********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.3568772328262357, 'c2': 0.03679897833962741}
best CV score:0.7912405713814187
model size: 0.06M

Flat F1: 0.7675992381773036
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.800     0.842     0.821        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.789     0.882        19
        Air      0.780     0.742     0.760        62
       Anti      0.800     0.444     0.571         9
     Strain      0.000     0.000     0.000         1
      Gtype      0.845     0.774     0.808       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.806     0.640     0.713       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.842     0.723     0.768       480


Top likely transitions:
OD     -> OD      5.955565
Agit   -> Agit    5.919199
Temp   -> Temp    5.457223
Med    -> Med     5.142852
Anti   -> Anti    5.096560
Air    -> Air     4.785647
Gtype  -> Gtype   4.265020
O      -> O       4.167033
Gversion -> Gversion 4.096654
Supp   -> Supp    4.095690
Phase  -> Phase   4.087605
Technique -> Technique 3.540826
O      -> Supp    2.079503
Gtype  -> Supp    1.995901
Air    -> O       1.832886
pH     -> pH      1.823851
Substrain -> Gtype   1.407319
O      -> Gtype   1.287017
O      -> Technique 1.257508
O      -> Anti    0.872529
Technique -> Air     0.856385
O      -> Temp    0.849337
Med    -> O       0.823339
OD     -> Phase   0.567936
Supp   -> O       0.535077
O      -> Gversion 0.454745
Temp   -> O       0.378011
O      -> Med     0.340773
Phase  -> O       0.256163
Gtype  -> Air     0.217223
Gtype  -> pH      0.173493
O      -> Phase   0.079173
O      -> Strain  0.031985
Supp   -> Air     -0.000004
Gtype  -> Anti    -0.020854
Gtype  -> Gversion -0.026214
Technique -> Gtype   -0.122709
OD     -> O       -0.164948
Technique -> pH      -0.215348
Supp   -> Med     -0.427866
O      -> Air     -0.523868
Agit   -> O       -0.572132
Substrain -> O       -0.707348
Gtype  -> OD      -0.819099
Med    -> Supp    -0.863239
Phase  -> OD      -0.994549


Top unlikely transitions:
OD     -> OD      5.955565
Agit   -> Agit    5.919199
Temp   -> Temp    5.457223
Med    -> Med     5.142852
Anti   -> Anti    5.096560
Air    -> Air     4.785647
Gtype  -> Gtype   4.265020
O      -> O       4.167033
Gversion -> Gversion 4.096654
Supp   -> Supp    4.095690
Phase  -> Phase   4.087605
Technique -> Technique 3.540826
O      -> Supp    2.079503
Gtype  -> Supp    1.995901
Air    -> O       1.832886
pH     -> pH      1.823851
Substrain -> Gtype   1.407319
O      -> Gtype   1.287017
O      -> Technique 1.257508
O      -> Anti    0.872529
Technique -> Air     0.856385
O      -> Temp    0.849337
Med    -> O       0.823339
OD     -> Phase   0.567936
Supp   -> O       0.535077
O      -> Gversion 0.454745
Temp   -> O       0.378011
O      -> Med     0.340773
Phase  -> O       0.256163
Gtype  -> Air     0.217223
Gtype  -> pH      0.173493
O      -> Phase   0.079173
O      -> Strain  0.031985
Supp   -> Air     -0.000004
Gtype  -> Anti    -0.020854
Gtype  -> Gversion -0.026214
Technique -> Gtype   -0.122709
OD     -> O       -0.164948
Technique -> pH      -0.215348
Supp   -> Med     -0.427866
O      -> Air     -0.523868
Agit   -> O       -0.572132
Substrain -> O       -0.707348
Gtype  -> OD      -0.819099
Med    -> Supp    -0.863239
Phase  -> OD      -0.994549


Top positive:
7.311391 O        b'lemma:_'
6.386213 O        b'lemma:1'
5.942659 Air      b'lemma:anaerobic'
5.902775 Supp     b'lemma:Iron'
5.497006 Strain   b'lemma:k-12'
5.443070 Air      b'lemma:aerobic'
5.417956 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.360099 O        b'lemma:2'
4.972296 Phase    b'lemma:mid-log'
4.783538 O        b'postag:IN'
