma:of'
1.860735 Supp     b'lemma:Leu'
1.859371 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
1.856955 O        b'postag:VBN'
1.854541 Agit     b'lemma:250'
1.849849 O        b'lemma:chip'
1.843922 O        b'+1:lemma:k-12'
1.843776 O        b'lemma:treatment'
1.833471 Supp     b'lemma:arginine'
1.832058 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.817604 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
1.817135 Vess     b'+1:lemma:at'
1.797845 Technique b'-1:lemma:IP'
1.790921 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
1.786662 O        b'lemma:at'
1.785521 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.777008 Temp     b'lemma:43'
1.776221 OD       b'lemma:od450'
1.775310 O        b'-1:lemma:type'
1.760829 Gversion b'lemma:000913'
1.760569 Temp     b'-1:lemma:43'
1.755894 Gtype    b'lemma:ptac'
1.747510 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.747510 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.746539 Gversion b'-1:lemma:nc'
1.746539 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.739604 O        b'lemma:genotype/variation'
1.734294 Substrain b'lemma:mg1655star'
1.726156 Med      b'lemma:media'
1.711018 O        b'postag:DT'
1.702126 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.678472 O        b'-1:postag:NNS'
1.677897 O        b'lemma:gadx'
1.668438 Substrain b'-1:lemma:.'
1.668438 Substrain b'-1:postag:.'
1.665404 O        b'-1:lemma:nacl'
1.662023 OD       b'lemma:od600'
1.657990 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
1.653561 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.635691 OD       b'-1:lemma:od450'
1.631730 Anti     b'+1:lemma:antibody'
1.621230 O        b'lemma:input'
1.621230 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.620022 Anti     b'-1:lemma::'
1.615490 Supp     b'+1:lemma:_'
1.613622 Gversion b'lemma:_'
1.603714 Technique b'postag:NNP'
1.600143 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.592037 Med      b'postag:NNP'
1.586307 Gtype    b'lemma:phtpg'
1.578417 Gtype    b'+1:postag::'
1.575968 Med      b'-1:lemma:in'
1.575707 Temp     b'lemma:37'
1.558826 Air      b'-1:lemma:_'
1.556804 O        b'-1:lemma:min'
1.554805 O        b'lemma:s'
1.552388 Gtype    b'lemma:delta-arca'
1.546336 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
1.544227 Technique b'+1:ner:TF'
1.540727 Gversion b'+1:lemma:genome'
1.538974 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.534362 Med      b'-1:postag:JJ'
1.534198 Air      b'-1:postag::'
1.533861 O        b'lemma:chip-fnr'
1.523999 O        b'+1:lemma:coli'
1.516921 O        b'-1:lemma:acetate'
1.515189 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.507161 Supp     b'lemma:rifampicin'
1.506675 O        b'+1:postag:RB'
1.499129 O        b'-1:lemma:l1'
1.498192 Supp     b'+1:lemma:hour'
1.497258 Med      b'+1:lemma:minimal'
1.496785 OD       b'+1:lemma:of'
1.494736 Air      b'postag:JJ'
1.494736 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.494048 OD       b'lemma:0.3'
1.491981 O        b'-1:lemma:wt'
1.488038 Technique b'lemma:-lrb-'
1.488022 O        b'-1:lemma:stpa'
1.487797 Air      b'-1:lemma:ryhb'
1.485648 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.474873 Technique b'postag:-LRB-'
1.469181 O        b'lemma:A'
1.469012 Technique b'-1:lemma:1'
1.463138 O        b'lemma:culture'
1.459313 Gtype    b'lemma:wildtype'
1.453557 Med      b'lemma:medium'
1.449611 Technique b'-1:lemma:_'
1.431782 O        b'-1:lemma:into'
1.429788 Med      b'+1:lemma:+'
1.429680 Gtype    b'+1:lemma:control'
1.427604 O        b'lemma:genotype'
1.424133 pH       b'lemma:.5'
1.424133 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.414710 O        b'-1:lemma:nh4cl'
1.411678 Gtype    b'-1:lemma:factor'
1.403557 O        b'-1:lemma:.5'
1.398746 Supp     b'+1:lemma:min'
1.394415 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.387914 O        b'lemma:oxyr'
1.384364 Supp     b'-1:lemma:final'
1.382806 O        b'lemma:growth'
1.382488 Supp     b'+1:lemma:mm'
1.382488 Supp     b'+1:ner:KWSUPP'
1.381281 Gtype    b'lemma:flagtag'
1.378418 OD       b'-1:lemma:at'
1.376697 O        b'lemma:harbor'
1.375950 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
1.375839 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
1.374692 Gtype    b'-1:lemma:wild'
1.373740 Supp     b'lemma:fructose'
1.373325 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.369100 O        b'-1:lemma:Anaerobic'
1.359102 O        b'-1:lemma:aerobic'
1.354151 O        b'lemma:Fur'
1.347449 OD       b'-1:postag:IN'
1.345494 O        b'-1:lemma:no3'
1.333089 O        b'-1:lemma:Aerobic'
1.329164 Gtype    b'lemma:wild'
1.325704 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.319932 Supp     b'lemma:phosphate'
1.317960 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
1.315295 Supp     b'-1:lemma:contain'
1.314910 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.309074 Anti     b'+1:lemma:-lrb-'
