report_Run10_v10.txt 43 KB
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 493 494 495 496 497 498 499 500 501 502 503 504 505 506 507 508 509 510 511 512 513 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 530 531 532 533 534 535 536 537 538 539 540 541 542 543 544 545 546 547 548 549 550 551 552 553 554 555 556 557 558 559 560 561 562 563 564 565 566 567 568 569 570 571 572 573 574 575 576 577 578 579 580 581 582 583 584 585 586 587 588 589 590 591 592 593 594 595 596 597 598 599 600 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 611 612 613 614 615 616 617 618 619 620 621 622 623 624 625 626 627 628 629 630 631 632 633 634 635 636 637 638 639 640 641 642 643 644 645 646 647 648 649 650 651 652 653 654 655 656 657 658 659 660 661 662 663 664 665 666 667 668 669 670 671 672 673 674 675 676 677 678 679 680 681 682 683 684 685 686 687 688 689 690 691 692 693 694 695 696 697 698 699 700 701 702 703 704 705 706 707 708 709 710 711 712 713 714 715 716 717 718 719 720 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 900 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 912 913 914 915 916 917 918 919 920 921 922 923 924 925 926 927 928 929 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 943 944 945 946 947 948 949 950 951 952 953 954 955 956 957 958 959 960 961 962 963 964 965 966 967 968 969 970 971 972 973 974 975 976 977 978 979 980 981 982 983 984 985 986 987 988 989 990 991 992 993 994 995 996 997 998 999 1000 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1011 1012 1013 1014 1015 1016 1017 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1075 1076 1077 1078 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088 1089 1090 1091 1092 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1113 1114 1115 1116 1117 1118 1119 1120 1121 1122 1123 1124 1125 1126 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1135 1136 1137 1138 1139 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1153 1154 1155 1156 1157 1158 1159 1160 1161 1162 1163 1164 1165 1166 1167 1168 1169 1170 1171 1172 1173 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1181 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1197 1198 1199 1200 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217 1218 1219 1220 1221 1222 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1243 1244 1245 1246 1247 1248 1249 1250 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1257 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1272 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280 1281 1282 1283 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1295 1296 1297 1298 1299 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1306 1307 1308 1309 1310 1311 1312 1313 1314 1315 1316 1317 1318 1319 1320 1321 1322 1323 1324 1325 1326 1327 1328 1329 1330
********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70-NER.txt

best params:{'c1': 0.0039927826378942065, 'c2': 0.0057252978557247765}
best CV score:0.8426343854107191
model size: 0.10M

Flat F1: 0.8052111114657862
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     1.000     1.000        21
         pH      1.000     1.000     1.000        10
  Technique      1.000     1.000     1.000        33
        Med      1.000     0.821     0.902        56
       Temp      0.857     0.800     0.828        15
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         7
      Phase      1.000     0.762     0.865        21
        Air      0.895     0.386     0.540        88
       Anti      0.765     1.000     0.867        13
     Strain      0.000     0.000     0.000         0
      Gtype      0.952     0.756     0.843        78
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.870     0.838     0.854       136
   Gversion      1.000     0.500     0.667         6

avg / total      0.911     0.746     0.805       484


Top likely transitions:
Med    -> Med     6.679867
Anti   -> Anti    6.638995
Phase  -> Phase   6.112447
OD     -> OD      5.861219
Temp   -> Temp    5.816166
Air    -> Air     5.161167
Gversion -> Gversion 5.060793
Technique -> Technique 4.344454
Agit   -> Agit    4.123869
Gtype  -> Gtype   4.106305
Supp   -> Supp    3.885420
pH     -> pH      3.884231
O      -> O       3.302821
Technique -> Air     2.441377
O      -> Technique 0.664140
Substrain -> Gtype   0.615939
Gtype  -> pH      0.503715
O      -> Strain  0.432220
Gtype  -> Air     0.214936
Strain -> O       0.162810
Air    -> O       0.046615
Vess   -> O       0.042271
O      -> Vess    0.016108
Med    -> Gversion -0.000001
pH     -> Agit    -0.000003
Air    -> Gversion -0.000009
Agit   -> Technique -0.000009
Technique -> Agit    -0.000028
Gversion -> Temp    -0.000033
Technique -> Temp    -0.000095
Anti   -> Air     -0.001015
Strain -> Phase   -0.012249
Gversion -> OD      -0.012984
Anti   -> O       -0.013445
Temp   -> Gversion -0.047343
Gversion -> Technique -0.048271
pH     -> Temp    -0.049118
Agit   -> Gtype   -0.057202
O      -> Substrain -0.059805
Phase  -> Anti    -0.061005
pH     -> Air     -0.062619
Gtype  -> Substrain -0.069494
Phase  -> Med     -0.088711
Gtype  -> Vess    -0.101765
OD     -> pH      -0.110916
pH     -> O       -0.115579
Med    -> Phase   -0.141109
Strain -> Supp    -0.141713
OD     -> Med     -0.146576
O      -> pH      -0.171850
O      -> Phase   -0.172337
Temp   -> O       -0.176784
Med    -> Agit    -0.184926
Technique -> Substrain -0.185523
pH     -> Gtype   -0.195987
Agit   -> O       -0.198706
Air    -> pH      -0.207277
Technique -> Gversion -0.217438
Substrain -> pH      -0.224900
Anti   -> Technique -0.236622
Temp   -> Supp    -0.247769
Phase  -> Temp    -0.251361
O      -> Anti    -0.258950
Phase  -> Air     -0.296968
Gversion -> Phase   -0.334163
Strain -> Gtype   -0.354448
Temp   -> OD      -0.372115
Supp   -> Vess    -0.373822
Technique -> O       -0.377944
Temp   -> Air     -0.387921
Gtype  -> Agit    -0.388068
Med    -> pH      -0.390898
OD     -> Technique -0.403462
Gtype  -> Supp    -0.415976
Med    -> OD      -0.439448
Phase  -> O       -0.459489
Agit   -> Supp    -0.466273
Substrain -> Supp    -0.476326
Air    -> Technique -0.478926
Gversion -> Gtype   -0.480550
Supp   -> pH      -0.493263
OD     -> O       -0.494322
Med    -> Temp    -0.526802
Med    -> Technique -0.529043
Technique -> Anti    -0.536434
Med    -> Air     -0.542044
Gversion -> Supp    -0.560515
Gversion -> Air     -0.563324
Temp   -> Gtype   -0.566514
OD     -> Gtype   -0.571467
Supp   -> Agit    -0.575072
O      -> Gversion -0.584599
Gtype  -> Med     -0.600777
Air    -> Gtype   -0.601523
Air    -> OD      -0.625530
Supp   -> Air     -0.640408
O      -> Med     -0.645613
pH     -> Supp    -0.661105
Anti   -> Supp    -0.673850
Technique -> Supp    -0.685779
Supp   -> Anti    -0.696157
O      -> Gtype   -0.697594
Med    -> Gtype   -0.698140
