Delete ObtencionSecuencias.R

-# EQUIPO 5
-# ENFERMEDADES MONOGENICAS
-
-# Este script este creado para obtener las secuencias de los genes seleccionados previamente.
-# Usamos el Gene Ensembl ID para obtener las secuencias de Ensembl
-
-# Llamado de librerias
-library(httr)
-library(jsonlite)
-library(xml2)
-
-# Lectura dearchivos
-##En esta parte colocar path de archivo all_data.txt
-all_data<-read.csv(file = "C:/Users/Fer/Desktop/all_data.txt", header = FALSE, sep = "\t") 
-##Seleccion de la columna seis, que contiene los Gene Ensembl IDs de cada uno de nuestrso genes
-IDs<-all_data$V6 
-IDs[15160]
-
-
-## Por  cada gen conecta a ensembl y hace una solicitud de la secuencia dado el Gene Enesembl ID
-for (i in 1:length(IDs)){
-  server <- "https://rest.ensembl.org"
-  ext <- paste("/sequence/id/", IDs[i], sep = "")%>%paste("?species=homo_sapiens", sep = "")
-  r <- GET(paste(server, ext, sep = ""), content_type("text/x-fasta"))
-  stop_for_status(r)
-  ## vamos generando un archivo con las secuencias em formato fasta. Colocar path donde desee el archivo fasta.
-  write.table(x = content(r), file = "C:/Users/Fer/Desktop/seqs_tot.fasta", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE, append = TRUE, eol = "") 
-}
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