********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.18334620784152844, 'c2': 0.008065728975440238}
best CV score:0.7992328667891142
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7861345162985679
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.939     0.742     0.829        62
       Anti      0.571     0.444     0.500         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.866     0.792     0.828       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.802     0.654     0.721       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.863     0.738     0.786       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.441317
OD     -> OD      6.198142
Temp   -> Temp    5.464759
Anti   -> Anti    5.428002
Med    -> Med     5.387458
Air    -> Air     5.209961
Phase  -> Phase   4.695053
O      -> O       4.548631
Gversion -> Gversion 4.547965
Gtype  -> Gtype   4.475060
Supp   -> Supp    4.114913
Technique -> Technique 4.082736
pH     -> pH      1.944903
O      -> Supp    1.807640
Air    -> O       1.622322
Gtype  -> Supp    1.534817
Substrain -> Gtype   1.344174
O      -> Technique 1.336522
O      -> Gtype   1.245629
O      -> Anti    0.936139
Technique -> Air     0.714948
O      -> Temp    0.637848
Med    -> O       0.459165
O      -> Gversion 0.360936
Temp   -> O       0.204109
OD     -> Phase   0.159046
O      -> Med     0.104640
Supp   -> O       0.075713
Phase  -> O       0.056846
Gtype  -> pH      0.037916
O      -> Strain  0.016408
O      -> OD      -0.000411
Technique -> O       -0.074489
OD     -> Air     -0.121140
Technique -> Gtype   -0.135273
Gtype  -> Med     -0.165067
Supp   -> Air     -0.232833
Technique -> OD      -0.233483
Gtype  -> O       -0.424837
Gtype  -> Anti    -0.430777
OD     -> O       -0.542516
Supp   -> Med     -0.717785
O      -> Air     -0.775058
Agit   -> O       -0.784243
Gtype  -> OD      -0.845217
Substrain -> O       -1.160866
Med    -> Supp    -1.461608
Phase  -> OD      -1.657661


Top unlikely transitions:
Agit   -> Agit    6.441317
OD     -> OD      6.198142
Temp   -> Temp    5.464759
Anti   -> Anti    5.428002
Med    -> Med     5.387458
Air    -> Air     5.209961
Phase  -> Phase   4.695053
O      -> O       4.548631
Gversion -> Gversion 4.547965
Gtype  -> Gtype   4.475060
Supp   -> Supp    4.114913
Technique -> Technique 4.082736
pH     -> pH      1.944903
O      -> Supp    1.807640
Air    -> O       1.622322
Gtype  -> Supp    1.534817
Substrain -> Gtype   1.344174
O      -> Technique 1.336522
O      -> Gtype   1.245629
O      -> Anti    0.936139
Technique -> Air     0.714948
O      -> Temp    0.637848
Med    -> O       0.459165
O      -> Gversion 0.360936
Temp   -> O       0.204109
OD     -> Phase   0.159046
O      -> Med     0.104640
Supp   -> O       0.075713
Phase  -> O       0.056846
Gtype  -> pH      0.037916
O      -> Strain  0.016408
O      -> OD      -0.000411
Technique -> O       -0.074489
OD     -> Air     -0.121140
Technique -> Gtype   -0.135273
Gtype  -> Med     -0.165067
Supp   -> Air     -0.232833
Technique -> OD      -0.233483
Gtype  -> O       -0.424837
Gtype  -> Anti    -0.430777
OD     -> O       -0.542516
Supp   -> Med     -0.717785
O      -> Air     -0.775058
Agit   -> O       -0.784243
Gtype  -> OD      -0.845217
Substrain -> O       -1.160866
Med    -> Supp    -1.461608
Phase  -> OD      -1.657661


Top positive:
8.540612 Supp     b'lemma:Iron'
8.329515 O        b'lemma:_'
7.954212 Air      b'lemma:anaerobic'
7.558303 Air      b'lemma:aerobic'
7.425659 Supp     b'lemma:nitrate'
7.188063 O        b'lemma:1'
7.151953 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.868721 Phase    b'lemma:stationary'
6.736734 Strain   b'lemma:k-12'
6.164335 O        b'lemma:rpob'
6.164166 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.145220 Phase    b'lemma:mid-log'
