report_Run14_v10.txt 40.4 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.04607823163068775, 'c2': 0.04048941023960249}
best CV score:0.8497587132907273
model size: 0.13M

Flat F1: 0.821195342443593
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      1.000     0.800     0.889        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.595     0.568     0.581        88
       Anti      0.765     1.000     0.867        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.984     0.795     0.879        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.859     0.853     0.856       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.864     0.789     0.821       484


Top likely transitions:
Temp   -> Temp    5.256027
Anti   -> Anti    4.677461
OD     -> OD      4.613703
Med    -> Med     4.604734
Air    -> Air     4.369764
Phase  -> Phase   4.349931
Gtype  -> Gtype   4.260383
Gversion -> Gversion 3.911257
Supp   -> Supp    3.901244
pH     -> pH      3.179228
O      -> O       3.075320
Technique -> Technique 3.047814
Substrain -> Gtype   1.881322
Agit   -> Agit    1.730924
Technique -> Air     1.444872
O      -> Technique 0.780515
Air    -> O       0.319418
O      -> Gtype   0.297695
O      -> Strain  0.234470
Temp   -> O       0.149602
Gtype  -> Supp    0.126848
Gtype  -> pH      0.056858
O      -> Temp    0.000005
O      -> Substrain -0.000006
Med    -> Gtype   -0.000138
OD     -> Technique -0.000175
Gversion -> Gtype   -0.000504
O      -> Supp    -0.001681
Substrain -> Supp    -0.002472
OD     -> Gtype   -0.002836
Anti   -> O       -0.003726
Air    -> Temp    -0.005599
O      -> Agit    -0.007540
Supp   -> Gversion -0.008419
Med    -> Technique -0.009139
Med    -> Air     -0.010687
Temp   -> Air     -0.036716
Technique -> Med     -0.044860
Phase  -> Air     -0.053649
Supp   -> Anti    -0.058235
Phase  -> Gtype   -0.079346
Supp   -> Temp    -0.095447
Air    -> OD      -0.104962
Supp   -> pH      -0.147407
Air    -> Phase   -0.150266
O      -> Phase   -0.151040
Temp   -> Supp    -0.151660
Phase  -> Technique -0.173608
Gtype  -> Phase   -0.193907
Gtype  -> Gversion -0.200343
Air    -> pH      -0.201198
Phase  -> Supp    -0.215620
Med    -> O       -0.221966
O      -> Gversion -0.231770
Technique -> OD      -0.246712
Supp   -> Phase   -0.248414
OD     -> O       -0.276705
Gversion -> Supp    -0.279035
O      -> Anti    -0.293449
Supp   -> Air     -0.306022
Supp   -> Technique -0.311570
Air    -> Med     -0.326910
pH     -> Supp    -0.332063
Air    -> Agit    -0.352273
Gtype  -> Anti    -0.353631
Gversion -> O       -0.360342
Air    -> Gtype   -0.363969
O      -> OD      -0.370008
Anti   -> Gtype   -0.373609
Supp   -> OD      -0.378337
OD     -> Supp    -0.401997
Gtype  -> OD      -0.403698
Anti   -> Supp    -0.418897
Supp   -> O       -0.445317
Technique -> O       -0.476901
Phase  -> Med     -0.481198
Gtype  -> Technique -0.523398
Technique -> Supp    -0.528567
Phase  -> OD      -0.550289
Gtype  -> Med     -0.562686
OD     -> Air     -0.617427
Phase  -> O       -0.622309
Supp   -> Gtype   -0.623549
Agit   -> Air     -0.654811
Temp   -> Med     -0.674238
O      -> Med     -0.747399
Technique -> Gtype   -0.755325
Supp   -> Med     -0.757676
Gtype  -> Temp    -0.882371
Air    -> Supp    -0.971443
Technique -> pH      -1.256849
Gtype  -> O       -1.285624
O      -> Air     -1.296571
Substrain -> O       -1.314303
Med    -> Supp    -1.832898


Top unlikely transitions:
Temp   -> Temp    5.256027
Anti   -> Anti    4.677461
OD     -> OD      4.613703
Med    -> Med     4.604734
Air    -> Air     4.369764
Phase  -> Phase   4.349931
Gtype  -> Gtype   4.260383
Gversion -> Gversion 3.911257
Supp   -> Supp    3.901244
pH     -> pH      3.179228
O      -> O       3.075320
Technique -> Technique 3.047814
Substrain -> Gtype   1.881322
Agit   -> Agit    1.730924
Technique -> Air     1.444872
O      -> Technique 0.780515
Air    -> O       0.319418
O      -> Gtype   0.297695
O      -> Strain  0.234470
Temp   -> O       0.149602
Gtype  -> Supp    0.126848
Gtype  -> pH      0.056858
O      -> Temp    0.000005
O      -> Substrain -0.000006
Med    -> Gtype   -0.000138
OD     -> Technique -0.000175
Gversion -> Gtype   -0.000504
O      -> Supp    -0.001681
Substrain -> Supp    -0.002472
OD     -> Gtype   -0.002836
Anti   -> O       -0.003726
Air    -> Temp    -0.005599
O      -> Agit    -0.007540
Supp   -> Gversion -0.008419
Med    -> Technique -0.009139
Med    -> Air     -0.010687
Temp   -> Air     -0.036716
Technique -> Med     -0.044860
Phase  -> Air     -0.053649
Supp   -> Anti    -0.058235
Phase  -> Gtype   -0.079346
Supp   -> Temp    -0.095447
Air    -> OD      -0.104962
Supp   -> pH      -0.147407
Air    -> Phase   -0.150266
O      -> Phase   -0.151040
Temp   -> Supp    -0.151660
Phase  -> Technique -0.173608
Gtype  -> Phase   -0.193907
Gtype  -> Gversion -0.200343
Air    -> pH      -0.201198
Phase  -> Supp    -0.215620
Med    -> O       -0.221966
O      -> Gversion -0.231770
Technique -> OD      -0.246712
Supp   -> Phase   -0.248414
OD     -> O       -0.276705
Gversion -> Supp    -0.279035
O      -> Anti    -0.293449
Supp   -> Air     -0.306022
Supp   -> Technique -0.311570
Air    -> Med     -0.326910
pH     -> Supp    -0.332063
Air    -> Agit    -0.352273
Gtype  -> Anti    -0.353631
Gversion -> O       -0.360342
Air    -> Gtype   -0.363969
O      -> OD      -0.370008
Anti   -> Gtype   -0.373609
Supp   -> OD      -0.378337
OD     -> Supp    -0.401997
Gtype  -> OD      -0.403698
Anti   -> Supp    -0.418897
Supp   -> O       -0.445317
Technique -> O       -0.476901
Phase  -> Med     -0.481198
Gtype  -> Technique -0.523398
Technique -> Supp    -0.528567
Phase  -> OD      -0.550289
Gtype  -> Med     -0.562686
OD     -> Air     -0.617427
Phase  -> O       -0.622309
Supp   -> Gtype   -0.623549
Agit   -> Air     -0.654811
Temp   -> Med     -0.674238
O      -> Med     -0.747399
Technique -> Gtype   -0.755325
Supp   -> Med     -0.757676
Gtype  -> Temp    -0.882371
Air    -> Supp    -0.971443
Technique -> pH      -1.256849
Gtype  -> O       -1.285624
O      -> Air     -1.296571
Substrain -> O       -1.314303
Med    -> Supp    -1.832898


Top positive:
5.277927 O        b'lemma:_'
4.826618 O        b'-2:lemma:_'
4.779516 Anti     b'-2:lemma:antibody'
4.526579 O        b'lemma:1'
4.506885 Gtype    b'lemma:wt'
4.186581 Supp     b'lemma:no3'
4.156014 O        b'lemma:2'
4.116634 Air      b'lemma:anaerobic'
4.092344 Gtype    b'hGreek'
4.059384 Phase    b'lemma:mid-log'
3.981678 Supp     b'lemma:pq'
3.955302 Technique b'lemma:chipseq'
3.681486 O        b'lemma:-'
3.633336 Phase    b'-2:lemma:phase'
3.462260 O        b'lemma:3'
3.449845 Gtype    b'lemma:type'
3.243937 O        b'lemma:Cra'
3.222797 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.187755 Supp     b'lemma:Iron'
