********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70.txt

best params:{'c1': 0.20934163148847484, 'c2': 5.972574594521125e-05}
best CV score:0.8647885676297223
model size: 0.05M

Flat F1: 0.7568876974674016
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.818     0.900        22
         pH      1.000     1.000     1.000         8
  Technique      0.955     0.913     0.933        23
        Med      1.000     0.925     0.961        53
       Temp      1.000     0.690     0.816        29
       Vess      1.000     1.000     1.000         1
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      0.882     1.000     0.938        15
        Air      0.543     0.362     0.435        69
       Anti      0.786     1.000     0.880        11
     Strain      0.000     0.000     0.000         1
      Gtype      0.863     0.812     0.836        85
  Substrain      0.000     0.000     0.000         0
       Supp      0.607     0.784     0.684       134
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.774     0.758     0.757       451


Top likely transitions:
Temp   -> Temp    6.372271
Agit   -> Agit    6.336087
Med    -> Med     5.775362
Supp   -> Supp    5.599916
OD     -> OD      5.514939
Anti   -> Anti    5.400862
Phase  -> Phase   5.214849
Air    -> Air     4.870530
Gtype  -> Gtype   4.826805
O      -> O       4.601602
Gversion -> Gversion 4.343416
Technique -> Technique 4.055366
pH     -> pH      3.102886
Substrain -> Gtype   1.934887
Air    -> O       1.597978
O      -> Supp    1.582569
Gtype  -> Supp    1.508336
O      -> Technique 1.406325
O      -> Gtype   1.205559
O      -> Temp    0.833133
Supp   -> O       0.751090
O      -> Phase   0.676762
Temp   -> O       0.670412
Gtype  -> Air     0.616010
Med    -> O       0.606543
O      -> Anti    0.311020
Technique -> Air     0.225375
OD     -> O       0.192356
O      -> Med     0.168459
Phase  -> O       0.168068
O      -> Gversion 0.143784
O      -> pH      0.078839
O      -> OD      0.075883
Strain -> O       0.069008
Gtype  -> Med     -0.229150
Gtype  -> O       -0.660221
O      -> Air     -0.746238
Substrain -> O       -0.760215
Phase  -> OD      -0.885028
Technique -> Gtype   -1.154393
Med    -> Supp    -1.787447


Top unlikely transitions:
Temp   -> Temp    6.372271
Agit   -> Agit    6.336087
Med    -> Med     5.775362
Supp   -> Supp    5.599916
OD     -> OD      5.514939
Anti   -> Anti    5.400862
Phase  -> Phase   5.214849
Air    -> Air     4.870530
Gtype  -> Gtype   4.826805
O      -> O       4.601602
Gversion -> Gversion 4.343416
Technique -> Technique 4.055366
pH     -> pH      3.102886
Substrain -> Gtype   1.934887
Air    -> O       1.597978
O      -> Supp    1.582569
Gtype  -> Supp    1.508336
O      -> Technique 1.406325
O      -> Gtype   1.205559
O      -> Temp    0.833133
Supp   -> O       0.751090
O      -> Phase   0.676762
Temp   -> O       0.670412
Gtype  -> Air     0.616010
Med    -> O       0.606543
O      -> Anti    0.311020
Technique -> Air     0.225375
OD     -> O       0.192356
O      -> Med     0.168459
Phase  -> O       0.168068
O      -> Gversion 0.143784
O      -> pH      0.078839
O      -> OD      0.075883
Strain -> O       0.069008
Gtype  -> Med     -0.229150
Gtype  -> O       -0.660221
O      -> Air     -0.746238
Substrain -> O       -0.760215
Phase  -> OD      -0.885028
Technique -> Gtype   -1.154393
Med    -> Supp    -1.787447


