********** TRAINING AND TESTING REPORT **********
Training file: training-data-set-70_v4.txt

best params:{'c1': 0.17443878436909793, 'c2': 0.025545309300829405}
best CV score:0.8013809966284335
model size: 0.07M

Flat F1: 0.7888604569464981
             precision    recall  f1-score   support

         OD      1.000     0.405     0.577        37
         pH      1.000     1.000     1.000        12
  Technique      0.952     0.909     0.930        22
        Med      0.889     0.842     0.865        57
       Temp      0.818     1.000     0.900        18
       Vess      0.000     0.000     0.000         0
       Agit      0.000     0.000     0.000         0
      Phase      1.000     0.895     0.944        19
        Air      0.754     0.742     0.748        62
       Anti      1.000     0.444     0.615         9
     Strain      1.000     1.000     1.000         1
      Gtype      0.863     0.774     0.816       106
  Substrain      0.000     0.000     0.000         1
       Supp      0.865     0.662     0.750       136
   Gversion      0.000     0.000     0.000         0

avg / total      0.876     0.735     0.789       480


Top likely transitions:
Agit   -> Agit    6.306877
OD     -> OD      6.147632
Temp   -> Temp    5.545039
Anti   -> Anti    5.171893
Med    -> Med     5.147638
Air    -> Air     4.902392
Phase  -> Phase   4.459229
O      -> O       4.458501
Gtype  -> Gtype   4.423121
Gversion -> Gversion 4.364069
Supp   -> Supp    4.020395
Technique -> Technique 3.591576
O      -> Supp    2.031115
Gtype  -> Supp    1.883986
pH     -> pH      1.853329
Air    -> O       1.713991
Substrain -> Gtype   1.583252
O      -> Gtype   1.310027
O      -> Technique 1.273208
O      -> Anti    0.815027
Technique -> Air     0.812634
O      -> Temp    0.731105
Med    -> O       0.704800
Temp   -> O       0.557160
Gtype  -> pH      0.523657
O      -> Gversion 0.472268
Supp   -> O       0.279601
Gtype  -> Air     0.238299
Phase  -> O       0.228824
OD     -> Phase   0.203194
O      -> Med     0.116408
O      -> Phase   0.053144
O      -> OD      0.051079
O      -> Strain  0.044893
Anti   -> O       0.000291
Supp   -> OD      -0.000005
Anti   -> OD      -0.000026
Technique -> O       -0.000302
Supp   -> Technique -0.017197
Gtype  -> Gversion -0.044939
Gtype  -> O       -0.049058
Supp   -> Gversion -0.122184
Supp   -> Gtype   -0.141890
Technique -> OD      -0.217801
OD     -> Med     -0.233349
Gtype  -> Med     -0.266427
OD     -> Gtype   -0.270554
OD     -> Air     -0.350613
Supp   -> Air     -0.370520
Gtype  -> Anti    -0.385968


Top unlikely transitions:
Supp   -> Supp    4.020395
Technique -> Technique 3.591576
O      -> Supp    2.031115
Gtype  -> Supp    1.883986
pH     -> pH      1.853329
Air    -> O       1.713991
Substrain -> Gtype   1.583252
O      -> Gtype   1.310027
O      -> Technique 1.273208
O      -> Anti    0.815027
Technique -> Air     0.812634
O      -> Temp    0.731105
Med    -> O       0.704800
Temp   -> O       0.557160
Gtype  -> pH      0.523657
O      -> Gversion 0.472268
Supp   -> O       0.279601
Gtype  -> Air     0.238299
Phase  -> O       0.228824
OD     -> Phase   0.203194
O      -> Med     0.116408
O      -> Phase   0.053144
O      -> OD      0.051079
O      -> Strain  0.044893
Anti   -> O       0.000291
Supp   -> OD      -0.000005
Anti   -> OD      -0.000026
Technique -> O       -0.000302
Supp   -> Technique -0.017197
Gtype  -> Gversion -0.044939
Gtype  -> O       -0.049058
Supp   -> Gversion -0.122184
Supp   -> Gtype   -0.141890
Technique -> OD      -0.217801
OD     -> Med     -0.233349
Gtype  -> Med     -0.266427
OD     -> Gtype   -0.270554
OD     -> Air     -0.350613
Supp   -> Air     -0.370520
Gtype  -> Anti    -0.385968
OD     -> O       -0.418172
Technique -> pH      -0.477927
Technique -> Gtype   -0.483798
Agit   -> O       -0.566238
Gtype  -> OD      -0.640169
O      -> Air     -0.714813
Substrain -> O       -0.787403
Supp   -> Med     -1.021657
Med    -> Supp    -1.114839
Phase  -> OD      -1.698506


Top positive:
