********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.06175888892030738, 'c2': 0.007297468450426697}
best CV score:0.8063684219603322
model size: 0.08M

Flat F1: 0.8038632313016971
             precision    recall  f1-score   support

         OD      0.789     0.405     0.536        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.897     0.912     0.904        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.947     0.973        19
        Air      0.807     0.742     0.773        62
       Anti      1.000     0.444     0.615         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.867     0.802     0.833       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.877     0.684     0.769       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.871     0.758     0.804       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    7.039997
OD     -> OD      6.131524
Anti   -> Anti    6.088253
Temp   -> Temp    5.782167
Med    -> Med     5.473727
Phase  -> Phase   5.118964
Gversion -> Gversion 5.069590
Air    -> Air     5.035955
O      -> O       4.832708
Gtype  -> Gtype   4.669937
Supp   -> Supp    4.378479
Technique -> Technique 3.990893
pH     -> pH      2.569701
Substrain -> Gtype   1.830007
O      -> Supp    1.626801
O      -> Gtype   1.297672
Gtype  -> Supp    1.190661
O      -> Technique 1.135884
Air    -> O       0.818807
Technique -> Air     0.814259
O      -> Anti    0.771130
O      -> Temp    0.647711
O      -> Gversion 0.213529
Med    -> O       0.130864
Gtype  -> pH      0.110856
Temp   -> O       0.071206
O      -> Med     0.068395
OD     -> Phase   0.032935
O      -> Phase   0.005045
O      -> Strain  0.004127
Gtype  -> Air     0.001026
O      -> pH      0.000010
Med    -> Air     -0.000266
Air    -> Phase   -0.002144
Supp   -> Gtype   -0.028407
Gtype  -> Phase   -0.055051
pH     -> O       -0.067213
Phase  -> O       -0.083281
Supp   -> Temp    -0.086247
O      -> Agit    -0.105739
Anti   -> OD      -0.120656
Supp   -> Gversion -0.132405
Phase  -> Air     -0.135463
Air    -> Temp    -0.140622
OD     -> Gtype   -0.176085
Gtype  -> Gversion -0.192477
O      -> OD      -0.271290
Technique -> O       -0.302420
Supp   -> OD      -0.335241
Temp   -> Med     -0.384357


Top unlikely transitions:
O      -> Gversion 0.213529
Med    -> O       0.130864
Gtype  -> pH      0.110856
Temp   -> O       0.071206
O      -> Med     0.068395
OD     -> Phase   0.032935
O      -> Phase   0.005045
O      -> Strain  0.004127
Gtype  -> Air     0.001026
O      -> pH      0.000010
Med    -> Air     -0.000266
Air    -> Phase   -0.002144
Supp   -> Gtype   -0.028407
Gtype  -> Phase   -0.055051
pH     -> O       -0.067213
Phase  -> O       -0.083281
Supp   -> Temp    -0.086247
O      -> Agit    -0.105739
Anti   -> OD      -0.120656
Supp   -> Gversion -0.132405
Phase  -> Air     -0.135463
Air    -> Temp    -0.140622
OD     -> Gtype   -0.176085
Gtype  -> Gversion -0.192477
O      -> OD      -0.271290
Technique -> O       -0.302420
