********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.10611954839898095, 'c2': 0.006346156532999689}
best CV score:0.8029791834815372
model size: 0.09M

Flat F1: 0.811550814808516
             precision    recall  f1-score   support

         OD      0.652     0.405     0.500        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.875     0.955     0.913        22
        Med      1.000     0.842     0.914        57
       Temp      0.800     0.889     0.842        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.842     0.914        19
        Air      0.804     0.726     0.763        62
       Anti      1.000     1.000     1.000         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.935     0.811     0.869       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.831     0.721     0.772       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.870     0.765     0.812       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.951338
OD     -> OD      6.384899
Temp   -> Temp    6.191832
Med    -> Med     5.660137
Anti   -> Anti    5.222338
Supp   -> Supp    4.948395
Gversion -> Gversion 4.779316
Air    -> Air     4.661973
Phase  -> Phase   4.585606
O      -> O       4.523040
Gtype  -> Gtype   4.374544
Technique -> Technique 3.916776
pH     -> pH      2.762443
Gtype  -> Supp    1.647453
Substrain -> Gtype   1.438721
O      -> Supp    1.197603
O      -> Technique 1.047286
Technique -> Air     0.678619
Air    -> O       0.635169
O      -> Gtype   0.582793
O      -> Anti    0.576502
Gtype  -> Air     0.400088
Med    -> O       0.380660
O      -> Temp    0.322992
Temp   -> O       0.199442
Phase  -> O       0.150624
O      -> Gversion 0.126987
Supp   -> O       0.120279
O      -> Med     0.081702
OD     -> Phase   0.004611
Gtype  -> pH      0.003342
O      -> Phase   -0.018492
Supp   -> Gtype   -0.099455
Technique -> O       -0.160718
O      -> OD      -0.177350
Gtype  -> O       -0.254968
OD     -> Air     -0.399166
Technique -> Gtype   -0.518986
Gtype  -> OD      -0.674743
O      -> Air     -0.909565
OD     -> O       -1.026695
Agit   -> O       -1.193723
Substrain -> O       -1.417707
Phase  -> OD      -1.598916
Med    -> Supp    -2.026822


Top unlikely transitions:
Agit   -> Agit    6.951338
OD     -> OD      6.384899
Temp   -> Temp    6.191832
Med    -> Med     5.660137
Anti   -> Anti    5.222338
Supp   -> Supp    4.948395
Gversion -> Gversion 4.779316
Air    -> Air     4.661973
Phase  -> Phase   4.585606
O      -> O       4.523040
Gtype  -> Gtype   4.374544
Technique -> Technique 3.916776
pH     -> pH      2.762443
Gtype  -> Supp    1.647453
Substrain -> Gtype   1.438721
O      -> Supp    1.197603
O      -> Technique 1.047286
Technique -> Air     0.678619
Air    -> O       0.635169
O      -> Gtype   0.582793
O      -> Anti    0.576502
Gtype  -> Air     0.400088
Med    -> O       0.380660
O      -> Temp    0.322992
Temp   -> O       0.199442
Phase  -> O       0.150624
O      -> Gversion 0.126987
Supp   -> O       0.120279
O      -> Med     0.081702
OD     -> Phase   0.004611
Gtype  -> pH      0.003342
O      -> Phase   -0.018492
Supp   -> Gtype   -0.099455
Technique -> O       -0.160718
O      -> OD      -0.177350
Gtype  -> O       -0.254968
OD     -> Air     -0.399166
Technique -> Gtype   -0.518986
Gtype  -> OD      -0.674743
O      -> Air     -0.909565
OD     -> O       -1.026695
Agit   -> O       -1.193723
Substrain -> O       -1.417707
Phase  -> OD      -1.598916
Med    -> Supp    -2.026822


Top positive:
8.202551 O        b'lemma:1'
8.081205 Supp     b'lemma:nitrate'
7.724034 Phase    b'lemma:stationary'
7.139079 O        b'-2:lemma:_'
7.113779 O        b'lemma:rpob'
7.039754 Air      b'lemma:aerobic'
6.838389 Air      b'lemma:anaerobic'
6.715520 O        b'lemma:2'
6.343991 O        b'lemma:3'
6.130545 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.730880 Gtype    b'lemma:type'
5.677171 Supp     b'lemma:no3'
5.464025 Supp     b'lemma:pq'
5.438992 Strain   b'lemma:k-12'