1.305691 Strain   b'-1:lemma:.'
1.305691 Strain   b'-1:postag:.'
1.301977 Med      b'-1:lemma:fresh'
1.299427 O        b'postag:NNS'
1.294784 Technique b'+1:postag:NN'
1.285407 Phase    b'-1:lemma:until'
1.285236 Supp     b'+1:lemma:1m'
1.278548 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.277503 Technique b'+1:lemma:rpos'
1.268130 Supp     b'-1:lemma:1m'
1.266361 Supp     b'-1:postag:CD'
1.264182 O        b'lemma:ml'
1.253602 Supp     b'lemma:tryptophan'
1.253602 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
1.250491 Gtype    b'postag:JJ'
1.248111 Air      b'lemma:Aerobic'
1.247293 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.244876 Technique b'lemma:-rrb-'
1.243224 O        b'-1:lemma:phase'
1.242784 O        b'lemma:Lrp'
1.242714 O        b'lemma:cra'
1.236064 pH       b'lemma:5.5'
1.235752 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.234401 pH       b'+1:lemma:5.5'
1.232389 Gversion b'postag:CD'
1.227911 Vess     b'+1:postag:IN'
1.227176 Supp     b'lemma:glutamine'
1.227176 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
1.223164 Supp     b'-1:lemma:_'
1.216053 pH       b'-1:lemma:ph'
1.215619 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
1.211107 Gtype    b'+1:lemma:the'
1.206498 Med      b'+1:postag:CD'
1.204502 O        b'lemma:acetate'
1.203939 Supp     b'-1:lemma:m'
1.196661 Supp     b'postag:NNP'
1.196049 Gtype    b'-1:lemma::'
1.194465 O        b'postag:SYM'
1.194217 O        b'+2:ner:KWSUPP'
1.173769 Air      b'-1:lemma:%'
1.171037 O        b'lemma:C'
1.167156 Gversion b'-1:lemma:the'
1.166258 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
1.165988 O        b'+1:lemma:sparging'
1.164050 Air      b'-1:postag:CD'
1.158339 O        b'lemma:Genome'
1.157762 O        b'lemma:antibody'
1.154219 O        b'lemma:agitation'
1.152201 Technique b'-1:lemma:2'
1.151541 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
1.145892 O        b'+1:lemma:30'
1.145239 O        b'lemma:delta'
1.143921 O        b'+1:lemma:ph5'
1.142778 Supp     b'lemma:1m'
1.140539 Anti     b'-1:postag::'
1.139868 Supp     b'+1:lemma:mg/l'
1.139351 Anti     b'+1:lemma:from'
1.138722 O        b'lemma:c'
1.138719 Supp     b'-1:lemma:potassium'
1.135574 O        b'+1:lemma:acetate'
1.132513 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.131514 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.130400 pH       b'lemma:ph'
1.129834 Supp     b'lemma:Trp'
1.129511 O        b'-1:lemma:-80'
1.129312 O        b'-1:lemma:fructose'
1.127772 pH       b'-1:postag:NN'
1.124464 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.121537 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.113526 pH       b'-1:lemma:at'
1.109712 Technique b'-1:lemma:input'
1.109417 O        b'-1:ner:TF'
1.108963 O        b'+1:lemma:20'
1.107428 O        b'-1:lemma:media'
1.106411 O        b'-1:lemma:after'
1.106272 O        b'-1:lemma:grow'
1.105129 O        b'lemma:or'
1.103707 O        b'lemma:induction'
1.099335 Anti     b'lemma:anti-myc'
1.097168 OD       b'+1:postag:IN'
1.089809 Gtype    b'+1:lemma:fructose'
1.089635 Air      b'+1:lemma:b'
1.088199 Anti     b'-1:lemma:fnr'
1.086964 Gtype    b'lemma:ryhb'
1.085834 Gversion b'+1:postag:CD'
1.082385 Gtype    b'+1:ner:GEN'
1.080149 Air      b'+1:lemma:at'
1.079893 Temp     b'+1:lemma:and'
1.077879 Gtype    b'lemma:oxyr-8myc'
1.077879 Gtype    b'lemma:soxr-8myc'
1.077879 Gtype    b'lemma:soxs-8myc'
1.076705 Supp     b'lemma:final'
1.073933 Supp     b'lemma:30'