4.776370 Supp     b'lemma:nitrate'
4.762645 O        b'lemma:rpob'
4.691195 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
4.618875 O        b'lemma:3'
4.601053 Substrain b'lemma:mg1655'
4.462226 Technique b'lemma:chipseq'
4.387311 Phase    b'lemma:stationary'
4.222036 OD       b'lemma:od600'
4.073562 Gtype    b'+1:lemma:type'
4.057916 Supp     b'lemma:pq'
3.985864 Supp     b'lemma:nh4cl'
3.972087 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
3.961883 Air      b'lemma:Aerobic'
3.882824 O        b'postag::'
3.851044 Gtype    b'lemma:type'
3.817888 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
3.749284 Gtype    b'lemma:flag-tag'
3.749284 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
3.742652 Gtype    b'lemma:wt'
3.740216 Med      b'lemma:lb'
3.740189 Supp     b'lemma:glucose'
3.732373 O        b'lemma:rep1'
3.722079 O        b'lemma:b'
3.685687 Gversion b'lemma:asm584v2'
3.675629 Gversion b'lemma:nc'
3.658421 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
3.453987 O        b'lemma:a'
3.428380 O        b'lemma:rep2'
3.424503 Med      b'lemma:LB'
3.414190 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.403980 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
3.303023 Med      b'lemma:MOPS'
3.265948 Technique b'lemma:rna-seq'
3.251521 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
3.210550 O        b'lemma:\xcf\x8332'
3.209996 O        b'lemma:Cra'
3.119550 O        b'postag:VBN'
3.109382 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.070896 O        b'lemma:.'
3.070896 O        b'postag:.'
3.047834 Technique b'lemma:chip-seq'
3.046544 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.018451 Supp     b'lemma:Fe'
3.007680 Supp     b'lemma:acetate'
2.972749 Air      b'postag:RB'
2.971413 O        b'-1:lemma:tag'
2.959092 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.947878 O        b'lemma:rep3'
2.936895 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
2.934222 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.898737 Supp     b'lemma:no3'
2.896406 O        b'lemma:Custom'
2.856337 O        b'postag:CC'
2.850328 Technique b'-1:lemma:IP'
2.848169 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.841904 Supp     b'lemma:fructose'
2.805619 Technique b'lemma:rnaseq'
2.779984 Gtype    b'lemma:nsrr'
2.746209 O        b'+1:lemma:od600'
2.719832 Supp     b'lemma:rifampicin'
2.673293 O        b'-1:lemma:Aerobic'
2.634726 Vess     b'lemma:flask'
2.634726 Vess     b'-1:lemma:warm'
2.632998 Supp     b'+1:lemma:1'
2.627950 pH       b'lemma:ph5'
2.627950 pH       b'+1:lemma:.5'
2.584412 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
2.580319 OD       b'lemma:od450'
2.506717 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.487258 Supp     b'lemma:dpd'
2.454806 Supp     b'+1:lemma:2'
2.450355 Gversion b'-1:lemma:nc'
2.405914 O        b'lemma:-'
2.403636 Supp     b'lemma:arginine'
2.402149 O        b'-1:lemma:type'
2.392360 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.374469 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
2.367275 Gversion b'lemma:000913'
2.362681 O        b'lemma:CEL'
2.349730 Gversion b'lemma:u00096'
2.349730 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.344881 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.330556 Temp     b'-1:lemma:sample'
2.315441 Med      b'lemma:m63'
2.315022 O        b'postag:DT'
2.300074 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.267250 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.265036 Anti     b'lemma:none'
2.258989 O        b'-1:lemma:glucose'
2.231273 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.224003 O        b'+1:postag:RB'
2.220750 Med      b'lemma:media'