Gversion -> O       -0.716276
Agit   -> Air     -0.719972
Anti   -> Gtype   -0.761133
O      -> Supp    -0.805926
O      -> Agit    -0.812881
Gtype  -> Technique -0.821125
Supp   -> Gversion -0.879150
Technique -> OD      -0.898325
Phase  -> Supp    -0.899248
Gtype  -> OD      -0.917840
Gtype  -> Anti    -0.938982
Phase  -> Gtype   -0.970879
Gtype  -> Gversion -0.991803
Phase  -> Technique -0.994629
Supp   -> Technique -1.066156
Gtype  -> Phase   -1.074053
Air    -> Temp    -1.097909
O      -> Temp    -1.112113
OD     -> Temp    -1.124209
O      -> OD      -1.148233
Temp   -> Med     -1.176157
Air    -> Phase   -1.194842
Supp   -> OD      -1.247221
Air    -> Supp    -1.332944
OD     -> Supp    -1.409920
Supp   -> Temp    -1.420710
Air    -> Agit    -1.458571
Gtype  -> O       -1.487012
Phase  -> OD      -1.509812
Gtype  -> Temp    -1.541750
Technique -> Gtype   -1.610047
Supp   -> Phase   -1.618780
Supp   -> O       -1.661613
Med    -> O       -1.926399
Supp   -> Gtype   -2.118176
Anti   -> Temp    -2.341403
Substrain -> O       -2.360090
Technique -> pH      -2.401114
O      -> Air     -2.673016
OD     -> Air     -2.766781
Supp   -> Med     -2.772525
Med    -> Supp    -3.865295


Top unlikely transitions:
Med    -> Med     6.679867
Anti   -> Anti    6.638995
Phase  -> Phase   6.112447
OD     -> OD      5.861219
Temp   -> Temp    5.816166
Air    -> Air     5.161167
Gversion -> Gversion 5.060793
Technique -> Technique 4.344454
Agit   -> Agit    4.123869
Gtype  -> Gtype   4.106305
Supp   -> Supp    3.885420
pH     -> pH      3.884231
O      -> O       3.302821
Technique -> Air     2.441377
O      -> Technique 0.664140
Substrain -> Gtype   0.615939
Gtype  -> pH      0.503715
O      -> Strain  0.432220
Gtype  -> Air     0.214936
Strain -> O       0.162810
Air    -> O       0.046615
Vess   -> O       0.042271
O      -> Vess    0.016108
Med    -> Gversion -0.000001
pH     -> Agit    -0.000003
Air    -> Gversion -0.000009
Agit   -> Technique -0.000009
Technique -> Agit    -0.000028
Gversion -> Temp    -0.000033
Technique -> Temp    -0.000095
Anti   -> Air     -0.001015
Strain -> Phase   -0.012249
Gversion -> OD      -0.012984
Anti   -> O       -0.013445
Temp   -> Gversion -0.047343
Gversion -> Technique -0.048271
pH     -> Temp    -0.049118
Agit   -> Gtype   -0.057202
O      -> Substrain -0.059805
Phase  -> Anti    -0.061005
pH     -> Air     -0.062619
Gtype  -> Substrain -0.069494
Phase  -> Med     -0.088711
Gtype  -> Vess    -0.101765
OD     -> pH      -0.110916
pH     -> O       -0.115579
Med    -> Phase   -0.141109
Strain -> Supp    -0.141713
OD     -> Med     -0.146576
O      -> pH      -0.171850
O      -> Phase   -0.172337
Temp   -> O       -0.176784
Med    -> Agit    -0.184926
Technique -> Substrain -0.185523
pH     -> Gtype   -0.195987
Agit   -> O       -0.198706
Air    -> pH      -0.207277
Technique -> Gversion -0.217438
Substrain -> pH      -0.224900
Anti   -> Technique -0.236622
Temp   -> Supp    -0.247769
Phase  -> Temp    -0.251361
O      -> Anti    -0.258950
Phase  -> Air     -0.296968
Gversion -> Phase   -0.334163
Strain -> Gtype   -0.354448
Temp   -> OD      -0.372115
Supp   -> Vess    -0.373822
Technique -> O       -0.377944
Temp   -> Air     -0.387921
Gtype  -> Agit    -0.388068
Med    -> pH      -0.390898
OD     -> Technique -0.403462
Gtype  -> Supp    -0.415976
Med    -> OD      -0.439448
Phase  -> O       -0.459489
Agit   -> Supp    -0.466273
Substrain -> Supp    -0.476326
Air    -> Technique -0.478926
Gversion -> Gtype   -0.480550
Supp   -> pH      -0.493263
OD     -> O       -0.494322
Med    -> Temp    -0.526802
Med    -> Technique -0.529043
Technique -> Anti    -0.536434
Med    -> Air     -0.542044
Gversion -> Supp    -0.560515
Gversion -> Air     -0.563324
Temp   -> Gtype   -0.566514
OD     -> Gtype   -0.571467
Supp   -> Agit    -0.575072
O      -> Gversion -0.584599
Gtype  -> Med     -0.600777
Air    -> Gtype   -0.601523
Air    -> OD      -0.625530
Supp   -> Air     -0.640408
O      -> Med     -0.645613
pH     -> Supp    -0.661105
Anti   -> Supp    -0.673850
Technique -> Supp    -0.685779
Supp   -> Anti    -0.696157
O      -> Gtype   -0.697594
Med    -> Gtype   -0.698140
Gversion -> O       -0.716276
Agit   -> Air     -0.719972
Anti   -> Gtype   -0.761133
O      -> Supp    -0.805926
O      -> Agit    -0.812881
Gtype  -> Technique -0.821125
Supp   -> Gversion -0.879150
Technique -> OD      -0.898325
Phase  -> Supp    -0.899248
Gtype  -> OD      -0.917840
Gtype  -> Anti    -0.938982
Phase  -> Gtype   -0.970879
Gtype  -> Gversion -0.991803
Phase  -> Technique -0.994629
Supp   -> Technique -1.066156
Gtype  -> Phase   -1.074053
Air    -> Temp    -1.097909
O      -> Temp    -1.112113
OD     -> Temp    -1.124209
O      -> OD      -1.148233
Temp   -> Med     -1.176157
Air    -> Phase   -1.194842
Supp   -> OD      -1.247221
Air    -> Supp    -1.332944
OD     -> Supp    -1.409920
Supp   -> Temp    -1.420710
Air    -> Agit    -1.458571
Gtype  -> O       -1.487012
Phase  -> OD      -1.509812
Gtype  -> Temp    -1.541750
Technique -> Gtype   -1.610047
Supp   -> Phase   -1.618780
Supp   -> O       -1.661613
Med    -> O       -1.926399
Supp   -> Gtype   -2.118176
Anti   -> Temp    -2.341403
Substrain -> O       -2.360090
Technique -> pH      -2.401114
O      -> Air     -2.673016
OD     -> Air     -2.766781
Supp   -> Med     -2.772525
Med    -> Supp    -3.865295


Top positive:
9.197225 Supp     b'lemma:Iron'
9.034176 O        b'lemma:_'
8.305144 Technique b'lemma:chipseq'
7.337757 Air      b'lemma:aerobically'
7.331237 Phase    b'lemma:stationary'
7.331237 Phase    b'lemma:exponential'
7.225530 Supp     b'lemma:pq'
6.911129 Gtype    b'lemma:wt'
6.692480 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.563046 Air      b'lemma:anaerobic'
6.458916 Supp     b'lemma:2h'
6.458916 Supp     b'-1:lemma:additional'
6.396136 Med      b'lemma:MOPS'
6.389452 Supp     b'-1:lemma:Cra'
6.167483 O        b'lemma:Cra'
6.059308 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.956175 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.914855 O        b'-1:lemma:lb'
5.868458 O        b'lemma:-'
5.717808 Gversion b'lemma:chip-seq'
5.691785 O        b'-1:lemma:tag'
5.475534 Supp     b'lemma:no3'
5.410984 Gtype    b'lemma:WT'
5.329692 Med      b'+1:lemma:0.4'
5.328338 Air      b'-1:lemma:-'
5.324832 O        b'-1:lemma:glucose'
5.317319 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.268806 Phase    b'lemma:mid-log'
5.232604 Supp     b'lemma:iptg'
5.217053 O        b'lemma:with'
5.208784 Med      b'lemma:LB'
5.095453 O        b'-1:lemma:pq'
5.084788 O        b'lemma:b'
5.028535 Gtype    b'lemma:dfnr'
5.010663 Air      b'lemma:anaeroibc'
4.931250 Air      b'lemma:aerobic'
4.915515 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.859794 O        b'lemma:chip-fnr'
4.846115 Gtype    b'lemma:type'
4.836742 O        b'-1:lemma:0.3'