1.072333 O        b'lemma:for'
1.064524 Gtype    b'lemma:Wild'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-soxr'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-gadx'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-gadw'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-oxyr'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-gade'
1.063613 Gtype    b'lemma:delta-soxs'
1.062953 Anti     b'lemma:anti-rpos'
1.062308 Supp     b'lemma:sodium'
1.062224 Gtype    b'lemma:\xce\xb4arca'
1.060969 Gtype    b'lemma:ompr-8myc'
1.059317 Gtype    b'lemma:gade-8myc'
1.059317 Gtype    b'lemma:\xce\xb4seqa'
1.059091 O        b'lemma:um'
1.058572 Temp     b'lemma:sample'
1.058022 O        b'-1:lemma:or'
1.056106 O        b'-1:ner:_'
1.050851 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
1.048088 OD       b'-1:lemma:~'
1.044671 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
1.043523 O        b'+1:lemma::'
1.043116 Phase    b'+1:lemma:culture'
1.038957 Supp     b'-1:postag:IN'
1.037324 O        b'-1:lemma:arginine'
1.035700 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.024993 Supp     b'+1:lemma:anaerobically'
1.024259 Phase    b'lemma:pahse'
1.023735 Supp     b'lemma:cm20'
1.023735 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.022798 O        b'lemma:tag'
1.021481 Gtype    b'lemma:crp'
1.018910 Technique b'-2:ner:TF'
1.017409 Agit     b'-1:postag:CD'
1.016849 Gversion b'-1:postag:DT'
1.012681 O        b'lemma::'
1.011347 Supp     b'lemma:2g/l'
1.011347 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
1.010710 Supp     b'-1:lemma:respiration'
1.010710 Supp     b'+1:lemma:mmol'
1.007698 Anti     b'lemma:anti-rpob'
1.005690 Gtype    b'+1:lemma:nacl'
1.005032 Supp     b'-1:lemma:without'
1.001943 O        b'+1:lemma:250'
1.000951 Supp     b'-1:lemma:0.2'
0.999421 OD       b'+1:lemma:~'
0.997784 O        b'+2:ner:_'
0.995409 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
0.995258 Med      b'lemma:2'
0.992450 Gtype    b'lemma:purr-8myc'
0.989266 Phase    b'+1:lemma:phase'
0.988621 OD       b'+1:lemma:0.3'
0.984780 Technique b'postag:-RRB-'
0.984541 OD       b'+1:lemma:,'
0.984541 OD       b'+1:postag:,'
0.983626 O        b'lemma:genbank'
0.980100 Air      b'-1:lemma:phase'
0.978437 Gtype    b'-1:postag::'
0.978186 Air      b'+1:lemma:%'
0.977831 Med      b'+1:postag:-LRB-'
0.976614 O        b'lemma:contain'
0.976483 Gtype    b'lemma:fnr-8myc'
0.967965 OD       b'postag:CD'
0.965026 O        b'lemma:to'
0.965026 O        b'postag:TO'
0.964824 Med      b'+1:lemma:supplement'
0.964774 OD       b'lemma:o.d.'
0.964774 OD       b'+1:lemma:600nm'
0.964444 Technique b'+1:lemma:Anaerobic'
0.962722 O        b'+1:lemma:dpd'
0.959236 Gtype    b'lemma:lrp-8myc'
0.955182 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
0.955182 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
0.954847 Supp     b'+1:lemma:phosphate'
0.950337 Gtype    b'-1:lemma:harbor'
0.950330 Air      b'+1:lemma:95'
0.946063 O        b'+1:lemma:od450'
0.941579 Supp     b'+1:lemma:be'
0.940225 Phase    b'-1:lemma::'
0.939160 Phase    b'+1:lemma:for'
0.937071 Anti     b'+1:postag:NN'
0.936117 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
0.935326 Med      b'+1:lemma:g/l'
0.931180 O        b'lemma:lrp'
0.929547 Supp     b'-1:lemma:ompr'
0.928731 O        b'lemma:ntrc'
0.928731 O        b'lemma:csir'
0.928476 OD       b'lemma:0.3-0.35'
0.928056 Temp     b'+1:postag:CC'
0.927740 pH       b'+1:lemma:.'
0.927740 pH       b'+1:postag:.'
