********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.3584617458365783, 'c2': 0.005702731733010388}
best CV score:0.7892724734479645
model size: 0.05M

Flat F1: 0.7770000497122165
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.500     0.444     0.471         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.828     0.774     0.800       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.803     0.691     0.743       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.834     0.744     0.777       480


Top likely transitions:
OD     -> OD      6.207517
Agit   -> Agit    6.144930
Med    -> Med     5.284052
Anti   -> Anti    5.278606
Temp   -> Temp    5.208476
Air    -> Air     4.805077
O      -> O       4.440768
Gtype  -> Gtype   4.358978
Gversion -> Gversion 4.158001
Phase  -> Phase   4.098995
Technique -> Technique 4.090708
Supp   -> Supp    4.012852
O      -> Supp    2.068480
Gtype  -> Supp    1.861974
pH     -> pH      1.651755
O      -> Technique 1.423652
Air    -> O       1.413050
O      -> Gtype   1.235571
O      -> Anti    1.042265
Substrain -> Gtype   0.832252
Med    -> O       0.806110
O      -> Temp    0.755910
Temp   -> O       0.540542
Technique -> Air     0.454746
O      -> Gversion 0.402020
Supp   -> O       0.347334
O      -> Med     0.334881
OD     -> Phase   0.330860
Phase  -> O       0.243437
Gtype  -> pH      0.053400
O      -> OD      0.004380
O      -> Phase   0.002932
Technique -> O       -0.000992
Gtype  -> Med     -0.027797
Supp   -> Air     -0.028399
Gtype  -> O       -0.156530
OD     -> O       -0.230762
O      -> Air     -0.339608
Gtype  -> OD      -0.384678
Agit   -> O       -0.523470
Supp   -> Med     -0.770936
Med    -> Supp    -0.862383
Phase  -> OD      -0.954560
Substrain -> O       -1.080979


Top unlikely transitions:
OD     -> OD      6.207517
Agit   -> Agit    6.144930
Med    -> Med     5.284052
Anti   -> Anti    5.278606
Temp   -> Temp    5.208476
Air    -> Air     4.805077
O      -> O       4.440768
Gtype  -> Gtype   4.358978
Gversion -> Gversion 4.158001
Phase  -> Phase   4.098995
Technique -> Technique 4.090708
Supp   -> Supp    4.012852
O      -> Supp    2.068480
Gtype  -> Supp    1.861974
pH     -> pH      1.651755
O      -> Technique 1.423652
Air    -> O       1.413050
O      -> Gtype   1.235571
O      -> Anti    1.042265
Substrain -> Gtype   0.832252
Med    -> O       0.806110
O      -> Temp    0.755910
Temp   -> O       0.540542
Technique -> Air     0.454746
O      -> Gversion 0.402020
Supp   -> O       0.347334
O      -> Med     0.334881
OD     -> Phase   0.330860
Phase  -> O       0.243437
Gtype  -> pH      0.053400
O      -> OD      0.004380
O      -> Phase   0.002932
Technique -> O       -0.000992
Gtype  -> Med     -0.027797
Supp   -> Air     -0.028399
Gtype  -> O       -0.156530
OD     -> O       -0.230762
O      -> Air     -0.339608
Gtype  -> OD      -0.384678
Agit   -> O       -0.523470
Supp   -> Med     -0.770936
Med    -> Supp    -0.862383
Phase  -> OD      -0.954560
Substrain -> O       -1.080979


Top positive:
8.207743 Supp     b'lemma:Iron'
8.126913 O        b'lemma:_'
7.668488 Air      b'lemma:anaerobic'
7.430711 Air      b'lemma:aerobic'
7.087261 O        b'lemma:1'
6.741673 Technique b'lemma:ChIP-exo'
6.330636 Supp     b'lemma:nitrate'
6.316340 Strain   b'lemma:k-12'
6.184951 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
6.044256 Substrain b'lemma:mg1655'
6.022814 O        b'lemma:2'
5.884584 O        b'lemma:rpob'
5.829789 Phase    b'lemma:stationary'
5.778215 O        b'lemma:3'
5.775900 Med      b'lemma:MOPS'
5.472627 Technique b'lemma:chipseq'
5.452821 Gtype    b'lemma:type'
5.385754 Gversion b'lemma:nc'
5.283474 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
5.207906 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.127213 Phase    b'lemma:mid-log'
5.064325 O        b'postag:IN'
5.025536 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.020720 O        b'lemma:Custom'