2.206396 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.185276 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.172170 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.170608 Gversion b'lemma:.2'
2.170608 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.168316 O        b'lemma:chip'
2.140388 pH       b'lemma:.5'
2.140388 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.092729 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.092406 O        b'postag:VBG'
2.091643 Supp     b'+1:lemma:_'
2.084452 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.084202 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.037782 O        b'+1:postag:NNP'
2.036707 O        b'lemma:with'
2.020481 Anti     b'lemma:seqa'
2.017889 O        b'lemma:affyexp'
2.016765 O        b'+1:lemma:pq'
2.014069 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.007497 OD       b'+1:lemma:stationary'
2.005510 O        b'lemma:s'
1.992269 O        b'-1:lemma:l1'
1.979839 Supp     b'-1:lemma:with'
1.950746 Med      b'+1:lemma:2.0'
1.943075 Supp     b'lemma:nacl'
1.939615 O        b'lemma:or'
1.934384 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
1.924238 Gversion b'lemma:chip-seq'
1.912397 Air      b'-1:lemma:-'
1.907041 O        b'-1:lemma:anaerobic'
1.897746 Supp     b'lemma:20'
1.889218 Gtype    b'+1:lemma:_'
1.887958 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.881451 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
1.878291 Temp     b'-1:lemma:43'
1.855251 pH       b'+1:postag:CD'
1.845211 Gversion b'lemma:_'
1.834481 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
1.833194 O        b'-1:lemma:0.3'
1.819503 O        b'postag:VBD'
1.794552 Supp     b'-1:lemma:Cra'
1.789484 Temp     b'lemma:43'
1.773482 Supp     b'lemma:iptg'
1.756704 O        b'lemma:culture'
1.754791 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.743371 Technique b'-1:lemma:1'
1.741538 Temp     b'lemma:37'
1.722498 Air      b'lemma:anaerobically'
1.719157 O        b'-1:lemma:lb'
1.715507 Air      b'-1:lemma:co2'
1.702741 Med      b'-1:lemma:glucose'
1.692405 Med      b'lemma:L'
1.692405 Med      b'+1:lemma:broth'
1.691874 Med      b'+1:lemma:supplement'
1.691307 OD       b'-1:lemma:~'
1.683838 Supp     b'lemma:Leu'
1.682972 O        b'lemma:genotype/variation'
1.676442 Gtype    b'lemma:ptac'
1.663265 O        b'lemma:oxyr'
1.660953 Anti     b'lemma:anti-rpos'
1.630672 OD       b'lemma:0.3'
1.621148 O        b'lemma:-rrb-'
1.617178 Anti     b'lemma:anti-myc'
1.604063 O        b'-1:lemma:stpa'
1.586655 Med      b'lemma:glucose'
1.585743 Gversion b'+1:lemma:000913'
1.579174 O        b'postag:SYM'
1.578068 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.574137 Supp     b'-1:lemma:+'
1.567060 Gtype    b'+1:postag::'
1.563299 Gversion b'postag:CD'
1.544619 Temp     b'-1:lemma:37'
1.538602 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.528286 O        b'lemma:to'
1.528286 O        b'postag:TO'
1.523324 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
1.518247 Technique b'postag:NNP'
1.515066 O        b'lemma:Lrp'
1.503810 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
1.474618 Med      b'postag:NNP'
1.470896 O        b'lemma:condition'
1.470694 O        b'postag:NNS'
1.466882 Vess     b'-1:postag:VBN'
1.460777 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.454367 O        b'lemma:Fur'
1.445446 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.444799 O        b'lemma:chip-arca'
1.433832 Air      b'-1:postag:CD'
1.433106 Supp     b'lemma:of'
1.427368 Supp     b'lemma:0.2'
1.416476 Gtype    b'postag:-RRB-'
1.416028 Med      b'+1:lemma:+'
1.405123 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
1.403649 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.392465 Vess     b'+1:lemma:at'