5.409079 Med      b'lemma:MOPS'
5.383170 Gtype    b'-2:lemma:genotype/variation'
5.364773 Technique b'lemma:chipseq'
5.303901 Phase    b'lemma:mid-log'
5.273251 Substrain b'lemma:mg1655'
5.262924 Anti     b'-2:lemma:antibody'
5.234508 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.167882 O        b'lemma:_'
5.116022 O        b'+2:lemma:\xc2\xb0c'
5.083422 Air      b'lemma:Aerobic'
4.942311 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.924649 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.774563 O        b'lemma:b'
4.709841 O        b'postag:IN'
4.702565 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.687035 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.643920 Technique b'lemma:rna-seq'
4.637975 Technique b'lemma:chip-seq'
4.607255 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.457411 OD       b'lemma:od450'
4.452366 O        b'-2:lemma:flagtag'
4.351257 O        b'+2:lemma:fructose'
4.305727 Supp     b'lemma:Iron'
4.305727 Supp     b'-2:lemma:Anaerobic'
4.270637 Med      b'lemma:LB'
4.264041 Gtype    b'lemma:wt'
4.196120 OD       b'lemma:od600'
4.164218 Supp     b'lemma:acetate'
4.136757 O        b'lemma:-'
4.109668 Med      b'lemma:lb'
4.038024 O        b'lemma:.'
4.038024 O        b'postag:.'
4.011633 O        b'lemma:a'
4.001990 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.980816 O        b'lemma:Cra'
3.888163 O        b'+1:postag:RB'
3.882391 Gtype    b'-2:lemma:genotype'
3.870554 O        b'lemma:rep1'
3.786732 O        b'-1:lemma:tag'
3.784821 Gtype    b'lemma:flag-tag'
3.784821 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
3.784385 Gtype    b'-2:lemma:affyexp'
3.777053 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.728794 O        b'+2:lemma:cra'
3.679265 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.669557 Gtype    b'-2:lemma:delta'
3.559327 Supp     b'lemma:glucose'
3.549105 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.543860 Supp     b'lemma:iptg'
3.508675 Supp     b'lemma:arginine'
3.463556 O        b'lemma:Custom'
3.436560 O        b'-1:lemma:media'
3.426544 O        b'-2:lemma:myc'
3.416590 O        b'lemma:oxyr'
3.416144 O        b'postag:VBN'
3.379211 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
3.361106 O        b'postag::'
3.327937 O        b'lemma:culture'
3.281566 Air      b'-2:lemma:IP'
3.243630 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.233953 Supp     b'-2:lemma:purr'
3.177625 Supp     b'-1:lemma:Cra'
3.154838 Supp     b'lemma:Fe'
3.106755 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.091806 Technique b'+2:lemma:ph5'
3.085874 Supp     b'+1:lemma:1'
3.076198 Technique b'lemma:rnaseq'
3.067570 O        b'lemma:purr'
3.056379 O        b'+1:postag:VBP'
2.992692 Med      b'+2:lemma:b2'
2.989554 Supp     b'lemma:nacl'
2.977780 O        b'lemma:rep2'
2.962704 O        b'-1:lemma:0.3'
2.933202 Supp     b'lemma:fructose'
2.929584 Temp     b'-1:lemma:sample'
2.914017 pH       b'lemma:ph5'
2.914017 pH       b'+1:lemma:.5'
2.909617 O        b'lemma:CEL'
2.897129 Supp     b'+1:lemma:_'
2.888676 O        b'-2:lemma:~'
2.886570 Supp     b'+1:lemma:2'
2.868631 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
2.863602 Supp     b'lemma:rifampicin'
2.844607 O        b'-1:lemma:type'
2.822375 O        b'lemma:argr'
2.738012 O        b'lemma:Lrp'
2.736527 Supp     b'-2:lemma:shake'
2.722390 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.722131 Technique b'-2:lemma:Fur'
2.717816 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.702398 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.697548 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.686027 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.672826 O        b'-2:lemma:ChIP-Seq'
2.652232 O        b'lemma:s'
2.640574 Temp     b'lemma:43'
2.616265 O        b'-1:lemma:glucose'
2.604674 O        b'-2:lemma:fructose'
2.596037 Gversion b'lemma:.2'
2.596037 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.593526 Supp     b'+2:lemma:rifampicin'