0.927359 Gtype    b'lemma:\xce\xb4gade'
0.927087 Med      b'lemma:glucose'
0.925913 Gtype    b'lemma:\xce\xb4gadw'
0.925913 Gtype    b'lemma:\xce\xb4gadx'
0.924473 O        b'+1:ner:_'
0.923047 O        b'lemma:pt7'
0.920856 Supp     b'+1:lemma:1/100'
0.913385 Air      b'-1:lemma:cm20'
0.913344 Med      b'-1:lemma:w2'
0.910135 O        b'+1:lemma:wash'
0.910122 Gtype    b'+1:lemma:cra'
0.907700 Air      b'lemma:%'
0.905826 Supp     b'+1:postag:VBD'
0.901108 O        b'+1:lemma:nacl'
0.897897 O        b'lemma:600'
0.896501 Phase    b'-1:lemma:the'
0.890108 Supp     b'lemma:20'
0.888898 Gtype    b'postag:NN'
0.886556 O        b'lemma:-80'
0.884504 O        b'postag:-RRB-'
0.884240 Temp     b'-1:postag:CD'
0.882906 O        b'+1:lemma:minute'
0.882490 Anti     b'-1:lemma:polymerase'
0.882042 Supp     b'+1:lemma:m'
0.872023 Agit     b'+1:lemma:-rrb-'
0.871535 O        b'lemma:Nac'
0.871372 Agit     b'+1:postag:-RRB-'
0.867352 Supp     b'+1:postag:JJ'
0.861722 O        b'+1:postag:NNP'
0.861375 OD       b'+1:postag:JJ'
0.858664 O        b'lemma:fresh'
0.856858 O        b'+1:lemma:fructose'
0.856275 O        b'-1:lemma:one'
0.854261 Supp     b'-1:lemma:30'
0.853504 O        b'+1:lemma:rifampicin'
0.852787 O        b'-1:lemma:genotype'
0.851164 O        b'lemma:hs2'
0.848443 O        b'lemma:one'
0.847633 O        b'lemma:rnase'
0.847594 O        b'+1:lemma:mid-log'
0.847491 OD       b'lemma:of'
0.844446 O        b'-1:lemma:.2'
0.844369 Med      b'postag:NNS'
0.842499 Technique b'postag:NN'
0.841210 O        b'-1:lemma:nitrate'
0.839523 Agit     b'-1:lemma:-lrb-'
0.836076 pH       b'-2:ner:SUPP'
0.831334 O        b'lemma:cell'
0.826623 O        b'lemma:IP'
0.824290 Agit     b'-1:postag:-LRB-'


Top negative:
0.075620 O        b'+1:lemma:tag'
0.074960 Supp     b'+1:lemma:10'
0.074780 O        b'-1:lemma:cell'
0.074753 Supp     b'-1:lemma:0.1'
0.074713 Phase    b'+2:ner:_'
0.074616 Air      b'+1:postag:CD'
0.073647 Med      b'-1:lemma:-lrb-'
0.072346 Gtype    b'lemma:-lrb-'
0.071287 Technique b'+2:ner:_'
0.071222 O        b'-1:lemma:NeoClone'
0.071222 O        b'+1:lemma:w0002'
0.071037 Supp     b'lemma:-lrb-'
0.070057 O        b'lemma:sc-28207'
0.069857 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
0.069520 Phase    b'+1:postag:IN'
0.069099 O        b'+1:lemma:licl'
0.068532 O        b'-1:lemma:source'
0.067474 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.067115 pH       b'-2:ner:TF'
0.067003 Gtype    b'+1:ner:SUPP'
0.066726 Med      b'-1:postag:-LRB-'
0.064954 O        b'+1:lemma:10'
0.061467 O        b'+1:lemma:voluman'
0.060294 Supp     b'lemma:mm'
0.060294 Supp     b'-1:ner:KWSUPP'
0.058652 Supp     b'lemma:and'
0.058193 O        b'lemma:coli'
0.056311 Med      b'+1:postag:NNS'
0.056170 Supp     b'-1:lemma:of'
0.055547 O        b'postag:VBZ'
0.054926 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptrc99a'
0.054074 O        b'lemma:condition'
0.053594 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4soxr'
0.053035 Strain   b'postag:NN'
0.052307 Med      b'+1:postag:CC'
0.051766 O        b'-1:lemma:95'
0.048692 Phase    b'-1:postag:IN'
0.048640 Anti     b'+1:lemma:polyclonal'
0.048588 Med      b'-1:postag:CC'
0.047424 Air      b'lemma:-rrb-'
0.046926 O        b'-1:lemma:incubate'
0.046062 Supp     b'+1:lemma:of'
0.045898 Supp     b'postag:-RRB-'
0.045820 pH       b'+1:lemma:1'
0.044596 O        b'-1:lemma:Cold'
0.044376 O        b'+1:lemma:culture'
0.044298 Anti     b'lemma:ihf'
0.043800 O        b'lemma:total'
0.041031 O        b'lemma:95'
0.040471 Gtype    b'+1:lemma:lacx74/ptg2'
0.039384 Technique b'-1:postag:CD'
0.038820 O        b'lemma:per-gene'
0.036673 pH       b'-1:ner:_'
0.036239 O        b'-1:lemma:to'
0.036239 O        b'-1:postag:TO'
0.035433 O        b'-1:lemma:by'
0.035324 O        b'-1:lemma:arca8myc'
0.032173 O        b'-1:postag:-RRB-'
0.031792 Air      b'lemma:-lrb-'