3.187755 Supp     b'-2:lemma:Anaerobic'
3.139684 Gtype    b'-2:lemma:genotype/variation'
3.121600 O        b'lemma:b'
3.072721 O        b'lemma:.'
3.072721 O        b'postag:.'
3.019569 Supp     b'lemma:2h'
3.019569 Supp     b'-1:lemma:additional'
3.008980 O        b'postag::'
3.002448 Gtype    b'-1:ner:GEN'
2.935271 O        b'lemma:rpob'
2.877270 Supp     b'lemma:nh4cl'
2.841207 O        b'+2:lemma:\xc2\xb0c'
2.741935 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.739436 Strain   b'lemma:k-12'
2.731575 Air      b'lemma:aerobically'
2.694543 O        b'lemma:with'
2.617186 Air      b'-2:lemma:IP'
2.576516 Gtype    b'-2:lemma:genotype'
2.546185 O        b'lemma:CEL'
2.534805 Gtype    b'+1:lemma:type'
2.528291 Air      b'lemma:aerobic'
2.502095 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
2.489748 Supp     b'-1:ner:SUPP'
2.479083 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
2.464364 Supp     b'lemma:nacl'
2.382963 O        b'-1:lemma:tag'
2.379948 Substrain b'-2:lemma:substr'
2.364178 O        b'+1:lemma:pq'
2.359702 pH       b'lemma:ph5'
2.359702 pH       b'+1:lemma:.5'
2.357875 O        b'lemma:a'
2.348861 Phase    b'postag:NN'
2.336016 Substrain b'lemma:mg1655'
2.309098 Technique b'lemma:ChIP-exo'
2.306503 Supp     b'lemma:acetate'
2.303729 O        b'-2:lemma:myc'
2.302596 O        b'lemma:purr'
2.295943 Med      b'lemma:lb'
2.295848 Air      b'lemma:anaeroibc'
2.287618 Supp     b'lemma:iptg'
2.282334 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
2.278320 Technique b'hUpper'
2.268777 O        b'postag:VBG'
2.251090 Technique b'-2:lemma:wt'
2.249499 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.234340 O        b'-1:postag:NNS'
2.233245 O        b'-2:lemma:flagtag'
2.231391 Med      b'lemma:LB'
2.210499 Med      b'lemma:m63'
2.188693 Supp     b'+1:lemma:2'
2.187924 Supp     b'-1:lemma:+'
2.181923 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.181508 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.178801 O        b'-1:lemma:0.3'
2.178026 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.162158 Supp     b'+1:lemma:1'
2.153426 Air      b'postag:JJ'
2.135079 Supp     b'+2:lemma:iptg'
2.124652 pH       b'+1:postag:CD'
2.099684 Air      b'postag:RB'
2.095863 Supp     b'-1:lemma:with'
2.093418 O        b'lemma:\xcf\x8332'
2.086892 Supp     b'lemma:Adenine'
2.083993 Med      b'lemma:media'
2.082336 Air      b'-1:lemma:-'
2.025473 O        b'-1:lemma:glucose'
2.022132 O        b'lemma:genotype/variation'
2.014571 Supp     b'-2:lemma:shake'
2.009827 O        b'lemma:rep2'
2.009827 O        b'lemma:rep1'
1.986524 Supp     b'-2:lemma:for'
1.979490 Med      b'lemma:MOPS'
1.976562 Air      b'-1:lemma:co2'
1.976020 O        b'-2:lemma:ChIP-Seq'
1.973313 Supp     b'lemma:fructose'
1.946098 Supp     b'+1:lemma:_'
1.945416 Gtype    b'-2:lemma:affyexp'
1.937064 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.936205 Temp     b'-1:lemma:37'
1.934883 O        b'lemma:ompr'
1.934147 O        b'lemma:argr'
1.929224 O        b'-1:lemma:pq'
1.927834 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
1.924683 Technique b'-1:lemma:_'
1.906886 O        b'lemma:trpr'
1.906464 Temp     b'lemma:37'
1.905323 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.902435 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
1.892088 Technique b'+2:lemma:ph5'
1.876159 Med      b'+2:postag:CC'
1.873260 O        b'+1:lemma:wt'
1.865153 Supp     b'+2:lemma:A'
1.857247 O        b'-2:lemma:fructose'
1.855877 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.851466 Supp     b'lemma:arginine'