Top positive:
10.190054 Supp     b'lemma:Iron'
9.112733 O        b'lemma:_'
7.880021 Air      b'lemma:anaerobic'
7.549281 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.465093 Strain   b'+1:lemma:substr'
7.422565 Med      b'lemma:MOPS'
7.415432 Phase    b'lemma:exponential'
7.415432 Phase    b'lemma:stationary'
7.398082 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
7.166683 O        b'lemma:2'
7.146221 O        b'lemma:-'
7.132564 Supp     b'lemma:pq'
6.977885 Air      b'lemma:aerobic'
6.744626 Gtype    b'lemma:wt'
6.631092 Phase    b'lemma:mid-log'
6.560555 O        b'lemma:1'
6.447344 Technique b'lemma:chipseq'
6.389162 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
6.371591 Gversion b'lemma:asm584v2'
6.280253 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
6.224426 O        b'lemma:3'
6.224046 O        b'-1:lemma:tag'
6.202217 Air      b'lemma:Aerobic'
6.046396 O        b'lemma:rpob'
5.857469 Gversion b'lemma:nc'
5.848042 O        b'lemma:Custom'
5.738285 Gtype    b'lemma:wild-type'
5.702974 O        b'lemma:Cra'
5.644004 O        b'lemma:b'
5.533358 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.533358 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.521522 O        b'lemma:a'
5.328505 Gtype    b'lemma:type'
5.276884 Supp     b'lemma:nacl'
5.252181 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.206802 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
5.150774 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
5.068213 O        b'postag:IN'
5.035817 O        b'lemma:rep1'
4.983308 Vess     b'lemma:flask'
4.983308 Vess     b'-1:lemma:warm'
4.943797 O        b'lemma:rep3'
4.854929 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.845807 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
4.794055 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.645526 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.620794 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.559495 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.549068 O        b'-1:lemma:type'
4.420072 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.386336 Technique b'lemma:rna-seq'
4.375116 Supp     b'lemma:acetate'
4.337376 O        b'lemma:ompr'
4.249331 O        b'postag:CC'
4.232009 Supp     b'lemma:nitrate'
4.189729 Supp     b'lemma:glucose'
4.169856 Substrain b'lemma:mg1655'
4.152149 Gtype    b'lemma:dfnr'
4.143746 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.056334 O        b'+1:lemma:pq'
4.052385 Gtype    b'lemma:pk4854'
4.037199 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.985929 Anti     b'lemma:none'
3.957986 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.954172 Med      b'lemma:lb'
3.939606 Supp     b'-1:lemma:+'
3.935266 Technique b'lemma:chip-seq'
3.929436 O        b'postag:VBN'
3.908650 Med      b'-1:lemma:ml'
3.884593 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.878464 Anti     b'lemma:\xcf\x8332'
3.863072 O        b'lemma:.'
3.863072 O        b'postag:.'
3.860626 O        b'lemma:chip'
3.854556 Technique b'lemma:rnaseq'
3.854116 O        b'postag::'
3.783932 Agit     b'+1:lemma:rpm'
3.781020 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.721025 Air      b'-1:lemma:-'
3.718911 Agit     b'lemma:rpm'
3.658315 O        b'-1:lemma:glucose'
3.650822 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.626592 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.625435 Supp     b'-1:lemma:with'
3.621959 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.534472 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
3.534031 Supp     b'lemma:no3'
3.532340 O        b'-1:lemma:0.3'
3.529130 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.523066 O        b'lemma:with'
3.479777 OD       b'lemma:od450'
3.451557 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.421135 Anti     b'lemma:seqa'
3.408004 O        b'lemma:rep2'
3.394045 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.391719 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.391021 Supp     b'lemma:dpd'
3.352795 O        b'-1:lemma:lb'
3.334642 Technique b'-1:lemma:IP'
3.303675 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.272998 Air      b'lemma:anaerobically'
3.245394 Supp     b'lemma:Leu'
3.235692 Supp     b'lemma:Fe'
3.223774 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
3.209091 Air      b'lemma:aerobically'
3.198219 O        b'postag:VBG'
3.170084 O        b'lemma:harbor'
3.168019 Temp     b'-1:lemma:43'