0.031161 Gtype    b'lemma:hn'
0.031105 Gtype    b'lemma:strain'
0.030208 O        b'+1:lemma:chipseq'
0.030167 O        b'lemma:NeoClone'
0.029505 O        b'+1:lemma:pre-cleared'
0.029212 O        b'lemma:read'
0.027003 O        b'-1:lemma:delta-fnr'
0.025891 O        b'lemma:two'
0.024790 O        b'+1:lemma:ethanol'
0.024309 Anti     b'+1:ner:_'
0.024195 Air      b'postag:-LRB-'
0.024007 pH       b'+1:lemma:2'
0.023974 Supp     b'lemma:ph'
0.023235 O        b'-1:lemma:Tris'
0.023198 O        b'+1:lemma:wild-type'
0.022956 Med      b'+1:lemma:-rrb-'
0.022348 Supp     b'postag:CC'
0.021766 O        b'+1:lemma:after'
0.020365 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4soxs'
0.020059 Anti     b'-1:lemma:Affinity'
0.019458 Med      b'+1:postag:-RRB-'
0.019090 Agit     b'+1:ner:_'
0.018287 Supp     b'postag:VBN'
0.017925 O        b'lemma:grow'
0.017845 O        b'lemma:crosslinking'
0.017390 O        b'-1:lemma:20'
0.016678 O        b'lemma:0.01'
0.015374 Air      b'postag:NNP'
0.015065 Gtype    b'+1:ner:TF'
0.013513 O        b'+1:lemma:stop'
0.013455 Gtype    b'+1:postag:NNP'
0.013136 Air      b'+2:ner:_'
0.010579 O        b'+1:lemma:LB'
0.010373 O        b'-1:lemma:with'
0.009839 O        b'-1:lemma:solution'
0.009113 O        b'lemma:harvest'
0.008932 Gtype    b'postag:CC'
0.008098 O        b'-1:lemma:harvest'
0.008071 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.007937 O        b'+1:lemma:delta-arca'
0.007629 Temp     b'-1:lemma:-lrb-'
0.007363 Air      b'postag:-RRB-'
0.007278 Supp     b'postag:-LRB-'
0.007131 Anti     b'lemma:polyclonal'
0.006949 Anti     b'-1:lemma:ihf'
0.006827 O        b'lemma:beginning'
0.006821 O        b'-1:lemma:build'
0.006560 O        b'lemma:nitrogen'
0.005531 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.004843 Gtype    b'+1:postag:IN'
0.004708 Temp     b'-1:postag:-LRB-'
0.004028 O        b'lemma:formaldehyde'
0.003615 Gversion b'-1:ner:_'
0.003560 Gtype    b'-1:postag:NNP'
0.003435 O        b'-1:lemma:anaerobically'
0.003384 O        b'+1:lemma:aerobic'
0.002809 Supp     b'-1:lemma:300'
0.002750 O        b'-1:lemma:um'
0.002750 O        b'+1:lemma:paraquat'
0.002137 Gtype    b'-1:postag:-RRB-'
0.002117 O        b'postag:VB'
0.001805 O        b'lemma:the'
0.001433 Supp     b'lemma:250'
0.001269 Gtype    b'lemma:cra'
0.000979 Gtype    b'lemma:,'
0.000979 Gtype    b'postag:,'
0.000455 O        b'-1:lemma:wild-type'
0.000339 O        b'lemma:ihf'
0.000245 Supp     b'postag:NNS'
0.000206 OD       b'postag:JJ'
0.000171 O        b'-1:lemma:MOPS'
0.000169 Gtype    b'+1:postag:-RRB-'
0.000148 O        b'+1:lemma:fnr'
0.000145 Gtype    b'+1:lemma:deletion'
0.000102 Gversion b'-1:postag:CD'
0.000081 OD       b'lemma:='
0.000047 O        b'+1:lemma:follow'
0.000043 O        b'-1:lemma:dilute'
0.000036 O        b'+1:lemma:asm584v2'
0.000028 O        b'-1:lemma:condition'
0.000022 O        b'-1:lemma:escherichia'
0.000017 O        b'+2:ner:Organism'
0.000011 O        b'-1:lemma:volume'
0.000010 O        b'-1:lemma:formaldehyde'
0.000003 O        b'lemma:reference'
-0.000003 O        b'+1:lemma:='
-0.000118 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.000172 Supp     b'lemma:um'
-0.000928 O        b'lemma:phase'
-0.001119 O        b'-1:lemma:300'
-0.001127 O        b'lemma:final'
-0.001212 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.003117 Air      b'postag:CD'
-0.003805 Air      b'+1:postag:NNS'
-0.004881 Anti     b'-1:ner:_'
-0.005469 Technique b'-1:lemma::'
-0.005577 Phase    b'-2:ner:SUPP'
-0.006001 Med      b'-1:lemma:m63'
-0.006894 O        b'+1:lemma:of'
-0.008209 Supp     b'+1:lemma:final'
-0.009376 O        b'lemma:and'
-0.010002 O        b'+1:lemma:pk4854'
-0.010531 O        b'+1:lemma:with'
-0.012052 Substrain b'+2:ner:_'
-0.012175 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.012175 Supp     b'-1:postag:.'