7.703197 O        b'lemma:_'
6.586493 O        b'lemma:1'
6.452806 Supp     b'lemma:Iron'
6.361401 Air      b'lemma:anaerobic'
5.975656 Air      b'lemma:aerobic'
5.920948 Technique b'lemma:ChIP-exo'
5.738728 Strain   b'lemma:k-12'
5.658145 Phase    b'lemma:stationary'
5.415422 O        b'lemma:2'
5.410677 O        b'lemma:rpob'
5.181966 Technique b'lemma:chipseq'
5.121249 Air      b'-1:lemma:ChIP-Seq'
5.109143 Phase    b'lemma:mid-log'
5.088706 O        b'lemma:3'
4.962756 Supp     b'lemma:nitrate'
4.946743 Supp     b'lemma:pq'
4.905311 O        b'postag:IN'
4.838793 Substrain b'lemma:mg1655'
4.488840 Gtype    b'lemma:flag-tag'
4.488840 Gtype    b'-1:lemma:c-terminal'
4.477738 Gversion b'lemma:asm584v2'
4.418207 O        b'lemma:rep1'
4.390936 Supp     b'lemma:nh4cl'
4.364183 Gtype    b'-1:lemma:\xe2\x88\x86'
4.354227 Gtype    b'lemma:\xce\xb4cra'
4.193812 Air      b'lemma:Aerobic'
4.171274 Supp     b'lemma:glucose'
4.140212 O        b'lemma:\xcf\x8332'
4.133873 Supp     b'+1:lemma:\xc2\xb5m'
4.133709 O        b'lemma:rep2'
4.094915 Med      b'lemma:MOPS'
4.091880 O        b'postag::'
4.082369 O        b'-1:lemma:tag'
4.079739 Med      b'lemma:lb'
4.056839 OD       b'lemma:od600'
4.039045 Gtype    b'lemma:wt'
3.989316 O        b'lemma:Cra'
3.968660 Gtype    b'lemma:arca8myc'
3.943132 O        b'lemma:rep3'
3.855516 Gversion b'lemma:nc'
3.813109 Med      b'lemma:LB'
3.805010 O        b'-1:lemma:ChIP-exo'
3.780222 O        b'lemma:b'
3.776136 O        b'lemma:a'
3.762332 Gtype    b'lemma:type'
3.692897 Technique b'lemma:ChIP-Seq'
3.685963 Technique b'lemma:rna-seq'
3.608750 Supp     b'lemma:Fe'
3.602563 Gtype    b'lemma:delta-arca'
3.582946 O        b'lemma:Custom'
3.480469 Supp     b'lemma:acetate'
3.448871 Gversion b'-1:lemma:nc'
3.444218 Supp     b'lemma:no3'
3.437906 O        b'lemma:.'
3.437906 O        b'postag:.'
3.437516 Technique b'lemma:chip-seq'
3.389135 Supp     b'lemma:rifampicin'
3.386406 Gtype    b'lemma:fnr8myc'
3.384496 Gtype    b'+1:lemma:type'
3.339808 OD       b'lemma:od450'
3.322726 Gtype    b'lemma:\xe2\x88\x86'
3.304027 Technique b'lemma:rnaseq'
3.256257 O        b'+1:lemma:od600'
3.186356 Anti     b'lemma:none'
3.181887 Supp     b'lemma:dpd'
3.055580 O        b'-1:lemma:0.3-0.35'
3.054658 Gtype    b'lemma:nsrr'
3.030442 Gtype    b'lemma:\xce\xb4fur'