Supp   -> OD      -0.335241
Temp   -> Med     -0.384357
Supp   -> Technique -0.385060
Supp   -> O       -0.403868
Gtype  -> Med     -0.554149
Air    -> Med     -0.637433
OD     -> Med     -0.669447
Gtype  -> O       -0.714185
Technique -> OD      -0.717082
Technique -> Gtype   -0.718169
Technique -> pH      -0.760896
Air    -> OD      -0.787076
Gtype  -> Anti    -0.790622
OD     -> Air     -0.869139
Agit   -> O       -0.936533
Supp   -> Air     -0.944719
Air    -> Supp    -0.951816
OD     -> O       -0.966392
Gtype  -> OD      -1.245349
Supp   -> Med     -1.310718
Substrain -> O       -1.335115
O      -> Air     -1.686756
Phase  -> OD      -2.096304
Med    -> Supp    -2.167551


Top positive:
9.429627 O        b'lemma:_'
8.878639 Phase    b'lemma:stationary'
8.718938 Supp     b'lemma:Iron'
7.681723 O        b'lemma:1'
7.568503 Air      b'lemma:aerobic'
7.528752 Technique b'lemma:ChIP-exo'
7.490123 Air      b'lemma:anaerobic'
6.800664 O        b'lemma:rpob'
6.784655 Supp     b'lemma:nitrate'
6.781496 Med      b'lemma:MOPS'
6.698412 Strain   b'lemma:k-12'
6.360995 Technique b'lemma:chipseq'
6.332061 O        b'-1:lemma:tag'
6.294441 O        b'lemma:2'
6.134867 Supp     b'lemma:pq'
6.056497 Gversion b'lemma:asm584v2'
5.974776 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
5.968446 O        b'lemma:3'
5.959950 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.787437 Gtype    b'lemma:flag-tag'
5.787437 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
5.767411 O        b'lemma:Custom'
5.622312 Air      b'lemma:Aerobic'
5.534195 O        b'lemma:rep1'
5.503124 Gtype    b'lemma:arca8myc'
5.451254 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
5.433030 Substrain b'lemma:mg1655'
5.426412 O        b'lemma:rep2'
5.419246 O        b'lemma:b'
5.392492 O        b'lemma:Cra'
5.313073 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
5.205081 Med      b'lemma:LB'
5.079806 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
5.049305 Supp     b'lemma:glucose'
5.044483 OD       b'lemma:od450'
5.039131 O        b'lemma:rep3'
5.012495 Gtype    b'lemma:delta-arca'
4.965809 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.923813 Gtype    b'lemma:type'
4.896333 O        b'lemma:a'
4.860082 Supp     b'lemma:Fe'
4.840158 O        b'+1:postag:RB'
4.836640 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.816606 Phase    b'lemma:mid-log'
4.811283 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
4.790845 OD       b'+1:lemma:stationary'
4.780811 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.762091 Gtype    b'lemma:wt'
4.756489 O        b'+1:lemma:od600'
4.716971 Technique b'lemma:rna-seq'
4.704242 O        b'postag:IN'
4.655483 OD       b'lemma:od600'
4.653380 Gversion b'lemma:nc'
4.577875 Anti     b'lemma:none'
4.558396 Supp     b'lemma:acetate'
4.516720 Supp     b'lemma:rifampicin'
4.507138 O        b'postag::'
4.433020 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.356436 Gversion b'-1:lemma:nc'