-0.013505 Agit     b'-2:ner:_'
-0.014411 OD       b'lemma:2.0'
-0.016692 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.017973 Vess     b'+2:ner:_'
-0.018286 O        b'-1:lemma:25'
-0.019653 O        b'+2:ner:MED'
-0.023454 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.023815 O        b'+1:lemma:strain'
-0.024748 Supp     b'+1:ner:SUPP'
-0.025086 O        b'lemma:8'
-0.025464 O        b'lemma:affinity'
-0.026859 O        b'lemma:0.1'
-0.027530 Supp     b'-1:lemma:the'
-0.031502 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.034287 Substrain b'+1:ner:_'
-0.034384 Med      b'+1:lemma:m9'
-0.036857 O        b'lemma:vol'
-0.036857 O        b'-1:lemma:1/100'
-0.044842 O        b'-1:lemma:gade'
-0.047738 O        b'lemma:1/100'
-0.047738 O        b'+1:lemma:vol'
-0.050649 O        b'+1:lemma:-lcb-'
-0.051181 O        b'lemma:mg/ml'
-0.051181 O        b'-1:lemma:150'
-0.051425 Supp     b'-1:lemma:8'
-0.052457 Temp     b'+2:ner:_'
-0.054659 O        b'lemma:25'
-0.056922 Phase    b'+1:ner:_'
-0.058719 Air      b'-1:postag:CC'
-0.060608 O        b'+1:lemma:-'
-0.062570 O        b'+1:lemma:min'
-0.063044 Air      b'-1:lemma:aerobically'
-0.063553 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.064162 O        b'-1:lemma:in'
-0.065045 Vess     b'postag:NN'
-0.066125 O        b'+1:lemma:anaerobically'
-0.067255 OD       b'+1:lemma:.'
-0.067255 OD       b'+1:postag:.'
-0.067385 O        b'+1:lemma:70'
-0.070908 O        b'-1:lemma:70'
-0.071938 O        b'lemma:70'
-0.073353 Anti     b'-1:postag:CD'
-0.073448 O        b'+1:postag:VB'
-0.075774 Supp     b'postag::'
-0.076474 Supp     b'lemma:.'
-0.076474 Supp     b'postag:.'
-0.077650 O        b'+1:lemma:25'
-0.079275 O        b'-1:lemma:gadw'
-0.081662 O        b'+2:ner:SUPP'
-0.083885 O        b'+1:postag:NNS'
-0.084340 O        b'lemma:m9'
-0.086026 O        b'+1:lemma:rna'
-0.086099 O        b'-1:postag:VB'
-0.086312 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.087537 O        b'+1:lemma:a'
-0.089533 O        b'-1:lemma:from'
-0.089735 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.090036 O        b'lemma:5'
-0.096918 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.096996 Supp     b'-1:lemma:in'
-0.097981 Supp     b'-2:ner:KWSUPP'
-0.098352 Med      b'-1:postag:NN'
-0.099725 O        b'-2:ner:SUPP'
-0.102318 Supp     b'postag:IN'
-0.102603 O        b'+1:lemma:ph'
-0.104044 O        b'+1:lemma:95'
-0.106289 Gtype    b'+1:postag:-LRB-'
-0.107990 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.107990 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.108591 O        b'lemma:fecl2'
-0.110567 O        b'+1:lemma:n2'
-0.112472 O        b'+1:lemma:o2'
-0.113621 O        b'-1:postag:VBN'
-0.114785 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.115530 Med      b'-1:postag:CD'
-0.115637 O        b'lemma:fructose'
-0.121846 Supp     b'-2:ner:_'
-0.122889 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.123902 O        b'-1:postag:DT'
-0.129015 O        b'+2:ner:TF'
-0.130292 O        b'lemma:;'
-0.130292 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.133202 O        b'-1:lemma:m9'
-0.133501 O        b'lemma:nitrate'
-0.139781 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.142265 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.144592 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.145406 Supp     b'+2:ner:_'
-0.145644 O        b'+1:lemma:purify'
-0.146446 O        b'+1:lemma:delta'
-0.150530 Med      b'postag:JJ'
-0.151629 Supp     b'lemma:,'
-0.151629 Supp     b'postag:,'
-0.151858 O        b'+1:lemma:5'
-0.152185 Vess     b'-2:ner:_'
-0.152477 O        b'lemma:%'
-0.152513 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.152968 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.153165 Gtype    b'+1:lemma:b'
-0.153754 O        b'+1:lemma:_'
-0.153972 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.155016 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.156924 Agit     b'-1:ner:_'
-0.158301 O        b'lemma:dpd'
-0.159084 Supp     b'+2:ner:KWSUPP'
-0.160252 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.160747 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.162773 O        b'+1:lemma:7.6'
-0.164959 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.165907 O        b'+1:postag:CD'
-0.166889 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.169446 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.176593 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.180478 Gtype    b'lemma:fnr'
-0.181555 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.186910 O        b'-1:lemma:affinity'
-0.190044 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.194318 Supp     b'postag:CD'
-0.195107 Substrain b'-2:ner:_'
-0.195613 O        b'+1:lemma:until'
-0.198235 O        b'-1:lemma:of'
-0.199022 O        b'-1:postag:CD'
-0.199089 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.202002 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.205722 O        b'+1:lemma:.'