3.025184 Vess     b'lemma:flask'
3.025184 Vess     b'-1:lemma:warm'
3.015874 O        b'lemma:-'
3.009573 Gtype    b'lemma:delta-fnr'
2.998130 Supp     b'lemma:fructose'
2.988910 O        b'lemma:CEL'
2.974937 pH       b'lemma:ph5'
2.974937 pH       b'+1:lemma:.5'
2.972759 Anti     b'+1:lemma:antibody'
2.954856 Med      b'+1:lemma:0.4'
2.925179 O        b'-1:lemma:Aerobic'
2.879985 O        b'+1:postag:RB'
2.865018 Med      b'lemma:m63'
2.859747 Gtype    b'-1:lemma:ptac'
2.825574 Supp     b'lemma:arginine'
2.824511 Technique b'-1:lemma:IP'
2.817298 O        b'postag:VBN'
2.813172 Anti     b'lemma:seqa'
2.812406 Temp     b'-1:lemma:sample'
2.763158 Gtype    b'+1:lemma:with'
2.754310 Temp     b'lemma:\xc2\xb0c'
2.723063 Supp     b'+1:lemma:1'
2.675834 O        b'-1:lemma:type'
2.671720 Gversion b'lemma:chip-seq'
2.653537 Supp     b'+1:lemma:2'
2.650378 Air      b'postag:RB'
2.631712 Gversion b'lemma:u00096'
2.631712 Gversion b'+1:lemma:.2'
2.616863 Supp     b'-1:lemma:Cra'
2.615297 O        b'-1:lemma:glucose'
2.613954 O        b'postag:CC'
2.589956 Gtype    b'-1:lemma:rpob'
2.582195 O        b'lemma:with'
2.540802 Gversion b'lemma:000913'
2.539352 Gversion b'lemma:.2'
2.539352 Gversion b'-1:lemma:u00096'
2.503419 O        b'lemma:chip'
2.502065 Gtype    b'lemma:wild-type'
2.487392 Technique b'+1:lemma:chip-exo'
2.444920 Supp     b'+1:lemma:_'
2.434479 O        b'-1:lemma:anaerobic'
2.420671 Gtype    b'+1:lemma:flagtag'
2.395183 Anti     b'lemma:anti-myc'
2.385218 Strain   b'+1:lemma:substr'
2.376772 Technique b'-1:lemma:chip-exo'
2.348313 pH       b'lemma:.5'
2.348313 pH       b'-1:lemma:ph5'
2.334952 O        b'lemma:s'
2.334641 OD       b'+1:lemma:stationary'
2.330137 O        b'-1:lemma:lb'
2.298914 Air      b'lemma:anaerobically'
2.282617 Supp     b'+1:lemma:Deficient'
2.277510 Med      b'+1:lemma:minimal'
2.269747 Gtype    b'+1:lemma:ph5'
2.257564 Gtype    b'+1:lemma:pq'
2.256911 Temp     b'-1:lemma:\xcf\x8332'
2.250901 O        b'lemma:oxyr'
2.238383 Gtype    b'lemma:\xce\xb4ompr'
2.232015 Gtype    b'lemma:\xce\xb4soxs'
2.222768 O        b'lemma:or'
2.220103 Supp     b'-1:lemma:+'
2.219418 Anti     b'lemma:anti-rpos'
2.194736 Supp     b'+1:lemma:hour'
2.194499 Temp     b'-1:lemma:43'
2.187158 O        b'postag:VBG'
2.177204 pH       b'+1:postag:CD'