1.845446 Supp     b'-2:lemma:media'
1.840180 Phase    b'lemma:stationary'
1.840180 Phase    b'lemma:exponential'
1.838088 O        b'postag:IN'
1.833527 Phase    b'+2:lemma:o.d.'
1.828848 Med      b'+2:lemma:b2'
1.826834 O        b'-1:lemma:wt'
1.806298 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.806298 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
1.796903 Temp     b'lemma:43'
1.795358 Supp     b'-2:lemma:argr'
1.757619 O        b'lemma::'
1.755713 Gtype    b'lemma:arca8myc'
1.755713 Gtype    b'-2:lemma:chip-arca'
1.745625 O        b'+2:lemma:crp'
1.738531 Gversion b'lemma:.2'
1.738531 Gversion b'-1:lemma:u00096'
1.725343 Supp     b'lemma:Leu'
1.725343 Supp     b'-2:lemma:Lrp'
1.704207 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.704207 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.704207 Gtype    b'-2:lemma:seqa'
1.697422 Supp     b'+2:lemma:feso4'
1.694596 Med      b'-1:lemma:minimal'
1.689322 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
1.684208 O        b'lemma:affyexp'
1.651888 O        b'-1:lemma:lb'
1.644199 Supp     b'+2:lemma:rifampicin'
1.638841 O        b'lemma:at'
1.636325 Supp     b'-2:lemma:agent'
1.631483 Gversion b'-2:lemma:build'
1.629328 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.626909 O        b'-1:lemma:type'
1.625781 O        b'lemma:harbor'
1.624533 Air      b'-2:lemma:fnr'
1.617259 Temp     b'-1:lemma:43'
1.610690 O        b'-2:lemma:='
1.603282 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
1.602968 Temp     b'-1:lemma:sample'
1.600645 O        b'+1:lemma:od600'
1.597882 Gversion b'lemma:u00096'
1.597882 Gversion b'+1:lemma:.2'
1.591227 O        b'+1:lemma:coli'
1.585766 O        b'lemma:chip-arca'
1.585766 O        b'+2:lemma:arca8myc'
1.585063 O        b'lemma:culture'
1.569897 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.555867 Med      b'lemma:medium'
1.544562 Supp     b'-1:lemma:final'
1.541054 O        b'postag:VBN'
1.538163 Vess     b'lemma:flask'
1.538163 Vess     b'-1:lemma:warm'
1.538163 Vess     b'-2:lemma:pre'
1.538163 Vess     b'+2:lemma:43'
1.537246 Gversion b'lemma:asm584v2'
1.534236 Substrain b'lemma:mg1655star'
1.532323 Med      b'+1:lemma:0.4'
1.527342 O        b'lemma:chip-fnr'
1.527342 O        b'+2:lemma:fnr8myc'
1.521803 O        b'+1:postag:RB'
1.521726 Supp     b'-1:lemma:_'
1.507443 Substrain b'-1:lemma:.'
1.507443 Substrain b'-1:postag:.'
1.505768 Supp     b'-2:lemma:induce'
1.505638 O        b'-1:lemma:nacl'
1.501778 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
1.496322 O        b'-1:lemma:min'
1.463114 Gtype    b'+1:lemma:control'
1.462694 O        b'-2:lemma:medium'
1.461149 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.460992 Agit     b'lemma:250'
1.457321 O        b'lemma:soxr'
1.457321 O        b'lemma:soxs'
1.456727 Supp     b'lemma:glucose'
1.450989 Air      b'-2:lemma:mid-log'
1.448734 Air      b'-2:lemma:cm20'
1.443812 Air      b'-1:lemma:phase'
1.443027 Air      b'-1:lemma:_'
1.435977 Gversion b'-2:postag:VB'
1.431756 Technique b'-2:lemma:pt7'
1.431160 O        b'lemma:input'
1.431160 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.428014 Gtype    b'+1:postag::'
1.427089 Temp     b'-2:lemma:\xcf\x8332'
1.415709 Supp     b'lemma:Fe'
1.411848 Med      b'lemma:minimal'
1.410822 Med      b'-1:lemma:in'
1.405390 Technique b'lemma:rna-seq'
1.400102 Supp     b'-2:lemma:purr'
1.388535 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.382655 Gtype    b'+2:lemma:glucose'
1.377952 O        b'-1:lemma:aerobic'
1.376779 Technique b'lemma:rnaseq'
1.375898 Technique b'-1:lemma:input'
1.374873 O        b'+1:lemma:43'
1.373835 Air      b'-2:postag:CD'
1.365250 Air      b'+2:postag:CD'
1.364688 Med      b'-2:lemma:medium'
1.351072 OD       b'lemma:od450'
1.344121 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
1.336359 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.334547 Med      b'+1:lemma:2.0'
1.333308 Gtype    b'postag:JJ'
1.330761 Med      b'+2:lemma:b1'
1.328291 O        b'+1:lemma:250'
1.328218 Agit     b'lemma:rpm'
1.326863 Med      b'-2:lemma:minimal'
1.326496 Strain   b'+1:lemma:substr'
1.326496 Strain   b'-2:lemma:str'
1.323782 Gtype    b'-1:lemma:wild'
1.323141 Gtype    b'lemma:ptac'
1.320712 pH       b'lemma:.5'
1.320712 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.320312 OD       b'+1:postag:IN'
1.320036 Technique b'hLower'
1.315818 Agit     b'-1:lemma:250'
1.308232 O        b'postag:CC'
1.306376 Gtype    b'hUpper'
1.298617 Anti     b'+1:lemma:antibody'
1.297363 Supp     b'lemma:dpd'
1.294834 Gversion b'-2:lemma:genome'
1.290373 O        b'+1:lemma:0.2'
1.288065 O        b'-1:lemma:-80'
1.287189 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
1.282188 OD       b'+1:lemma:of'
1.281747 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.279906 O        b'-1:lemma:mg1655'
1.277566 O        b'-1:lemma:into'
1.273525 O        b'-1:lemma:induce'
1.273040 OD       b'-1:lemma:at'
1.267477 Temp     b'-2:lemma:keep'
1.263802 Gtype    b'-2:lemma:dna'
1.259307 O        b'-1:lemma:media'
1.256128 Agit     b'+2:lemma:at'
1.255519 O        b'-2:ner:MED'
1.254336 Gtype    b'+1:lemma:with'
1.253340 Med      b'+2:lemma:+'
1.246778 O        b'+1:lemma:20'
1.245088 Supp     b'-2:lemma:trpr'
1.244859 Supp     b'lemma:glutamine'
1.244859 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
1.241578 Supp     b'-1:lemma:ompr'
1.240623 Vess     b'-2:postag:JJ'
1.229560 O        b'-2:lemma:overnight'
1.229473 O        b'lemma:for'