4.808679 Supp     b'lemma:pq'
4.770459 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.677547 O        b'lemma:b'
4.677327 Air      b'lemma:Aerobic'
4.623206 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.570334 OD       b'lemma:od600'
4.480021 O        b'lemma:rep1'
4.422817 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.411192 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.371069 Med      b'lemma:LB'
4.342307 O        b'lemma:a'
4.339830 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.339830 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.307469 O        b'-1:lemma:tag'
4.290727 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.284775 Med      b'lemma:lb'
4.262695 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.262594 Temp     b'-1:lemma:sample'
4.220453 O        b'lemma:rep2'
4.087831 O        b'postag::'
4.058385 Gversion b'-1:lemma:nc'
4.009221 O        b'lemma:rep3'
3.965243 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.958883 Supp     b'lemma:glucose'
3.925260 Technique b'lemma:rna-seq'
3.899283 O        b'lemma:Cra'
3.849955 OD       b'lemma:od450'
3.714897 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.673709 Gtype    b'lemma:wt'
3.659796 Technique b'lemma:chip-seq'
3.528015 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.489859 O        b'+1:lemma:od600'
3.484744 Supp     b'lemma:Fe'
3.480788 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.465328 O        b'lemma:.'
3.465328 O        b'postag:.'
3.447372 O        b'-1:lemma:type'
3.439488 Supp     b'lemma:acetate'
3.385749 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.365979 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.364067 Vess     b'lemma:flask'
3.364067 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.286848 Supp     b'lemma:no3'
3.283119 O        b'-1:lemma:Aerobic'
3.269163 Supp     b'lemma:arginine'
3.232797 Technique b'lemma:rnaseq'
3.230473 O        b'postag:VBN'
3.182859 Supp     b'lemma:fructose'
3.165112 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.163288 O        b'lemma:-'
3.124487 Supp     b'lemma:dpd'
3.038568 Air      b'postag:RB'
3.018509 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.008077 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.002475 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.000763 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.976036 pH       b'lemma:ph5'
2.976036 pH       b'+1:lemma:.5'
2.958886 Anti     b'lemma:none'
2.909966 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.844862 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.832159 O        b'postag:CC'
2.773852 Supp     b'+1:lemma:1'
2.760087 O        b'-1:lemma:glucose'
2.714759 Gversion b'lemma:u00096'
2.714759 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.713598 O        b'lemma:chip'
2.709955 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.688829 Gversion b'lemma:000913'
2.679944 Anti     b'lemma:seqa'
2.679837 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.659927 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.645999 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.632697 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
2.615260 OD       b'+1:lemma:stationary'
2.610232 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.600969 O        b'lemma:CEL'
2.583139 Supp     b'+1:lemma:2'
2.577577 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.529370 Med      b'lemma:m63'
2.523009 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.501031 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.491778 Technique b'-1:lemma:IP'
2.481774 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.430079 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.409612 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.407221 Temp     b'-1:lemma:37'
2.376179 Supp     b'-1:lemma:+'
2.370422 O        b'postag:DT'