2.177114 Supp     b'-1:lemma:\xc2\xb5m'
2.151093 Supp     b'lemma:nacl'
2.140203 O        b'postag:DT'
2.133179 O        b'+1:lemma:pq'
2.131891 O        b'-1:lemma:stpa'
2.130575 O        b'lemma:affyexp'
2.104996 Temp     b'lemma:43'
2.103942 O        b'+1:lemma:o.d.'
2.096381 O        b'lemma:for'
2.062239 O        b'-1:lemma:l1'
2.059181 O        b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
2.056904 O        b'lemma:chip-arca'
2.042964 Gtype    b'+1:lemma:_'
2.037784 Air      b'-1:lemma:-'
2.033829 Supp     b'lemma:20'
2.033283 Med      b'+1:lemma:2.0'
2.030340 Air      b'lemma:Anaerobic'
2.025461 O        b'lemma:culture'
2.007866 O        b'+1:postag:NNP'
2.002694 Supp     b'lemma:Leu'
1.992014 O        b'lemma:Lrp'
1.990572 O        b'+1:lemma:anti-fur'
1.987491 O        b'lemma:ompr'
1.985226 Temp     b'lemma:37'
1.981458 Temp     b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
1.954050 Technique b'-1:lemma:input'
1.939671 Air      b'-1:lemma:co2'
1.933847 Gtype    b'lemma:deltaseqa'
1.933847 Gtype    b'-1:lemma:old'
1.924772 O        b'+1:lemma:chip-seq'
1.922580 O        b'lemma:Fur'
1.920444 Med      b'-1:lemma:ml'
1.908513 Gtype    b'lemma:ptac'
1.905616 Supp     b'lemma:iptg'
1.905043 Temp     b'-1:lemma:37'
1.897096 Med      b'lemma:glucose'
1.886045 O        b'+1:lemma:mid-log'
1.880944 Supp     b'lemma:Adenine'
1.871549 Med      b'lemma:media'
1.869057 Gtype    b'lemma:pk4854'
1.858978 Med      b'lemma:L'
1.858978 Med      b'+1:lemma:broth'
1.849089 O        b'postag:SYM'
1.839128 Supp     b'lemma:0.2'
1.838608 Gtype    b'lemma:WT'
1.834443 Gtype    b'+1:lemma:aerobic'
1.824894 Supp     b'-1:lemma:with'
1.808905 O        b'+1:lemma:43'
1.792132 O        b'lemma:argr'
1.790393 Substrain b'+1:lemma:phtpg'
1.786085 Phase    b'-1:lemma:mid-log'
1.783387 Technique b'+1:lemma:rna-seq'
1.774887 Med      b'+1:lemma:g/l'
1.773397 Gtype    b'-1:lemma:nsrr'
1.771235 Med      b'+1:lemma:+'
1.769899 Med      b'postag:NNP'
1.769535 Supp     b'-1:lemma:mm'
1.763683 Air      b'-1:postag:CD'
1.752886 OD       b'-1:lemma:~'
1.749965 O        b'-1:lemma:0.3'
1.744858 O        b'lemma:at'
1.740916 Supp     b'lemma:methanol'
1.740449 O        b'lemma:purr'
1.740138 Technique b'-1:lemma:_'
1.740075 Med      b'lemma:broth'
1.740075 Med      b'-1:lemma:L'


Top negative:
0.000364 O        b'+1:lemma:70'
0.000332 O        b'lemma:fresh'
0.000294 O        b'postag:VBZ'
0.000275 OD       b'+1:lemma::'
0.000231 O        b'-1:lemma:medium'
0.000175 Supp     b'-1:postag:NN'
0.000167 Gtype    b'-1:lemma:hn'
0.000124 O        b'lemma:coli'
0.000118 OD       b'+1:lemma:0.15'
0.000060 Agit     b'+1:postag:VBG'
0.000056 Gversion b'-1:lemma:the'
0.000042 O        b'+1:lemma:harvest'
0.000028 Med      b'-1:lemma:2'
0.000027 O        b'lemma:w0002'
0.000026 Anti     b'-1:postag:NN'
0.000024 O        b'lemma:50'
0.000023 O        b'-1:lemma:with'
0.000023 Supp     b'lemma:hour'
0.000022 Gversion b'-1:postag:DT'
0.000013 Supp     b'-1:lemma:10'
0.000010 Substrain b'postag:NN'