6.083537 O        b'lemma:2'
6.046633 Technique b'lemma:chipseq'
5.843991 Substrain b'lemma:mg1655'
5.625605 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.595675 Supp     b'lemma:pq'
5.579787 O        b'lemma:3'
5.528331 Gtype    b'lemma:type'
5.458452 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.389356 Med      b'lemma:MOPS'
5.261442 O        b'-1:lemma:tag'
5.221290 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
5.207575 O        b'lemma:\xcf\x8332'
5.185393 OD       b'lemma:od600'
5.129342 O        b'lemma:Custom'
5.077322 O        b'lemma:rep1'
5.062790 Air      b'lemma:Aerobic'
5.039230 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.039230 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.960492 O        b'lemma:b'
4.944484 Med      b'lemma:LB'
4.895657 O        b'lemma:rep2'
4.895123 Gversion b'lemma:nc'
4.892927 O        b'postag:IN'
4.878845 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.777473 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.733229 O        b'lemma:rep3'
4.700693 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
4.522919 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.506447 O        b'lemma:a'
4.486239 Gtype    b'lemma:delta-arca'
4.484173 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.469270 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.466501 Gtype    b'lemma:arca8myc'
4.444728 O        b'lemma:Cra'
4.370578 Supp     b'lemma:glucose'
4.315203 Technique b'lemma:rna-seq'
4.281493 O        b'postag::'
4.229592 Gtype    b'lemma:wt'
4.150659 Supp     b'lemma:Fe'
4.147004 OD       b'lemma:od450'
4.134772 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.128050 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.061029 Med      b'lemma:lb'
3.983457 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.979082 Anti     b'lemma:none'
3.866545 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
3.851958 Supp     b'lemma:acetate'
3.765754 Supp     b'lemma:dpd'
3.751043 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.745952 Technique b'lemma:chip-seq'
3.717926 Supp     b'lemma:no3'
3.687851 Supp     b'lemma:arginine'
3.686242 Anti     b'lemma:seqa'
3.685360 O        b'lemma:.'
3.685360 O        b'postag:.'
3.654301 O        b'+1:lemma:od600'
3.652925 Technique b'lemma:rnaseq'
3.626342 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.609455 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.595076 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.582662 O        b'lemma:-'
3.473034 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.422494 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.383395 Supp     b'lemma:fructose'
3.373092 O        b'+1:postag:RB'
3.370884 Vess     b'lemma:flask'
3.370884 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.350883 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.305547 O        b'-1:lemma:type'
3.282833 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.274554 O        b'lemma:CEL'
3.202139 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.201589 pH       b'lemma:ph5'
3.201589 pH       b'+1:lemma:.5'
3.179454 OD       b'+1:lemma:stationary'
3.176547 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.170822 O        b'-1:lemma:glucose'
3.142788 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
3.131035 Med      b'lemma:m63'
3.104780 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.102061 O        b'lemma:chip'
3.089303 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.068476 O        b'-1:lemma:0.3'
3.053453 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.941730 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.941090 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.924228 O        b'lemma:or'