1.228684 Med      b'postag:NNP'
1.225420 Air      b'-1:postag::'
1.221064 O        b'-2:lemma:anaerobic'
1.215437 O        b'-1:lemma:acetate'
1.214637 Phase    b'-2:lemma:until'
1.213978 Strain   b'-2:lemma:strain'
1.213965 O        b'lemma:chip'
1.210739 Gtype    b'lemma:nsrr'
1.210739 Gtype    b'+2:lemma:flagtag'
1.206442 Anti     b'+2:lemma:antibody'
1.205532 Med      b'-2:postag:JJ'
1.203089 Gversion b'lemma:000913'
1.203089 Gversion b'-2:lemma:nc'
1.201638 O        b'-1:lemma:nitrate'
1.201525 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
1.201525 Gtype    b'-2:lemma:chip-fnr'
1.200546 Gtype    b'-2:postag:JJ'
1.199748 Air      b'-2:lemma:%'
1.196636 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.196282 Supp     b'-2:postag:VBG'
1.194651 O        b'lemma:additional'
1.194651 O        b'+1:lemma:2h'
1.194373 O        b'lemma:A'
1.188512 Supp     b'postag:NNP'
1.188426 O        b'lemma:growth'
1.186378 O        b'lemma:gadx'
1.185488 Med      b'+1:lemma:+'
1.183851 OD       b'lemma:od600'
1.178756 Substrain b'+2:lemma::'
1.175243 Supp     b'lemma:30'
1.164550 Gtype    b'+1:lemma:pq'
1.162471 Med      b'-2:lemma:\xc2\xb0c'
1.161509 Med      b'+1:lemma:minimal'
1.158573 O        b'lemma:ml'
1.158016 Supp     b'+1:lemma:iptg'
1.148156 Vess     b'+1:lemma:at'
1.147805 Gtype    b'+1:lemma:mg1655'
1.141240 Technique b'-2:postag:NNP'
1.132825 O        b'postag:-RRB-'
1.127522 O        b'+1:lemma:rifampicin'
1.126190 OD       b'-2:lemma:od450'
1.121817 pH       b'lemma:5.5'
1.119760 Supp     b'lemma:0.2'
1.116870 O        b'lemma:lrp'
1.116670 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.116234 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
1.115116 Gtype    b'+1:lemma::'
1.112052 Technique b'-1:lemma:IP'
1.110688 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
1.109619 O        b'-2:lemma:Leu'
1.105767 Air      b'-2:lemma:0.3'
1.105766 Technique b'-2:lemma:Fur'
1.098413 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.090747 OD       b'lemma:0.3'
1.090005 Supp     b'+2:lemma:-lrb-'
1.088168 Substrain b'+2:postag::'
1.085982 Gtype    b'+2:lemma::'
1.084242 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
1.083928 Supp     b'-2:lemma:condition'
1.079384 O        b'lemma:cra'
1.073025 Gtype    b'lemma:wild'
1.072901 Gtype    b'-1:lemma:from'
1.072632 O        b'-2:lemma:no3'
1.071262 Phase    b'-1:lemma::'
1.068316 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
1.067767 OD       b'+2:lemma:0.3'
1.065794 Supp     b'-2:lemma:10'
1.064926 O        b'symb'
1.064396 O        b'-2:lemma:co2'
1.063437 O        b'-2:lemma:min'
1.061664 OD       b'lemma:of'
1.060044 Gtype    b'-1:postag:VBP'
1.055425 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.052648 Gtype    b'+2:ner:SUPP'
1.052628 Gtype    b'+2:lemma:control'
1.052604 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.052243 Gversion b'postag:NN'
1.051794 Med      b'-1:lemma:ml'
1.048952 O        b'+1:lemma:acetate'
1.040905 O        b'-2:lemma:Cra'
1.040859 O        b'lemma:~'
1.036510 O        b'postag:DT'
1.033511 Supp     b'+2:postag:-LRB-'
1.032229 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
1.028329 pH       b'-1:postag:NN'
1.025377 Supp     b'-1:lemma:30'
1.024120 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
1.023104 Supp     b'+2:lemma:add'
1.022547 O        b'+2:lemma:k-12'
1.022506 pH       b'+1:lemma:5.5'
1.021283 O        b'+2:postag:JJ'
1.017989 O        b'-1:lemma:l1'
1.016662 OD       b'postag:IN'
1.015342 Agit     b'-2:lemma:aerobically'
1.011083 Med      b'+1:postag:-LRB-'
1.009847 Gtype    b'lemma:WT'
1.007582 Supp     b'-1:postag:IN'
1.003175 Supp     b'-1:postag:CD'
1.002882 O        b'+2:lemma:constant'
1.001652 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.001652 Supp     b'+2:lemma:1/100'
0.998541 O        b'+2:lemma:chipseq'
0.993386 Supp     b'lemma:rifampicin'
0.992329 Gversion b'lemma:nc'
0.992329 Gversion b'+2:lemma:000913'
0.992117 Gtype    b'-2:lemma:ecolus'
0.990090 pH       b'lemma:ph'
0.988233 O        b'+1:ner:MED'
0.985841 Agit     b'+1:lemma:rpm'
0.982783 O        b'+1:postag:NNP'
0.982144 Air      b'-2:postag:SYM'
0.978118 O        b'+1:lemma::'
0.977296 O        b'lemma:treatment'
0.976199 Air      b'+2:lemma:%'
0.974170 Gtype    b'+1:lemma:the'
0.973988 Air      b'+1:lemma:%'
0.971231 Supp     b'+2:lemma:ph'
0.969770 Supp     b'+1:lemma:hour'
0.965649 Strain   b'+2:lemma:.'
0.965649 Strain   b'+2:postag:.'
0.965292 Phase    b'lemma:phase'
0.964621 Gtype    b'+2:postag::'
0.963918 Supp     b'lemma:Trp'
0.961111 Anti     b'-2:lemma:purify'
0.958833 Strain   b'-1:lemma:.'
0.958833 Strain   b'-1:postag:.'
0.955582 Gtype    b'lemma:Wild'
0.952812 O        b'lemma:-80'
0.952812 O        b'-2:lemma:freeze'
0.951502 O        b'lemma:s'
0.951502 O        b'-2:lemma:parameter'
0.944056 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
0.943246 Air      b'lemma:%'
0.943094 O        b'-2:lemma:ml'
0.941566 Technique b'+1:postag:NN'
0.938606 Temp     b'-2:postag:VBD'
0.938236 Med      b'-1:postag:JJ'
0.937796 OD       b'-1:lemma:od450'
0.932717 Supp     b'lemma:tryptophan'
0.932717 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
0.930888 Agit     b'-2:postag:RB'
0.925518 Supp     b'-2:lemma:20'
0.925093 Phase    b'-1:lemma:until'
0.923555 Med      b'-1:lemma::'
0.920144 O        b'lemma:-lrb-'
0.918492 Gtype    b'-2:lemma:delta'
0.912590 Air      b'+2:lemma:37'
0.911295 Supp     b'+2:postag:IN'
0.911141 pH       b'-2:lemma:at'