4.815613 O        b'lemma:purr'
4.801954 Gtype    b'hGreek'
4.772296 O        b'lemma:chip-arca'
4.725119 O        b'lemma:2'
4.707255 Anti     b'lemma:seqa'
4.662171 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.660936 Strain   b'lemma:k-12'
4.659684 Supp     b'lemma:Fe'
4.631078 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.602460 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
4.588267 Anti     b'lemma:none'
4.577102 O        b'-1:lemma:into'
4.554537 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.471026 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
4.469997 O        b'-1:lemma:nacl'
4.469484 Med      b'-1:lemma:minimal'
4.397962 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.397438 O        b'lemma:1'
4.371110 O        b'-1:lemma:acetate'
4.359008 O        b'-1:lemma:nh4cl'
4.330306 O        b'lemma:CEL'
4.329988 O        b'lemma:3'
4.319549 Vess     b'lemma:flask'
4.319549 Vess     b'-1:lemma:warm'
4.310621 O        b'lemma:trpr'
4.283441 Gtype    b'-1:ner:GEN'
4.274237 pH       b'lemma:ph5'
4.274237 pH       b'+1:lemma:.5'
4.270986 Supp     b'lemma:nacl'
4.257365 Substrain b'lemma:mg1655star'
4.215884 O        b'lemma:a'
4.173771 Med      b'lemma:m63'
4.164324 O        b'-1:lemma:no3'
4.146783 O        b'lemma:ompr'
4.141997 OD       b'lemma:od450'
4.088433 Med      b'+1:lemma:2.0'
4.083964 O        b'-1:lemma:arginine'
4.044714 Supp     b'-1:lemma:+'
4.037873 Med      b'lemma:lb'
4.033074 Supp     b'lemma:arginine'
4.014995 Supp     b'lemma:Leu'
3.992628 Temp     b'-1:lemma:37'
3.932277 O        b'-1:lemma:fructose'
3.928456 Supp     b'lemma:Trp'
3.916143 O        b'lemma:or'
3.890142 O        b'lemma:argr'
3.887173 Supp     b'-1:lemma:vol'
3.878037 Air      b'-1:lemma:ryhb'
3.830177 Gtype    b'lemma:wildtype'
3.815795 O        b'lemma:affyexp'
3.790634 O        b'lemma:rep2'
3.790634 O        b'lemma:rep1'
3.770241 O        b'lemma:for'
3.751405 Technique b'lemma:rnaseq'
3.741195 Substrain b'lemma:mg1655'
3.730388 O        b'+1:lemma:pq'
3.729087 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.700698 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
3.700698 Gtype    b'-1:lemma:old'
3.697617 O        b'postag:VBG'
3.664287 Supp     b'+1:lemma:2'
3.649876 O        b'+1:lemma:wt'
3.649658 Agit     b'+1:lemma:rpm'
3.636393 O        b'+1:lemma:od600'
3.636335 Supp     b'+1:lemma:iptg'
3.605002 O        b'lemma:.'
3.605002 O        b'postag:.'
3.604876 O        b'lemma:at'
3.598396 Supp     b'+1:lemma:1'
3.590778 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.584232 Supp     b'lemma:Adenine'
3.550013 O        b'lemma:rpob'
3.542507 O        b'lemma::'
3.504932 Technique b'-1:lemma:_'
3.487386 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.448635 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.408543 O        b'+1:lemma:250'
3.401562 Temp     b'lemma:43'
3.400389 Supp     b'-1:lemma:with'
3.400319 Med      b'+1:lemma:+'
3.391405 Med      b'lemma:media'
3.385280 O        b'lemma:Lrp'
3.372195 Gversion b'lemma:u00096'
3.372195 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.350355 O        b'-1:lemma:anaerobic'
3.337604 O        b'+1:lemma:k-12'
3.335517 Supp     b'+1:lemma:deficient'
3.332694 O        b'postag::'
3.319361 Med      b'lemma:minimal'
3.308485 O        b'lemma:soxr'
3.308485 O        b'lemma:soxs'
3.301679 Temp     b'-1:lemma:43'
3.275426 Air      b'lemma:Anaerobic'
3.263935 Gversion b'lemma:nc'
3.259175 Gversion b'lemma:000913'
3.255934 Gtype    b'lemma:ptac'
3.254377 Agit     b'lemma:rpm'
3.248633 Med      b'lemma:medium'
3.246814 Gtype    b'-1:lemma:factor'
3.233064 Med      b'-1:lemma:ml'
3.214364 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.214261 Supp     b'lemma:acetate'
3.207470 Agit     b'-1:lemma:250'
3.193937 O        b'lemma:genotype/variation'
3.189614 O        b'+1:lemma:43'
3.186259 O        b'lemma:culture'
3.160829 Air      b'postag:RB'
3.159564 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.150662 Gtype    b'+1:lemma:cra'
3.140916 OD       b'lemma:od600'
3.129614 Anti     b'lemma:anti-rpob'
3.122346 Air      b'-1:lemma:cm20'
3.122113 O        b'-1:lemma:-80'
3.109053 Phase    b'-1:lemma:until'
3.103782 Med      b'-1:lemma:fresh'
3.087700 O        b'-1:lemma:min'
3.074369 O        b'lemma:2-3'
3.063804 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
3.063804 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
3.059681 O        b'+1:lemma:dpd'
3.056423 Air      b'-1:lemma:co2'
3.042694 O        b'-1:lemma:Anaerobic'
3.003752 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
3.002482 Gversion b'lemma:.2'
3.002482 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.001548 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.986541 O        b'+1:lemma:0.2'
2.974765 Med      b'+1:lemma:with'
2.956535 Supp     b'-1:lemma:ompr'
2.937687 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.935905 Gtype    b'lemma:nsrr'
2.935147 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.925162 Vess     b'-1:postag:VBN'
2.923899 Gtype    b'-1:postag:VBP'
2.923800 O        b'lemma:Genome'
2.915149 O        b'-1:lemma:leucine'
2.910501 O        b'-1:lemma:medium'
2.897223 Air      b'-1:lemma:_'
2.866720 Supp     b'lemma:dpd'
2.860923 Supp     b'lemma:glucose'
2.859682 O        b'+1:lemma:fnr-8myc'
2.853731 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.850547 O        b'lemma:A'
2.850300 Technique b'lemma:rna-seq'
2.824281 O        b'lemma:chip'
2.789666 O        b'lemma:oxyr'
2.786591 O        b'lemma:Nac'
2.786261 Supp     b'+1:lemma:_'
2.783972 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
2.773731 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.773226 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.771302 Gversion b'-1:lemma:nc'
2.771302 Gversion b'+1:lemma:000913'
2.724074 O        b'-1:lemma:tryptophan'
2.723430 OD       b'-1:lemma:od450'
2.710036 O        b'-1:lemma:.5'
2.703226 O        b'postag:SYM'
2.694403 Supp     b'-1:lemma:30'
2.688719 Med      b'+1:lemma:-lrb-'
2.681177 Gtype    b'lemma:fur-8myc'
2.681177 Gtype    b'lemma:cra-8myc-tagged'
2.679633 Gtype    b'+1:lemma:control'
2.671287 O        b'-1:lemma:wt'
2.667354 Gtype    b'-1:lemma:wild'
2.653009 Gtype    b'lemma:flagtag'
2.637711 O        b'lemma:delta'
2.637431 Med      b'+1:postag:-LRB-'
2.631752 Supp     b'lemma:glutamine'
2.631752 Supp     b'-1:lemma:2g/l'
2.623191 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.615871 O        b'-1:lemma:type'
2.611348 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.605579 O        b'-1:postag:NNS'
2.590152 Gtype    b'-1:lemma:_'
2.573941 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
2.566013 O        b'-1:lemma:induce'
2.565847 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.563713 Substrain b'-1:lemma:.'