0.000009 Med      b'lemma:-rrb-'
0.000009 Gtype    b'lemma:the'
0.000009 O        b'+1:lemma:um'
0.000007 Med      b'postag:-RRB-'
0.000004 Gtype    b'-1:lemma:cra'
-0.000007 Med      b'+1:postag:NNS'
-0.000009 O        b'+1:lemma:aerobically'
-0.000017 O        b'-1:lemma:until'
-0.000027 O        b'lemma:mg/ml'
-0.000027 O        b'-1:lemma:150'
-0.000033 O        b'+1:lemma:phase'
-0.000034 OD       b'postag:NNS'
-0.000193 Gversion b'-1:postag:NN'
-0.000221 O        b'lemma:glucose'
-0.000434 O        b'lemma:purify'
-0.000743 O        b'+1:lemma:grow'
-0.000794 O        b'lemma:\xc2\xb0c'
-0.000895 O        b'+1:lemma:mg1655'
-0.001880 O        b'+1:lemma:n2'
-0.003127 O        b'-1:lemma:20'
-0.003470 Gtype    b'-1:postag:NN'
-0.003555 Temp     b'-1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.003698 OD       b'+1:lemma:0.4'
-0.003819 Gtype    b'+1:postag:NNS'
-0.003979 OD       b'-1:postag:DT'
-0.004093 Air      b'-1:lemma:anaerobically'
-0.005847 OD       b'lemma:~'
-0.007703 OD       b'+1:lemma:-lrb-'
-0.008413 OD       b'+1:lemma:~'
-0.010004 OD       b'+1:lemma:and'
-0.011677 Air      b'+1:lemma:-lrb-'
-0.015840 OD       b'+1:postag:NNS'
-0.022634 Air      b'+1:postag:-LRB-'
-0.022941 O        b'lemma:m63'
-0.024873 OD       b'+1:postag:CD'
-0.025582 O        b'lemma:dpd'
-0.030490 Supp     b'+1:postag:VBN'
-0.041555 Air      b'-1:postag:CC'
-0.047125 Supp     b'+1:lemma:-rrb-'
-0.048162 Phase    b'-1:postag:NN'
-0.048198 Air      b'-1:lemma:70'
-0.056727 O        b'+1:lemma:rep1'
-0.061184 O        b'-1:lemma:-lrb-'
-0.062123 O        b'lemma:e.'
-0.067649 O        b'-1:lemma:mid-log'
-0.079172 O        b'-1:lemma:e.'
-0.079999 Med      b'-1:postag:IN'
-0.081811 Air      b'postag:CC'
-0.082914 Supp     b'+1:postag:-RRB-'
-0.084681 OD       b'postag:JJ'
-0.087207 O        b'-1:lemma:,'
-0.087207 O        b'-1:postag:,'
-0.091606 O        b'-1:lemma:from'
-0.094097 Air      b'postag:CD'
-0.094790 O        b'-1:lemma:o2'
-0.098442 Gtype    b'-1:postag:SYM'
-0.101371 O        b'lemma:30'
-0.102952 O        b'-1:lemma:30'
-0.104458 Med      b'-1:postag:NN'
-0.104966 O        b'-1:postag:VBN'
-0.106487 OD       b'+1:postag:-LRB-'
-0.115379 O        b'-1:lemma:0.1'
-0.123943 Gtype    b'postag:CD'
-0.125483 O        b'lemma:n2'
-0.128182 O        b'+1:lemma:5'
-0.130795 Air      b'-1:lemma:or'
-0.131840 O        b'lemma:co2'
-0.131841 Supp     b'lemma:and'
-0.133586 O        b'-1:lemma:g/l'
-0.139512 Phase    b'-1:lemma:at'
-0.139664 O        b'+1:lemma:300'
-0.140814 Gtype    b'-1:postag:CD'
-0.148051 Temp     b'postag:JJ'
-0.148722 O        b'-1:lemma:n2'
-0.151800 Phase    b'+1:postag:NN'
-0.154097 O        b'+1:lemma:shake'
-0.157668 O        b'-1:lemma:rifampicin'
-0.160737 Supp     b'postag:CC'
-0.163938 Technique b'-1:lemma::'
-0.192959 Med      b'postag:CD'
-0.196077 Gversion b'+1:postag:NN'
-0.197347 Med      b'+1:postag:IN'
-0.198353 O        b'-1:lemma:the'
-0.210857 O        b'+1:lemma:.'
-0.210857 O        b'+1:postag:.'