4.338051 Supp     b'-1:lemma:Cra'
4.313945 Technique b'lemma:rnaseq'
4.282860 Med      b'lemma:lb'
4.266947 Anti     b'lemma:seqa'
4.245888 Supp     b'lemma:no3'
4.245555 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
4.242062 O        b'lemma:.'
4.242062 O        b'postag:.'
4.224468 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
4.214205 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
4.192928 O        b'-1:lemma:Aerobic'
4.142672 Technique b'lemma:chip-seq'
4.113542 Supp     b'lemma:dpd'
4.085146 O        b'lemma:-'
3.963197 Med      b'+1:lemma:0.4'
3.958952 O        b'+1:lemma:o.d.'
3.887023 Supp     b'lemma:fructose'
3.878469 Supp     b'+1:lemma:hour'
3.849287 Strain   b'+1:lemma:substr'
3.805978 O        b'lemma:with'
3.794001 Vess     b'lemma:flask'
3.794001 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.787347 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.742649 O        b'-1:lemma:glucose'
3.720278 O        b'+1:lemma:chip-seq'
3.702007 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
3.662982 Supp     b'+1:lemma:1'
3.654612 Anti     b'lemma:anti-myc'
3.649389 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
3.646552 Supp     b'lemma:arginine'
3.618594 O        b'lemma:CEL'
3.606640 O        b'-1:lemma:0.3'
3.599357 O        b'postag:VBN'
3.586637 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
3.576770 Air      b'lemma:Anaerobic'
3.574484 O        b'-1:lemma:anaerobic'
3.573047 O        b'lemma:ompr'
3.556429 Gtype    b'lemma:wild-type'
3.554917 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
3.554502 O        b'lemma:2-3'
3.523026 Supp     b'-1:lemma:+'
3.503145 O        b'lemma:s'
3.499526 Gtype    b'+1:lemma:with'
3.489586 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.467032 O        b'-1:lemma:type'
3.452564 Gversion b'lemma:chip-seq'
3.446983 O        b'lemma:oxyr'
3.437767 pH       b'lemma:ph5'
3.437767 pH       b'+1:lemma:.5'
3.432615 Anti     b'lemma:anti-rpos'
3.418713 O        b'lemma:or'
3.407689 Med      b'lemma:m63'
3.401201 O        b'lemma:for'
3.394419 Med      b'+1:lemma:minimal'
3.357624 Air      b'lemma:anerobically'
3.345050 Temp     b'-1:lemma:37'
3.316153 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
3.308024 O        b'lemma:chip'
3.305474 Gtype    b'+1:lemma:pq'
3.303537 Temp     b'-1:lemma:sample'
3.262181 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
3.232854 Gversion b'lemma:.2'
3.232854 Gversion b'-1:lemma:u00096'
3.227066 Gversion b'lemma:000913'
3.204195 Phase    b'-1:lemma:until'
3.194368 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
3.192675 O        b'lemma:affyexp'
3.185554 Air      b'lemma:anaerobically'
3.157577 Supp     b'+1:lemma:2'
3.152351 O        b'-1:lemma:dpd'
3.147823 Anti     b'+1:lemma:antibody'
3.147197 Gversion b'lemma:u00096'
3.147197 Gversion b'+1:lemma:.2'
3.145534 Med      b'+1:lemma:2.0'
3.144986 O        b'lemma:chip-arca'
3.128621 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
3.123647 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
3.096543 O        b'+1:lemma:mid-log'
3.081866 Technique b'-1:lemma:IP'
3.074036 O        b'+1:lemma:pq'
3.055089 Gtype    b'lemma:pk4854'
3.047512 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
3.033127 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
3.002892 Supp     b'lemma:Leu'
2.999013 Supp     b'lemma:Adenine'
2.974704 O        b'-1:lemma:lb'
2.958351 Med      b'-1:lemma:ml'
2.936300 Air      b'+1:lemma:at'
2.921131 Gtype    b'lemma:WT'
2.907355 O        b'lemma:argr'
2.906382 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.887412 OD       b'-1:lemma:~'
2.886486 O        b'lemma:at'
2.880821 Technique b'-1:lemma:input'
2.874454 Temp     b'-1:lemma:43'
2.847136 O        b'-1:lemma:stpa'
2.828648 Gtype    b'lemma:ptac'
2.821605 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
2.821605 Gtype    b'-1:lemma:old'
2.819393 Supp     b'+1:lemma:_'
2.815914 O        b'lemma:purr'
2.782076 Supp     b'lemma:nacl'
2.766819 Air      b'postag:RB'
2.765932 O        b'lemma:soxs'
2.765932 O        b'lemma:soxr'
2.755196 pH       b'lemma:.5'
2.755196 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.722030 O        b'-1:lemma:l1'
2.718971 Air      b'-1:postag::'
2.658925 O        b'lemma:culture'
2.648763 Med      b'lemma:L'
2.648763 Med      b'+1:lemma:broth'
