SCRIPT;Obtencion de Secuencias

+# EQUIPO 5
+# ENFERMEDADES MONOGENICAS
+
+# Este script este creado para obtener las secuencias de los genes seleccionados previamente.
+# Usamos el Gene Ensembl ID para obtener las secuencias de Ensembl
+
+# Llamado de librerias
+library(httr)
+library(jsonlite)
+library(xml2)
+
+# Lectura dearchivos
+##En esta parte colocar path de archivo all_data.txt
+all_data<-read.csv(file = "C:/Users/Fer/Desktop/all_data.txt", header = FALSE, sep = "\t") 
+##Seleccion de la columna seis, que contiene los Gene Ensembl IDs de cada uno de nuestrso genes
+IDs<-all_data$V6 
+IDs[15160]
+
+
+## Por  cada gen conecta a ensembl y hace una solicitud de la secuencia dado el Gene Enesembl ID
+for (i in 1:length(IDs)){
+  server <- "https://rest.ensembl.org"
+  ext <- paste("/sequence/id/", IDs[i], sep = "")%>%paste("?species=homo_sapiens", sep = "")
+  r <- GET(paste(server, ext, sep = ""), content_type("text/x-fasta"))
+  stop_for_status(r)
+  ## vamos generando un archivo con las secuencias em formato fasta. Colocar path donde desee el archivo fasta.
+  write.table(x = content(r), file = "C:/Users/Fer/Desktop/seqs_tot.fasta", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE, append = TRUE, eol = "") 
+}
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