2.593425 O        b'+2:lemma:chipseq'
2.574956 O        b'lemma:soxs'
2.574956 O        b'lemma:soxr'
2.572085 O        b'lemma:\xcf\x8332'
2.560311 pH       b'lemma:.5'
2.560311 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.558026 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.548716 O        b'+1:lemma:chip-seq'
2.547807 O        b'+2:lemma:polyclonal'
2.547779 O        b'postag:DT'
2.547476 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.542568 Gtype    b'lemma:ptac'
2.496299 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.482714 O        b'lemma:condition'
2.450763 Supp     b'lemma:dpd'
2.436790 OD       b'lemma:0.3'
2.432687 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.425186 O        b'lemma:affyexp'
2.402512 OD       b'+1:lemma:stationary'
2.396707 O        b'+1:postag:NNP'
2.395525 O        b'-1:lemma:Aerobic'
2.390930 O        b'lemma:chip'
2.365269 Med      b'+2:lemma:with'
2.349317 O        b'+1:lemma:condition'
2.347569 Med      b'+2:lemma:b1'
2.323852 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.285051 Air      b'-2:postag:SYM'
2.270519 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.267409 Air      b'postag:RB'
2.227138 Med      b'lemma:m63'
2.221466 Supp     b'-2:lemma:Lrp'
2.211681 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.198402 Technique b'-1:lemma:IP'
2.191991 Temp     b'-1:lemma:43'
2.190945 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.177040 Technique b'-1:lemma:input'
2.164912 O        b'lemma:ompr'
2.159564 Supp     b'+2:lemma:for'
2.147969 Gversion b'-2:lemma:build'
2.138399 Supp     b'-1:lemma:with'
2.130975 Gversion b'lemma:u00096'
2.130975 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.116889 Air      b'+2:lemma:L'
2.109271 O        b'+1:lemma:anti-fur'
2.094403 Phase    b'-2:lemma:phase'
2.088072 Anti     b'+2:lemma:antibody'
2.069606 Temp     b'-1:lemma:37'
2.062716 OD       b'+2:lemma:stationary'
2.062298 Supp     b'-2:lemma:supplement'
2.054041 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.051199 Supp     b'lemma:20'
2.046096 Med      b'+1:lemma:g/l'
2.033023 Temp     b'lemma:37'
2.031219 Gversion b'lemma:nc'
2.026359 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
2.022551 Temp     b'-2:lemma:\xcf\x8332'
2.021988 O        b'postag:CC'
2.012689 Med      b'-2:lemma:50'
1.995640 O        b'lemma:with'
1.988961 Supp     b'-2:postag:VBG'
1.987668 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.983838 Med      b'lemma:media'
1.966093 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
1.966093 Gtype    b'+2:lemma:.5'
1.929947 O        b'+1:lemma:od600'
1.925489 Gtype    b'+2:lemma:glucose'
1.923491 Gversion b'-2:lemma:nc'
1.919933 O        b'-2:lemma:medium'
1.916487 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.915937 O        b'lemma:at'
1.903350 pH       b'+1:postag:CD'
1.881335 O        b'-2:lemma:co2'
1.880331 Air      b'+2:lemma:37'
1.842022 O        b'-1:lemma:l1'
1.835960 Gtype    b'lemma:arca8myc'
1.835960 Gtype    b'-2:lemma:chip-arca'
1.825949 O        b'+1:lemma:sparging'
1.820188 O        b'lemma:Fur'
1.816501 Med      b'postag:NNP'
1.816366 Temp     b'-2:lemma:keep'
1.812523 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.806914 Med      b'lemma:glucose'
1.798594 O        b'lemma:for'
1.790149 Supp     b'-1:lemma:+'
1.786505 O        b'-1:lemma:lb'


Top negative:
-0.056377 O        b'+2:lemma:follow'
-0.057834 O        b'-2:postag:RB'
-0.062691 O        b'lemma:lb'
-0.062694 O        b'+2:lemma:co2'
-0.063082 Agit     b'postag:NN'
-0.063895 O        b'-2:lemma:stir'
-0.066451 O        b'+1:lemma:or'
-0.069881 Air      b'-2:lemma:or'
-0.071179 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.073541 O        b'+1:lemma:300'
-0.076445 OD       b'+2:lemma:~'
-0.078449 O        b'-2:lemma:paraquat'
-0.079932 OD       b'+1:postag:CC'
-0.080336 OD       b'lemma:~'
-0.082164 O        b'-1:lemma:until'
-0.087626 O        b'+2:lemma:supplement'
-0.089622 O        b'lemma:e.'