1.387929 Air      b'+1:lemma:%'
1.386557 Air      b'lemma:Anaerobic'
1.379418 Air      b'lemma:%'


Top negative:
0.046237 Technique b'-1:postag:-LRB-'
0.044591 O        b'lemma:total'
0.042487 OD       b'-1:postag:JJ'
0.041254 Agit     b'+1:lemma:at'
0.040829 Air      b'-1:lemma:o2'
0.039691 O        b'+1:postag:SYM'
0.037763 Air      b'-1:lemma:95'
0.037597 Med      b'-1:lemma:g/l'
0.034684 Med      b'-1:postag::'
0.034326 OD       b'lemma:and'
0.031598 Supp     b'-1:lemma:ompr'
0.024936 Technique b'postag:NN'
0.024683 O        b'lemma:co2'
0.024521 O        b'-1:lemma:k-12'
0.023660 O        b'lemma:express'
0.023660 O        b'+1:lemma:nsrr'
0.021537 OD       b'-1:postag:-LRB-'
0.020167 O        b'-1:lemma:respiratory'
0.019242 Technique b'-1:postag:NN'
0.017406 O        b'+1:postag:-LRB-'
0.015124 O        b'lemma:contain'
0.013912 Agit     b'-1:postag:DT'
0.013779 O        b'+1:lemma:with'
0.011889 Supp     b'-1:postag:NN'
0.010468 O        b'-1:lemma:no3'
0.007499 O        b'postag:VBZ'
0.006399 Temp     b'-1:postag:NNS'
0.006118 O        b'lemma:%'
0.004379 Med      b'-1:lemma:2'
0.003940 OD       b'postag:CC'
0.003905 Gtype    b'lemma::'
0.003701 O        b'-1:lemma:with'
0.003698 Air      b'postag:NNP'
0.003581 O        b'+1:lemma:20'
0.003278 O        b'+1:lemma:wt'
0.003056 Gtype    b'-1:postag:NN'
0.003014 O        b'-1:postag:VBD'
0.002667 Supp     b'-1:lemma:contain'
0.002596 O        b'lemma:respiratory'
0.001697 Agit     b'postag:IN'
0.001336 O        b'-1:lemma:genotype'
0.001218 OD       b'+1:postag:-RRB-'
0.001198 O        b'lemma:mm'
0.001116 OD       b'postag:CD'
0.000945 Med      b'lemma:g/l'
0.000825 O        b'+1:lemma:total'
0.000744 Air      b'+1:lemma:and'
0.000698 Gtype    b'-1:lemma:lacz'
0.000535 O        b'+1:lemma:anaerobically'
0.000513 O        b'-1:lemma:and'
0.000496 O        b'+1:lemma:mm'
0.000435 O        b'-1:lemma:fructose'
0.000393 O        b'lemma:acetate'
0.000297 Gtype    b'lemma:wild'
0.000283 Temp     b'+1:lemma:.'
0.000283 Temp     b'+1:postag:.'
0.000099 Phase    b'postag:RB'
0.000088 Supp     b'lemma:1mm'
0.000079 O        b'+1:lemma:use'
0.000050 Supp     b'+1:postag:JJ'
0.000036 Supp     b'-1:lemma:1g/l'
0.000026 Supp     b'lemma:paraquat'
0.000026 O        b'-1:lemma:l2'
0.000025 OD       b'lemma:\xce\xb4soxr'
0.000007 pH       b'postag:CD'
0.000007 Supp     b'lemma:um'
0.000006 Gtype    b'lemma:small'
-0.000000 O        b'-1:lemma:cra'
-0.000009 O        b'+1:lemma:dissolve'
-0.000017 O        b'-1:lemma:the'
-0.000043 Supp     b'lemma:and'
-0.000046 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.000085 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.000146 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.000260 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.000627 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.000742 OD       b'postag:JJ'
-0.001488 O        b'lemma:m63'
-0.003058 Air      b'postag:CD'
-0.003448 O        b'+1:lemma:phase'
-0.004608 Agit     b'postag:NN'
-0.004847 O        b'-1:lemma:,'
-0.004847 O        b'-1:postag:,'
-0.005037 O        b'-1:lemma:ml'
-0.007684 O        b'+1:lemma:5'
-0.008395 Air      b'+1:postag:-RRB-'
-0.008451 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.017107 Med      b'postag:CD'
-0.017612 Supp     b'postag:CD'
-0.018284 O        b'+1:lemma:c'
-0.018326 Air      b'+1:postag:NN'
-0.018494 O        b'+1:lemma:300'
-0.020172 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.021074 O        b'+1:lemma:until'
-0.022065 O        b'-1:lemma:n2'
-0.022176 Air      b'+1:lemma:-rrb-'
-0.036363 Gtype    b'postag:CD'
-0.041102 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.042847 O        b'-1:lemma:e.'