2.364816 O        b'lemma:s'
2.361663 pH       b'lemma:.5'
2.361663 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.337980 Gversion b'lemma:.2'
2.337980 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.298988 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.276207 O        b'+1:postag:NNP'
2.273430 Temp     b'-1:lemma:43'
2.257383 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.255470 O        b'+1:lemma:pq'
2.250731 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.208950 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.195872 O        b'lemma:or'
2.186698 Supp     b'lemma:of'
2.185972 Temp     b'-1:lemma:30'
2.185682 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.166108 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.160343 Supp     b'lemma:iptg'
2.149961 O        b'lemma:with'
2.149623 O        b'-1:lemma:lb'
2.147543 Supp     b'lemma:nacl'
2.136781 O        b'postag:VBG'
2.134337 O        b'+1:postag:RB'
2.118014 O        b'-1:lemma:l1'
2.103907 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.053399 Med      b'lemma:L'
2.053399 Med      b'+1:lemma:broth'
2.047116 Air      b'-1:lemma:-'
2.037292 OD       b'lemma:0.3'
2.025848 Supp     b'lemma:20'
2.016272 O        b'lemma:culture'
2.002299 O        b'lemma:affyexp'
1.995623 Med      b'lemma:media'
1.991975 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.991131 Supp     b'-1:lemma:with'
1.944808 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
1.919423 O        b'+1:lemma:sparging'
1.902878 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.879469 O        b'-1:lemma:0.3'
1.876614 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.873867 Phase    b'lemma:exponentially'
1.862283 Supp     b'+1:lemma:_'
1.850019 O        b'lemma:genotype/variation'
1.840505 Air      b'lemma:anaerobically'
1.834219 Supp     b'lemma:Leu'
1.824637 Gversion b'postag:CD'
1.808661 Technique b'-1:lemma:1'
1.807281 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.791313 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
1.787667 O        b'lemma:oxyr'
1.777332 Temp     b'lemma:43'
1.758917 OD       b'+1:lemma:phase'
1.745787 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.741695 pH       b'+1:postag:CD'
1.718033 O        b'lemma:at'
1.697274 Gtype    b'lemma:ptac'
1.696614 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.693293 Gtype    b'-1:lemma:_'
1.690544 O        b'lemma:Fur'
1.683055 Phase    b'+1:postag:NNS'
1.671604 Technique b'-1:lemma:_'
1.638397 O        b'+1:lemma:coli'
1.637347 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.637198 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.626675 O        b'lemma:condition'
1.625147 O        b'lemma:ompr'
1.620349 O        b'-1:lemma:dpd'
1.606845 Gtype    b'postag:-RRB-'
1.599013 O        b'+1:lemma:condition'
1.593871 O        b'-1:lemma:media'
1.586989 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.586989 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.581118 Gtype    b'+1:postag::'
1.574655 Supp     b'lemma:2h'
1.574655 Supp     b'-1:lemma:additional'
1.572066 Supp     b'lemma:Adenine'
1.555644 Supp     b'lemma:0.2'
1.553939 Med      b'lemma:glucose'
1.551370 Air      b'-1:lemma:co2'
1.550089 O        b'-1:lemma:stpa'
1.547031 Phase    b'-1:lemma:until'
1.545602 O        b'lemma:escherichia'
1.534407 Phase    b'+1:lemma:for'
1.534111 O        b'lemma:to'
1.534111 O        b'postag:TO'
1.506351 Air      b'-1:postag:CD'
1.505075 OD       b'-1:lemma:~'


Top negative:
0.092498 O        b'+1:postag:CD'
0.092371 Anti     b'lemma:9e10'
0.092371 Anti     b'+1:lemma:myc'
0.092365 Agit     b'-1:lemma:at'
0.088750 OD       b'postag:CD'
0.084799 Agit     b'lemma:at'
0.079600 Gtype    b'lemma:knock-out'
0.079374 O        b'+1:lemma:rnase'
0.077611 OD       b'-1:postag:CC'
0.072829 Supp     b'+1:postag:IN'
0.069820 Gtype    b'lemma:-rcb-'
0.069801 Air      b'-1:lemma:5'
0.066910 Supp     b'lemma:\xc2\xb5m'