2.563713 Substrain b'-1:postag:.'
2.553706 O        b'+1:lemma:30'
2.545033 O        b'-2:ner:MED'
2.541422 Gversion b'+1:lemma:genome'
2.538769 O        b'lemma:cra'
2.536768 Supp     b'-1:ner:SUPP'
2.525657 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.512350 O        b'lemma:s'
2.495005 Temp     b'-1:lemma:sample'
2.490786 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
2.466259 Technique b'lemma:chip-seq'
2.450973 O        b'lemma:additional'
2.450973 O        b'+1:lemma:2h'
2.450570 Supp     b'lemma:tryptophan'
2.450570 Supp     b'-1:lemma:mg/l'
2.440051 Supp     b'-1:lemma:sodium'
2.435663 OD       b'lemma:0.3'
2.434780 pH       b'+1:postag:CD'
2.432082 Supp     b'-1:lemma:\xce\xb4cra'
2.429231 Gtype    b'lemma:phtpg'
2.428937 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.427167 Temp     b'lemma:37'
2.426023 Gtype    b'lemma:fnr-8myc'
2.426006 Technique b'-1:lemma:input'
2.420798 Anti     b'-1:lemma:fnr'
2.418374 Anti     b'hGreek'
2.407733 O        b'lemma:gadx'
2.395096 Gtype    b'lemma:wild'
2.393152 Gtype    b'lemma:ompr-8myc'
2.378035 O        b'-1:lemma:aerobic'
2.375112 O        b'-1:lemma:dpd'
2.368498 pH       b'+1:lemma:5.5'
2.364339 Gtype    b'+2:ner:SUPP'
2.362528 Technique b'-1:lemma:1'
2.358483 Agit     b'lemma:250'
2.357123 OD       b'lemma:o.d.'
2.357123 OD       b'+1:lemma:600nm'
2.357035 O        b'lemma:ntrc'
2.357035 O        b'lemma:csir'
2.349753 Supp     b'+1:lemma:leucine'
2.344676 O        b'lemma:treatment'
2.342404 O        b'lemma:harbor'
2.339279 Supp     b'-1:lemma:without'
2.330295 O        b'lemma:\xcb\x9ac'
2.323284 O        b'+1:lemma:minute'
2.320991 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.313137 O        b'lemma:lrp'
2.308920 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
2.302274 O        b'lemma:pt7'
2.300716 Technique b'-1:lemma:IP'
2.295712 O        b'lemma:one'
2.294939 Supp     b'lemma:fructose'
2.293874 Supp     b'-1:lemma:contain'
2.289437 O        b'+1:lemma:coli'
2.287289 Phase    b'postag:NN'
2.286933 Supp     b'+1:lemma:hour'
2.270402 Strain   b'-1:lemma:.'
2.270402 Strain   b'-1:postag:.'
2.267486 O        b'lemma:C'
2.265971 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.261521 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.253844 OD       b'lemma:0.3-0.35'
2.246225 Supp     b'-1:lemma:wt'
2.240943 OD       b'-1:lemma:at'
2.235552 Technique b'+1:ner:TF'
2.234494 O        b'-1:lemma:shake'
2.228212 O        b'-1:lemma:Leu'
2.221710 Technique b'hUpper'
2.220512 Gtype    b'-1:lemma:from'
2.215954 Temp     b'+1:lemma:short'
2.215843 O        b'+1:lemma:b2'
2.207109 O        b'postag:CC'
2.205871 O        b'-1:lemma:nitrate'
2.201695 Gtype    b'lemma:purr-8myc'
2.194862 Supp     b'-1:lemma:respiration'
2.194862 Supp     b'+1:lemma:mmol'
2.189908 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.185241 Gversion b'lemma:_'
2.184909 O        b'-1:lemma:mg1655'
2.177786 O        b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
2.174279 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.164358 O        b'lemma:c'
2.136088 Supp     b'lemma:leucine'
2.127914 Supp     b'+1:lemma:mg/l'
2.115234 O        b'lemma:+'
2.107688 Gtype    b'+1:lemma:the'
2.098417 Vess     b'+1:lemma:at'
2.097939 O        b'+1:lemma:m9'
2.097256 O        b'+1:lemma:od450'
2.096665 O        b'-1:lemma:glutamine'
2.095928 Gtype    b'+1:lemma::'
2.086731 Gtype    b'+1:postag::'
2.078815 O        b'-1:lemma:stpa'
2.077008 OD       b'-1:lemma:600nm'
2.074122 O        b'lemma:-80'
2.068984 O        b'lemma:tag'
2.067407 Supp     b'+1:lemma:min'
2.063822 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.043366 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
2.041798 Supp     b'+1:lemma:mm'
2.041798 Supp     b'+1:ner:KWSUPP'
2.033580 O        b'+1:lemma:wash'
2.027392 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.025830 pH       b'-1:lemma:at'