-0.092349 O        b'-1:lemma:1'
-0.093669 O        b'lemma:grow'
-0.094841 Med      b'+1:postag:IN'
-0.097229 Supp     b'-2:postag:IN'
-0.101825 Air      b'postag:CD'
-0.103517 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.105803 O        b'+2:lemma:od600'
-0.108906 O        b'lemma:co2'
-0.111524 Supp     b'-2:postag:VBN'
-0.118531 Agit     b'-1:postag:NN'
-0.120507 O        b'-2:lemma:cell'
-0.121204 Air      b'lemma:70'
-0.124675 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.124675 O        b'+2:lemma:fecl2'
-0.126624 O        b'+2:lemma:for'
-0.128419 Air      b'+1:lemma:70'
-0.128789 O        b'lemma:150'
-0.128789 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.128789 O        b'-2:lemma:concentration'
-0.130352 O        b'-2:lemma:nh4cl'
-0.132047 O        b'+2:lemma:37'
-0.135046 O        b'-1:postag:VBN'
-0.138694 Med      b'+2:postag:VBN'
-0.138737 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.140991 Gtype    b'lemma:_'
-0.145854 O        b'-1:postag:IN'
-0.145950 O        b'-2:lemma:genome'
-0.147428 O        b'+2:lemma:iptg'
-0.147810 O        b'-1:lemma:cra'
-0.155455 Air      b'+2:lemma:70'
-0.156201 Supp     b'lemma:and'
-0.158149 O        b'+1:postag:JJ'
-0.164480 O        b'+1:postag:CD'
-0.172333 OD       b'+1:postag:CD'
-0.174063 O        b'+2:lemma:.'
-0.174063 O        b'+2:postag:.'
-0.178683 Supp     b'+2:lemma:-rrb-'
-0.181783 O        b'-1:lemma:ml'
-0.184867 O        b'-2:postag:VBG'
-0.187294 O        b'+2:lemma:anaerobically'
-0.187906 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.188626 Gtype    b'-2:postag:IN'
-0.197726 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.198187 O        b'-2:lemma:dna'
-0.204690 Air      b'+2:postag:IN'
-0.204920 O        b'+2:lemma:cell'
-0.225831 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.230974 O        b'-1:lemma:um'
-0.230974 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.236573 O        b'lemma:of'
-0.240385 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.244742 Supp     b'+2:postag:-RRB-'
-0.251781 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.263047 O        b'+1:postag:IN'
-0.263702 O        b'+1:postag:VBG'
-0.268568 O        b'lemma:20'
-0.274794 O        b'+2:lemma:add'
-0.280223 O        b'+2:postag:RB'
-0.291400 Supp     b'+2:lemma:1'
-0.296141 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.297378 O        b'-2:lemma:dpd'
-0.301496 Phase    b'-2:postag:NN'
-0.307882 Supp     b'-2:lemma:grow'
-0.308671 O        b'-2:lemma:anaerobically'
-0.316370 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.317713 O        b'-2:lemma:until'
-0.327378 O        b'-1:lemma:from'
-0.329280 Med      b'-2:lemma:in'
-0.331478 O        b'+1:lemma:until'
-0.343943 O        b'lemma:k-12'
-0.346692 OD       b'+1:postag:NN'
-0.347195 Supp     b'-1:postag:VBG'
-0.348433 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.348433 O        b'-2:lemma:0.1'
-0.358964 O        b'-2:lemma::'
-0.362392 pH       b'postag:NN'
-0.364550 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.366840 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.372342 O        b'-1:lemma:grow'
-0.376200 O        b'+2:postag:-RRB-'
-0.383946 O        b'lemma:od600'
-0.387364 Supp     b'-2:postag:NN'
-0.394053 Anti     b'+2:lemma:polyclonal'
-0.398869 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.402792 O        b'-1:lemma:od600'
-0.405894 O        b'postag:RB'
-0.407413 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.417577 O        b'+2:lemma:fnr'
-0.419538 O        b'lemma:dissolve'
-0.419538 O        b'+2:lemma:methanol'
-0.420729 O        b'-2:postag:DT'