-0.205722 O        b'+1:postag:.'
-0.216307 O        b'-1:lemma:k-12'
-0.216945 O        b'lemma:o2'
-0.217003 O        b'lemma:150'
-0.217003 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.218075 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.218075 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.221145 O        b'lemma:rna'
-0.223229 O        b'lemma:chip-exo'
-0.225131 Anti     b'postag:CD'
-0.227706 O        b'+1:lemma:mm'
-0.227706 O        b'+1:ner:KWSUPP'
-0.231270 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.233867 Strain   b'+2:ner:_'
-0.246096 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.251497 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.252997 Vess     b'+1:ner:_'
-0.253651 O        b'lemma:0.2'
-0.260163 Strain   b'+1:ner:_'
-0.263511 O        b'+1:lemma:co2'
-0.264395 Technique b'-2:ner:_'
-0.268515 O        b'lemma:n2'
-0.269039 O        b'+1:lemma:b'
-0.275669 Vess     b'-1:ner:_'
-0.278234 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.278953 Temp     b'postag:JJ'
-0.279029 Med      b'postag:CD'
-0.280385 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.280713 Strain   b'-1:ner:_'
-0.282931 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.284230 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.284388 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.285435 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.286402 O        b'-1:lemma:delta'
-0.290836 Supp     b'lemma:10'
-0.295768 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.301118 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.302775 Gtype    b'postag:VBG'
-0.310347 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.312919 OD       b'+1:lemma:2.0'
-0.319713 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.323266 O        b'+1:lemma:~'
-0.327074 O        b'+1:postag:VBG'
-0.327121 O        b'lemma:7.6'
-0.327121 O        b'+1:lemma:;'
-0.327442 O        b'lemma:co2'
-0.332428 Supp     b'lemma:paraquat'
-0.333237 O        b'lemma:dissolve'
-0.334151 Supp     b'lemma:300'
-0.335147 Anti     b'+2:ner:_'
-0.343571 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.343673 pH       b'+2:ner:_'
-0.345645 O        b'+1:lemma:the'
-0.347631 O        b'lemma:purify'
-0.351112 Gtype    b'-1:postag:CC'
-0.353869 Gtype    b'-1:lemma:fur'
-0.354616 Substrain b'-1:ner:_'
-0.355411 O        b'lemma:20'
-0.356304 O        b'lemma:1m'
-0.366220 O        b'-1:lemma:%'
-0.378656 O        b'-1:lemma:od600'
-0.380532 O        b'-1:ner:GEN'
-0.381058 Med      b'postag:-LRB-'
-0.381984 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.385385 O        b'+1:lemma:sample'
-0.387663 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.388902 Gtype    b'postag::'
-0.391014 O        b'-1:lemma:o2'
-0.395841 O        b'-1:lemma:purify'
-0.408659 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.414384 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.416377 O        b'lemma:ph'
-0.417438 Phase    b'postag:JJ'
-0.419457 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.420640 O        b'-1:lemma:.'
-0.420640 O        b'-1:postag:.'