2.022842 OD       b'lemma:600nm'
2.022842 OD       b'-1:lemma:o.d.'
2.016225 pH       b'lemma:ph'
2.006497 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.003307 Med      b'+1:lemma:minimal'
1.996309 O        b'-1:lemma:media'
1.985345 O        b'lemma:input'
1.985345 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.980234 pH       b'lemma:5.5'
1.976037 Gtype    b'-1:lemma:Wild'
1.975714 O        b'-1:lemma:.2'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-soxr'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-gadx'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-gadw'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-oxyr'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-gade'
1.971086 Gtype    b'lemma:delta-soxs'
1.970510 Gtype    b'lemma:gade-8myc'
1.965228 Supp     b'-1:lemma:1m'
1.963142 Supp     b'lemma:30'
1.944079 O        b'lemma:600'
1.941965 Supp     b'lemma:2g/l'
1.941965 Supp     b'+1:lemma:glutamine'
1.940267 Gtype    b'+1:lemma:chip'
1.935651 Supp     b'-1:lemma:0.3'
1.917983 O        b'+1:lemma:\xcb\x9ac'
1.914358 Anti     b'+1:lemma:-lrb-'
1.911370 Med      b'postag:NNP'
1.903451 O        b'+1:lemma:tritonx-100'
1.899272 Gtype    b'lemma::'
1.896149 O        b'-1:lemma:Iron'
1.895834 Gtype    b'lemma:delta-arca'
1.894702 O        b'lemma:contain'
1.873149 Supp     b'-1:lemma:final'
1.865010 O        b'-1:lemma:one'
1.853075 O        b'+1:lemma:b1'
1.852985 Supp     b'+1:lemma:m'
1.845500 O        b'+1:lemma:20'
1.842014 O        b'+1:lemma:anaeroibc'
1.840323 OD       b'+1:postag:IN'
1.830070 Technique b'-1:lemma:rna-seq'
1.826243 Air      b'lemma:anerobically'
1.820915 Anti     b'-1:lemma:myc'
1.817923 OD       b'-1:lemma:about'
1.815106 O        b'-1:lemma:Adenine'
1.801400 Air      b'lemma:Aerobic'
1.789924 O        b'-1:lemma:sc-28207'
1.789767 Supp     b'-1:lemma:potassium'
1.784058 Anti     b'lemma:anti-flag'
1.784058 Anti     b'+1:lemma:mab'
1.783196 Supp     b'-1:lemma:soxr'
1.783196 Supp     b'-1:lemma:soxs'
1.778751 Gtype    b'-1:postag:VBG'
1.772707 Supp     b'lemma:1g/l'
1.771876 pH       b'lemma:.5'
1.771876 pH       b'-1:lemma:ph5'
1.768913 OD       b'+1:lemma:,'
1.768913 OD       b'+1:postag:,'
1.768730 Anti     b'lemma:mab'
1.768730 Anti     b'-1:lemma:anti-flag'
1.766921 O        b'-1:lemma:rpm'
1.763302 Vess     b'+1:postag:IN'
1.762769 Substrain b'postag:NN'
1.762661 Supp     b'-1:lemma:oxyr'
1.756580 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.743104 O        b'lemma:genotype'
1.741054 O        b'lemma:EB'
1.740838 O        b'postag:DT'
1.735492 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.719495 Air      b'+1:lemma:b'
1.713207 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5l'
1.710006 O        b'+1:lemma:nh4cl'
1.708221 O        b'-1:lemma:w0002'
1.703819 O        b'-1:lemma:genbank'
1.703090 Air      b'postag:JJ'
1.702943 Gtype    b'lemma:the'
1.700794 Anti     b'+1:lemma:from'
1.694616 O        b'lemma:until'
1.686951 Gtype    b'-1:lemma:Fur'
1.684466 Supp     b'lemma:cm20'
1.684466 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5l'
1.683704 Supp     b'-1:lemma:2'
1.682601 Air      b'lemma:co2'
1.682519 O        b'-1:lemma:phase'
1.679926 Supp     b'-1:lemma:cra'
1.678431 Gtype    b'-1:lemma:vector'
1.673398 O        b'-1:lemma:concentration'
1.673398 O        b'+1:lemma:150'
1.662366 O        b'-1:lemma:l1'
1.659719 O        b'+1:lemma:37'
1.659428 Anti     b'-1:lemma:monoclonal'
1.654375 O        b'+1:lemma:respiration'
1.640048 Gtype    b'lemma:oxyr-8myc'
1.640048 Gtype    b'lemma:soxr-8myc'
1.640048 Gtype    b'lemma:soxs-8myc'
1.636579 Supp     b'+1:lemma:and'
1.626457 Supp     b'+1:lemma:anaerobically'
1.620124 Gtype    b'+1:postag:DT'
1.618841 Air      b'+1:lemma:at'
1.613832 O        b'lemma:growth'
1.609586 Supp     b'lemma:1m'
1.609447 Supp     b'-1:lemma:for'
1.602463 Supp     b'lemma:150'
1.602463 Supp     b'+1:lemma:mg/ml'
1.596210 Technique b'postag:NNP'
1.593105 Gtype    b'lemma:crp'
1.587946 Supp     b'-1:lemma:m'
1.577215 O        b'lemma:respiration'
1.568347 OD       b'lemma:0.35'
1.559280 O        b'-1:lemma:genotype'
1.555610 Gtype    b'lemma:Wild'
1.551783 Gtype    b'-1:lemma:delta'
1.550271 Anti     b'+1:postag:-LRB-'
1.548604 pH       b'+1:lemma:.'
1.548604 pH       b'+1:postag:.'
1.538039 Technique b'lemma:ChIPSeq'
1.537189 Air      b'-1:lemma:%'
1.534460 OD       b'-1:lemma:~'
1.533286 Gtype    b'+1:lemma:mg1655'
1.531343 Temp     b'+1:lemma:and'
1.530606 O        b'lemma:ecolus'
1.530250 O        b'+1:lemma:fructose'
1.518050 Supp     b'-2:ner:MED'
1.518044 pH       b'-1:lemma:ph'
1.515658 O        b'lemma:10'
1.512836 O        b'-1:lemma:or'
1.505243 O        b'+1:lemma:sparging'
1.501298 O        b'lemma:ml'
1.499367 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.493488 Phase    b'+1:lemma:culture'
1.489122 Technique b'+1:postag:NN'
1.485763 Gtype    b'+1:lemma:small'
1.484892 Air      b'-1:postag:CD'
1.482241 Med      b'+1:lemma:2'
1.482003 Supp     b'-1:postag:SYM'
1.476300 Phase    b'-1:postag::'
1.476254 Med      b'+1:postag:CD'
1.475766 Phase    b'-1:lemma::'
1.471132 Supp     b'-1:postag:CD'
1.458296 Anti     b'-1:postag:JJ'
1.457399 O        b'-1:lemma:4'
1.456808 Gtype    b'hUpper'
1.452170 Supp     b'lemma:sodium'
1.447253 OD       b'-1:postag:IN'
1.444839 Supp     b'lemma:feso4'
1.439060 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.433818 Supp     b'+1:lemma:1/100'
1.431143 Technique b'+1:lemma:rpos'
1.430254 Gtype    b'hLower'
1.428904 pH       b'-2:ner:SUPP'
1.425268 Supp     b'-1:lemma:0.2'
1.423050 Technique b'lemma:chip-exo'
1.414716 O        b'-1:lemma:wp002'
1.409208 O        b'-1:lemma:wp009'
1.408065 Air      b'+1:lemma:-'
1.404938 Gtype    b'lemma:lack'
1.401465 Anti     b'+1:postag:IN'
1.398861 O        b'+1:ner:SUPP'
1.389508 Technique b'-1:lemma:2'
1.388815 Anti     b'-1:lemma::'
1.386270 O        b'-1:lemma:0.35'
1.382760 O        b'lemma:agitation'
1.379413 O        b'-1:lemma:coli'
1.379409 Temp     b'-1:lemma:see'
1.375763 Phase    b'+1:lemma:phase'
1.371035 O        b'lemma:supplement'
1.357002 O        b'+1:lemma:no3'