2.627139 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
2.619872 Med      b'lemma:glucose'
2.619781 Supp     b'lemma:methanol'
2.591668 O        b'lemma:Lrp'
2.561051 O        b'lemma:one'
2.550533 O        b'+1:lemma:43'
2.549438 Supp     b'lemma:iptg'
2.527814 Med      b'-1:lemma:LB'
2.524624 Temp     b'lemma:37'
2.515848 OD       b'-1:lemma:about'
2.506523 Temp     b'lemma:43'
2.504102 O        b'+1:postag:VBP'
2.486048 Gtype    b'lemma:dfnr'
2.463884 O        b'postag:DT'
2.460887 O        b'postag:VBG'
2.404015 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxr'
2.395072 O        b'lemma:pt7'
2.386555 Gtype    b'lemma:\xce\xb4oxyr'
2.384720 O        b'+1:postag:NNP'
2.384009 Phase    b'+1:lemma:for'
2.375984 Gtype    b'-1:lemma:phtpg'
2.357924 Supp     b'lemma:leucine'
2.346880 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
2.331271 pH       b'+1:postag:CD'
2.296129 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
2.286249 O        b'lemma:Fur'
2.281780 OD       b'lemma:0.3'
2.279276 O        b'lemma:delta'
2.265327 Med      b'postag:NNP'


Top negative:
-0.000825 O        b'+1:lemma:95'
-0.001451 O        b'lemma:5'
-0.001572 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.002926 O        b'+1:lemma:25'
-0.003089 OD       b'-1:postag:DT'
-0.003331 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.003846 O        b'+1:lemma:a'
-0.004476 O        b'+1:lemma:0.4'
-0.004597 Air      b'-1:lemma:aerobically'
-0.005115 Gtype    b'+1:lemma:2'
-0.005380 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.006805 O        b'-1:lemma:,'
-0.006805 O        b'-1:postag:,'
-0.007118 Air      b'-1:postag:CC'
-0.010580 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.012150 OD       b'+1:postag:CD'
-0.017346 O        b'-1:postag:IN'
-0.019089 O        b'-1:lemma:1'
-0.021090 O        b'+1:lemma:grow'
-0.021180 O        b'lemma:30'
-0.021446 O        b'lemma:cell'
-0.021525 OD       b'lemma:~'
-0.021651 Gtype    b'-1:lemma:mg1655'
-0.022113 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.023965 O        b'lemma:nacl'
-0.025824 Med      b'-1:postag:CD'
-0.026049 OD       b'postag:IN'
-0.028482 OD       b'+1:postag:DT'
-0.029411 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.031488 O        b'lemma:mg1655'
-0.032375 OD       b'-1:lemma:a'
-0.038129 O        b'+1:lemma:co2'
-0.041455 O        b'-1:lemma:with'
-0.046377 O        b'+1:lemma:mm'
-0.046769 O        b'+1:lemma:o2'
-0.047221 O        b'lemma:medium'
-0.047788 Gtype    b'+1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.051338 O        b'lemma:k-12'
-0.058113 O        b'+1:lemma:shake'
-0.067222 O        b'+1:lemma:phase'
-0.067235 Strain   b'+1:postag:NN'
-0.068404 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.070459 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.071893 O        b'lemma:m63'
-0.074961 O        b'-1:lemma:fresh'
-0.076182 O        b'-1:lemma:mm'
-0.081344 Technique b'-1:lemma::'
-0.089803 O        b'lemma:o2'
-0.090417 O        b'-1:lemma:e.'
-0.090764 O        b'lemma:grow'
-0.099382 Supp     b'-1:postag:NN'
-0.101790 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.106440 O        b'+1:lemma:300'
-0.107647 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.110265 O        b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
-0.113592 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.113759 O        b'+1:lemma:5'
-0.126723 O        b'-1:lemma:until'
-0.127511 Supp     b'+1:lemma:glucose'
-0.130049 O        b'-1:lemma:minimal'
-0.138770 O        b'lemma:e.'
-0.140462 O        b'lemma:aerobically'
-0.140632 O        b'lemma:minimal'
-0.140732 O        b'-1:lemma:of'
-0.151688 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.153011 Supp     b'+1:postag:IN'
-0.155728 Air      b'-1:lemma:or'
-0.155927 O        b'lemma:n2'
-0.158122 O        b'lemma:purify'
-0.159148 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.162204 O        b'-1:lemma:n2'
-0.163370 Gtype    b'postag:CD'
-0.165311 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.181332 O        b'+1:lemma:antibody'
-0.183547 Med      b'postag:CD'
-0.187622 O        b'+1:lemma:minimal'
-0.190046 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.193027 O        b'-1:lemma:o2'
-0.199971 O        b'+1:lemma:.'
-0.199971 O        b'+1:postag:.'