2.920487 Gversion b'lemma:u00096'
2.920487 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.919801 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.909988 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.906926 O        b'postag:VBN'
2.903384 Air      b'lemma:anaerobically'
2.892016 Technique b'-1:lemma:IP'
2.855009 Temp     b'-1:lemma:37'
2.841195 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.840168 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.824282 O        b'lemma:with'
2.811989 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.803863 Supp     b'+1:lemma:1'
2.775638 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.742550 Gversion b'lemma:.2'
2.742550 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.725585 Supp     b'lemma:nacl'
2.718890 O        b'postag:CC'
2.663906 Med      b'lemma:media'
2.648781 Supp     b'+1:lemma:2'
2.634231 O        b'+1:postag:NNP'
2.619387 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.617733 Med      b'-1:lemma:ml'
2.607952 O        b'lemma:s'
2.604146 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.596931 Supp     b'lemma:iptg'
2.582684 O        b'lemma:oxyr'
2.582365 Supp     b'-1:lemma:+'
2.553826 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.553515 Temp     b'-1:lemma:43'
2.539094 Gtype    b'lemma:pk4854'
2.536990 Gversion b'lemma:000913'
2.536605 O        b'postag:DT'
2.518305 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.477235 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.471748 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.466305 O        b'+1:lemma:pq'
2.452553 Supp     b'+1:lemma:_'
2.440883 O        b'-1:lemma:lb'
2.436674 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.430228 pH       b'lemma:.5'
2.430228 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.426250 O        b'-1:lemma:l1'
2.384757 Temp     b'lemma:43'
2.377779 O        b'lemma:for'
2.359688 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.350893 O        b'postag:VBG'
2.345463 Supp     b'lemma:Leu'
2.342569 Gtype    b'lemma:ptac'
2.329995 Med      b'lemma:L'
2.329995 Med      b'+1:lemma:broth'
2.326782 Air      b'postag:RB'
2.308974 O        b'lemma:Lrp'
2.261997 O        b'-1:lemma:stpa'
2.261829 O        b'lemma:affyexp'
2.235812 OD       b'-1:lemma:~'
2.218246 Med      b'lemma:glucose'
2.195328 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.195328 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.183473 Air      b'-1:lemma:-'
2.179368 O        b'+1:lemma:sparging'
2.167113 O        b'lemma:ompr'
2.162481 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.144923 O        b'lemma:chip-arca'
2.136602 Phase    b'+1:lemma:for'
2.135598 Supp     b'+1:lemma:hour'
2.135317 Med      b'+1:lemma:supplement'
2.126541 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.123397 O        b'-1:lemma:media'
2.105149 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.089279 Phase    b'-1:lemma:until'
2.080166 Supp     b'lemma:20'
2.074063 O        b'lemma:Fur'
2.064834 Technique b'-1:lemma:input'
2.043986 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.037910 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.037801 Supp     b'-1:lemma:with'
2.030413 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.023253 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.015889 O        b'lemma:culture'
2.012914 Supp     b'lemma:Adenine'
1.961151 O        b'lemma:condition'
1.959484 OD       b'lemma:0.3'
1.954444 O        b'lemma:at'
1.926198 Gtype    b'lemma:WT'
1.917991 Med      b'+1:lemma:+'
1.914469 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.908781 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.905871 Supp     b'+1:lemma:and'
1.900742 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.887953 O        b'lemma:soxs'