0.909627 Agit     b'+2:postag:IN'
0.909291 O        b'+1:lemma:ph5'
0.909291 O        b'+2:lemma:.5'
0.907336 Supp     b'-2:lemma:+'
0.906749 O        b'+2:lemma:of'
0.906651 O        b'lemma:+'
0.906223 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
0.903563 Gtype    b'+1:ner:GEN'
0.903540 Gversion b'-1:lemma:nc'
0.903540 Gversion b'+1:lemma:000913'
0.898200 Supp     b'-1:lemma:potassium'
0.898200 Supp     b'-2:lemma:mmol'
0.897319 Supp     b'-1:lemma:vol'
0.897319 Supp     b'-2:lemma:1/100'
0.897319 Supp     b'+2:lemma:1m'
0.894638 Med      b'postag:NNS'
0.893422 Supp     b'+1:lemma:deficient'
0.892162 Supp     b'-1:lemma:contain'
0.891478 Gtype    b'+2:lemma:lacz'
0.886753 Gversion b'lemma:_'
0.885484 O        b'-1:lemma:genbank'
0.885328 Gtype    b'-2:postag:NNS'
0.882828 Supp     b'-1:lemma:respiration'
0.882828 Supp     b'+1:lemma:mmol'
0.882828 Supp     b'+2:lemma:potassium'
0.882507 O        b'-1:ner:TF'
0.877410 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
0.871253 Anti     b'-1:lemma::'
0.870435 Anti     b'-1:lemma:fnr'
0.868684 OD       b'-1:postag:IN'
0.867431 O        b'lemma:E.'
0.865560 Anti     b'+2:postag:NNP'
0.865137 O        b'+1:postag::'
0.863636 Gtype    b'lemma:wild-type'
0.861653 Gtype    b'-1:lemma:vector'
0.860990 O        b'-2:lemma:mid-log'
0.860900 O        b'-1:lemma:dpd'
0.859587 pH       b'-1:lemma:ph'
0.855490 O        b'postag:VBD'
0.855087 Technique b'lemma:chip-exo'
0.852533 O        b'lemma:oxyr'
0.849874 Anti     b'hGreek'
0.849572 Phase    b'-1:postag::'
0.845725 O        b'+1:lemma:nacl'
0.845505 Supp     b'-2:lemma:pahse'
0.845326 O        b'-1:lemma:4'
0.844332 O        b'postag:-LRB-'
0.844257 Gversion b'+2:lemma:reference'
0.844190 O        b'+1:lemma:30'
0.842457 Supp     b'lemma:2g/l'
0.842457 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
0.842323 Technique b'+2:lemma:-rrb-'
0.840981 Air      b'-2:lemma:nh4cl'
0.837743 Gtype    b'lemma:phtpg'
0.837693 O        b'-1:lemma:genotype'
0.834922 Air      b'+1:lemma:b'
0.833740 Supp     b'-1:lemma:soxr'
0.833740 Supp     b'-1:lemma:soxs'
0.833221 O        b'-1:lemma:fructose'
0.832583 Technique b'+2:postag:-RRB-'
0.831623 Temp     b'+1:ner:_'
0.831533 O        b'postag:NNS'
0.830377 O        b'-1:ner:_'
0.827912 Technique b'+1:ner:TF'
0.827265 O        b'+2:lemma:w/v'
0.822337 O        b'+2:lemma:_'
0.819423 O        b'-1:lemma:nh4cl'
0.819364 Med      b'+1:lemma:medium'
0.818752 Supp     b'+1:lemma:mm'
0.818752 Supp     b'+1:ner:KWSUPP'
0.818265 Supp     b'+1:lemma:1m'
0.818265 Supp     b'-2:lemma:vol'
0.816713 O        b'+2:lemma:acetate'
0.815662 Supp     b'-1:lemma:0.2'
0.814591 Gtype    b'-2:lemma:of'
0.814578 O        b'-1:lemma:antibody'
0.814397 Anti     b'-2:lemma:polymerase'
0.813374 Temp     b'+1:postag:JJ'
0.807713 Supp     b'+2:lemma:b'
0.804931 Med      b'-1:ner:MED'
0.800285 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
0.800285 Anti     b'+2:lemma:NeoClone'
0.800272 Gtype    b'+2:lemma:tag'
0.799338 Gversion b'+1:lemma:genome'
0.799337 Gtype    b'+2:lemma:rep2'
0.799337 Gtype    b'+2:lemma:rep1'
0.797431 Gtype    b'lemma:crp'
0.796966 Supp     b'+1:lemma:mg/l'
0.796966 Supp     b'+2:lemma:tryptophan'
0.796439 O        b'lemma:-rrb-'
0.796338 Gtype    b'hLower'
0.796273 O        b'+2:lemma:aerobically'


Top negative:
-0.015381 OD       b'-2:lemma:a'
-0.015817 Temp     b'+2:postag:JJ'
-0.015905 O        b'-2:lemma:into'
-0.016429 Med      b'-2:lemma:m9'
-0.017127 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.017459 Air      b'-2:postag:-LRB-'
-0.017930 O        b'-1:lemma:70'
-0.018031 Supp     b'lemma:.'
-0.018031 Supp     b'postag:.'
-0.018430 O        b'-2:lemma:95'
-0.019085 O        b'lemma:purify'
-0.019523 O        b'-2:postag:JJ'
-0.019928 Air      b'-2:lemma:-lrb-'
-0.020252 O        b'+2:lemma:0.4'
-0.020759 OD       b'lemma:2.0'
-0.021426 Air      b'-1:postag:CC'
-0.022114 Gversion b'+1:ner:_'
-0.023757 Supp     b'postag:CD'
-0.023839 O        b'-1:lemma:purify'
-0.024186 O        b'hUpper'
-0.024246 OD       b'+1:lemma:for'
-0.024779 Supp     b'+2:lemma:mm'
-0.024779 Supp     b'+2:ner:KWSUPP'
-0.025074 O        b'+1:lemma:culture'
-0.025846 O        b'+1:lemma:95'
-0.026111 Supp     b'+2:lemma:with'
-0.026482 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.026511 O        b'postag:VB'
-0.026809 O        b'+2:lemma:medium'
-0.028894 O        b'-2:lemma:-rrb-'
-0.029077 Supp     b'-2:lemma:;'
-0.029171 O        b'+2:lemma:mg1655'
-0.029514 O        b'-2:lemma:purify'
-0.030391 O        b'+2:lemma:-lrb-'
-0.031394 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.032214 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.033420 O        b'lemma:mg/ml'
-0.033420 O        b'-1:lemma:150'
-0.035161 Gtype    b'postag:NNP'
-0.035708 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-0.036462 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.037388 O        b'-2:lemma:ph'
-0.038301 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.038538 Supp     b'+2:lemma:final'
-0.038550 Supp     b'postag:IN'
-0.039230 O        b'+1:lemma:mm'
-0.039230 O        b'+1:ner:KWSUPP'
-0.039871 Supp     b'-1:lemma:.'
-0.039871 Supp     b'-1:postag:.'