1.355097 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.354690 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
1.351256 Gtype    b'-1:lemma:knock-out'
1.350371 Gtype    b'-1:lemma:dfnr'
1.349822 O        b'+1:lemma::'
1.346605 Anti     b'-1:lemma:polymerase'
1.345223 Supp     b'+1:lemma:be'
1.344063 O        b'+1:lemma:anerobically'
1.340612 Med      b'postag:NNS'
1.339783 OD       b'postag:IN'
1.339720 O        b'+1:postag:VBP'


Top negative:
0.033857 Temp     b'-1:postag:-LRB-'
0.033831 O        b'-1:lemma:Deficient'
0.033251 Supp     b'lemma:8'
0.032213 OD       b'lemma:='
0.030613 O        b'-1:lemma:agitation'
0.029489 Gtype    b'+1:ner:_'
0.027472 Air      b'postag:-LRB-'
0.026417 Supp     b'lemma:-rrb-'
0.026169 O        b'lemma:vol'
0.026169 O        b'-1:lemma:1/100'
0.024441 Temp     b'-1:lemma:-lrb-'
0.022284 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
0.020373 Gtype    b'+1:postag:NNP'
0.019910 Air      b'-1:postag:-LRB-'
0.019793 O        b'-1:postag:DT'
0.015413 Gtype    b'+1:ner:SUPP'
0.015363 Gtype    b'lemma:_'
0.013669 Air      b'+1:postag:NNS'
0.012323 O        b'+1:lemma:cacl2'
0.011480 O        b'-1:lemma:methanol'
0.011374 O        b'lemma:ompr-8myc'
0.010511 Anti     b'-1:lemma:pre-cleared'
0.010417 pH       b'-1:ner:_'
0.009071 O        b'lemma:ihf'
0.008894 Gtype    b'lemma:,'
0.008894 Gtype    b'postag:,'
0.007747 Med      b'+1:ner:SUPP'
0.005409 O        b'-1:lemma:flagtag'
0.004262 O        b'-1:lemma:MOPS'
0.004076 O        b'lemma:final'
0.003920 O        b'+1:lemma:wild-type'
0.003514 O        b'+1:lemma:harvest'
0.003367 Supp     b'+1:lemma:in'
0.003335 Supp     b'postag:IN'
0.002448 Supp     b'+1:lemma:dissolve'
0.002180 pH       b'-2:ner:TF'
0.001559 Substrain b'+1:ner:_'
0.001464 Anti     b'lemma:ihf'
0.001129 O        b'-1:lemma:formaldehyde'
0.000796 OD       b'+1:lemma:in'
0.000768 O        b'+1:lemma:gadw'
0.000756 OD       b'+1:lemma:2.0'
0.000725 O        b'lemma:l1'
0.000409 Supp     b'postag:-RRB-'
0.000370 O        b'lemma:-lsb-'
0.000365 O        b'-1:lemma:subsequently'
0.000358 O        b'+1:lemma:condition'
0.000339 Technique b'-1:postag:SYM'
0.000320 O        b'+1:lemma:lack'
0.000314 Anti     b'lemma:polyclonal'
0.000314 Anti     b'-1:lemma:ihf'
0.000239 O        b'lemma:b2'
0.000176 O        b'-1:lemma:neg'
0.000173 O        b'-1:lemma:per-gene'
0.000150 Technique b'-2:ner:TF'
0.000150 Gtype    b'-1:lemma:-rcb-'
0.000138 Anti     b'+1:lemma:subunit'
0.000083 O        b'+1:lemma:0.1'
0.000065 Air      b'+1:postag:-RRB-'
0.000036 Anti     b'-1:postag:VBN'
0.000032 O        b'+1:lemma:NeoClone'
0.000017 O        b'lemma:repeatedly'
0.000013 O        b'lemma:TEX'
0.000009 O        b'-1:lemma:buffer'
0.000006 O        b'+1:lemma:beginning'
-0.000000 Gversion b'-1:postag:CD'
0.000000 O        b'-1:lemma:paraquat'
0.000000 O        b'lemma:wp009'
0.000000 O        b'lemma:wp002'
-0.000007 Temp     b'-1:postag:JJ'
-0.000020 Gtype    b'-1:postag:NNS'
-0.000131 O        b'+1:lemma:rep2'
-0.000131 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.000138 Gversion b'hGreek'
-0.000279 pH       b'hGreek'
-0.000422 Air      b'lemma:-rrb-'
-0.001047 Supp     b'lemma:250'
-0.001843 Gtype    b'+1:postag:IN'
-0.001990 O        b'lemma:95'
-0.002139 O        b'lemma:nitrate'
-0.002368 O        b'+1:postag:FW'
-0.003423 Med      b'-1:lemma:MOPS'
-0.003776 O        b'-2:ner:SUPP'
-0.005332 Med      b'-1:postag:CC'
-0.005952 O        b'lemma:8'
-0.007471 Gtype    b'lemma:-lrb-'
-0.008531 Air      b'-1:lemma:aerobically'
-0.008872 O        b'+1:lemma:strain'
-0.009329 Supp     b'+1:postag:SYM'
-0.012147 O        b'lemma:chip-exo'
-0.014053 O        b'+1:lemma:delta'
-0.014562 Gtype    b'postag:NNS'
-0.014656 O        b'lemma:pahse'
-0.014957 Gtype    b'-1:lemma:-lrb-'
-0.016888 Agit     b'-2:ner:_'
-0.018188 O        b'lemma:glucose'
-0.018939 O        b'-1:lemma:25'
-0.019427 Technique b'+1:postag:-RRB-'
-0.019685 Technique b'+1:lemma:-rrb-'
-0.020451 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
-0.021578 Supp     b'-1:lemma:Fe'
-0.022140 Vess     b'symb'
-0.022417 O        b'+1:lemma:='
-0.022616 Strain   b'-1:ner:_'
-0.024502 Temp     b'-1:postag:NN'
-0.024909 O        b'-1:lemma:='
-0.025764 Med      b'-2:ner:_'
-0.027230 Supp     b'-1:lemma:250'
-0.028476 O        b'-1:lemma:to'
-0.028476 O        b'-1:postag:TO'
-0.029278 Vess     b'+2:ner:_'
-0.029644 O        b'-1:postag:VBG'
-0.029741 Phase    b'+1:postag:RB'
-0.030797 OD       b'-2:ner:_'
-0.030809 Air      b'lemma:anaerobically'
-0.032572 Supp     b'lemma:,'
-0.032572 Supp     b'postag:,'
-0.033905 Vess     b'+1:ner:_'
-0.034371 Gversion b'symb'
-0.034773 Agit     b'postag:CD'
-0.036037 O        b'+1:lemma:culture'
-0.037297 Anti     b'+2:ner:GEN'
-0.039025 O        b'-1:postag:VBN'
-0.039100 Supp     b'+2:ner:KWSUPP'
-0.040885 Supp     b'-1:lemma:;'
-0.043915 Gtype    b'lemma:-rrb-'
-0.044329 O        b'lemma:min'
-0.047122 O        b'lemma:phosphate'
-0.047557 O        b'-1:lemma:um'
-0.047557 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.048206 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.050865 O        b'lemma:1/100'
-0.050865 O        b'+1:lemma:vol'
-0.051892 O        b'+1:lemma:25'
-0.052369 O        b'+1:lemma:mm'
-0.052369 O        b'+1:ner:KWSUPP'
-0.053294 Gtype    b'postag:FW'
-0.053896 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.054363 O        b'+1:lemma:a'
-0.057068 O        b'-1:lemma:gade'
-0.057454 O        b'-1:lemma:mm'
-0.058713 O        b'lemma:hour'
-0.058965 O        b'-1:lemma:20'
-0.059264 O        b'lemma:5'
-0.060460 O        b'+1:lemma:95'
-0.060674 O        b'-1:lemma:with'
-0.063266 O        b'+1:lemma:pahse'
-0.063405 O        b'-1:lemma:for'
-0.063759 O        b'lemma:0.1'
-0.064498 O        b'-1:lemma:gadw'
-0.064577 Air      b'postag:-RRB-'
-0.064947 Anti     b'-1:ner:_'
-0.065601 O        b'lemma:affinity'
-0.066559 O        b'-1:lemma:\xce\xb4oxyr'
-0.067943 Gtype    b'+1:lemma:glucose'
-0.068968 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.069183 O        b'lemma:25'
-0.069509 Phase    b'hGreek'
-0.070310 Agit     b'postag:NN'
-0.071560 O        b'+1:lemma:.'
-0.071560 O        b'+1:postag:.'