-0.212158 O        b'-1:postag:IN'
-0.224946 Anti     b'+1:postag:JJ'
-0.229079 O        b'lemma:lb'
-0.229762 O        b'-1:lemma:iptg'
-0.230713 O        b'-1:lemma:0.2'
-0.230962 O        b'lemma:k-12'
-0.231370 O        b'-1:lemma:of'
-0.233847 O        b'lemma:150'
-0.233847 O        b'+1:lemma:mg/ml'
-0.235755 O        b'+1:lemma:\xc2\xb0c'
-0.239301 O        b'+1:lemma:until'
-0.241454 O        b'+1:lemma:-rrb-'
-0.291406 Med      b'+1:postag:NN'
-0.300667 O        b'-1:lemma:1'
-0.301872 O        b'-1:postag:-LRB-'
-0.304883 Phase    b'-1:postag:JJ'
-0.316741 O        b'+1:lemma:arginine'
-0.323570 O        b'-1:lemma:cra'
-0.324550 pH       b'postag:NN'
-0.337342 O        b'lemma:\xe2\x88\x86'
-0.341398 Anti     b'+1:lemma:anti-fur'
-0.348116 O        b'+1:postag:IN'
-0.392002 O        b'+1:lemma:%'
-0.397249 O        b'lemma:phase'
-0.397709 O        b'lemma:anaerobic'
-0.418316 O        b'+1:postag:-RRB-'
-0.425489 O        b'lemma:dissolve'
-0.429358 O        b'+1:lemma:0.3'
-0.434377 Supp     b'-1:lemma:%'
-0.452106 Temp     b'+1:lemma:to'
-0.452106 Temp     b'+1:postag:TO'
-0.459401 Phase    b'postag:JJ'
-0.481800 O        b'+1:lemma:c'
-0.510217 O        b'lemma:\xce\xb4fur'
-0.512490 O        b'+1:lemma:fecl2'
-0.514242 O        b'-1:lemma:od600'
-0.519690 O        b'-1:lemma:ml'
-0.534845 O        b'lemma:media'
-0.543546 O        b'+1:postag:NNS'
-0.552477 O        b'lemma:20'
-0.554174 O        b'lemma:0.3'
-0.554563 O        b'postag:VBP'
-0.558858 Supp     b'+1:lemma:rifampicin'
-0.584166 O        b'-1:lemma:rpob'
-0.595632 OD       b'+1:lemma:of'
-0.601347 OD       b'lemma:-lrb-'
-0.606330 O        b'-1:lemma:~'
-0.609828 Air      b'-1:postag:JJ'
-0.617562 O        b'+1:lemma:cell'
-0.628406 O        b'-1:lemma:sample'
-0.648795 O        b'-1:lemma:co2'
-0.650443 Supp     b'+1:lemma:acetate'
-0.661394 O        b'lemma:anaerobically'
-0.661739 Technique b'-1:postag::'
-0.694556 Temp     b'postag:NN'
-0.699281 O        b'+1:postag:VBG'
-0.806053 O        b'-1:lemma:grow'
-0.835270 OD       b'postag:-LRB-'
-0.843540 O        b'lemma:fecl2'
-0.844938 O        b'lemma:2h'
-0.844938 O        b'-1:lemma:additional'
-0.860246 O        b'lemma:0.2'
-0.918603 O        b'lemma:0.1'
-0.919972 OD       b'+1:postag:NN'
-0.923722 O        b'lemma:od600'
-0.997956 O        b'lemma:37'
-1.049790 O        b'+1:lemma:supplement'
-1.054918 O        b'-1:lemma:dissolve'
-1.054918 O        b'+1:lemma:methanol'
-1.059657 O        b'lemma:of'
-1.079576 O        b'+1:lemma:g/l'
-1.102935 O        b'-1:postag:VBG'
-1.103027 O        b'lemma:mid-log'
-1.131823 O        b'-1:lemma:37'
-1.134618 O        b'-1:postag::'
-1.186603 O        b'-1:lemma:ompr'
-1.219384 O        b'+1:lemma:hour'
-1.220567 O        b'+1:lemma:+'
-1.256620 O        b'+1:lemma:at'
-1.304576 O        b'+1:lemma:in'
-1.348770 O        b'lemma:rifampicin'
-1.369043 O        b'lemma:wt'
-1.372537 Supp     b'postag:JJ'
-1.416841 O        b'lemma:methanol'
-1.441519 Air      b'postag:NN'
-1.482367 Air      b'+1:postag:JJ'
-1.497730 Anti     b'postag:NNP'
-1.498466 O        b'-1:lemma:nsrr'
-1.531484 O        b'-1:lemma:IP'
-2.013157 O        b'+1:lemma:2'
-2.053762 O        b'-1:lemma:2'
-2.424183 O        b'+1:lemma:1'
-3.562427 O        b'-1:lemma::'
-3.910745 O        b'-1:lemma:_'