-0.040262 Med      b'-1:lemma:m63'
-0.041458 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.042236 Gtype    b'-1:ner:_'
-0.042758 Air      b'-2:postag:VBD'
-0.043037 O        b'+2:lemma:o2'
-0.043324 Supp     b'-2:lemma:-lrb-'
-0.044535 O        b'+2:lemma:then'
-0.045014 O        b'+2:lemma:95'
-0.045147 O        b'-2:lemma:5'
-0.045320 O        b'-1:lemma:250'
-0.045365 Supp     b'+2:postag::'
-0.045502 Air      b'-2:ner:TF'
-0.046123 O        b'-2:lemma:70'
-0.048528 O        b'lemma:final'
-0.050351 OD       b'-2:postag:DT'
-0.051213 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.051533 Gversion b'-1:ner:_'
-0.051566 OD       b'+2:lemma:2.0'
-0.052785 OD       b'+2:lemma:a'
-0.055516 O        b'+1:lemma:anaerobically'
-0.055876 O        b'+1:lemma:25'
-0.057151 Supp     b'-1:lemma:10'
-0.057474 O        b'-1:lemma:with'
-0.059912 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.060117 O        b'-2:lemma:stir'
-0.060198 Supp     b'-2:postag:-LRB-'
-0.061051 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.061912 O        b'lemma:\xc3\x9f'
-0.062386 O        b'lemma:phase'
-0.064190 O        b'+2:postag:IN'
-0.066154 O        b'+2:ner:SUPP'
-0.066796 O        b'+1:lemma:7.6'
-0.066796 O        b'-2:lemma:1m'
-0.066796 O        b'+2:lemma:;'
-0.067576 Gtype    b'-1:postag::'
-0.067583 Substrain b'-2:ner:_'
-0.071219 O        b'+2:lemma:media'
-0.071498 OD       b'+2:postag:RB'
-0.071726 Supp     b'-2:lemma:.'
-0.071726 Supp     b'-2:postag:.'
-0.072417 O        b'+1:lemma:contain'
-0.074087 O        b'-2:lemma:grow'
-0.074686 Supp     b'+2:postag:JJ'
-0.076979 O        b'+1:lemma:from'
-0.077264 O        b'-1:lemma:in'
-0.077416 O        b'postag:NN'
-0.078214 O        b'-2:lemma:25'
-0.078307 O        b'-2:lemma:%'
-0.078327 O        b'lemma:hour'
-0.079234 Supp     b'-1:lemma:20'
-0.081168 Gtype    b'+2:lemma:cra'
-0.081907 O        b'+1:lemma:70'
-0.082160 O        b'-2:lemma:\xc2\xb0c'
-0.083263 O        b'+1:lemma:the'
-0.083827 O        b'+1:lemma:o2'
-0.083854 O        b'-2:lemma:1'
-0.084391 O        b'+1:lemma:min'
-0.085579 Supp     b'-2:postag:NNS'
-0.085636 O        b'+1:lemma:ph'
-0.086173 O        b'-2:postag:VB'
-0.087087 O        b'-2:lemma:control'
-0.088418 O        b'+1:lemma:a'
-0.089060 Vess     b'-1:ner:_'
-0.090695 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.091111 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.092701 Supp     b'hLower'
-0.094541 O        b'lemma:dpd'
-0.094957 O        b'+2:lemma:ph'
-0.095842 Med      b'-2:lemma:grow'
-0.095897 Med      b'-2:ner:MED'
-0.096038 Air      b'symb'
-0.096391 O        b'-1:lemma:o2'
-0.096592 Gtype    b'postag::'
-0.097814 O        b'+1:lemma:co2'
-0.098788 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.100464 Supp     b'+2:lemma:-rrb-'
-0.100519 O        b'-1:lemma:~'
-0.100941 O        b'+2:lemma:fecl2'
-0.102084 Med      b'lemma:-lrb-'
-0.102219 Air      b'-1:lemma::'
-0.102270 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.102646 O        b'+1:lemma:.'
-0.102646 O        b'+1:postag:.'
-0.104320 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.104320 O        b'-2:lemma:sodium'
-0.104320 O        b'+2:lemma:vol'
-0.104527 O        b'-2:lemma:10'
-0.104887 Supp     b'+2:postag:NNP'
-0.105092 O        b'-2:lemma:to'
-0.105092 O        b'-2:postag:TO'
-0.105608 Air      b'-2:lemma:be'
-0.106308 Strain   b'+1:ner:_'
-0.107848 O        b'+2:lemma:total'
-0.108192 Med      b'+2:ner:MED'
-0.110872 O        b'+1:lemma:10'
-0.111297 O        b'lemma:o2'
-0.111411 O        b'lemma:5'
-0.113209 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.113583 Med      b'+2:postag:VBG'
-0.113714 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.115783 Gversion b'symb'
-0.116483 O        b'-1:lemma:%'
-0.116746 O        b'+1:lemma:5'
-0.117633 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.117715 O        b'+2:lemma:before'
-0.118644 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.120484 O        b'-2:lemma:o2'
-0.120561 Temp     b'-2:postag:NN'
-0.121330 Technique b'-2:postag:NN'
-0.121408 O        b'+2:lemma:in'
-0.121607 pH       b'hUpper'
-0.124125 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.124357 O        b'+2:lemma:~'
-0.125465 Med      b'-1:postag:IN'
-0.126380 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.126936 Anti     b'postag:CD'
-0.127052 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.127317 O        b'lemma:phosphate'
-0.127597 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.128373 Supp     b'postag:CC'
-0.128700 O        b'lemma:m'
-0.129427 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.130291 Air      b'+2:ner:_'
-0.130424 O        b'+2:lemma:use'
-0.137171 O        b'-1:postag:VBG'
-0.137784 Supp     b'lemma:paraquat'
-0.137784 Supp     b'-2:lemma:um'
-0.138517 O        b'-2:lemma:0.1'
-0.139132 O        b'-2:lemma:-lrb-'
-0.145195 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.145710 O        b'-2:lemma:rna'
-0.145972 O        b'+1:lemma:b'
-0.146572 Supp     b'+2:postag:-RRB-'
-0.147871 O        b'-1:postag:VB'
-0.147983 Supp     b'-2:postag:NN'
-0.148850 O        b'+2:lemma:rna'
-0.150970 O        b'lemma:nitrate'
-0.154049 Supp     b'-2:lemma:glucose'
-0.155153 Temp     b'-1:postag:IN'
-0.155565 Vess     b'symb'
-0.156356 OD       b'lemma:='
-0.162954 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.163434 O        b'-1:lemma:control'
-0.164070 Technique b'+2:ner:_'
-0.166437 Air      b'-2:postag:CC'
-0.167034 OD       b'+2:postag:NN'