-0.044979 Air      b'-1:lemma:-lrb-'
-0.046714 Air      b'-1:postag:CC'
-0.058789 O        b'-1:lemma:1'
-0.063701 O        b'lemma:k-12'
-0.066551 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.070646 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.073806 OD       b'+1:postag:CD'
-0.084658 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.084874 O        b'lemma:150'
-0.084874 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.089700 O        b'-1:postag:VBN'
-0.098890 O        b'lemma:lb'
-0.104646 Technique b'-1:lemma::'
-0.109346 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.117060 Med      b'-1:postag:NN'
-0.137397 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.139038 Med      b'+1:postag:IN'
-0.139665 Supp     b'postag:CC'
-0.145456 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.166221 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.168662 O        b'-1:lemma:30'
-0.170969 Gtype    b'+1:lemma:-lrb-'
-0.185496 O        b'+1:postag:NNS'
-0.187775 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.189256 O        b'lemma:phase'
-0.197532 O        b'-1:lemma:~'
-0.198007 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.204204 O        b'+1:lemma:.'
-0.204204 O        b'+1:postag:.'
-0.216763 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.218250 O        b'+1:lemma:%'
-0.224866 O        b'lemma:dissolve'
-0.237242 O        b'-1:postag:IN'
-0.238328 O        b'-1:lemma:of'
-0.240558 O        b'+1:lemma:hour'
-0.240999 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.256297 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.256297 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.256467 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.259261 Temp     b'postag:JJ'
-0.264304 O        b'-1:lemma:from'
-0.278399 O        b'lemma:20'
-0.278740 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.285638 O        b'lemma:media'
-0.332297 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.344037 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.360399 Med      b'+1:postag:NN'
-0.369081 O        b'+1:postag:IN'
-0.394929 pH       b'postag:NN'
-0.422222 O        b'lemma:anaerobically'
-0.424296 O        b'lemma:fecl2'
-0.437175 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.454022 O        b'lemma:0.3'
-0.489502 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.515212 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.523695 O        b'-1:lemma:ompr'
-0.548908 O        b'-1:lemma:od600'
-0.555804 O        b'+1:postag:VBG'
-0.560571 O        b'-1:lemma:sample'
-0.564990 O        b'-1:lemma:37'
-0.571228 O        b'-1:lemma:grow'
-0.575388 OD       b'+1:postag:NN'
-0.582274 O        b'lemma:od600'
-0.590024 Technique b'-1:postag::'
-0.607317 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.626089 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.675603 O        b'lemma:2h'
-0.675603 O        b'-1:lemma:additional'
-0.678009 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.680017 O        b'+1:lemma:cell'
-0.707984 O        b'lemma:0.1'
-0.736935 O        b'lemma:37'
-0.745442 O        b'+1:lemma:+'
-0.767826 O        b'lemma:0.2'
-0.773161 Temp     b'postag:NN'
-0.851338 O        b'lemma:wt'
-0.866767 O        b'-1:lemma:dissolve'
-0.866767 O        b'+1:lemma:methanol'
-0.888840 O        b'+1:lemma:g/l'
-0.912059 O        b'lemma:mid-log'
-0.950858 O        b'-1:postag::'
-0.973355 Anti     b'postag:NNP'
-0.986952 O        b'lemma:of'
-1.090926 O        b'lemma:methanol'
-1.112071 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.135645 O        b'lemma:rifampicin'
-1.140338 O        b'-1:postag:VBG'
-1.194026 O        b'+1:lemma:at'
-1.228205 O        b'-1:lemma:co2'
-1.238990 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.291964 OD       b'postag:-LRB-'
-1.351756 O        b'-1:lemma:IP'
-1.411430 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.429559 O        b'+1:lemma:in'
-1.505998 Supp     b'postag:JJ'
-1.647279 Air      b'postag:NN'
-1.998332 O        b'-1:lemma:2'
-2.129948 O        b'+1:lemma:2'
-2.202486 O        b'+1:lemma:1'
-3.512875 O        b'-1:lemma::'
-3.774844 O        b'-1:lemma:_'