-0.071937 O        b'-1:lemma:70'
-0.074847 O        b'-1:lemma:anaerobically'
-0.075577 Temp     b'+2:ner:MED'
-0.076200 pH       b'+2:ner:_'
-0.076242 Supp     b'postag:CD'
-0.077892 pH       b'hUpper'
-0.081358 Phase    b'+1:ner:_'
-0.082414 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.089368 pH       b'hLower'
-0.089498 Strain   b'+2:ner:_'
-0.089671 Supp     b'-1:lemma:8'
-0.091299 O        b'postag:NN'
-0.092330 Air      b'postag:CD'
-0.094801 O        b'+1:lemma:70'
-0.097201 O        b'+1:lemma:1/100'
-0.098327 O        b'-1:lemma:\xce\xb4ompr'
-0.098419 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.098928 O        b'lemma:sodium'
-0.101615 Supp     b'-1:lemma:and'
-0.101905 O        b'lemma:70'
-0.102535 O        b'lemma:;'
-0.102535 O        b'-1:lemma:7.6'
-0.103690 O        b'lemma:0.2'
-0.104272 O        b'-1:lemma:harbor'
-0.104979 Med      b'-1:postag:NN'
-0.106404 Med      b'-1:postag:NNP'
-0.110731 Gtype    b'postag:-LRB-'
-0.115577 Technique b'-2:ner:_'
-0.115923 Supp     b'+1:lemma:dpd'
-0.120251 O        b'+1:lemma:phosphate'
-0.121124 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.121861 O        b'+1:lemma:o2'
-0.122395 O        b'+1:lemma:-lcb-'
-0.122409 Supp     b'-1:postag:VBN'
-0.122627 Anti     b'+1:ner:_'
-0.123483 O        b'+1:lemma:min'
-0.123897 O        b'-1:lemma:phosphate'
-0.124703 Gtype    b'+1:lemma:b'
-0.128544 O        b'+1:lemma:be'
-0.129540 Vess     b'-2:ner:_'
-0.132982 Med      b'-1:lemma:m9'
-0.133869 OD       b'postag:JJ'
-0.136864 O        b'+1:postag:NNS'
-0.139591 Supp     b'lemma:and'
-0.140785 O        b'lemma:purify'
-0.140834 O        b'lemma:7.6'
-0.140834 O        b'+1:lemma:;'
-0.143070 pH       b'postag:NN'
-0.143799 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.144794 OD       b'+1:lemma:.'
-0.144794 OD       b'+1:postag:.'
-0.145656 O        b'-1:lemma:in'
-0.148053 Anti     b'postag:NNP'
-0.148695 Supp     b'lemma:paraquat'
-0.151477 O        b'-1:lemma:-'
-0.154593 Supp     b'hUpper'
-0.155557 Gtype    b'+1:lemma:pk4854'
-0.158077 Supp     b'-1:lemma:dpd'
-0.158474 O        b'+1:lemma:phase'
-0.159734 O        b'+1:lemma:gadx'
-0.160930 O        b'-1:lemma:the'
-0.162088 O        b'-1:lemma:k-12'
-0.162925 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.164704 Air      b'+1:postag:NN'
-0.165512 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.168722 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.172430 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.172450 O        b'+1:lemma:n2'
-0.175459 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.176708 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.178940 O        b'+1:lemma:7.6'
-0.180698 O        b'+1:lemma:fnr'
-0.181900 O        b'+1:lemma:until'
-0.182685 Anti     b'-1:postag:NN'
-0.184679 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.185307 O        b'+1:lemma:A'
-0.186709 O        b'lemma:mg/ml'
-0.186709 O        b'-1:lemma:150'
-0.186957 O        b'lemma:\xc3\x9f'
-0.187575 O        b'-1:lemma:of'
-0.187612 Gtype    b'+1:lemma:-rrb-'
-0.191660 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.191956 O        b'postag:VB'
-0.198091 O        b'+1:lemma:media'
-0.198384 Supp     b'lemma:10'
-0.200008 Anti     b'-1:postag:CD'
-0.200567 O        b'-1:lemma:gadx'
-0.200770 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.203448 Temp     b'symb'
-0.204265 O        b'+1:lemma:~'
-0.208016 Technique b'+2:ner:_'
-0.208578 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.211105 O        b'-1:postag:CD'
-0.212224 O        b'+1:lemma:ph'
-0.226431 Med      b'-1:ner:MED'
-0.226884 Supp     b'lemma:2'
-0.227840 Technique b'-1:postag:CD'
-0.239456 O        b'lemma:minimal'
-0.241498 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.244473 O        b'+1:postag:DT'
-0.247086 O        b'-1:lemma:affinity'
-0.250030 Substrain b'+2:ner:_'
-0.252051 O        b'+1:lemma:pk4854'
-0.255164 O        b'lemma:o2'
-0.256726 O        b'+1:postag:CD'
-0.258006 Gtype    b'lemma:control'
-0.258971 O        b'lemma:fecl2'
-0.259294 O        b'lemma:1m'
-0.259356 Med      b'-1:postag:IN'
-0.259766 O        b'-1:lemma:Fur'
-0.260438 O        b'lemma:lb'
-0.260777 O        b'-1:lemma:250'
-0.263221 Supp     b'+1:postag::'
-0.266167 O        b'+1:lemma:purify'
-0.266259 O        b'-1:lemma:control'
-0.270972 O        b'+1:lemma:sample'
-0.272911 OD       b'postag:NN'
-0.276664 Temp     b'postag:JJ'
-0.282397 Gtype    b'lemma:fnr'
-0.286932 Supp     b'+1:ner:SUPP'
-0.290582 Anti     b'symb'
-0.291397 Supp     b'postag:CC'
-0.293788 O        b'lemma:m63'
-0.294303 O        b'-1:lemma:sodium'
-0.298884 O        b'+1:lemma:co2'
-0.302480 Substrain b'symb'
-0.303637 Strain   b'+1:ner:_'
-0.305017 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.305364 Supp     b'-1:postag:VBG'
-0.305505 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.306196 O        b'lemma:20'
-0.311306 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.312216 O        b'lemma:dissolve'
-0.313151 O        b'postag:JJ'
-0.313724 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.316370 O        b'+1:lemma:-lrb-'
-0.321921 O        b'-2:ner:GEN'
-0.324038 Gtype    b'+1:lemma:fnr'
-0.326874 O        b'lemma:n2'
-0.333198 O        b'+1:lemma:5'
-0.334362 O        b'lemma:phase'
-0.337284 Substrain b'-2:ner:_'
-0.339722 Med      b'+1:postag:IN'
-0.346948 Supp     b'lemma:-lrb-'
-0.348361 Med      b'-1:ner:_'
-0.356514 Temp     b'hGreek'
-0.362400 O        b'+1:lemma:the'
-0.363411 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.364545 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.365285 O        b'-1:ner:SUPP'
-0.377145 Gtype    b'-1:lemma:,'
-0.377145 Gtype    b'-1:postag:,'
-0.385566 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.392027 Gtype    b'+1:postag:-LRB-'
-0.394728 Vess     b'-1:ner:_'
-0.395368 O        b'lemma:ph'
-0.396150 Gtype    b'-1:lemma:crp'
-0.396659 O        b'lemma:250'
-0.397489 Supp     b'postag:-LRB-'
-0.400398 O        b'lemma:sample'
-0.401764 O        b'-1:lemma:delta'
-0.403714 O        b'lemma:co2'
-0.405788 O        b'-1:lemma:~'
-0.407072 O        b'-1:lemma:dfnr'
-0.416810 O        b'-1:lemma:o2'
-0.417559 OD       b'symb'
-0.426905 O        b'lemma:rna'
-0.429879 O        b'lemma:150'
-0.429879 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.443591 O        b'+2:ner:SUPP'
-0.450747 Gversion b'hLower'
-0.452870 O        b'-1:postag:VB'
-0.457975 OD       b'hUpper'
-0.461263 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.461263 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.463340 Anti     b'+2:ner:_'
-0.464214 Air      b'postag:NNP'
-0.468684 pH       b'-2:ner:_'
-0.480272 Supp     b'+1:postag:NNP'
-0.481051 O        b'+1:postag:VBG'
-0.482341 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.484117 Supp     b'-1:lemma:the'
-0.484334 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.491599 Phase    b'-2:ner:SUPP'
-0.495615 O        b'-1:lemma:1m'
-0.502371 Temp     b'postag:NN'
-0.513072 O        b'+1:lemma:1m'
-0.513445 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.516859 Gtype    b'postag:-RRB-'
-0.519909 Med      b'+1:lemma:m9'
-0.521943 O        b'-1:lemma:purify'
-0.525783 OD       b'hLower'
-0.529466 Anti     b'hUpper'
-0.531537 O        b'-1:lemma:\xc3\x9f'
-0.531575 O        b'+1:postag:IN'
-0.534393 O        b'+1:lemma:2.0'
-0.537134 O        b'-1:lemma:od600'
-0.541351 Med      b'+1:ner:MED'
-0.542372 Gtype    b'postag:CD'
-0.543838 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.550532 O        b'lemma:fructose'
-0.553597 O        b'+1:lemma:%'
-0.556452 O        b'lemma:methanol'
-0.557787 O        b'-1:postag:IN'
-0.559160 O        b'-1:lemma:%'
-0.561233 Supp     b'lemma:300'
-0.579821 O        b'-1:lemma:.'