-0.423669 OD       b'postag:NN'
-0.423873 Gtype    b'lemma:delta'
-0.424692 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.427179 Technique b'-1:postag::'
-0.428967 Med      b'+1:postag:IN'
-0.433477 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.440687 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.443210 O        b'-1:lemma:the'
-0.444493 Med      b'-1:ner:_'
-0.451953 O        b'lemma:lb'
-0.452809 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.458714 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.462476 O        b'-1:lemma:mm'
-0.465886 Supp     b'lemma:2'
-0.466572 O        b'-1:lemma:rna'
-0.478015 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.485129 Gtype    b'lemma:control'
-0.487492 pH       b'-2:ner:_'
-0.487970 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.488593 O        b'-1:lemma:harbor'
-0.493172 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.495681 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.495870 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.496014 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.498335 Med      b'-1:postag:IN'
-0.500480 Gtype    b'lemma:ompr'
-0.510704 O        b'-1:lemma:n2'
-0.513069 O        b'+1:lemma:%'
-0.516207 O        b'lemma:medium'
-0.518565 O        b'-1:lemma:1m'
-0.519833 O        b'+1:postag:IN'
-0.524765 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.525178 Air      b'-1:lemma::'
-0.531101 O        b'-1:lemma:final'
-0.532125 O        b'lemma:m'
-0.535682 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.545561 O        b'+1:lemma:from'
-0.545825 O        b'+1:lemma:1m'
-0.547142 O        b'lemma:od600'
-0.551893 O        b'-1:lemma:250'
-0.552282 O        b'postag:RB'
-0.555650 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.555650 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.557944 O        b'lemma:250'
-0.568718 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.573142 Med      b'+1:ner:MED'
-0.575961 Anti     b'postag:NNP'
-0.585111 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.588491 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.591393 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.595235 Gtype    b'postag:CD'
-0.596856 O        b'lemma:pahse'
-0.598826 O        b'+1:lemma:300'
-0.605539 O        b'lemma:methanol'
-0.611213 Gtype    b'-1:lemma:-'
-0.614258 O        b'+1:postag:DT'
-0.617011 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-0.622446 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.630749 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.631332 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.640282 Agit     b'postag:NN'
-0.647292 O        b'-1:postag:IN'
-0.651749 Med      b'+1:postag:NN'
-0.658847 pH       b'postag:NN'
-0.671838 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.680256 Med      b'-2:ner:MED'
-0.680669 O        b'+1:lemma:contain'
-0.687430 O        b'+1:lemma:m'
-0.689489 O        b'lemma:sample'
-0.701782 O        b'+1:lemma:media'
-0.705819 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.718924 O        b'-1:postag:VBG'
-0.727588 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.733341 O        b'lemma:anaerobic'
-0.734295 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.760470 O        b'+1:lemma:at'
-0.777924 O        b'-1:lemma:~'
-0.780256 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.793827 O        b'lemma:37'
-0.805862 O        b'lemma:nh4cl'
-0.810630 O        b'lemma:m63'
-0.820599 O        b'+1:lemma:genome'
-0.821143 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.826736 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.862593 O        b'-1:lemma:ph'
-0.863490 O        b'lemma:aerobic'
-0.863724 O        b'-1:lemma:37'
-0.883961 O        b'lemma:minimal'
-0.894908 O        b'lemma:nacl'
-0.908766 O        b'lemma:mid-log'
-0.971877 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.973705 O        b'lemma:rifampicin'
-0.976341 O        b'lemma:30'
-0.978127 O        b'+1:lemma:in'
-0.982598 O        b'-2:ner:TF'
-1.038157 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.050405 O        b'lemma:of'
-1.050833 O        b'-1:lemma:m'
-1.068094 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.080400 Temp     b'postag:NN'
-1.103589 Phase    b'-1:postag:JJ'
-1.107359 O        b'-1:lemma:until'
-1.113429 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.121731 O        b'+1:lemma:+'
-1.127210 Air      b'postag:NN'
-1.130199 Supp     b'+1:lemma:,'
-1.130199 Supp     b'+1:postag:,'
-1.139062 O        b'-1:lemma:30'
-1.140385 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.149334 O        b'-1:lemma:1'
-1.175681 O        b'-1:postag::'
-1.206043 Technique b'+1:ner:_'
-1.216406 Temp     b'+1:lemma:with'
-1.217345 O        b'lemma:wt'
-1.222141 O        b'lemma:media'
-1.245225 O        b'lemma:0.3'
-1.283767 O        b'-1:lemma:contain'
-1.291456 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-1.315586 Supp     b'postag:JJ'
-1.388701 O        b'-1:lemma:co2'
-1.399530 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.445341 O        b'-1:lemma:ml'
-1.451028 O        b'+1:lemma:hour'
-1.460605 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-1.492055 O        b'-1:lemma:IP'
-1.537566 O        b'-1:lemma:2'
-1.566824 O        b'+1:lemma:1'
-1.580796 OD       b'+1:postag:NN'
-1.601406 O        b'-1:lemma:sample'
-1.614506 O        b'+1:lemma:2'
-2.068226 O        b'-1:lemma:vol'
-2.092821 O        b'lemma:aerobically'
-2.450935 O        b'-1:lemma:_'
-3.186662 O        b'-1:lemma::'