1.887953 O        b'lemma:soxr'
1.887594 OD       b'+1:lemma:phase'
1.885281 O        b'lemma:purr'
1.881926 O        b'lemma:argr'
1.870206 Supp     b'lemma:methanol'
1.855988 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.848701 Temp     b'lemma:37'
1.821308 OD       b'-1:lemma:about'
1.790114 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.778495 Substrain b'+1:lemma:phtpg'


Top negative:
0.008475 O        b'+1:lemma:source'
0.008182 Supp     b'-1:postag:VBN'
0.007577 OD       b'lemma:0.3-0.35'
0.006822 O        b'-1:lemma:escherichia'
0.006285 Gtype    b'+1:lemma:ryhb'
0.006132 O        b'lemma:250'
0.006049 Gtype    b'lemma:-rcb-'
0.005285 Supp     b'-1:postag:NN'
0.004330 Air      b'-1:postag:RB'
0.003915 O        b'-1:lemma:total'
0.003749 O        b'+1:lemma:total'
0.003385 OD       b'-1:lemma:coli'
0.003150 Med      b'+1:lemma:,'
0.003150 Med      b'+1:postag:,'
0.002999 Supp     b'-1:lemma:1g/l'
0.002933 Air      b'-1:lemma:,'
0.002933 Air      b'-1:postag:,'
0.002755 Gtype    b'+1:postag:CD'
0.002753 O        b'lemma:fructose'
0.002509 O        b'lemma:fresh'
0.002233 O        b'-1:lemma:no3'
0.001827 O        b'-1:lemma:95'
0.001712 Gtype    b'+1:lemma:chip'
0.001566 Phase    b'+1:postag:RB'
0.001444 O        b'-1:lemma:l2'
0.001388 O        b'-1:postag:DT'
0.001213 Phase    b'-1:postag:IN'
0.001197 Phase    b'+1:lemma:aerobically'
0.000889 O        b'lemma:contain'
0.000863 Gversion b'-1:postag::'
0.000854 Temp     b'-1:postag:NN'
0.000693 O        b'lemma:total'
0.000497 Gtype    b'lemma:input'
0.000476 O        b'+1:lemma:wash'
0.000274 Agit     b'+1:postag:NN'
0.000249 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.000240 O        b'lemma:minute'
0.000192 O        b'lemma:w0002'
0.000188 Supp     b'+1:postag:JJ'
0.000170 O        b'lemma:95'
0.000154 O        b'-1:postag:VBD'
0.000117 Gtype    b'postag::'
0.000115 O        b'+1:lemma:for'
0.000056 O        b'-1:lemma:Fur'
0.000047 Air      b'+1:postag::'
0.000047 O        b'-1:lemma:in'
0.000045 O        b'lemma:hour'
0.000020 O        b'-1:lemma:be'
0.000020 Supp     b'+1:lemma:respiratory'
0.000003 O        b'+1:lemma:ChIP-Seq'
0.000000 Phase    b'-1:lemma:to'
0.000000 Phase    b'-1:postag:TO'
-0.000012 O        b'+1:lemma:phase'
-0.000031 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.000095 O        b'+1:lemma:c'
-0.000192 OD       b'-1:lemma:a'
-0.000224 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.000561 OD       b'-1:postag:DT'
-0.000675 O        b'lemma:anaerobic'
-0.001077 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.001543 Supp     b'lemma:and'
-0.001755 Air      b'-1:lemma:aerobically'
-0.002433 O        b'+1:lemma:aerobically'
-0.002622 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.003351 O        b'lemma:o2'
-0.003461 Supp     b'lemma:mm'
-0.003669 Med      b'+1:postag:IN'
-0.003709 OD       b'postag:IN'
-0.003711 O        b'-1:lemma:mm'
-0.004712 O        b'-1:postag:-RRB-'
-0.005352 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.005698 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.006752 O        b'+1:lemma:grow'
-0.010187 Air      b'-1:lemma:and'
-0.010327 Med      b'postag:JJ'
-0.011310 O        b'-1:postag:VBN'
-0.014869 Gtype    b'-1:postag:NNP'
-0.017264 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.019988 O        b'-1:lemma:1'
-0.020468 Air      b'postag:CC'
-0.024010 O        b'-1:lemma:,'
-0.024010 O        b'-1:postag:,'
-0.032490 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.038677 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.042409 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.045287 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.048558 OD       b'postag:JJ'
-0.052074 O        b'-1:lemma:e.'