0.066375 O        b'-1:lemma:k-12'
0.064827 O        b'+1:postag:FW'
0.064097 O        b'+1:lemma:ml'
0.062110 Gtype    b'-1:lemma:-lcb-'
0.062110 Gtype    b'+1:lemma:-rcb-'
0.058601 OD       b'postag:VBD'
0.056775 O        b'-1:lemma:or'
0.054708 Anti     b'-1:lemma:myc'
0.054377 O        b'lemma:4'
0.053900 Supp     b'+1:postag:RB'
0.051178 O        b'+1:lemma:genbank'
0.049268 OD       b'+1:postag:VBD'
0.049094 Temp     b'+1:lemma:rep1'
0.045714 Temp     b'-1:postag:VB'
0.036759 O        b'-1:lemma:and'
0.035785 Gtype    b'lemma:vector'
0.034778 Gtype    b'+1:postag:JJ'
0.032455 Air      b'lemma:n2'
0.031453 O        b'+1:lemma:anaerobically'
0.031113 Supp     b'lemma:1g/l'
0.028939 Anti     b'-1:postag:JJ'
0.025208 O        b'+1:postag:-LRB-'
0.022522 Supp     b'lemma:feso4'
0.019983 Anti     b'-1:postag:NNP'
0.019451 O        b'lemma:short'
0.017590 O        b'-1:postag:VBD'
0.016416 OD       b'-1:postag:JJ'
0.016240 Gtype    b'lemma:soxs-8myc'
0.016240 Gtype    b'lemma:soxr-8myc'
0.015907 Med      b'-1:lemma:in'
0.010217 O        b'lemma:build'
0.009692 Gtype    b'+1:lemma:strain'
0.007708 O        b'-1:lemma:wp009'
0.006568 Supp     b'+1:postag:CD'
0.005939 Phase    b'postag:RB'
0.005863 OD       b'-1:lemma:at'
0.005806 O        b'+1:postag:JJ'
0.005343 O        b'+1:lemma:_'
0.005004 O        b'-1:lemma:genbank'
0.004892 O        b'-1:lemma:for'
0.004437 O        b'-1:postag:JJ'
0.003005 O        b'-1:lemma:0.4'
0.002748 Phase    b'+1:postag:RB'
0.002320 O        b'+1:lemma:wt'
0.002265 Temp     b'-1:postag:CD'
0.001918 Gtype    b'-1:postag:-LRB-'
0.001584 OD       b'+1:lemma:aerobically'
0.001566 Gtype    b'lemma:cra'
0.001535 O        b'lemma:and'
0.001302 Anti     b'+1:lemma:tag'
0.001258 Air      b'+1:lemma:-'
0.000559 O        b'+1:lemma:for'
0.000503 OD       b'-1:postag:VBN'
0.000466 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.000335 O        b'-1:lemma:one'
0.000284 O        b'lemma:acetate'
0.000236 OD       b'+1:lemma:\xce\xb4soxr'
0.000229 Anti     b'lemma:tag'
0.000227 OD       b'-1:lemma:\xce\xb4oxyr'
0.000204 OD       b'lemma:\xce\xb4soxr'
0.000192 Phase    b'-1:lemma:to'
0.000192 Phase    b'-1:postag:TO'
0.000121 OD       b'postag:IN'
0.000100 O        b'-1:lemma:genotype/variation'
0.000080 Air      b'+1:postag::'
0.000059 O        b'+1:lemma:to'
0.000059 O        b'+1:postag:TO'
-0.000037 Gtype    b'postag:CD'
-0.000039 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.000061 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.000130 O        b'+1:lemma:phase'
-0.000176 Agit     b'postag:NN'
-0.000245 OD       b'postag:JJ'
-0.000457 O        b'-1:lemma:1'
-0.000503 Air      b'postag:CC'
-0.000998 O        b'+1:lemma:aerobically'
-0.001059 Air      b'-1:postag:-LRB-'
-0.001093 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
-0.001565 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.002159 O        b'+1:lemma:95'
-0.002175 O        b'-1:lemma:,'
-0.002175 O        b'-1:postag:,'
-0.003091 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.003612 O        b'+1:lemma:300'
-0.004687 O        b'lemma:grow'
-0.005564 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.005730 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.005960 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.008901 OD       b'+1:postag:CD'
-0.013960 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.019448 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.021094 Supp     b'postag:CC'
-0.021674 Air      b'+1:lemma:n2'
-0.023055 Air      b'-1:postag:VBN'
-0.029602 O        b'+1:lemma:c'
-0.029927 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.031078 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.032455 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.043025 Med      b'postag:CD'
-0.044063 Air      b'-1:lemma:n2'
-0.051827 O        b'+1:lemma:5'
-0.052288 Air      b'postag:CD'
-0.053147 O        b'lemma:e.'