-0.427686 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.433305 O        b'+1:lemma:_'
-0.440572 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.441074 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.446067 Med      b'+1:postag:NN'
-0.453325 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.453738 O        b'-1:lemma:co2'
-0.454368 O        b'lemma:0.3'
-0.465224 OD       b'-2:postag:IN'
-0.467206 O        b'-2:postag:SYM'
-0.469619 Supp     b'postag:CC'
-0.480615 O        b'lemma:anaerobically'
-0.482560 O        b'+2:lemma:reference'
-0.492293 O        b'-2:lemma:rpob'
-0.507584 O        b'+1:lemma:hour'
-0.517359 O        b'lemma:glucose'
-0.518184 O        b'-2:lemma:a'
-0.523810 O        b'+1:lemma:supplement'
-0.529465 O        b'lemma:dpd'
-0.535094 O        b'lemma:anaerobic'
-0.535327 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.543209 Supp     b'+2:postag:NN'
-0.549417 O        b'lemma:aerobically'
-0.550622 O        b'+1:lemma:+'
-0.571540 O        b'lemma:media'
-0.573484 O        b'+2:lemma:antibody'
-0.582564 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.582564 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.591022 O        b'lemma:0.1'
-0.601166 Air      b'+1:postag:JJ'
-0.618396 O        b'-2:lemma:aerobically'
-0.620494 O        b'lemma:methanol'
-0.620494 O        b'-2:lemma:dissolve'
-0.625501 O        b'lemma:0.2'
-0.627314 O        b'-1:lemma:ompr'
-0.627416 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.631755 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.641710 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.642246 O        b'lemma:fecl2'
-0.651512 O        b'lemma:rifampicin'
-0.655237 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.663186 O        b'-1:lemma:sample'
-0.665432 O        b'+2:lemma:+'
-0.669192 O        b'lemma:phase'
-0.678711 O        b'lemma:37'
-0.681855 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.682703 O        b'-1:lemma:37'
-0.698027 O        b'+1:postag:NNS'
-0.702726 Supp     b'+2:lemma:2'
-0.715445 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.734463 Med      b'-1:postag:NN'
-0.741932 O        b'lemma:2h'
-0.741932 O        b'-1:lemma:additional'
-0.743025 Supp     b'-2:postag:JJ'
-0.769586 O        b'+1:lemma:phase'
-0.772776 OD       b'-2:postag:JJ'
-0.774462 O        b'+2:lemma:medium'
-0.795476 O        b'-2:lemma:IP'
-0.799045 O        b'-1:lemma:~'
-0.821552 O        b'+2:lemma:mid-log'
-0.839684 OD       b'postag:-LRB-'
-0.858529 O        b'-2:lemma:rifampicin'
-0.862954 O        b'-1:postag::'
-0.882732 Supp     b'+2:postag:NNS'
-0.895274 Temp     b'postag:NN'
-0.947318 Anti     b'+2:postag:JJ'
-0.959235 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.977788 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.978443 O        b'lemma:mid-log'
-0.988760 O        b'-1:postag:VBG'
-1.006314 O        b'-2:lemma:50'
-1.041256 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.065402 O        b'+2:lemma:b'
-1.086805 O        b'-2:lemma:supplement'
-1.093802 O        b'+1:lemma:cell'
-1.098577 O        b'+2:lemma:rifampicin'
-1.120238 O        b'-1:lemma:IP'
-1.200121 Med      b'-2:postag:VBN'
-1.376159 Air      b'postag:NN'
-1.479670 O        b'+1:lemma:in'
-1.485332 Phase    b'postag:JJ'
-1.570263 O        b'lemma:wt'
-1.570821 Supp     b'postag:JJ'
-1.809959 Anti     b'postag:NNP'
-1.929723 O        b'-1:lemma:2'
-2.027837 O        b'+1:lemma:at'
-2.145834 O        b'-2:lemma:phase'
-2.516491 O        b'+1:lemma:2'
-2.632073 Supp     b'+2:postag:CD'
-3.112250 O        b'+1:lemma:1'
-4.352391 O        b'-1:lemma::'
-4.597643 O        b'-1:lemma:_'