-0.168335 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.169937 O        b'-2:postag:-LRB-'
-0.172144 O        b'+1:lemma:of'
-0.173289 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.174296 O        b'lemma:glucose'
-0.174832 Gtype    b'-1:lemma:-'
-0.176015 Med      b'+2:lemma:supplement'
-0.176574 Med      b'postag:-LRB-'
-0.177331 O        b'-2:lemma:chip-exo'
-0.177599 O        b'-1:postag:DT'
-0.178063 O        b'lemma:co2'
-0.181823 O        b'-2:lemma:for'
-0.182290 O        b'+2:lemma:the'
-0.182595 O        b'+2:lemma:follow'
-0.186667 O        b'+2:lemma:n2'
-0.186822 O        b'lemma:0.1'
-0.188077 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-0.189970 O        b'+2:lemma:37'
-0.191863 Med      b'+1:ner:MED'
-0.192601 O        b'-2:postag:-RRB-'
-0.194138 O        b'lemma:150'
-0.194138 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.194138 O        b'-2:lemma:concentration'
-0.195052 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.195061 Supp     b'-2:postag:VBD'
-0.195726 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.196588 O        b'-2:postag:RB'
-0.196659 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.197705 O        b'-1:lemma:of'
-0.200230 Supp     b'+2:lemma:dpd'
-0.200247 O        b'+1:lemma:~'
-0.200544 Supp     b'+2:postag:NN'
-0.201268 O        b'-2:lemma:fnr'
-0.201299 O        b'-2:lemma:phase'
-0.202985 O        b'+2:lemma:agitation'
-0.203362 Temp     b'-2:postag:JJ'
-0.203689 Med      b'-2:postag:VBN'
-0.205889 Supp     b'lemma:um'
-0.205889 Supp     b'+2:lemma:paraquat'
-0.208379 Agit     b'hLower'
-0.209845 O        b'lemma:;'
-0.209845 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.216076 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.221206 Med      b'+2:lemma:contain'
-0.221227 O        b'-1:lemma:the'
-0.224664 O        b'+2:lemma:pk4854'
-0.225091 O        b'-2:postag:DT'
-0.226094 Med      b'-2:lemma:m63'
-0.226950 pH       b'-2:ner:_'
-0.227258 O        b'lemma:20'
-0.228168 O        b'lemma:dissolve'
-0.228168 O        b'+2:lemma:methanol'
-0.228260 O        b'-1:lemma:m'
-0.228957 O        b'postag:JJ'
-0.230494 O        b'lemma:methanol'
-0.230494 O        b'-2:lemma:dissolve'
-0.231558 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.232217 Supp     b'+2:lemma:fructose'
-0.233292 O        b'+2:lemma:rnase'
-0.233810 O        b'lemma:ph'
-0.236721 O        b'-1:postag:IN'
-0.236795 O        b'-2:lemma:n2'
-0.238209 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.242999 O        b'-2:lemma:antibody'
-0.245023 O        b'+1:lemma:genome'
-0.247707 O        b'lemma:1m'
-0.249098 O        b'+1:lemma:media'
-0.252343 Med      b'+1:postag:IN'
-0.256716 O        b'+1:postag:NNS'
-0.259403 Supp     b'-2:lemma:treat'
-0.262232 Med      b'+1:postag:NN'
-0.263013 O        b'lemma:fecl2'
-0.268134 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.269106 Air      b'lemma:n2'
-0.271219 Med      b'postag:CD'
-0.272683 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.273827 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.275423 Supp     b'-2:lemma:grow'
-0.275494 O        b'+2:lemma:0.3'
-0.276501 O        b'lemma:7.6'
-0.276501 O        b'+1:lemma:;'
-0.277850 O        b'-1:lemma:n2'
-0.279486 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.281379 Anti     b'postag:NNP'
-0.288042 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.289655 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.290705 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.290705 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.291852 O        b'+1:lemma:_'
-0.293692 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.293692 O        b'+2:lemma:1/100'
-0.297437 O        b'-2:lemma:genotype/variation'
-0.303605 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.305756 Temp     b'+2:postag:IN'
-0.307623 Air      b'+2:lemma:70'
-0.314284 O        b'+2:lemma:-rrb-'
-0.314585 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.316131 Supp     b'+2:ner:_'
-0.316466 O        b'+2:lemma:at'
-0.320010 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.321672 O        b'-1:lemma:.'
-0.321672 O        b'-1:postag:.'
-0.322847 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.323396 pH       b'+2:ner:_'
-0.328390 O        b'-1:lemma:1m'
-0.328390 O        b'+2:lemma:7.6'
-0.329180 O        b'-2:lemma:supplement'
-0.335885 O        b'+2:lemma:co2'
-0.340366 O        b'+1:postag:VB'
-0.341554 O        b'+1:lemma:%'
-0.344236 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.344236 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.345428 O        b'+2:lemma:add'
-0.345533 O        b'-2:lemma:m'
-0.347658 Gversion b'hLower'
-0.348790 Gtype    b'-1:postag:CC'
-0.349938 O        b'-1:lemma:mm'
-0.353344 O        b'-2:lemma:minimal'
-0.357095 Gtype    b'+1:postag:CC'
-0.360703 O        b'lemma:pahse'
-0.361641 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.366689 Supp     b'+2:lemma:and'
-0.372327 Supp     b'+2:lemma:glucose'
-0.374699 O        b'+2:lemma:mid-log'
-0.376816 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.378345 O        b'-2:lemma:of'
-0.379964 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.379964 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.382326 O        b'+1:lemma:300'
-0.393813 O        b'+2:lemma:m9'
-0.399006 O        b'+1:lemma:until'
-0.402736 O        b'-2:lemma::'
-0.405029 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.406241 O        b'+2:lemma:.'
-0.406241 O        b'+2:postag:.'