-0.054046 O        b'-1:lemma:sample'
-0.055910 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.073647 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.076109 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.081733 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.092924 O        b'-1:postag:VBN'
-0.093020 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.100297 Med      b'+1:postag:IN'
-0.133555 O        b'lemma:20'
-0.147319 O        b'-1:lemma:of'
-0.160013 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.162627 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.171877 Temp     b'postag:JJ'
-0.175078 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.185069 Med      b'-1:postag:NN'
-0.188392 pH       b'postag:NN'
-0.188459 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.202621 O        b'+1:lemma:%'
-0.230099 O        b'lemma:phase'
-0.232998 O        b'+1:postag:NNS'
-0.236077 O        b'+1:lemma:+'
-0.253923 O        b'-1:lemma:from'
-0.255483 Phase    b'postag:JJ'
-0.274761 O        b'+1:lemma:.'
-0.274761 O        b'+1:postag:.'
-0.290238 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.300427 O        b'-1:postag:IN'
-0.308229 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.318766 O        b'lemma:anaerobically'
-0.351102 Temp     b'postag:NN'
-0.388853 O        b'lemma:0.3'
-0.414731 O        b'+1:postag:VBG'
-0.420993 O        b'-1:lemma:~'
-0.452810 Med      b'+1:postag:NN'
-0.476044 O        b'lemma:dissolve'
-0.483565 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.484516 O        b'-1:lemma:od600'
-0.490291 O        b'+1:postag:IN'
-0.498743 O        b'lemma:od600'
-0.515814 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.522065 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.532128 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.532128 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.532162 Technique b'-1:postag::'
-0.533136 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.537346 O        b'-1:lemma:37'
-0.567786 O        b'lemma:fecl2'
-0.603831 O        b'lemma:media'
-0.607413 O        b'lemma:of'
-0.627428 O        b'lemma:2h'
-0.627428 O        b'-1:lemma:additional'
-0.674938 O        b'lemma:37'
-0.691254 O        b'lemma:0.2'
-0.693796 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.703078 O        b'lemma:0.1'
-0.748625 OD       b'+1:postag:NN'
-0.774790 O        b'-1:lemma:grow'
-0.776043 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.814594 O        b'+1:lemma:cell'
-0.834196 Anti     b'postag:NNP'
-0.858627 O        b'-1:lemma:ompr'
-0.928203 O        b'-1:postag::'
-0.939567 O        b'lemma:mid-log'
-0.989255 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.989255 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.014879 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.026773 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.030867 O        b'lemma:wt'
-1.084034 O        b'lemma:methanol'
-1.094856 O        b'-1:lemma:co2'
-1.182260 O        b'-1:lemma:IP'
-1.208078 O        b'-1:postag:VBG'
-1.228784 Air      b'postag:NN'
-1.321954 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.408887 Supp     b'postag:JJ'
-1.451813 O        b'lemma:rifampicin'
-1.529403 O        b'+1:lemma:at'
-1.607126 O        b'+1:lemma:in'
-1.625216 OD       b'postag:-LRB-'
-2.150760 O        b'+1:lemma:2'
-2.335073 O        b'+1:lemma:1'
-2.385540 O        b'-1:lemma:2'
-4.052103 O        b'-1:lemma::'
-4.159550 O        b'-1:lemma:_'