-0.579821 O        b'-1:postag:.'
-0.581263 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.595641 O        b'lemma:\xce\xb4ompr'
-0.604061 O        b'+2:ner:TF'
-0.610940 Anti     b'postag:CD'
-0.615078 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.615373 Air      b'-1:lemma:grow'
-0.619167 O        b'+1:postag:VB'
-0.628743 Vess     b'hLower'
-0.630944 O        b'lemma:m'
-0.631868 O        b'-1:lemma:ph'
-0.636973 O        b'-1:lemma:final'
-0.687139 O        b'lemma:0.3'
-0.699427 Supp     b'-1:lemma:-lrb-'
-0.705960 O        b'lemma:mid-log'
-0.708109 Gtype    b'+1:lemma:,'
-0.708109 Gtype    b'+1:postag:,'
-0.710161 O        b'lemma:aerobic'
-0.716374 O        b'+1:lemma:rna'
-0.725076 O        b'-1:lemma:n2'
-0.741719 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.744719 O        b'-2:ner:TF'
-0.753470 Gtype    b'-1:lemma:and'
-0.756994 O        b'lemma:od600'
-0.758976 Med      b'-1:postag:CD'
-0.767954 O        b'lemma:\xce\xb4soxs'
-0.780431 Supp     b'-1:postag:-LRB-'
-0.794708 Gtype    b'+1:lemma:and'
-0.808666 Supp     b'postag:NNS'
-0.817224 O        b'+1:lemma:from'
-0.822411 Gtype    b'+1:postag:JJ'
-0.830587 Gtype    b'-1:lemma:fur'
-0.835584 Agit     b'hLower'
-0.840643 O        b'+1:postag:-LRB-'
-0.850996 Temp     b'+1:postag:IN'
-0.852792 O        b'lemma:of'
-0.866778 Substrain b'hLower'
-0.874225 O        b'+1:lemma:nitrate'
-0.885545 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.893126 O        b'+1:lemma:b'
-0.902590 Med      b'hLower'
-0.909073 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.926144 O        b'-1:lemma:1'
-0.959419 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.967037 Med      b'+1:postag:NN'
-0.976355 O        b'lemma:medium'
-0.978259 O        b'+1:lemma:300'
-0.979501 Supp     b'-1:postag:DT'
-0.981415 O        b'hGreek'
-0.994326 Gtype    b'+1:postag:CC'
-1.010598 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.026714 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-1.035877 O        b'lemma:\xce\xb4soxr'
-1.058337 O        b'-1:lemma:rna'
-1.093134 O        b'+1:lemma:at'
-1.106749 O        b'+1:lemma:contain'
-1.106798 Technique b'-1:lemma::'
-1.130978 Gtype    b'-1:postag:CC'
-1.149559 O        b'-1:lemma:30'
-1.157867 Substrain b'-1:ner:_'
-1.172672 O        b'-1:lemma:m'
-1.175901 O        b'lemma:dpd'
-1.178680 Med      b'postag:-LRB-'
-1.192666 O        b'-1:lemma:37'
-1.195988 Med      b'lemma:-lrb-'
-1.214437 O        b'lemma:30'
-1.215118 pH       b'symb'
-1.237382 O        b'lemma:37'
-1.241084 O        b'-1:ner:GEN'
-1.244091 O        b'lemma:anaerobic'
-1.251525 O        b'-1:postag::'
-1.272881 O        b'lemma:\xce\xb4oxyr'
-1.275044 Med      b'+1:postag:CC'
-1.287344 Vess     b'hUpper'
-1.334750 O        b'+1:lemma:2'
-1.350303 Temp     b'hLower'
-1.354464 O        b'+1:lemma:antibody'
-1.380558 Gtype    b'postag::'
-1.408959 O        b'-1:lemma:IP'
-1.429689 OD       b'+1:postag:NN'
-1.439956 O        b'postag:RB'
-1.446129 Technique b'-1:postag::'
-1.460449 O        b'-1:lemma:from'
-1.521708 O        b'-1:lemma:co2'
-1.543387 Supp     b'postag:JJ'
-1.550906 Supp     b'+1:lemma:nacl'
-1.563578 O        b'+1:lemma:genome'
-1.578890 O        b'+1:lemma:in'
-1.584011 O        b'+1:lemma:m'
-1.595135 O        b'lemma:media'
-1.623656 O        b'lemma:nacl'
-1.747411 O        b'-1:lemma:sample'
-1.759842 Technique b'+1:ner:_'
-1.781767 Supp     b'-1:postag:NNP'
-1.788404 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.791013 Agit     b'hUpper'
-1.793786 Strain   b'hLower'
-1.827667 O        b'-1:lemma:ml'
-1.833820 O        b'lemma:nh4cl'
-1.879293 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.907628 Supp     b'+1:lemma:-lrb-'
-1.926563 Gtype    b'+1:lemma:crp'
-1.955936 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-1.957770 Med      b'postag:CD'
-1.972487 Air      b'postag:NN'
-2.027174 Supp     b'+1:lemma:,'
-2.027174 Supp     b'+1:postag:,'
-2.029621 Supp     b'+1:postag:-LRB-'
-2.037273 O        b'-1:lemma:vol'
-2.089901 O        b'+1:lemma:1'
-2.110226 Supp     b'hGreek'
-2.133396 O        b'-1:lemma:until'
-2.143943 O        b'-1:lemma:contain'
-2.149027 Gtype    b'symb'
-2.157541 O        b'+1:lemma:_'
-2.184464 O        b'-1:lemma:2'
-2.191425 O        b'lemma:aerobically'
-2.253846 Strain   b'symb'
-2.357278 O        b'lemma:rifampicin'
-2.376772 O        b'lemma:wt'
-2.475144 Phase    b'symb'
-2.476390 Med      b'-2:ner:MED'
-2.527705 Air      b'-1:postag:VBN'
-2.536453 O        b'+1:lemma:hour'
-2.544166 O        b'-1:lemma:_'
-3.156802 Temp     b'+1:lemma:with'
-3.206148 Phase    b'postag:JJ'
-3.331800 O        b'-1:lemma:fresh'
-3.372381 Technique b'symb'
-3.418455 O        b'+1:lemma:+'
-3.613757 Phase    b'hUpper'
-6.511016 O        b'-1:lemma::'