-0.203385 Med      b'-1:postag:NN'
-0.221160 O        b'-1:postag:VBN'
-0.230480 Supp     b'lemma:and'
-0.232278 Med      b'+1:lemma:media'
-0.234457 Med      b'+1:postag:CC'
-0.235346 Gtype    b'-1:postag:DT'
-0.239623 O        b'-1:lemma:um'
-0.239623 O        b'+1:lemma:paraquat'
-0.242354 O        b'lemma:co2'
-0.264358 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.265962 Supp     b'-1:postag:NNP'
-0.267624 Supp     b'-1:lemma:-'
-0.283009 O        b'lemma:phase'
-0.307486 O        b'-1:lemma:from'
-0.311456 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.336644 O        b'-1:lemma:od600'
-0.348696 O        b'-1:lemma:cra'
-0.349206 O        b'-1:lemma:30'
-0.349519 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.376657 O        b'+1:lemma:until'
-0.376734 O        b'+1:lemma:or'
-0.380376 O        b'lemma:lb'
-0.391631 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.391764 O        b'postag:RB'
-0.393925 Med      b'-1:postag:IN'
-0.404484 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.405885 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.410930 OD       b'+1:lemma:and'
-0.440153 Agit     b'postag:NN'
-0.449451 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.458859 O        b'lemma:od600'
-0.466920 O        b'-1:lemma:grow'
-0.485539 O        b'lemma:dissolve'
-0.485571 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.500536 OD       b'+1:postag:CC'
-0.501505 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.508110 O        b'+1:lemma:_'
-0.509492 O        b'lemma:media'
-0.520104 O        b'+1:postag:IN'
-0.520122 Med      b'+1:postag:NN'
-0.536661 O        b'lemma:anaerobic'
-0.537297 OD       b'+1:postag:NN'
-0.552346 O        b'+1:lemma:%'
-0.557522 Supp     b'postag:CC'
-0.561985 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.562073 O        b'-1:lemma:~'
-0.563392 Temp     b'postag:JJ'
-0.565743 O        b'-1:lemma:co2'
-0.569796 Technique b'-1:postag::'
-0.575269 O        b'lemma:150'
-0.575269 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.583809 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.589903 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.589906 Supp     b'-1:postag:VBG'
-0.624638 Med      b'+1:postag:IN'
-0.647563 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.651123 O        b'lemma:0.3'
-0.672987 O        b'+1:postag:NNS'
-0.675261 O        b'lemma:fecl2'
-0.712388 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.714926 O        b'+1:lemma:c'
-0.727882 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.741220 OD       b'postag:-LRB-'
-0.746499 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.753494 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.755447 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.756879 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.756986 pH       b'postag:NN'
-0.757378 OD       b'postag:JJ'
-0.788163 O        b'-1:postag:VBG'
-0.834275 O        b'-1:lemma:ml'
-0.897819 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.897819 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.904753 O        b'lemma:20'
-0.944733 O        b'lemma:anaerobically'
-0.963571 O        b'+1:lemma:in'
-0.967298 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.978670 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.980602 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.986834 O        b'lemma:of'
-0.987936 Temp     b'postag:NN'
-1.002995 O        b'postag:VBP'
-1.014836 O        b'lemma:dpd'
-1.041168 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-1.041187 O        b'-1:lemma:sample'
-1.042720 O        b'lemma:0.2'
-1.050897 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.079011 O        b'+1:lemma:at'
-1.093829 O        b'+1:lemma:cell'
-1.096333 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.096333 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.136240 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.201055 O        b'-1:lemma:rpob'
-1.208075 O        b'lemma:2h'
-1.208075 O        b'-1:lemma:additional'
-1.245138 O        b'-1:lemma:37'
-1.284488 O        b'lemma:0.1'
-1.307838 O        b'-1:lemma:IP'
-1.367289 O        b'+1:postag:VBG'
-1.389589 O        b'+1:lemma:+'
-1.436423 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.446071 O        b'lemma:wt'
-1.450739 Supp     b'-1:lemma:%'
-1.499193 O        b'lemma:37'
-1.538565 O        b'-1:postag::'
-1.553221 Air      b'postag:NN'
-1.648157 Anti     b'postag:NNP'
-1.853282 O        b'+1:lemma:hour'
-1.858904 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.884215 O        b'-1:lemma:ompr'
-2.067974 O        b'-1:lemma:2'
-2.131263 O        b'lemma:rifampicin'
-2.175822 O        b'+1:lemma:2'
-2.308282 O        b'lemma:methanol'
-2.446120 Supp     b'postag:JJ'
-2.454149 O        b'lemma:mid-log'
-2.638968 Phase    b'postag:JJ'
-2.760556 O        b'+1:lemma:1'
-3.707810 O        b'-1:lemma:_'
-3.997262 O        b'-1:lemma::'