-0.054143 O        b'+1:lemma:or'
-0.055074 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.057686 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.059261 O        b'lemma:grow'
-0.064670 Air      b'-1:postag:CC'
-0.085677 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.088185 O        b'+1:lemma:300'
-0.091727 O        b'-1:lemma:o2'
-0.094970 O        b'lemma:n2'
-0.095466 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.100732 O        b'-1:lemma:30'
-0.104433 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.107064 O        b'+1:lemma:5'
-0.119788 Med      b'postag:CD'
-0.121641 O        b'+1:lemma:until'
-0.126774 OD       b'+1:postag:CD'
-0.129423 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.131961 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.134047 Supp     b'postag:CC'
-0.137677 Gtype    b'postag:CD'
-0.149809 O        b'-1:lemma:from'
-0.150140 Temp     b'postag:JJ'
-0.157105 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.163836 O        b'+1:lemma:.'
-0.163836 O        b'+1:postag:.'
-0.176704 O        b'lemma:co2'
-0.183646 O        b'-1:lemma:cra'
-0.186855 Med      b'+1:postag:NN'
-0.194451 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.195654 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.204517 O        b'+1:postag:IN'
-0.207835 O        b'-1:lemma:the'
-0.220665 O        b'-1:lemma:of'
-0.229001 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.237611 pH       b'postag:NN'
-0.240067 O        b'-1:postag:IN'
-0.271765 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.272351 O        b'+1:postag:NNS'
-0.288235 O        b'-1:lemma:sample'
-0.292134 O        b'lemma:lb'
-0.307663 O        b'postag:RB'
-0.309475 O        b'-1:lemma:ml'
-0.310188 Air      b'-1:lemma:or'
-0.311946 O        b'+1:lemma:%'
-0.326171 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.346740 O        b'lemma:dissolve'
-0.377272 Med      b'-1:postag:NN'
-0.382593 Temp     b'postag:NN'
-0.388931 O        b'lemma:od600'
-0.389222 Air      b'postag:CD'
-0.434666 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.436034 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.444684 O        b'-1:lemma:~'
-0.447800 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.479171 O        b'-1:lemma:od600'
-0.501180 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.508699 O        b'lemma:20'
-0.510331 O        b'lemma:phase'
-0.515267 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.563739 O        b'-1:lemma:grow'
-0.564966 OD       b'+1:postag:NN'
-0.590510 O        b'lemma:anaerobically'
-0.599810 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.601743 O        b'-1:lemma:37'
-0.610426 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.616300 O        b'lemma:0.3'
-0.638052 O        b'-1:postag::'
-0.643137 Phase    b'postag:JJ'
-0.663649 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.669047 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.674359 Technique b'-1:postag::'
-0.688223 O        b'lemma:37'
-0.710522 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.710522 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.719253 O        b'+1:postag:VBG'
-0.763315 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.811771 O        b'+1:lemma:cell'
-0.814345 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.815613 O        b'lemma:of'
-0.847971 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.882271 O        b'-1:lemma:co2'
-0.885833 O        b'lemma:fecl2'
-0.926916 O        b'lemma:0.2'
-0.956430 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.983784 O        b'-1:postag:VBG'
-0.983894 O        b'lemma:0.1'
-1.010718 O        b'+1:lemma:hour'
-1.016547 OD       b'postag:-LRB-'
-1.050740 O        b'lemma:mid-log'
-1.054828 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.054828 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.099862 O        b'lemma:2h'
-1.099862 O        b'-1:lemma:additional'
-1.167797 O        b'+1:lemma:+'
-1.232705 Anti     b'postag:NNP'
-1.359414 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.434137 O        b'-1:lemma:IP'
-1.480595 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.489420 O        b'+1:lemma:in'
-1.499340 O        b'+1:lemma:at'
-1.520824 O        b'lemma:wt'
-1.526038 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.551927 Air      b'postag:NN'
-1.631005 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.648045 O        b'lemma:methanol'
-1.709156 O        b'lemma:rifampicin'
-1.751173 Supp     b'postag:JJ'
-2.001540 O        b'-1:lemma:2'
-2.347334 O        b'+1:lemma:2'
-2.780459 O        b'+1:lemma:1'
-3.924496 O        b'-1:lemma:_'
-4.403653 O        b'-1:lemma::'