-0.411301 O        b'+2:lemma:250'
-0.417494 Supp     b'+2:postag:CC'
-0.420706 Temp     b'+1:lemma:with'
-0.425046 Gtype    b'+1:ner:_'
-0.431806 O        b'+1:lemma:1m'
-0.431806 O        b'-2:lemma:vol'
-0.432010 Temp     b'postag:NN'
-0.432372 Gtype    b'-2:postag:NNP'
-0.434741 O        b'+1:postag:CD'
-0.435858 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.437282 O        b'-2:lemma:g/l'
-0.444347 Technique b'-2:ner:_'
-0.444405 O        b'-1:lemma:until'
-0.444797 O        b'+2:postag:RB'
-0.453211 Temp     b'-2:postag:CD'
-0.453871 O        b'+2:lemma:nitrate'
-0.458460 Supp     b'-2:postag:JJ'
-0.465187 O        b'-2:ner:SUPP'
-0.466821 O        b'+1:lemma:sample'
-0.475059 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.475719 O        b'+2:lemma:reference'
-0.475815 O        b'-2:lemma:nitrate'
-0.476952 Temp     b'hGreek'
-0.480754 O        b'lemma:od600'
-0.481572 Substrain b'-1:ner:_'
-0.483040 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.487295 Temp     b'+2:lemma:with'
-0.493877 Substrain b'hLower'
-0.494919 O        b'-1:ner:SUPP'
-0.502653 Med      b'-1:ner:_'
-0.510708 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.511561 Technique b'-1:lemma::'
-0.512363 O        b'lemma:rifampicin'
-0.514245 O        b'-2:lemma:mg1655'
-0.519296 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.524169 O        b'+2:postag:-RRB-'
-0.525731 O        b'lemma:0.2'
-0.527697 O        b'lemma:lb'
-0.532014 Air      b'-2:postag:-RRB-'
-0.532818 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.533994 O        b'-2:lemma:100'
-0.535999 O        b'-2:lemma:20'
-0.540987 O        b'-1:ner:GEN'
-0.546756 O        b'-2:postag:SYM'
-0.550714 O        b'lemma:medium'
-0.551452 O        b'+2:lemma:sample'
-0.551596 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.553001 O        b'-1:lemma:rna'
-0.569529 O        b'-2:postag::'
-0.570722 Air      b'+2:postag:IN'
-0.575880 O        b'+1:lemma:at'
-0.580363 Air      b'postag:NN'
-0.580982 O        b'+2:lemma:antibody'
-0.583644 O        b'-2:lemma:fresh'
-0.590020 Gtype    b'symb'
-0.594519 Air      b'-2:lemma:-rrb-'
-0.606357 Technique b'-1:postag::'
-0.609061 O        b'-2:lemma:dna'
-0.609381 Anti     b'hUpper'
-0.610204 O        b'postag:RB'
-0.617971 O        b'lemma:m63'
-0.629892 O        b'-2:lemma:aerobically'
-0.637235 Supp     b'+2:lemma:acetate'
-0.649357 Med      b'hLower'
-0.649761 O        b'+2:lemma:tag'
-0.650154 O        b'+1:lemma:m'
-0.650802 O        b'-2:lemma:50'
-0.659813 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.660185 O        b'-1:lemma:IP'
-0.660682 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-0.670618 O        b'+2:lemma:anaerobically'
-0.671415 O        b'-1:lemma:ml'
-0.677360 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.677819 O        b'lemma:mid-log'
-0.678123 O        b'-2:lemma:rpob'
-0.678812 O        b'-2:lemma:pahse'
-0.685283 O        b'-1:lemma:1'
-0.688168 Med      b'-1:postag:NN'
-0.690057 Anti     b'+2:ner:_'
-0.691228 O        b'+2:lemma:genome'
-0.691879 O        b'+1:lemma:in'
-0.702260 O        b'-1:lemma:vol'
-0.702260 O        b'-2:lemma:1/100'
-0.702260 O        b'+2:lemma:1m'
-0.719857 Supp     b'lemma:1'
-0.726039 O        b'lemma:sample'
-0.727234 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.733013 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.735684 O        b'lemma:250'
-0.738650 O        b'-2:lemma:rifampicin'
-0.740368 O        b'+2:lemma:fnr'
-0.752878 O        b'-1:lemma:37'
-0.767809 Supp     b'+1:lemma:,'
-0.767809 Supp     b'+1:postag:,'
-0.768737 O        b'-1:lemma:30'
-0.782174 OD       b'hLower'
-0.802103 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.806700 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.832528 OD       b'+1:postag:NN'
-0.839734 Phase    b'symb'
-0.839857 O        b'-2:lemma:until'
-0.840069 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.841747 O        b'lemma:fructose'
-0.851736 Supp     b'+2:lemma:2'
-0.859227 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-0.859502 O        b'+1:lemma:hour'
-0.881726 Supp     b'+2:postag:CD'
-0.882184 pH       b'symb'
-0.888518 O        b'lemma:of'
-0.902331 O        b'+1:lemma:+'
-0.904086 O        b'lemma:37'
-0.920204 Gtype    b'-2:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.923699 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-0.926893 O        b'-2:lemma:genome'
-0.936529 O        b'-2:lemma:the'
-0.936969 O        b'-1:lemma:contain'
-0.954686 O        b'-1:lemma:final'
-0.961056 O        b'lemma:minimal'
-0.963856 Vess     b'hUpper'
-0.964145 Phase    b'postag:JJ'
-0.978565 O        b'+1:postag:IN'
-0.993759 OD       b'hUpper'
-0.996016 O        b'-2:lemma:iptg'
-0.996550 Strain   b'hLower'
-1.013899 Agit     b'hUpper'
-1.022818 O        b'-1:lemma:co2'
-1.023274 O        b'hGreek'
-1.049586 O        b'-2:lemma:dpd'
-1.072527 O        b'+2:lemma:10'
-1.073555 O        b'lemma:anaerobic'
-1.111303 O        b'lemma:nh4cl'
-1.122386 Temp     b'hLower'
-1.132294 Strain   b'symb'
-1.139266 O        b'+2:lemma:+'
-1.150847 Supp     b'hGreek'
-1.160953 O        b'-2:ner:TF'
-1.164299 Supp     b'lemma:2'
-1.177991 Supp     b'+2:lemma:1'
-1.180190 Technique b'+1:ner:_'
-1.209107 O        b'-1:lemma:2'
-1.211779 O        b'+1:postag:DT'
-1.231918 O        b'-2:postag:VBG'
-1.234151 O        b'-1:lemma:ph'
-1.238025 O        b'lemma:30'
-1.247647 O        b'-1:postag::'
-1.342117 O        b'-2:lemma:media'
-1.352974 O        b'-1:lemma:sample'
-1.358566 O        b'lemma:nacl'
-1.369382 O        b'lemma:aerobic'
-1.416429 O        b'+2:lemma:rifampicin'
-1.423714 Gtype    b'postag:VBG'
-1.442559 O        b'lemma:media'
-1.447086 Med      b'+2:postag:VBN'
-1.501436 Gtype    b'-2:postag:CD'
-1.547789 O        b'-2:lemma:0.3'
-1.556949 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.607478 Supp     b'postag:JJ'
-1.659050 O        b'-2:lemma:IP'
-1.686327 O        b'lemma:wt'
-1.750533 O        b'+2:lemma:b'
-1.763896 O        b'lemma:0.3'
-1.874895 O        b'+1:lemma:2'
-1.975252 OD       b'+2:lemma:aerobically'
-2.066175 O        b'+2:lemma:iptg'
-2.105793 O        b'lemma:aerobically'
-2.223715 O        b'+1:lemma:1'
-2.500727 Phase    b'hUpper'
-2.682007 Technique b'symb'
-2.978275 O        b'-1:lemma::'
-3.749103 O        b'-1:lemma:_'