3.163951 Supp     b'lemma:arginine'
3.160003 Gtype    b'+1:lemma:pq'
3.153015 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.115121 Strain   b'lemma:k-12'
3.074034 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.071794 Air      b'postag:RB'
3.069425 Substrain b'lemma:mg1655star'
3.062133 Supp     b'lemma:Adenine'
3.060892 Air      b'lemma:anaeroibc'
3.056193 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.042361 Supp     b'+1:lemma:mm'
3.019482 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.998564 O        b'-1:lemma:into'
2.994519 pH       b'lemma:5.5'
2.973677 Gversion b'lemma:.2'
2.973677 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.973445 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.958977 Med      b'lemma:media'
2.930356 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.896285 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.895621 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.894434 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.893824 O        b'lemma:CEL'
2.871221 O        b'+1:lemma:arca-8myc'
2.854072 Temp     b'+1:lemma:in'
2.819779 Gtype    b'-1:lemma:delta'
2.816913 O        b'+1:lemma:250'
2.810671 O        b'+1:lemma:od600'
2.799953 O        b'+1:lemma:mid-log'
2.791088 Supp     b'-1:lemma:vol'
2.782754 Gversion b'lemma:u00096'
2.782754 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.762169 O        b'lemma:ml'
2.714953 O        b'+1:postag:NNP'
2.698964 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.673462 Gtype    b'-1:postag:VBG'
2.672861 Med      b'lemma:L'
2.672861 Med      b'+1:lemma:broth'
2.665253 O        b'+1:lemma:acetate'
2.647014 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.641349 Med      b'lemma:m63'
2.626973 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
2.622910 Gversion b'lemma:000913'
2.605384 O        b'lemma::'
2.594999 pH       b'+1:postag:CD'
2.538219 O        b'lemma:s'
2.537207 Med      b'lemma:broth'
2.537207 Med      b'-1:lemma:L'
2.527821 pH       b'lemma:ph5'
2.527821 pH       b'+1:lemma:.5'
2.515586 O        b'+1:lemma:coli'
2.509864 Supp     b'+1:lemma:1'
2.508452 Med      b'-1:lemma:fresh'
2.494059 Supp     b'lemma:fructose'
2.475120 Temp     b'lemma:43'
2.463892 O        b'-1:lemma:rpm'
2.434009 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.426928 O        b'+1:postag:RB'
2.422956 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.396151 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.362312 O        b'lemma:condition'
2.343697 O        b'+1:lemma:or'
2.310123 Med      b'-1:lemma:glucose'
2.304110 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.250756 Gtype    b'+1:postag::'
2.243158 Med      b'lemma:minimal'
2.236131 Temp     b'-1:lemma:37'
2.232349 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
2.215545 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.215545 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.168823 O        b'postag:NNS'
2.142782 pH       b'+1:lemma:5.5'
2.133425 O        b'lemma:at'
2.127108 Gtype    b'-1:lemma:factor'
2.118652 O        b'lemma:agitation'
2.100263 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.099378 Supp     b'+1:lemma:min'
2.099095 Phase    b'lemma:phase'
2.087589 Supp     b'+1:lemma:and'
2.072277 O        b'+1:lemma:sparging'
2.066002 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.054354 O        b'+1:lemma:anti-fur'
2.053062 O        b'lemma:genotype/variation'
2.041875 O        b'-1:lemma:l1'
2.039194 Gtype    b'-1:lemma::'
2.031026 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.010199 O        b'postag:DT'
2.007491 O        b'lemma:culture'
2.000485 O        b'postag:VBD'
1.989764 OD       b'lemma:0.3-0.35'
1.982940 Supp     b'-1:lemma:sodium'
1.980905 Gversion b'postag:CD'


Top negative:
0.039807 OD       b'+1:postag:,'
0.039185 O        b'lemma:um'
0.035254 O        b'+1:postag:JJ'
0.030051 O        b'+1:postag:SYM'
0.027873 Supp     b'-1:lemma:m'
0.025396 O        b"lemma:'s"
0.025396 O        b'postag:POS'
0.025396 O        b'-1:lemma:manufacturer'
0.025396 O        b'+1:lemma:instruction'
0.024333 Supp     b'-1:lemma:rifampicin'
0.023672 O        b'+1:lemma:more'
0.023672 O        b'+1:postag:JJR'
0.017097 O        b'lemma:final'
0.014163 O        b'+1:lemma:_'
0.013275 O        b'lemma:mm'
0.012005 Anti     b'lemma:subunit'
0.012005 Anti     b'+1:lemma:\xce\xb2'
0.003898 Gtype    b'lemma:Fur'
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